무인도에서의 시험을 마치고 아야노코지 키요타카를 비롯한 1학년 D반은 호화 크루즈에서 여름 방학을 즐긴다. 하지만 휴식도 잠시뿐 새로운 특별 시험이 시작된다. 카루이자와 케이와 같은 방으로 호출을 받고 시험에 대한 설명을 듣는 아야노코지. 이번 시험은 반이라는 틀을 넘어선 것이었는데.

'씽킹' 시험 첫째 날이 종료. 교착된 상황을 타파하기 위해 아야노코지가 히라타 일행과 상의하던 그때, 핸드폰에 한 통의 메일이 도착한다. 그 내용을 보고 초조해지는 호리키타. 한편, 아야노코지는 카루이자와의 행동에서 위화감을 느끼고 호리키타에게 그녀에 대한 정보가 필요하다고 말하는데.

C반의 마나베 무리에 의해 몰아세워져 평정심을 잃고 흐트러진 모습을 보이는 카루이자와. 아야노코지는 그 모습을 냉정하게 관찰하려고 하지만 참지 못한 유키무라가 뛰쳐나가 버린다. 아야노코지는 이상할 정도로 겁을 먹은 카루이자와를 보고 뭔가를 눈치챈 듯했는데.

2학기를 맞이해 체육 대회 준비 기간이 시작됐다. 경기 결과가 좋든 나쁘든 다음 필기시험에 영향을 미치기 때문에 학생들은 동요를 감출 수 없다. 게다가 독특한 팀 나누기, 학생에게 출전 선수의 선출을 맡기는 것 등, 학생들에게 가해지는 부담도 커졌는데.

D반 학생들과 의견이 충돌해서 화가 난 채로 체육 대회에서 빠져나간 스도. 그런 스도를 뒤쫓아간 사람은 호리키타였다. 스도를 불러 세워 이야기를 시작한 호리키타는 스도의 반발을 받으면서도 참고 견디며 강하게 스도와 마주하는데.

학생회장 승계식이 끝나고 아야노코지는 사토에게서 갑자기 호출을 받는다. 그리고, 중간고사 시험 결과가 발표되어 D반은 퇴학자 제로를 달성한다. 하지만 차바시라 선생님이 말에 따르면 진짜는 기말고사로 치는 특별 시험 통칭 '페이퍼 셔플'이라는 것이라고 하는데.

페이퍼 셔플을 대비해 스터디가 열리게 되고 유키무라를 중심으로 하는 그룹에 참가하게 된 아야노코지. 같은 그룹이고 짝이 된 하세베, 미야케의 잘하는 과목과 못하는 과목이 겹쳐서 문제에 따라서는 간단히 함께 망해버릴 가능성이 있다. 하지만, 아야노코지는 시험 문제의 경향을 알아낼 방법이 있다고 말하는데.

페이퍼 셔플 이면에서 호리키타와 쿠시다의 퇴학을 건 승부가 시작된다. 한편, 스터디에 참가하는 아야노코지의 앞에 류엔이 나타난다. 류엔은 자신이 보낸 메시지와 관련해 아야노코지를 떠보는데.

크리스마스를 앞두고 들뜨는 학생들. 카루이자와도 그중 한 명이었고 온 거리를 감싼 크리스마스 분위기를 즐기고 있었다. 하지만, 사토와 함께 방과 후를 보내고 있을 때, C반의 학생에게 미행당하고 있다는 것을 알게 된다. 게다가 아야노코지도 스터디 중 누군가에게 감시 당하고 있었는데.

아야노코지와의 협력 관계가 갑자기 끝나버린 카루이자와는 아야노코지와의 접점이 완전히 사라지는 것에 당황을 감추지 못했다. 그러던 중, D반이 앞으로의 방침에 대해 상담하고 있을 때 C반의 류엔 무리가 고압적인 태도로 D반에 찾아왔는데.

흑막의 정체를 밝히려는 류엔에게 구속당해 궁지에 몰린 카루이자와. 플래시백 되는 따돌림의 기억. 거기에 뒤를 잇듯이 흑막이 처음부터 카루이자와를 이용했다는 사실이 드러난다. 하지만 그럼에도 카루이자와는 아야노코지가 흑막이라는 사실을 말하려 하지 않았는데.

일련의 사건을 겪으면서 카루이자와는 자신 안에서 큰 감정의 변화가 생겼다는 것을 알게 되었다. 그러던 중, 사토가 크리스마스에 아야노코지와 데이트를 한다는 이야기를 듣게 된다. 카루이자와는 복잡한 감정을 품으면서도 사토의 데이트 상담 요청에 진지하게 응하려고 했지만.