Rok po útěku z Kamelotu je Morgana nalezena v lese neupravená a potlučená a tvrdí, že ji unesli lupiči. Navenek se sice kaje a je okouzlující, ale stále je ve spolku s Morghause, pro niž sbírá slzy prolité Pendragonem. Ty jsou použity k jeho prokletí a k vytvoření panenky z mandragory, kterou mu Morgana dá pod postel. Pomalu ho přivádí k šílenství a když začíná mít halucinace a vidět duchy, Morghause osloví jeho soupeře, krále Cenreda, a vyzve ho, aby oslabené království napadl. Nejdříve ovšem uvězní Merlina. Merlin však povolá Velkého draka a ten ho osvobodí.

Velký drak přinese Merlina zpět na Kamelot a ten přesvědčí Gaia o Morganině zradě. Společně zlomí Pendragonovo prokletí tím, že panenku z mandragory spálí. Domnívají se však, že by jim Pendragon nevěřil, kdyby Morganu odhalili, a zatímco Cenredovi muži obléhají hrad, Morgana za pomoci kouzelné berly z jeřábu vytváří armádu koster vyzbrojenou meči, která má s rytíři bojovat uvnitř hradu. Merlin berlu zničí a kostry se rozpadnou, a jak se štěstí začíná obracet, Cenred obléhání hradu ukončí. Za zrušení kouzla však sklidí zásluhy Morgana a její pošetilý poručník ji zahrne chválou.

Merlin náhodou pustí z tajné komnaty goblina a ten kouzlem způsobí, že Pendragon přijde o všechny vlasy. Gaius a Merlin se snaží goblina chytit, ale goblin se vtělí do Gaia a ovládá ho, takže Gaius začne být hrubý a chamtivý a za falšované lektvary si nechá platit zlatem. Než Merlin může začít jednat, goblin mluvící skrze Gaia obviní Merlina z čarodějnictví a ten je uvězněn. Artuš věří v Merlinovu nevinu, ale když posedlého lékaře konfrontuje, je proměněn v osla. Merlin, jemuž pomáhá jen Ginevra, musí Gaia přivést na pokraj smrti, aby ho goblin pustil a bylo možné jej polapit.

Tajemný mladík Gwaine pomáhá Merlinovi a Artušovi, když bojují proti přesile v hospodské rvačce, a je zraněn. Vezmou ho s sebou na Kamelot, aby se zotavil, a on tam vyjádří svou averzi vůči aristokracii s výjimkou Artuše, protože jeho otec, rytíř, opustil rodinu. Darebáci, kteří rvačku prohráli, si kouzlem přisvojili identitu dvou rytířů. Přijíždějí na Kamelot, aby se zúčastnili rytířského klání, a plánují lstí zabít Artuše. Gwaine a Merlin si to uvědomují, ale Pendragon Gwaina vykáže za útok na jednoho z nich. Merlin je pod tlakem, aby Artuše při klání zachránil, a nakonec mladého prince zachrání Gwaine podruhé. Vděčný Artuš se těší na den, kdy bude Gwaine pasován na rytíře.

Při útěku před nepřáteli se Merlin a Artuš uchýlí do k Křišťálové jeskyně, kde kouzelník Taliesin vyléčí zraněného Artuše a Merlinovi ukáže vidění budoucnosti, v němž Morgana bodá spícího Pendragona. Když má Morgana narozeniny, dostane od Artuše dýku. Vkrade se do královy komnaty následována Merlinem, který kouzlem zmaří její plán. Morgana se dočasně dostane do kómatu a během té doby se Pendragon Gaiovi svěří, že Morgana je jeho vlastní dcera a dobře to ví. Gaius má za to, že by to Artuš měl vědět, protože nyní je Morgana legitimní dědičkou trůnu a Artuš jí stojí v cestě.

Artuš je přesvědčován, aby se oženil s princeznou Elenou, která navštívila Kamelot. Merlin má ale výhrady, když zjistí, že Elena možná není tím, za koho se vydává. Když se Merlin snaží odhalit Elenino temné tajemství, přijde na to, že její chůva je skřítek. Ale pro koho pracuje? A co jim má Elenin sňatek s Artušem přinést? Dědice trůnu na Kamelotu? Podaří se Merlinovi toto tajemství odhalit dřív, než Artuš udělá největší chybu svého života?

