Cedric, az új szolgáló befurakszik Merlin pozíciójába. Arthur jobb keze lesz és a herceget hűséges barátja ellen fordítja. Merlin meg van róla győződve, hogy az agyafúrt fickó forgat valamit a fejében és igaza van; Cedric szélhámos és tolvaj, aki egy csodás ékkőért sóvárog, melyet nemrégiben ástak ki egy Camelot mélyén lévő síremlékből. Cedric-nek sejtelme sincs arról, hogy az értékes zsákmány annyira veszélyes, hogy azt el se tudná képzelni. Camelot még soha nem volt sebezhetőbb; de hogyan tudná Merlin rendbe hozni a dolgokat, mikor Cedric-nek köszönhetően, Arthur barátságát talán végleg elveszítette? Merlin-nek számolnia kell az eshetőséggel, hogy ahhoz a teremtményhez kell fordulnia, akiben esküje szerint soha többé nem bízhat - a Nagy Sárkányhoz.

Merlin segédkezik Arthurnak, hogy személyazonosságát elrejtve vehessen részt a lovagi tornán. Egyikük sem sejti, hogy egy kegyetlen orgyilkos érkezett Camelot-ba, hogy megölje a herceget. Arthur eltökélte, hogy úgy nyeri meg a lovagi tornát, hogy azt csak saját tehetségének köszönhesse, ezért Merlin és Gwen segítségével álruhát ölt eltitkolva rangját. Megdöbbenti, hogy Gwen szót emel Arthur elkényeztetettsége ellen és kikéri magának leereszkedő modorát. Vajon Arthur ugyanolyan könnyen meg tud szabadulni megrögzött szokásaitól, mint ahogy megvált a hercegi ruházatától? Arthur össze van zavarodva, miközben a fejvadász Myror megérkezik Camelot-ba, hogy gyilkoljon. Vajon Merlin-nek sikerül megmentenie a herceget a világ legveszélyesebb orgyilkosától?

Morgana rémálmai összefolynak azt álmatlanul töltött órákkal és megrémíti a tudat, hogy mágikus hatalma van. Gaius eltökélt szándéka, hogy Morgana-t saját érdekében tudatlanságban kell tartani, de Merlin nem áll mellé és nem nézi tétlenül barátja szenvedését. Pontosan tudja, hogy Morgana min megy keresztül és hogy amire szüksége van, az az igazság. Vajon Merlin végre felfedi a titkát? Szándékosan áthágva Gaius rendelkezését, Merlin mindent kockára tesz, hogy segítsen Morgana-nak, nem sejtve, tetteinek milyen hosszútávú következményei lesznek. Emberi életek kerülnek veszélybe, a hűségnek ki kell állnia az idő próbáját, és Morgana újra találkozik Mordred-del, a druida fiúval, aki a Sárkány jóslata szerint egy nap Arthur gyilkosa lesz.

Gwen-t elraboltatja Hengist, a kegyetlen törvényen kívüli bandita és összetéveszti Morgana-val. Uther megtagadja a váltságdíj kifizetését, így Arthur dacolva apja parancsával, elindul a veszélyekkel teli ellenséges területre, hogy megküzdjön Gwen szabadságáért. Merlin gyanítja, hogy az Arthur által Gwen felé tanúsított odaadás és buzgalom több, mint amit egy herceg mutatna egy alattvaló irányába. De hogyan reagál majd Arthur, mikor rájön, hogy Gwen nincs egyedül Hengist kastélyában? Gwen és Lancelot újból egymásra találnak és a hatalmas érzelmek ismét fellángolnak.

Uther-t meghódítja vendége, a gyönyörű Lady Catrina. Arthurt nem érdekli az apja flörtje, Merlin azonban bizalmatlan - mivel gyanúja szerint Catrina egy troll! Catrina-t és furcsa szolgálóját örömmel fogadja szívébe Camelot. Merlinre vár a feladat, hogy bebizonyítsa, Catrina egy szörny és hogy megmentse Uther-t a veszedelemtől. Sajnos, Catrina a király szívénél is nagyobb dolgot vett célba. Vajon Merlin képes lesz felülkerekedni a hatalmas erejű troll mágián, mielőtt túl késő?

Uther elhatározza, hogy egyszer s mindenkorra kisöpri a mágiát Camelot-ból és ez alkalommal senki sem áll gyanu fölött. Magához rendeli a birodalom legrettegettebb boszorkányüldözőjét, Aredian-t, egy rémisztő embert, akit semmi sem állíthat meg a mágia leleplezésében. Gaius alaposan Merlin fejébe veri, hogy milyen nagy veszélyben van, Morgana-nak nincs szüksége efféle figyelmeztetésre. Meg van róla győzödve, hogy Aredian teljesen átlát majd rajta és máglyán fogják elégetni. Vajon Merlin meg tudja védeni Morgana-t és Gaius-t anélkül, hogy maga is a lángok között végezné?

