Artuš kraluje už tři roky bez jakéhokoli incidentu, ale teď Morgana a kouzelník Ruadan zajali expedici do severní země Ismere vedenu Gwainem a Percivalem. Ti nyní musí pracovat v dole a hledat tajemný klíč. Pátrací skupina vedená Artušem a Merlinem je hledá a při tom narazí na vesnici, jejíž obyvatelé byli zmasakrováni. Umírající druid Merlina varuje kvůli Artušovu prokletí - bitvě, kde bude mladý král zabit. Ruadanova dcera Sefa je špehem pracujícím jako Guineveřina služebná a ta svého otce varuje, že Artušova armáda míří do Ismere...

Ruadan zachrání svou dceru, ale je při tom smrtelně raněn. Merlin a Artuš jsou vlečeni na Morganinu zimní skrýš. Mordred jim projevuje jistou laskavost, ale Merlin, který zahlédl budoucnost, mu nedůvěřuje. Merlin a Artuš uniknou a dorazí do dolů pod hradem, kde osvobodí všechny otroky a setkají se s duchem zvaným Euchdag, neboli Diamar, který je sám tím "klíčem", jejž Morgana hledá. Mordred zachrání Artuše před Morganiným pokusem ho zabít a je na Kamelotu za odměnu pasován na rytíře. Merlin má přesto starosti...

Artuš zachrání starou ženu obviněnou z čarodějnictví, která mu dá roh, jímž se svolává svět duchů. Navzdory Gaiovu varování ho Artuš použije, aby se krátce setkal se svým otcem, ale brzy si uvědomí svou chybu. Uther ho označil za slabého, protože se neoženil z politických důvodů, protože pasuje na rytíře prosté muže podle zásluh a protože není dost krutý, aby se ho jeho poddaní báli. Když se Kamelot stane terčem útoků poltergeista, jehož obětí je zejména Guinevere, Začne být jasné, že Artuš mimovolně přivedl na dvůr nesouhlasícího a pomstychtivého ducha svého otce. S lektvarem...

Druid Osgar vynáší nad Artušem rozsudek Disir.

Po návštěvě hrobu svého otce je Guinevere zajata Morganou a uvězněna v nechvalně známé Temné věži, kde straší přízračné vidiny a výkřiky. Merlin a Artuš vedou rytíře na záchrannou misi, ale ztratí se v přiléhavě pojmenovaném Neproniknutelném hvozdu. Víla Mab, královna toho lesa, Merlinoví zjeví, jak ostatní hvozdem provést, ale také mu řekne, že jeden z nich se nevrátí. Když k věži přijdou, Guinevere zachrání, ale za cenu ztráty jednoho muže. Nikdo si však neuvědomí, že Guinevere je díky Morganě úplně jinou ženou.

Když Artuš spadne s koně, ukáže se, že někdo manipuloval s jeho sedlem, a je z toho obviněn stájník Tyr Seward. Ve vězení Merlinovi řekne, že viděl skutečného viníka, ale že mu bylo řečeno, že když ho prozradí, jeho matka zemře. Skutečný pachatel, Guinevere (očarovaná Morganou), Tyra zabije a Artuš si příliš pozdě uvědomí jeho nevinu. Guinevere pak Artuše otráví a svalí vinu na Merlina, který ve vězení použije magii, aby zachránil sebe i krále. Aby se kryla, Guinevere předvolá lékárníka, od něhož Morgana jed koupila...

Mlady druid Daegal naléhavě prosí Merlina, aby šel do jeho vesnice a zachránil jeho umírající sestru, ale chlapec ho zavede do pasti, kde je Merlin ponechán, aby rukou Morgany zemřel. Artuš zatím hostí krutého Sarruma z Amaty, s nímž hodlá utvořit alianci; nicméně když je Merlin záměrně odklizený z cesty, očarovaná Guinevere působí na Sarrumovu touhu po moci a pod příslibem podílu na království ho přesvědčí, aby dal Artuše úkladně zavraždit. Sarrum přijímá (ale plánuje, že zabije i ji). Daegala trápí svědomí, a proto se vrací k Merlinovi, aby ho zachránil. Společně se vrátí na Kamelot...

Přátelství, láska a věrnost mezi Artušem, Gwen a Merlinem.

Morgana se zmocní Alatora - svého dřívějšího spojence, který se později postavil proti ní - aby zjistila, kdo je tím legendárním čarodějem, jemuž druidové říkají Emrys (stále neví, že je to Merlin). Merlina osloví tajemná žena Finna, která ho varuje před nebezpečím a žádá ho, aby se s ní setkal v chrámu Erui. I když ji posílá Alator, Gaius tuší past a nabádá Artuše, aby za ní poslal své rytíře, ale ona utíká s Merlinem. Dá mu krabičku a varuje ho před Mordredem a pak se ochotně obětuje, aby odlákala Morganu, která je pronásleduje...

Merlin vidí, jak Mordred pomáhá Kaře, zraněné druidce, do které byl kdysi zamilovaný, ale přistoupí na to, že to nikomu neřekne. Později se Kara snaží zabít Artuše a je odsouzena k smrti. Artuš odmítne Mordredovu žádost, aby jí dal milost. Mordred pomocí magie pomůže Kaře uprchnout, ale oba jsou zajati a Kara popravena. Merlin se správně obává, že to Mordreda přivede k odhodlání Artuše zničit. A opravdu, Mordred uteče, jde navštívit Morganu a prozradí jí, že Emrysem je Merlin.

Jak se zdá, Merlina čeká budoucnost, které se léta snažil vyhnout.

Když Artuš bojuje proti přesile. Merlin dorazí v přestrojení za starého kouzelníka, aby porazil Morganinu armádu za pomoci magie. Artuš zabije Morderda, ale je zraněn a zachráněn Merlinem. Ten mu prozradí, že je čarodějem. Artuš je zpočátku nepřátelský, ale na radu Gaia dovolí, aby ho Merlin vzal k léčivému jezeru Avalon. Cestou Artuš začne oceňovat, co všechno pro něj Merlin udělal, dívá se na něj s novým respektem, a dokonce zmírní svůj postoj vůči magii, nicméně Morgana je pronásleduje. Dorazí k Avalonu dříve než ona?