美人コンテストを主催するサンドレイク卿は、そこに集まった美少女たちを誘拐し、ドン・ザウサー率いるサイボーグ族「メガノイド」に改造しようとしていた。そんな卿の前にさっそうと現れる1人の男。その名は破嵐万丈、メガノイドの野望を打ち砕くため戦う噂の男だ！

反重力装置の実験を行うため、エリントン市を占拠したコマンダー・ネロス。それを知った万丈は、レイカと共に反重力装置で浮遊するエリントン市に潜入。そこで逃げ遅れたトッポ少年と出会った万丈たちは、彼からネロスがいるビルの位置を教えてもらい、そこを急襲する。

最新鋭の旅客船や旅客機などを略奪し、コレクションするコマンダー・ベンメル。一方、事件の裏でメガノイドが暗躍していると考えた万丈は、新型旅客機イーグラムを囮にする。しかし潜り込ませたビューティが人質にされ、万丈はダイターンをコレクションされそうになる。

メガノイドの飛行メカ「ガルゴ」によって、地上から消滅した工業都市デリアの調査に乗り出した万丈。そのガルゴの破片から、メガノイドの基地だと思われる建造中の太陽エネルギー研究所を訪れたものの、太陽エネルギーを使った攻撃に苦戦を強いられることに！

メガノイドの人間狩り事件を調査するため、とある村に潜入した万丈とビューティ。すでに人間狩りが行われたようで無人と化していたが、とある家で赤ん坊を発見。2人は、その赤ん坊をあやしながら、村人を救出するためにメガノイドの秘密基地に潜入する。

自然保護を唱えるドクター・アニマッドに招待され、アフリカへやって来た万丈たち一行。ところが、アニマッドは勝手な研究ばかりをするメガボーグ技術者だったのだ！ 彼に捕らわれた万丈とビューティは、ギリシャ神話の半人半馬の怪物ケンタロウスに改造されそうになる。

大量のソルジャーを確保するため、発明したテレポートマシンを使って大都市テルアンジン市を火星にテレポートさせる作戦を実行するコマンダー・ダストン。そのことを知って阻止に乗り出した万丈たちは、設置した装置を巡って攻防戦を繰り広げる。

捕らえたレイカを使って、万丈を地底基地へ誘き寄せるコマンダーのジーラ。一網打尽にすべく、万丈にわざとレイカを助け出せ、ガスが充満する溶岩洞窟へ誘い込む。そんな万丈たちは、ジーラがレイカの幼なじみ「マリーネ」だったことを知り、説得を試みるのだったが…。

万丈の前に突如現れる謎の少女「マリア」を狙って、コマンダー・フランケンがしつこくやって来る。万丈はマリアがメガノイドであるにも関わらず、自分を慕って逃げ出したものと勘違いし、はりきって守ろうとする。しかしマリアが逃げ出した本当の理由は別にあった…!?

アクションスターとなったコマンダー「ウォン・ロー」は、世界最強のクンフー軍団を作って破嵐万丈と対決し、それを映画に撮ることを夢見ていた。するとそこへ万丈が現れ、万丈対メガノイドという枠を超えた世界最高のアクション映画の撮影がスタートする。

戦車コレクターのヘスラー老人に、メガノイドからの護衛を頼まれた万丈。ところが、その彼自身がコマンダーだったのだ。戦車郡を率いたヘスラーに戦いを挑まれた万丈は、ダイタンクで対応するのだったが、ヘスラーは更に強力な超弩級の戦車「ニーベルゲン」を持ち出した。

万丈たちを晩餐に招待したワールド銀行の会長ことコマンダー・ウェナー。かつて彼は、管理していた金塊を火星から逃亡する万丈に強奪され、その責任を問われ永久追放にあっていた。そして名誉を回復するために万丈たちを拷問にかけ、金塊のありかを吐かせようとする。

メガノイドの本拠地である火星へ乗り込むことを決意した万丈からダイターンの操縦訓練を指示されたレイカとビューティ。そんな2人の前にドナウンの作戦によって作り出された3体のメガボーグ・ネロス、ベンメル、ブランドルの立体映像が現れ、苦戦を強いられる。

