Il malinconico e immotivato Kiyotaka Ayanokouji frequenta il suo primo giorno alla Tokyo Metropoiltan Advanced Nurturing High School, un'istituzione stabilita dal governo per formare una generazione dei migliori e più brillanti giapponesi. In questa scuola, si dice, tutto si decide in base al merito, compresa la generosa indennità mensile di "punti" che gli studenti possono spendere nei negozi locali. Quando Ayanokouji inizia a navigare in questo sistema, coltiva anche curiose relazioni con l'estranea Suzune Horikita e il gregario Kikyou Kushida.

1-D scopri di più sul sistema a punti. Devono cambiare le loro abitudini se vogliono segnare qualcosa. Ma pochi studenti non vogliono cambiare anche se rischiano l'espulsione.

Kiyotaka spiega a Suzune cosa ha fatto negli ultimi tre giorni prima del test. E perché tutti ottengono punteggi così buoni nei test. Ma Sudo ha comunque fallito i test e sta per essere espulso.

"Le classi analizzano i risultati dei loro test e di quelli di altri. La distribuzione dei punti è in ritardo. Tre studenti di 1-C hanno denunciato Sudo per averli attaccati."

Kiyotaka e Kushida vanno con Sakura al centro commerciale dove Sakura cercherà di riparare la sua macchina fotografica. Dopodiché Kiyotaka parla con Sakura della situazione di Sado e dovrebbe parlare di ciò che ha visto.

Sakura ha ricevuto alcuni messaggi strani sul suo portale, oltre ad alcune sue foto. Kiyotaka e Suzune stanno cercando di trovare prove che possano liberare Sudo.

Anche durante le vacanze estive, il lupo solitario Horikita preferisce rimanere chiuso nella sua stanza a studiare piuttosto che interagire con gli altri. Un giorno, Ayanokouji la invita a visitare la piscina con alcuni degli altri.

Come parte di un test speciale, la scuola ha portato gli studenti su un'isola tropicale disabitata dove ora dovranno vivere per una settimana. La loro prestazione nel test può avere un enorme impatto sulla classifica a punti delle quattro classi.

La classe D ha raggiunto un certo grado di unità nell'affrontare la prova speciale, quindi Ayanokouji e Horikita escono per vedere come se la cavano le altre classi. La classe B sta lavorando insieme per farsi una vita confortevole, mentre la classe A rimane segreta.

Con l'incidente del ladro di mutandine che sta già erodendo la fiducia della Classe D, Horikita scopre che la sua chiave magnetica è stata rubata. Mentre cercano di capire chi è stato, il campo base viene gettato nel caos con un nuovo incendio doloso

Il test di sopravvivenza sta volgendo al termine. Le cose non vanno bene per 1-D. La chiave magnetica è stata rubata. E ora Suzune è costretta a ritirarsi a causa della sua malattia. Kiyotaka proverà a cambiare le cose.