这是某个夏天发生的事。七濑武在社团教室大楼，看到一位穿着陌生制服的少女相羽六昏倒的一幕。为了照顾失去意识的六，武将她带到了保健室，但六醒来之后，误以为他意图不轨。也许是因为彼此的立场不同，所以二人的对话有点鸡同鸭讲，虽然七濑武尽力想要解开误会，但这时却出现了一个诡异的集团，他们想要将相羽六带走‧‧‧。

因为遇见了魔法少女“六”，武、胡桃、伊田三人也变成了魔法师。为此，七濑武他们也被窜改六的哥哥记忆的集团“亡灵引路人”追杀。为了躲避亡灵引路人，六带着七濑武等人离开现存世界，来到了崩坏世界。那里是不断在崩毁的另一个东京，也是六所就读的学校－－“昴魔法学院”的所在地。

为了学习魔法，七濑武等人学进了昴魔法学院。某一天上课之前，六从英文老师紫罗兰拿到二张占卜券，并且送了一张给胡桃。看来这位号称命中率高达97%的人气占卜师，很擅长占卜恋情。胡桃觉得七濑武自从认识六以后，武似乎有点变了，于是她独自一人前去占卜‧‧‧。

根据系统魔法统一考试的成绩，七濑武等人有机会参加夺回六的哥哥“相羽十”的计划。每种系统魔法考试，分别在考试会场的各处举行。武所接受的回避魔法考试，是要避开各式各样的障碍，抵达目标所在的建筑物。在考试进行当中，武遇到了一个意料之外的人‧‧‧。

七濑武等人在系统魔法考试中取得良好的成绩，所以得以参与夺回相羽十的计划。学院长桃花带他们到一个地方，而鷲津和十已经在那里等待他们了。桃花与鷲津，七濑武等人与十，各自展开了战斗。然而，无论如何都想带十回去的六却‧‧‧。

武每天晚上都做恶梦。某一天，他因为晕眩而走路摇晃，就那样昏倒了。七海说，他是因为过度疲劳与睡眠不足。在保健室休息的期间，武的周围发生了异变。一名少女站在床边，从武的身上吸取魔力。七海发现他身上的异变，告诉他为什么他会做恶梦，那是因为‧‧‧‧‧‧。

时节进入四月，昴魔法学院也因为新生的到来，而非常的热闹。在那当中，也包含了伊田的妹妹二叶。二叶是因为伊田和她之间发生了一点小事，而成为了魔法师。此外，新生里面也包含了武的弟弟月光。虽然武有请他说明为什么会变成魔法师，但月光却说晚点再说，蒙混了过去。而在这当中的某一天，发生了一件令人出乎意料的事‧‧‧‧‧。

亡灵引路人的首头－－龙泉寺和马，他从上一次大战以来，就一直陷入沉睡，但现在却苏醒了。因此，第二次魔法大战也揭开了序幕。而红色的龙“飞龙”突然出现在昴魔法学院，在巨大的声响中，玻璃破裂，到处都响起了尖叫声。在一片混乱之中，出现了穿着红色斗篷的人，学生们一一倒下，到底发生了什么事呢？

胡桃和薄暮都被身为亡灵引路人的月光夺走了，七濑武身负重伤，隶属于卡美洛大祭司联盟的妃衣奈所救。而现在，平安无事的学生们都被聚集到巫师气息的总部，但武在身体完全康复之前，都会待在卡美洛。某一次，武碰巧听到了衣奈和十的对话‧‧‧‧‧‧。

七濑武为了拯救胡桃，继续留在卡美洛训练。而同一时刻，胡桃正在亡灵引路人总部的一间房间里，和月光对峙。胡桃抓住瞬间的机会逃出了那个房间。但月光却像在玩鬼抓人游戏一样，带着薄暮追了出来。逃亡的途中，胡桃遇见了狼神。对胡桃为什么会出现在这里而感到疑问的狼神会怎么做呢？

武结束了他在卡美洛的特训，回到自己家，就看到月光从家里出来。月光的右手和手上拿着的薄暮都溅满了鲜血。以前武藉着薄暮所做的噩梦，在现实中发生了。月光说自己是正常防卫，而对自己的母亲下了手。因为自己重视的亲人受伤，武无法掩饰自己的怒意，终于下定决心要和月光做个了断。