진학률 및 취업률 100%를 자랑하는 도쿄도 고도 육성 고등학교에 입학한 아야노코지 키요타카. 하지만 그가 속한 1학년 D반은 왜인지 문제아들 투성이었다. 더욱이 학교에선 학생들에게 현금과 동일한 포인트를 10만엔씩 지급하고, 수업 중에 놀고 조는데도 주의를 주지 않고 방임주의로 일관하는데.

A반부터 D반까지, 학생의 능력에 따라 나눠져 배정받는 S시스템. 그 중 D반은 불량품이라 불리는 학생들이 모인 낙오자 반이다. 그들은 입학 후 한 달간 계획 없이 생활을 한 탓에 S시스템의 평가는 곤두박질 쳐져, 앞으로 받아야 할 다음달 분의 10만 포인트가 전부 소멸되었다. 빈곤한 생활을 면치 못한 채 심지어 학생들은 앞으로 있을 시험에서 낙제점을 받으면 퇴학이라는 엄격한 룰을 통보 받게 되는데.

성적이 안 좋은 학생이 많았음에도 D반은 학교측의 예상과는 반대로 중간고사에서 고득점을 낸다. 그 시험결과에는 사실 호리키타 일행의 필사적인 노력과 아야노코지의 뒷거래가 있었다. 하지만 성적이 제일 불안했던 스도가 고작 1점 때문에 낙제점을 받아 퇴학 위기에 처한다. 그 상황에서 아야노코지는 조용히 해결에 나서는데.

중간고사 후 적은 양이더라도 포인트를 얻게 된 D반은 빈곤한 생활에서 탈출하게 되어 기뻐한다. 하지만 스도가 폭행사건을 일으켜 새로운 문제가 발생한다. 스도는 정당방위라고 주장하지만 그것을 입증할 증거조차 없어 다시 퇴학 위기에 처하게 되는데.

사건의 목격자인 D반 사쿠라 아이리. 그녀만이 스도의 정당방위를 입증할 수 있지만 사쿠라는 어째선지 심의에서 증언하는 것을 거부한다. 마침내 심의 당일. 심의에는 학생회장인 호리키타의 오빠도 참석해 있었고, 스도의 변론을 맡은 호리키타는 오빠의 존재에 패닉에 빠지는데.

자주 자신의 사진을 블로그에 올리는 사쿠라. 하지만 요즘 블로그에 이상한 댓글이 달리고 기숙사엔 기분 나쁜 편지가 자주와 아야노코지에게 도움을 요청하려 하지만 타이밍을 놓쳐 털어놓지 못한다. 한편, 재심의를 앞두고 D반에게 유리한 증거를 내밀며 C반에게 고발을 취소하라고 몰아붙이는 호리키타와 아야노코지였는데.

1학기 기말고사가 끝나고 여름방학이 찾아왔다. 친구따윈 필요없다고 생각하는 호리키타는 여름방학 중 다른 누구와도 만나지 않고 독서와 공부만 하는 나날을 보내고 있었다. 그러던 어느 날, 아야노코지에게서 D반 아이들과 함께 수영장에 가자는 제안을 받는다. 평소 같았으면 거절했을 테지만 무언가의 사정 때문에 결국 수영장에 함께 가기로 하는데...

학교행사로서 가게 된 남쪽 섬의 바캉스. 섬까지 가는 호화 여객선 안에 있는 레스토랑, 각종 레저 스포츠 시설 등을 전부 무료로 이용할 수 있어 빈곤생활에 지쳐있던 D반 학생들은 기분전환으로 바캉스를 만끽한다. 한편, C반의 독재자 류엔에게 반발하는 소녀 이부키가 소동을 일으키는데.

바캉스인 줄 알았던 여행은 사실 학교에서 시행하는 특별시험이었다. 학생들은 일주일동안 정해진 규칙을 지키며 무인도 생활을 하게 되었는데.

특별시험의 첫날을 마치고 다음날이 밝았다. 아야노코지와 호리키타는 다른 반에선 어떻게 시험을 치르고 있는지 조사하러 다니던 중 류엔이 속한 C반은 포인트를 다 쓰며 바캉스를 즐기고 있는 것을 목격하게 되는데.

D반의 키 카드를 가지고 있는 호리키타의 몸 상태가 좋지 않은 것을 눈치 챈 아야노코지. 하지만 호리키타는 기권하면 30포인트가 차감되기에 참겠다고 말한다. 그러나 몸을 씻던 도중 키 카드를 도둑맞고 마는데.