Dopo un anno dalla sua sparizione, Morgana fa ritorno a Camelot. Uther annuncia un banchetto per celebrare il lieto evento, anche se Merlin teme che Morgana possa ricordare le circostanze della sua sparizione...La situazione precipita quando Camelot si trova nuovamente in preda della magia nera.

Merlino riesce a ritornare a Camelot e scopre che Morgause e Cenred stanno tramando ai danni di Uther, il quale è incapace di gestire la situazione, costringendo Artù a prendere in mano il comando per proteggere la città.

Merlino scopre una camera segreta e per sbaglio rimette un Goblin in libertà, che ne approfitta per impossessarsi di Gaius, trasformando il saggio dottore nell'ombra di se stesso, avido di soldi, birra e magia.

Merlino e Artù si ritrovano in una rissa in un bar e un uomo misterioso di nome Galvano gli da' una mano a difendersi. Per salvare la vita di Artù rimane gravemente ferito, così il principe decide di portarlo a Camelot per farlo curare da Gaius.

Merlin s'incontra con un vecchio mago, Taliesin, che gli da' la possibilità di vedere uno scorcio del futuro nella caverna di cristallo. Purtroppo quello che voleva essere un dono si trasforma in un dramma quando Merlino vede Morgana uccidere Uther.

Uther organizza un matrimonio combinato per Artù con una principessa in visita, Elena. Merlino però ha delle riserve perchè pensa che la ragazza non è chi dice di essere ed infatti la bella Elena nasconde un oscuro segreto...

Artù è deciso a mostrare il suo valore recuperando il Tridente Dorato del Re Pescatore, da solo. Lontano dalla protezione della cittadella, Morgana approfitta dell'occasione per usare la magia nera e gli dona un bracciale che contiene l'occhio di una fenice, dicendogli che si tratta di un talismano protettivo. In realtà il bracciale magico priva Artù della sua forza vitale lasciandolo in balia dei pericoli del reame del Pescatore. Merlino chiede aiuto a Gwaine per raggiungere il principe prima che sia troppo tardi.

Una vecchia fiamma di Gaius, Alice, arriva a Camelot. Tuttavia il mago si accorge che la donna è sotto l'influenza di Manticore, una creatura di una antica religione e Merlino non ha altra scelta che raccontare tutto a Gaius, che però è accecato dall'amore...

I sogni di Morgana sono tormentati da Ginevra in veste di Regina di Camelot, così Morgause la incoraggia a svelare la relazione tra Artù e Gwen a Uther, ben sapendo che il Re non permetterà a suo figlio di sposare una semplice serva. Ma costringendo i due a mettere fine alla storia il Re non fa che rafforzare il loro sentimento.

Il leggendario torneo di Camelot è alle porte e la città si riempie di guerrieri, tra cui anche Gilli, che nonostante la bassa statura è pronto a buttarsi nella mischia grazie a un'arma segreta: la magia. Ma Gilli non si rende conto dell'entità dei suoi poteri e toccherà a Merlino intervenire per salvare la situazione.

Artù e Merlino s'imbarcano in una missione pericolosa per recuperare la Coppa della Vita, un potente manufatto che dona il potere dell'immortalità. Durante il viaggio finiscono preda di Jarl un commerciante di schiavi senza scrupoli. Riescono a scappare con l'aiuto di un amico accorso in aiuto, ma Morgause riesce a mettere le mani sulla Coppa della Vita.

Morgana, appena incoronata Regina di Camelot inizia un regno di terrore per i poveri cittadini del regno. Con un'armata di immortali al suo comando tutto sembra perduto per Uther. Intanto fuori dalla cittadina, Artù riprende le sue forze e organizza un contrattacco con i suoi fedeli alleati, Gwaine, Lancillotto, Elyan e Percival. Merlino però è consapevole che nemmeno un guerriero esperto come Artù può sconfiggere un nemico immortale senza l'aiuto della magia e cerca di trovare la mitica spada di Excalibur dal fondo del lago Avalon.