両親を事故で亡くし、叔父夫婦の家に引き取られていた稲葉夕士。高校からは寮に入り自立して…と思った矢先、寮が火事で焼けてしまう。なんとか探し出したアパートは、家賃2万5千円の破格物件。そこは妖怪と幽霊と人間が同居する「妖怪アパート」だった！

個性豊かな妖怪たち。更にそれを上回るクセを持った人間の入居者たちに囲まれて、夕士の高校生活が始まる。ある日、同級生・田代の事故現場に遭遇した夕士。アパートに感化されたのか思わぬ展開になり……。

子供の幽霊・クリと、犬の幽霊・シロはいつも一緒。だがその理由は、クリが死んだ原因にあるようで……。妖怪アパートに現れたクリの母と対峙することになった夕士は、自分にはもういない子を思う母親の愛情に思いを馳せる……。

寮が建て直され、夕士がアパートを出ていく日が迫る。アパートの面々による賑やかで、心温まる送別会。さらに心の籠った餞別を貰う夕士。さようなら妖怪アパート。かくして夕士の「こっち側」の生活が始まる。

寮に引っ越した夕士は改めて普通の生活に戸惑ったり、寮での人間関係にギクシャクしたりして思い悩む。そんな折、人間社会でサラリーマンとして働いている幽霊・佐藤さんと街で再会する。そして確執を抱えていた従姉妹・恵理子とも再会するが……。

世界中の珍本・奇書を探し歩いている「古本屋」が久しぶりに寿荘に戻ってきた！　飄々としたその男が持って帰ってきた本に名前の読めないタロットカードの画集があり…。夜、夢の中でその本の精霊にご主人様と呼ばれる夕士。それはなんと「プチ・ヒエロゾイコン」と呼ばれる魔道書だった！

魔道書の主となってしまった夕士だが、ひょんなことからそのことを親友の長谷にバレてしまう！　妖怪アパートに住んでいることをついに告白しないといけないが…。そんな中、魔道士の修業のための霊力特訓まで始めるハメに！

ついに長谷がアパートにやって来た！　寿荘の人たちへ気の利いたプレゼントを持参するが、ここに住む妖怪・幽霊・精霊といった不思議な存在を受け入れてくれるのか、夕士はドキドキ。そんな長谷は、子供の幽霊・クリの可愛さにメロメロになってしまって──？

夏休みも終わって新学期。学校まで付いてくるフールを他人に見られないかドキドキしながら登校する夕士は、他校から赴任してきた教師・三浦の「仄暗い」感じが妙に引っかかる。そんな折、この世界とは位相を異にする隠れ里から、又十郎と呼ばれる巨人がやってきた！

田代たちと話していたら新任教師の三浦に怒鳴られた夕士。納得いかない気持ちだったが、その時に話していた学校の怪談が気になり、調査に乗り出す。ノルン３姉妹を呼び怪談について占ってみると、なにやらドロドロした物を感じるという。そして夕士は田代と演劇部の物置で「女を呪う言葉」の落書きを見つけてしまい……。

常軌を逸している三浦に一体何がおこったのか？　再びプチ・ヒエロゾイコンからコクマーを召喚し探っていく夕士。寿荘の面々にも相談しつつ真相に迫っていく。小部屋の落書きの念。蓄積した負の感情は「イドの怪物」となって器を探し求めていたのだった……！

「イドの怪物」に乗っ取られた三浦に田代が襲われそうに……！　三浦が、過去の辛い経験からイドの怪物の器になってしまったのが運命だというのなら、三浦と出会ったのもまた運命。そう思った夕士は三浦を救うために行動を開始する！

夏を彩る入道雲の下、パワーアップのために魔道士修行を始める夕士。かなりハードで体が動かなくなり、深瀬にお姫さまだっこで運ばれる始末。いろんな意味で辛い修行に…！　激痩せしたり、おいしいご飯が喉を通らなかったり、本当に成長しているのか不安になる夕士に、寿荘の面々は「迷う事」の大切さを語る。

