Melancholisch und unmotiviert tritt Ayanokōji Kiyotaka zu seinem ersten Tag an der fördernden weiterführenden Schule der Stadt Tōkyō, die von der japanischen Regierung gebaut wurde, um die jungen Menschen zu fördern, von denen die Zukunft des Landes abhängen wird. Hier dreht sich das Leben der Schüler um monatlich ausgezahlte Punkte, die in allen Läden auf dem riesigen Schulgelände als Zahlungsmittel gelten. Ayanokōji lernt die unnahbare Außenseiterin Horikita Suzune und die extrem kontaktfreudige Kushida Kikyō kennen.

Klasse D stellt mit großer Bestürzung fest, dass das Leben kein Ponyhof ist und es fürs Nichtstun keine Punkte gibt. Noch dazu soll jeder, der bei der nächsten Prüfung durchfällt, der Schule verwiesen werden. Da ihr eigenes Wohlergehen von der Leistung ihrer Klassenkameraden abhängt, versucht Horikita es mit einer Lerngruppe für die Härtefälle unter ihnen. Ayanokōji soll dafür sorgen, dass diese auch daran teilnehmen.

Mit viel Arbeit, List und Tücke gelingt es Klasse D schließlich, bei der Zwischenprüfung überraschend hohe Punktzahlen zu erzielen. Ein Schüler hat die Prüfung jedoch nicht bestanden und soll nun wie angekündigt der Schule verwiesen werden. Ayanokōji wagt einen Versuch, dies zu verhindern.

Sudō wird beschuldigt, Schüler der Klasse C angegriffen und verletzt zu haben. Klasse D muss seine Unschuld beweisen, um weiteren Punkteverlust und zusätzliche Strafen zu vermeiden.

Während die Verhandlung immer näher rückt, versuchen Ayanokōji und Kushida, Sakura Airi, die womöglich einzige Zeugin des Vorfalls, für ihre Sache zu gewinnen.

Sakuras Aussage hat Klasse D Zeit verschafft, doch Horikita und Ayanokōji müssen diese jetzt nutzen, um die Sache endgültig aus der Welt zu schaffen. Währenddessen wird Sakura von einem merkwürdigen Mann verfolgt …

Selbst während der Sommerferien bleibt Horikita lieber allein in ihrem Zimmer und lernt, statt sich mit anderen auseinanderzusetzen. Eines Tages lädt Ayanokōji sie dazu ein, mit anderen aus der Klasse ins Schwimmbad zu kommen.

Im Zuge einer Sonderprüfung wurden die Schüler auf einer Tropeninsel abgesetzt und müssen dort eine Woche lang auf sich allein gestellt leben. Typisch für die Schule wird ihre Leistung mithilfe eines Punktesystems beurteilt und könnte großen Einfluss auf die Rangverteilung der vier Klassen haben.

Unter Hiratas Aufsicht gelingt Klasse D ein geregelter und weitgehend sorgenfreier Alltag auf der Insel. Ayanokōji beschließt, die Umgebung und Camps der anderen Klassen zu erkunden, und Horikita begleitet ihn widerwillig. Dabei stellen beide fest, dass die anderen Klassen mitunter ganz andere Ansätze verfolgen. Doch dann droht ein nächtlicher Vorfall, den Zusammenhalt der Klasse D zu zerstören …

Der Täter ist noch immer nicht gefunden. Die Mädchen der Klasse D trauen den Jungs nicht mehr über den Weg und beschließen die Teilung des Lagers in zwei getrennte Bereiche. Während sich auf beiden Seiten Unmut breit macht, geschieht schon das nächste Unglück …

Ibuki hat die Schlüsselkarte von Klasse D entwendet. Horikita ist zu krank, um die Prüfung abzuschließen, und so beschließt Ayanokōji gegen ihren Willen, sie ausscheiden zu lassen.