Kiyotaka Ayanokôji est un jeune lycéen renfermé sur lui-même qui a tout de même réussi à entrer au lycée de haut niveau de Tokyo. Dans la 2de D, classe à laquelle il a été affecté, il se rapproche de Suzune Horikita, une jeune fille froide et solitaire. Ils découvrent qu'ils disposent d'une somme de 100 000 yens par mois pour vivre dans l'école, mais semblent les seuls à douter de ce système.

Les élèves de la 2de D, qui ont quasi tous profité de leurs précieux 100 000 yens mensuels, apprennent avec horreur qu'ils n'auront aucune allocation pour le prochain mois, car sanctionnés pour leur mauvais comportement à répétition durant le mois écoulé. Fort heureusement, Kiyotaka et Suzune n'ont pas été trop dépensiers. L'objectif est maintenant de regagner des points pour d'abord vivre décemment, et pour Suzune, d'éventuellement surpasser la 2de C pour l'instant mieux évaluée…

Sudô est sauvé in extremis par Kiyotaka et Suzune qui ont acheté le point qui lui manquait aux examens. La classe D sort donc la tête de l'eau, mais deux nouveaux soucis voient le jour : le transfert des points privés du nouveau mois a mystérieusement du retard, et Sudô serait de nouveau sur la sellette à cause d'une bagarre avec d'autres élèves…

La bagarre ayant eu lieu entre des élèves de la 2de C et Sudô, commence à prendre de l'ampleur : une délibération va être organisée en présence du BDE avec des renvois à la clé. Suzune et Kiyotaka doivent absolument prouver que l'incident était involontaire, malgré les blessures assez visibles des trois lycéens. Airi Sakura, une fille discrète et très timide dans la 2de D, semble avoir été témoin de la scène…

Le témoignage de Airi Sakura permet de repousser la décision du BDE au lendemain. Ce moment de répit offre à Kiyotaka et Suzune l'occasion de réfléchir à un moyen d'inculper les élèves de la 2de C. Ils se rendent donc sur les lieux de la bagarre et remarquent quelque chose… Quant à Airi Sakura, elle découvre avec horreur qu'une personne a découvert sa véritable identité de mannequin du Net.

Les examens et l'affaire Sudô passés, les vacances d'été s'installent et les élèves du lycée de haut niveau de Tokyo peuvent profiter au maximum des loisirs disponibles sur le campus, notamment la piscine qui vient d'ouvrir. Kiyotaka y invite la très réticente Suzune pour une raison bien précise.

Suite à l'examen sur une île déserte remporté par la 2de D, un nouvel examen spécial se prépare. Les quatre classes de seconde sont mélangées au sein de plusieurs plusieurs groupes, au sein desquels un « VIP » est désigné par l'école et est à démasquer. Quelle sera donc la stratégie choisie par Ayanokôji ?

Suzune prend son courage à deux mains et se décide d'aller convaincre Sudô de reprendre la compétition sportive. Ayanokôji continue, lui, à placer ses pions et à révéler subtilement la traîtrise de Kushida.

Suite à la fin de le fête sportive, Ayanokôji a impressionné plusieurs de ses camarades lors de sa course contre Manabu Horikita. Lui qui voulait rester discret et moyen, il se fait de plus en plus remarquer par ses alliés comme ses pires ennemis, qui cherchent à débusquer celui qui tire les ficelles dans l'ombre.

La seconde D se prépare au Paper Shuffle et organise les révisions pour que personne ne soit expulsé. Mais Ayanokôji se méfie du comportement de Kushida après avoir appris l'origine de son comportement. Mais Horikita semble avoir une idée pour résoudre le conflit.

Karuizawa est prise au piège par la 2de C, et Ryûen est prêt à la torturer pour obtenir l'identité du meneur de l'ombre de la classe D. Qu'a prévu Ayanokôji pour sortir Karuizawa de cette situation désespérée ?

L'ensemble des élèves du lycée de haut niveau de Tokyo partent en excursion une semaine pour un nouvel examen grandeur nature, où tous les niveaux sont mélangés. La classe d'Ayanokôji étant désormais la classe C, beaucoup d'élèves ont repéré le jeune homme, lançant moult négociations et manipulations pour cet examen.

Le groupe d'Ayanokôji ne s'entend pas à merveille, mais semble pouvoir aboutir à quelque chose. En revanche, du côté des filles, quelque chose semble se tramer dans le groupe de Tachibana.

L'examen en montagne achevé, Ayanokôji semble être la cible de la classe de Sakayanagi. Mais les camps ne sont pas si figés que cela puisse paraître.

C'est la Saint-Valentin, et toutes les rumeurs vont bon train au sein du lycée. Les ragots portent sur le couple Karuizawa-Hirata qui s'est récemment séparé, ou encore sur Ichinose qui est absente depuis plusieurs jours. Et si la calomnie était une nouvelle arme pour que certains élèves arrivent à leurs fins ?

Alors que les rumeurs sur Ichinose s'intensifient, Ayanokôji assiste au sein de la classe A aux révélations de Sakayanagi, qui semble s'acharner sur la pauvre jeune fille. Mais voilà que cette dernière décide de prendre la parole à propos des ragots la concernant.

Les examens achevés, la classe C d'Ayanokôji apprend qu'aucun élève ne sera expulsé. À la surprise générale, un examen supplémentaire est organisé par l'école dont l'objectif paraît obscur.

Les règles de l'examen supplémentaire perturbe l'ensemble des élèves de seconde, puisqu'il oblige l'expulsion d'un élève dans chacune des classes via un vote de popularité. Si certaines classes sont soudées, quelque chose se trame dans la classe C où aucun débat avec l'ensemble du groupe ne s'organise.

Suzune, après son échange avec son frère Manabu, prend son courage à deux et annonce à toute la classe les manipulations en cours par Yamauchi, et propose à ses camarades de l'expulser. Comment ses camarades vont réagir, et quelle sera l'issue du scrutin ?

Après l'expulsion de Yamauchi, la classe C a du mal à se remettre des résultats du vote de popularité, où Ayanokôji a fini premier. L'arrivée d'un nouveau directeur et une dernière épreuve pour les seconde va encore bouleverser l'échiquier.

La classe C se prépare au dernier examen spécial des seconde, où Ayanokôji a été désigné commandant. Tandis que ce dernier se prépare à une partie d'échecs contre la classe de Sakayanagi, Hirata, qui avait perdu son sang-froid durant le vote de popularité, semble se remettre en question.

Le dernier examen spécial entre la classe A et C démarre enfin, et le duel s'avère plutôt serré entre Ayanokôji et Sakayanagi en chefs de file. Les échecs risquant d'être une des sept épreuves tirées au sort, Ayanokôji a soigneusement entraîné Horikita pour concourir sur cette épreuve importante pour les deux commandants.

C'est le début de la cérémonie de remise des diplômes pour les terminale, et Suzune se prépare à dire adieu à son frère qu'elle admire tant. De leur côté, les élèves de la classe C s'apprêtent à redescendre en classe D après leur bataille très serrée contre la classe A.

Tandis que Ayanokôji poursuit ses actions pour passer une scolarité paisible, les élèves reviennent sur la victoire très contestable de la classe de Ryûen contre celle d'Ichinose.