夏休みの後半に入り、再び寿荘に遊びにくる長谷。疲れ切った体を癒すんだと言わんばかりにクリを可愛がる長谷と一緒に、いつも通り宴会して楽しい日々を過ごす。一方、修行もいつも通りと思いきや「物足りない」と呟く秋音が、大家さんに何やら頼みごとをして……？　わいわい賑やかな寿荘の夜はふけてゆく。

二学期が始まり、新しい出会いがやってくる！　条東商に赴任してきたイケメン新任教師・千晶直巳と、清楚な女性教師・青木春香。対照的ながら共に生徒から人気を集める千晶と青木。そんな中、夕士が所属している英会話クラブに厄介そうな新入部員・山本小夏もやって来て……？

中秋の名月を愛でる秋がきた！　サンマ、キノコ、梨に栗にと味覚の秋を堪能すべし！そして何よりお団子だ〜！と、お月見の準備で餅つきを始める寿荘。そんな中、秋音の師匠・藤之先生と、バイト先である病院の患者さん達もお月見にやって来た。妖怪と人間の入り混じるお月見で、夕士は生きることの意味に想いを馳せる…。

青木先生から、両親を失って苦労している“はず”だと言われた夕士。善意からかけられる優しい言葉だが、そう思っていない夕士は、一面だけを見て決めつけ、押し付けられる「善意」に苛立つ。厳しくする事も、何もしない事も、時には優しさではないのか？　一色さんの言葉はそのキーワードのようで……。

学業と修行に明け暮れる中、訪れる三連休。だが夕士にとっては稼ぎ時！　みっちりバイトに励む夕士が頼まれたのは、新人バイト2人の教育係だった。しかし視線を合わせず、話を聞いているのかも分からない2人に不安を覚える夕士。そんな最中、クレームが入り新人たちのミスが発覚してしまう！

文化祭が近づき、クラスの催し物を考える夕士たち。千晶先生の丸投げ姿勢にみんなはびっくりするが、夕士はそこに自分たちへの信頼を見て、改めてそれに応えようと思う。そんな中、英会話クラブへの欠席が続く小夏を気にかける夕士。次第に彼女が「メッキ」をまとう理由が見え始めて…。

骨董屋さんが仕入れてきた怪しげなランプ。聞けば百年に一度見られるかどうかの映像が見れる代物という。それはなんとアパートにいながらにして、大空を駆け、砂漠にそびえる異形の城を目撃できる不思議なランプだった！　世界は広いと感じる夕士だが、更に驚く体験が待っていて…!?

千晶が激怒!?　どうやらスマホでカンニングした生徒を見つけたらしく、いつもと違う雰囲気に驚くクラスメイトたち。そして事態はスマホの持ち込み禁止を徹底するか否かを決める、生徒総会へと雪崩れ込む。青木の無責任な優しさで増長する一部の生徒たち。厳しい態度を崩さない千晶。どうなる!? 生徒総会！

文化祭直前で準備に賑わう条東商。一見平穏だが、生徒総会で悪役を引き受けた千晶への反発が増していた。それを悔しく思う夕士や田代たち。また生徒会長・神谷も思いは同じで、千晶への恩返しとして一計を案じる。一方、小夏はクラスでも馴染めず、ますます孤立していた。

英会話クラブで英語劇の準備も進み、熱心に練習している最中、退部届を持参してやってくる小夏。クラブの催し物を幼稚園のお遊戯会と蔑み、嘲笑い、ついには感情が爆発してヒステリーを起こす。そんな小夏に手を差し伸べたのは、なんでも認めて、肯定し、優しく接する青木だった…。

いよいよ文化祭当日！　妖怪アパートの面々も遊びにきて大賑わい。深瀬が美術部に乱入したり、秋音がフードファイトに参加したり、骨董屋が怪しげなバザーを開いていたり…。大丈夫なのかと心配する夕士。そして生徒会長のたくらみとは!?　波乱に満ちた文化祭が幕を上げる！

大晦日が近づき、年越しの準備を始める妖怪アパート。門松を飾り、餅をつき、鍋を囲んで準備をする夕士。さらには大家さんが地下の空間に大雪原に繋げてくれて、そこは無数のかまくらが並んでいた！ それは「時のかまくら」。大晦日の間だけ現れ、過去や未来を見せてくれる不思議なかまくらだった。