Cuando Morgana regresa a Camelot luego de su desaparición ocurrida casi un año antes, Merlín descubre que está aliada con Morgause, y forma parte de un plan para hacer que Uther caiga en la locura con la ayuda de una raíz de mandrágora, y del rey Cenred. Merlín la sigue en el bosque pero no tendrá idea de lo que estará por venir.

Cuando Morgana y Morgause declaran la guerra, el pueblo de Camelot se encuentra detrás de los muros del castillo, mientras que afuera se produce la terrible batalla. Morgana levanta un ejército de muertos, y Merlín intenta derrotarla, tratando de mantener su magia en secreto.

Después de tropezar accidentalmente e encontrar una cámara secreta, Merlín descubre un duende misterioso con un apetito voraz por el oro. Él, sin saberlo lo libera, y el duende toma el control sobre Gaius. El duende hace todo tipo de travesuras en el castillo, y Merlín está desesperado por encontrar una manera de liberar a Gaius, y de atrapar al duende.

Merlín y Arturo se ven superados en número en una pelea de taberna, pero un joven enigmático los ayuda a escapar. El nombre del hombre, es Gwaine, y arriesgo su propia vida para proteger a Arturo, pero durante su acto de valentía es herido de gravedad. El príncipe decide llevarlo de vuelta a Camelot para recuperarse con la ayuda de Gaius. Sin embargo, dos caballeros sin escrúpulos planean asesinar al príncipe.

Arturo es forzado a un matrimonio arreglado con una princesa forastera, y el desconfiado Merlín descubre que ella podría no ser quien dice ser.

Gwen se enfrenta a un terrible dilema cuando la obligan a elegir entre su distanciado hermano y Arturo, sabiendo que uno de ellos morirá a manos de Cenred.

Para demostrarse que es merecedor del trono de Camelot, Arturo se embarca en una búsqueda solitaria para recuperar el Tridente Dorado del Rey Pescador.

Cuando Alice, una médica y viejo amor de Gaius, e incluso estuvieron a punto de casarse hasta que se vio obligada a huir debido a la persecución de la magia por Uther, regresa a Camelot, Gaius está feliz por trabajar con Alice otra vez, pero no sospecha que está siendo controlada por una manticora, un monstruo mítico que le insta a matar al rey, y este no logra ser convencido por Merlín.

Morgaña sueña que Ginebra se convierte en reina de Camelot y, atormentada por estos sueños e incitada por Morgause, decide revelarle a Uther el cortejo de Arturo y Gwen.

Mientras se prepara el afamado torneo de Camelot, la ciudad se llena de guerreros a quienes se les une un joven con un arma secreta que puede ayudarlos: la magia.

Merlín y Arturo son eviados a una peligrosa misión para capturar la Copa de la Vida, un poderoso artefacto mágico que posee el don de la inmortalidad.

La reina Morgana ha tomado el lugar de Uther en el trono, mientras que Uther se encuentra indefenso y encarcelado en las mazmorras del castillo. Gwen y Sir León, logran escapar de Camelot para unirse a Arturo y a sus amigos en el exilio. A pesar de la imposibilidad de hacerle frente a un ejército inmortal, planean un contraataque para rescatar a Uther.