19世纪末，自阿尔比恩王国革命以来，以首都伦敦为界，被分为旧王国与新生的共和国两个国家。然后在其边界，为了让互相的建交断绝而建造了“伦敦墙”…。被送往王国的共和国间谍·安洁，与持有超群剑技的队长多萝西一同，护送希望流亡至共和国的王国研究青年·艾里克，虽然受到了王国方的妨害不过也护送成功。保护地点为安洁她们因任务而入学的梅菲尔女王学校的资料室。在那里艾里克遇到了，带领随从比阿特丽斯的王国公主。她笑着说道，“其实我，是共和国的间谍”。他虽然对此告白感到惊讶，然而，却突然要求者任务中没有的事。“我还有一个，想让她逃命的人”艾里克的愿望到底能被接受吗？

时间追溯到—公主和安洁她们成为伙伴之前的故事。与公主的姿容酷似的安洁从共和国方的间谍组织·Control，接到了与王国的公主替换的“替换作战”任务。为了接近公主，安洁转学至梅菲尔女王学校。首先在梅菲尔学校与作为学生潜入的多萝西汇合，因为公主的身旁常有卫兵，还无法成为比阿特丽斯以外亲近公主的友人，所以容易的接触十分困难。于是两人潜入了公主参加的外务卿主办的聚会，想要在那里与公主接触。但是，这时，在会场已经有一场重大的事件发生了……。

公主与身为敌人的共和国间谍·安洁她们合作。但是，公主的朋友兼侍女比阿特丽斯，对与公主长得一模一样的安洁抱有疑念，与公主替换并利用其地位，岂不是给王国带来损害吗？然后加强警戒心，在内心发誓自己必须保护公主。在那么一天，共和国间谍的总管Control，向公主发来指令。那是协助安洁她们，取回在共和国方被偷的纸币母版的任务。

王国终于成功将反重力控制装置小型化。这个小型化要是普及的话就有王国方引起世界大战的可能性。看到严重事态的共和国的Control，命令多萝西夺取那个试作品。此时，多萝西被L暗示，这次的任务因为会给王国方带来沉重打击所以公主会有背叛的可能性，并被吩咐戒备公主动向的绝密任务。利用公主的立场，顺利地潜入了研究设施的安洁等人，发现反重力物质的研究室已经成了空壳。到底那是否为公主唆使的呢？

来自日本的外交特使·堀河公的那个使节团，要求修正条约而来访王国。公主决定来迎接从极东的岛国而来的一团人，然而名为藤堂十兵卫的人物要暗杀堀河公的传言在背地流露出来。担心公主会被卷进暗杀骚动的Control，下令让安洁她们作为女仆同行。乘坐王室专用列车开往伦敦的旅途就这样开始，但在那旅途中某个少女偷偷潜入进来了。马上发现入侵者存在的安洁，怀疑暗杀者的存在，和那个少女……千世对峙。

一天，多萝西被Control吩咐做另一个任务。那是，夺取死去的联络员的身体中埋藏的，王国外务省的暗号表。根据吩咐任务的7所说，诺尔曼蒂公的协助者知道符合的尸体。与比阿特丽斯一起潜入集中全伦敦尸体的停尸房的多萝西，与已经开始寻找尸体的诺尔曼蒂公的协助者接触，然而在那里的竟然是多萝西生别的父亲·达尼。

使用神经性毒气，只瞄准共和国政要的神出鬼没的怪人“毒气杰克”。被Control分配的任务，是将特定的那个犯人捕获。推测其真实身份为军人的安洁她们，为了从附着在衣服上的神经毒气来锁定犯人，潜入军服洗衣工场。但是，在这个充足的设备都无法齐备的工场里工作的，都是些贫困层的少女们。在继续潜入调查时，得知那间洗衣工场即将濒临倒闭的安洁她们，为了完成任务，决定实行某个作战。

奥莱利卿希望从王国流亡至共和国。安洁她们接受查清他在背地接触的人的指令，直到目标出现前一直监视着奥莱利卿租借的房间。安洁在公园里看守，然而却遇到了扒手失败而受到对方严厉的拳打脚踢的少女·朱莉。在几天的任务期间与朱莉变得亲热的安洁，说起了黑蜥蜴星的“王女”和“小偷”的故事——。

千世转入梅菲尔女王学校已有半个月。食物和学业，直到艺术方面——无法习惯西洋文化的千世，因为是来自东洋岛国·日本的留学生，所以在学校里也是个受轻藐的存在。在学校中发生问题行为，而经常被安洁责备其行动显眼。在那样的一天，千世与在梅菲尔女王学校上学的某贵族子弟发生纠纷，从而引发了事件…。

曾经，在被称为农场的间谍培养所为安洁和多萝西的同期生的“班长”。她在培养所时代，还是个成绩未曾从第二名掉落的优等生。这次，安洁、多萝西、比阿特丽斯三人被下达的任务是，与那样的她一同从海军卿所住的城堡中夺取机密文件。任务看似顺利地结束了，然而安洁和多萝西又被下达了另一个指令…

被赛尔达煽动，革命军前进的地点是举办战胜祈愿仪式的新王立寺院。移民、贫困、阶级……对此担忧的革命军的目标，是于典礼中暗杀女王。虽然得知其真相的公主想要阻止革命，但被察觉到的赛尔达指着枪口。另一方面，安洁为了确认公主的真意，从飞船逃了出来，但…。