Gwen má před sebou hrozné dilema. Je nucena volit mezi životem svého odcizeného bratra Elyana nebo životem Artuše. Jeden z nich musí zemřít rukou Cenreda, čemu tedy Gwen dá přednost: lásce svého života, nebo svému jedinému sourozenci? Když Artuš, Merlin a Gwen společně hledají východisko, jsou věrnost a přátelství podrobeny té největší zkoušce. Ale Morgana a Morgause dělají, co mohou, aby jejich plány zhatily. Zvítězí dobro nad zlem, nebo Gwen opět ztratí někoho, koho miluje?

Artuš se musí sám vydat na cestu za starým kouzelníkem, králem Rybářem, a přinést zlatý trojzubec, aby doložil svůj nárok na trůn. Morgana mu dá amulet, Oko fénixe, který ho ale oslabí a zabije, bude-li ho nosit příliš dlouho. Když na to Merlin přijde, vyrazí za ním. Staví se pro Gwaina a ochromeného prince zachrání před útočícími okřídlenými draky tím, že amulet zahodí. Artuš se domnívá, že hledání kouzelníka je na něm, ale s králem Rybářem se setkává Merlin, odloučený od ostatních. Král Rybář mu řekne, že tím vyvoleným je on a dává mu láhev vody z jezera Avalon, aby ji použil, až bude Kamelot v úzkých. Cíle je dosaženo, ale i Ginevra zjišťuje, že Morgana je zlá čarodějka, a svěří se Gaiovi.

Když Morganu trápí sny, v nichž se královnou Kamelotu stává Ginevra, Morgause Morganě doporučí, aby Utherovi řekla o Artušově známosti s Gwen. Ví totiž, že ten udělá vše, co je potřeba, aby svému synovi zabránil oženit se se služebnou. Výsledkem je, že Uther vykáže Gwen z království a přiměje Artuše, aby podstoupil vrcholnou oběť a odešel z Kamelotu s ní. Morgana je odhodlána milence zastavit a falešně Gwen obviní ze skandálního zločinu, že prince očarovala. Osud je opět v ohrožení, a tak Merlin musí riskovat vše, aby Gwen zachránil před strašlivou smrtí.

Legendární turnaj na Kamelotu má jen jedno pravidlo: žádná pravidla neplatí. Mýtické město se začíná plnit hrozivými válečníky a mezi nimi je i Gilli. Ač je malé postavy, je připraven bojovat a odhodlán dosáhnout vítězství použitím tajné zbraně: kouzel. Když si Gilli začíná uvědomovat, jak velkou moc má, Merlin je rozpolcen, protože jeho nový přítel svými činy dává v sázku vlastní život a navíc ohrožuje samotné srdce Kamelotu. Dokáže Merlin přivést Gilliho k rozumu dřív, než bude pozdě?

Leon jako jediný, kdo přežil útok Cenredovy armády, je ošetřován druidy, kteří mu navrátil zdraví za pomoci poháru života, o němž se má za to, že těm, kdo se z něj napijí, dá nesmrtelnost. Artuš a Merlin jsou vysláni, aby pohár přinesli, a po hádce s obchodníky s otroky spolu s Gwainem prchají. Najdou druidy, kteří jim pohár dají. Ze zálohy je však přepadnou Cenredovi muži a pohár jim ukradnou. Morgause zabije Cenreda a nádobu použije k tomu, aby převzala jeho armádu a vojákům dala nesmrtelnost. Než se tedy chlapci vrátí na Kamelot, dvůr je obsazen zdánlivě neporazitelnou armádou a Morgana se prohlásí královnou.

Ukáže se, že nová královna Kamelotu je mnohem krutější než Pendragon, který je přinucen dívat se z vězení, jak Morgana popravuje nevinné. Ginevra pomáhá Leonovi uprchnout z vězení a přidat se k jejímu bratru Elyanovi, Gaiovi, Merlinovi, Artušovi a Gwainovi, kteří se ukrývají v lese. Vojáci je pronásledují, ale Lancelot a mladík ohromné síly jménem Percival je zachrání. Merlin se dívá do vody Avalonu v ampulce, kterou mu dal král Rybář, a ta ho vede k meči Excaliburu, který porazí nepřítele. Uprchlíci najdou kulatý stůl, u něhož si dojemně přísahají věrnost, A Artuš pasuje všechny mladé muže na rytíře - ovšem s výjimkou Merlina, i když Lancelot si uvědomuje jeho moc a řekne Merlinovi, že je z nich nejstatečnější. Skupina zaútočí na Kamelot a Gaius prožívá své nejlepší chvíle, protože sestry jsou drtivě poraženy, zejména kvůli tomu, že Merlin používá Excalibur. Pak však meč opět zabodne do skály, aby ho bylo možné použít, když bude znovu potřeba.