Morgana odešla s Morgause a drak osvobozený Merlinem opakovaně napadá Kamelot a svým ohněm způsobuje ohromné škody. Jen pán draků je schopen draka zkrotit, ale Pendragon tyto muže před léty pronásledoval a naživu zůstal jen jeden – Balinor, který žije v jeskyni jako poustevník. Gaius, který mu pomohl uprchnout z Kamelotu, řekne Merlinovi, že to je Merlinův otec. Když Merlin s Artušem Balinora najdou, Merlin se mu dá poznat, ale Artušovi to neřeknou. Balinor souhlasí, že přijde na Kamelot pomoct, ale nastane další drama, než se Merlin projeví jako syn svého otce a draka porazí.

Morgause pomocí zaklínadla oživí mrtvé rytíře Medhiru a z výpravy, jejímž úkolem bylo rytíře zabít, přežijí jen Merlin s Artušem. Morgause využije Morganu k očarování Kamelotu a uspání všech kromě samotné Morgany. Dvůr se tak nemůže nijak bránit rytířům, kteří přijíždějí s cílem zabít Pendragona. Merlin se od Velkého draka dozví, že kouzlo zruší jedině zabitím Morgany. Využije ji při vyjednávání a přinutí Morgause odvolat plánovaný útok. Poté musí splnit svůj slib a draka propustit.

Mordred přivede za Morganou čaroděje Alvarra a společně ji přesvědčí, aby ze sklepení Kamelotu ukradla kouzelný krystal. Alvarr jí namluví, že jej lze použít na pomoc lidem se zvláštní mocí, jako jsou oni sami, ve skutečnosti však plánuje zničit Kamelot. Merlin a Artuš ho pronásledují, a nakonec jej i s krystalem dopraví zpět ke dvoru. Mordred však uprchne a Morgana, která zavrhla Pendragona, omámí stráže a vysvobodí Alvarra z vězení. Merlin do krystalu nahlédne a vyděsí jej vize plná chaosu, Gaius ho však ujistí, že tato budoucnost je velmi vzdálená.

Vládci z Pěti království se sjeli do Kamelotu na mírovou konferenci, včetně krále Olafa a jeho rozmazlené, zhýčkané dcery Vivian. Mezi přítomnými je i král Alined se svým šaškem, kouzelníkem Tricklerem. Jeho úmysly však nejsou zcela čestné – chce vyvolat konflikt mezi Olafem a Pendragonem a získat tak největší moc pro sebe. Trickler proto na jeho rozkaz očaruje Vivian a Artuše, kteří se do sebe zamilují. To se nelíbí Olafovi, který vyzve Artuše na souboj. Tentokrát však musí kouzlo namísto Merlina zrušit Ginevra.

Merlin zachrání druidskou dívku Freyu ze spárů lovce hlav. Ukryje ji, nosí jí jídlo a plánuje s ní uprchnout k jezeru, kde byla vychována. Dívka však není tou, kterou se na první začervenání zdá, a před Merlinem i Artušem stojí velké rozhodování.(Filmbox)

Když Artuše vyzve na souboj záhadný válečník, nikoho by ani nenapadlo, jaký zničující sled událostí se tím dá do pohybu – a nejméně ze všech samotného mladého prince. Artuš a Merlin se brzy ocitnou na zvláštní výpravě na příkaz krásné Morgause. Jejím prostřednictvím Artuš odhalí temné tajemství, které může přivodit pád celého království.

Uther se rozhodne jednou provždy vyčistit Kamelot ode všech čar a kouzel. Najme si proto Arediana, děsivého lovce čarodějnic obávaného pro svůj nesmlouvavý přístup při odhalování jakýchkoli známek čarodějnictví. Přestože nikdo není přímo podezřelý, několik obyvatel Kamelotu dostane strach, že by je mohl lovec prohlédnout: Morgana se bojí, že by ji Uther mohl poslat na popravu, a Gaius se obává o osud Merlina i svůj vlastní, protože péče o mladého čaroděje se považuje za zločin a zradu. Podaří se všem třem uniknout strašlivému osudu?

