Mary hat sich entschieden ihr Kind zu behalten und versucht Job und Muttersein unter einen Hut zu kriegen. Als sie nach ihrer Schwangerschaft zur Arbeit zurückkehrt, stellt sie fest, dass sich während ihrer Abwesenheit einiges geändert hat

Mary kümmert sich um einen Messie, der Zeuge eines brutalen Mordes wurde. Daneben versucht sie ihrer neuen Mutterrolle gerecht zu werden. Dabei bekommt sie unerwartete Hilfe von ihren Kollegen.

Ein Pharmavertreter kommt ins Zeugenschutzprogramm, um sich vor einem ehemaligen Klienten zu verstecken. Mary  und Marshall  entdecken bald, dass er eine Zweitfamilie verheimlicht. Als die beiden Frauen voneinander erfahren, droht der Aufenthaltsort des Zeugen aufzufliegen.

Marshall  begibt sich auf einen Undercovereinsatz. Mary versucht dagegen eine Drag Queen zu beschützen. Während sie ihren Schützling davor bewahrt in Schwierigkeiten zu geraten, entdeckt sie, dass Marshall verlobt ist. Raphael , Marys Ex-Verlobter, kehrt nach Albuquerque zurück und bringt seine neue Frau mit.

Marys flüchtiger Vater taucht wieder auf und bringt damit Brandi und Jinx in Gefahr. Die beiden werden zusammen mit Marys Halbbruder Scott nach Florida in Sicherheit gebracht. Agent O’Conner kehrt ebenfalls nach Albuquerque zurück, um den Fall erneut aufzunehmen. Das lässt alte Konflikte zwischen ihm und Mary wieder aufleben …

Marys Vater sinnt auf Vergeltung und befindet sich auf der Flucht. Mary wird deshalb vom FBI überwacht. Sie versucht die FBI-Agenten abzuschütteln, um ihren Vater zu finden, bevor jemand anderes ihn aufspürt.

Mary ist im Serienfinale hin- und hergerissen zwischen ihrem Job und der unvorhergesehen Zusammenführung ihrer Familie. Im Büro der WITSEC ergeben sich unterdessen große Veränderungen.