Mikor egy titokzatos harcos párbajra hívja Arthurt, még senki sem látja előre a mozgásba lendülő viharos események láncolatát - legkevésbé maga az ifjú Arthur herceg. Arthur és Merlin a gyönyörű Morgause kérésének eleget téve hamarosan egy furcsa küldetésen találják magukat. Morgause révén Arthur felfedez egy sötét titkot, mely az egész királyság bukásával fenyeget.

Merlin felfedezi, hogy egy fejvadász csapdába ejtett és ketrecbe zárt egy gyönyörű, druida lányt, Freya-t és tudja, hogy segítenie kell neki megszökni. Gaius figyelmezteti, hogy ne keveredjen bele, de Merlin nem hallgat rá és elrejti Freya-t a Camelot alatti csatornákban. Azonban egy szabadon garázdálkodó bestiával és az elveszett zsákmánya után kutató fejvadásszal Freya holléte nem maradhat sokáig titokban. Merlin újonnan szerzett mély barátsága a végsőkig próbára lesz téve és szívszorító döntések meghozatalára kényszerül, miközben Freya biztonságáért harcol.

Előkelőségek érkeznek váratlanul Camelot-ba béketárgyalásokra, de amit Alied király valójában akar, az a háború. Mindent megtesz, ami a hatalmában áll, hogy ellenségeskedést és viszályt szítson, még a mágia használatától sem riad vissza. Alined udvari bolondja, Jester varázslatot bocsát Arthurra, hogy őrülten beleszeressen a rivális Olaf király szeretett lányába, Vivian-be. Eluralkodik a káosz a palotában és Camelot a háború szélére sodródik. Sikerül Merlin-nek kiszabadítani Arthur szívét, mielőtt a herceg csatában elvesztené a fejét?

A könyörtelen varázsló, Alvarr eltökélt szándéka elpusztítani Camelot-ot és ismét engedélyezni a mágia uralmát. Azonban ahhoz, hogy megküzdjön Uther-rel, Alvarr-nak vissza kell szereznie Neahtid kristályát, mely az Ősi Vallás becses ereklyéje. Kevesen képesek munkára fogni erejét, de Alvarr úgy hiszi, Mordred képes lenne használatával előremozdítani az ügyüket. A kristály Uther páncéltermében van elzárva és már sokan életükkel fizettek azért, mert megpróbálták megszerezni. Alvarr-nak azonban van egy titkos fegyvere - Morgana erős köteléke a druida fiúval. Morgana mindig védelmezte Mordred-et, de vajon elmegy olyan messzire, hogy tolvaj és áruló legyen, hogy segítsen Mordred-nek és a karizmatikus Alvarr-nak? Merlin-t megdöbbenti Morgana döntése és a titokzatos kristály valódi ereje.

Idirshola tüze 300 év elteltével ismét fellángol, ezért Gaius attól tart, hogy egy varázsló felélesztette Medhir szörnyűséges lovagjait. Morgause visszatér és eltökélt szándéka, hogy véget vessen Uther uralmának. Arthur és Merlin kilovagolnak, hogy szembenézzenek a lovagokkal, de alig tudnak elszökni és megmenteni az életüket. Hazatérésükkor Camelot-ban mindenki egyfajta furcsa bűbáj hatása alatt áll - mindenki, kivéve Morgana-t. Vajon ő áll a varázslat mögött, mely fenyegeti a királyságot? Amint Morgause és lovagjai megtámadják a tehetetlen Camelot-ot, Merlin kitartása és hűsége a végsőkig próbára lesz téve.

A Nagy Sárkány végre szabad és telve haraggal és dühvel, igalmatlan intenzitással támadásba lendül Camelot ellen. A kastély kezd darabjaira hullani és Arthur emberei már nem tudnak sokáig kitartani. Egy sárkány megölésére csak egy Sárkány-Lord képes, de Uther már évekkel ezelőtt kiirtotta mindet - vagy mégsem? Gaius bevallja, hogy egy ilyen ember még életben lehet és elrejtőzhetett.

Az utolsó Sárkány-Lord a kulcs Merlin múltjához csakúgy, mint Camelot jövőjéhez, de vajon Arthur és Merlin még időben megtalálja Balinor-t a királyság megmentése érdekében és rá tudják őt venni, hogy térjen vissza Camelot-ba megvédeni az ellenségét, Uther-t?