Merlin trolici tajně sleduje a ukradne jí lektvar, pomocí kterého se mění v Catrinu. Místo něj jí podstrčí falešný lektvar vyrobený Gaiem. Catrina se poté přede všemi promění zpět v trolici, ale Pendragon, který je stále pod vlivem jejích kouzel, to nevidí. Merlin se dozví, že kouzlo je možné zrušit jedině tak, že Pendragon prolije skutečné slzy. Gaius tedy připraví další lektvar, po jehož požití Artuš vypadá, jako by byl mrtvý. Plán se vydaří a král konečně prohlédne. Artuš trolici i Jonase zabije a poděkuje Merlinovi za jeho pomoc.

Ošklivá stará trolice vypije lektvar, který ji přemění v nádhernou Lady Catrinu, a spolu se sluhou Jonasem přijíždí na Kamelot. Gaius, který znal skutečnou Catrinu, ani Merlin, který viděl pravou totožnost trolice, nedokážou přesvědčit natvrdlého Pendragona o Catrinině pravé povaze, zejména poté, co jej očaruje kouzelným amuletem. Merlin se ji pokusí odhalit pomocí kouzel, ale Catrina vládne příliš velkou mocí. Nakonec se jí podaří vdát se za Pendragona a stát se královnou Kamelotu.

Morganu a Ginevru přepadnou na vyjížďce muži zbojníka Hengista, kteří zabijí jejich stráže. Zatímco Morganě se podaří uniknout, Ginevra upadne do zajetí a únosci za ni požadují výkupné. Nemilosrdný Pendragon jej ale k Morganině nelibosti odmítne zaplatit, a Artuš s Merlinem se proto sami vydávají na její záchranu. Na Hengistův hrad však mezitím již dorazil Lancelot, který se nyní živí jako námezdní šermíř, a s Ginevrou si navzájem vyznají lásku. Pokusí se ji zachránit, ale nakonec je oba i s Ginevrou z hradu vysvobodí Artuš a Merlin – a Merlinova kouzla. Lancelot pochopí, že i Artuš je do Guinevery zamilovaný, a poté, co Merlinovi poví, že ho Ginevra navždy změnila, se vytratí.

Když Morgana ve spánku zapálí svůj pokoj, zjistí, že vládne kouzelnou mocí. Merlin ji i přes nesouhlas Gaia a draka pošle pro radu k druidům. Pendragon se domnívá, že byla unesena, a pohrozí smrtí všem podezřelým čarodějům, pokud se v pořádku nevrátí. Merlin se za ní tedy vydá a najde ji v druidské vesnici. Náčelník Aglain jí sdělil pravdu, ale zároveň jí vysvětlil, že kouzla se dají využít i ke konání dobra. Merlin ji musí dopravit zpět na Kamelot, než je chytí Artuš a pátrací výprava usilující o pomstu.

Artuš zjistí, že jej soupeři v rytířských turnajích nechávají vyhrávat, protože je královským synem. Předstírá tedy, že odchází od dvora, a na kolbiště se vrátí v přestrojení, aby mohl zvítězit pouze vlastními silami. Ubytuje se u Ginevry, od které si vyslechne kritiku své arogance, a dvojice se políbí. Maurský zabiják Myror najatý sousedním králem Odinem, jehož syn vyzval váhajícího Artuše na souboj a prohrál, přijíždí na Kamelot, aby mladého prince zabil. Do rytířského turnaje vstoupí s dřevcem, který má na špici dýku. Merlin však Myrora za pomoci kouzel porazí a zabije. Artuš se díky této zkušenosti naučil jisté pokoře, ale Ginevře poví, že Pendragon by jejich lásce nepřál.

Pod hradem Kamelot se nalezla pokladnice ukrývající zářivý modrý kámen ve více rakve Cornelia Sigana. Sigan byl popraven desítky let předtím za čarodějnictví a před smrtí přísahal pomstu. Chamtivý Cedric se o pokladu doslechne a přichází na Kamelot. Klíče ke sklepení však mají pouze Merlin s Artušem, a proto se vetře do přízně nic netušícího mladého prince, klíče ukradne a pokladnici vyloupí, včetně kamene. Následně do něho vstoupí Siganův duch a Cedric díky své nové magické síle oživí chrliče, které začnou terorizovat město. Merlin získá zvláštní moc od Velkého draka, kterému za to slíbí, že jej jednoho dne propustí. Poté se utká s Cedrikem a opět Kamelot zachrání. Proběhlé události však Pendragona přesvědčí ještě více než kdy předtím, že kouzla slouží pouze zlu.