恐竜を絶滅させた氷河時代を作り出したといわれる原始鳥「ジュラバード」の氷づけが、北極で発見された。万丈は、メガノイドの罠だと知りつつコマンダー・ギルドンの発掘隊に協力するが囚われてしまう。ギルドンの手で蘇生されたジュラバードが、街を人々を氷らせていく。

コマンダー・ゼノイアが発生させた赤い霧により、特殊四次元空間に捕らわれてしまったビューティたちを救出にダイターン3で向かった万丈もまた、特殊四次元空間に飲み込まれてしまう。ゼノイアは捕らえた万丈を洗脳すべく、洗脳液で満たされた池に叩き込むのだった！

若者だけで組織されたメガノイドの特殊部隊「ブルー・ベレー」に襲撃された万丈は、その部隊の隊長ラッドの妹ケリーから「兄を助けてほしい」と頼まれてしまう。そこで、ラッドの人間らしい感情から完全にメガノイド化していないことを感じ、説得を試みる。

超能力などを持った古代「ルーミス帝国」が永き眠りより目覚めた。ところが帝国の将軍「ダムデス」は、メガノイドと結託しその力を渡そうとしていた。帝国に潜入した万丈はそれを阻止すべくダムデスと戦うのだが、戦いを嫌う皇帝「アキラス」が2人を消そうとする！

万丈の亡き父「創造」の助手をしていたミナモトが火星から脱出してきた。SOSを受信した万丈は救助に赴くも、ミナモトを連れ帰るために派遣されたコマンダー・スペシャル1号が用意した檻に閉じ込められてしまう。そこで万丈はミナモトからこれまでの経緯を聞かされる。

宇宙観光船のテスト飛行を依頼された万丈は、仲間たちと共に月へ向う。ところがその月には、巨大なチェーンソーで地球を真っ二つにしようと企むコマンダー・バンチャーが、マシントラブルで不時着していたのだ。その修理部品を調達するために万丈たちの船を拘束してしまう。

自ら作戦を指揮するため、前線にやって来たコロス。罠を張り巡らし、万丈を宇宙空間へ誘い出すと、一緒にいたアシスタントのレイカやビューティを人質にしてしまう。そして万丈に降伏を迫るのだが、人質にした2人は自分を犠牲にしてまでも万丈に戦うことを促すのだった。

キッザ山に入った3000人近い人間が行方不明になるという怪事件が続発。捜査に乗り出す万丈たちだったが、事件の首謀者であるコマンダー・ラディックにレイカたちを人質にされてしまう。だが、万丈はそんな彼女たちの救出を二の次にし、ラディックを倒すことを優先する。

大物映画プロデューサー「カルロス」の依頼で、500人の映画スターを護衛する万丈。宇宙船「ネプチューン号」に乗り込んだものの、映画スター「ジミー・ディーン」が、メガノイドの本性を現し、万丈に戦いを挑むのだったが、その裏にはカルロスの企みがあったのだ。

都市部に近い休火山を噴火させ、街を焼き払うコマンダー・ジェノバ。調査に乗り出す万丈だったが、捕らわれてしまうことに。そしてデスバトル「ジェノンバー」に、ワイヤーロープで宙吊りにされてしまう。それを切断するべく、ギャリソンのライフルが狙う。

遊園地に遊びに来ていたトッポと子分のチッチは、他の子供たちと共にドクターガルに捕まってしまう。そして、秘密基地で栽培している巨大キノコを育てるために必要な細胞エキスを抜き取られることに。このキノコはダイターンをも補食する力を持っていたのだ！

老朽艦でデスバトルを13隻撃破したものの、病死してしまったマゼラン提督。だが彼の頭脳は新造戦艦「マゼラン」に移植されたのだ。しかも自我に目覚めたマゼランは、テスト航海に参加していた万丈たちを拘束し、密かに呼び寄せたコマンダー・カトロフをも取り込もうとする。

人間をソルジャーに改造しなくても、自由に操れる装置を開発したコマンダー・ミレーヌ。秘密基地で脳波コントロールを受け、働かされる人々の中に、ビューティやトッポ、レイカの姿があった。万丈は、この基地に潜入してコントロール装置を破壊しようとするのだったが…。

人間牧場を建設するための土地を、空中要塞「スカイ・ウォーター」を使って整地していたコマンダー・エドウィン。そこへ現れた万丈を、ダイファイターごと収容してしまう。そして捕らえた万丈を人間花火にして処刑しようと、大砲で撃ち出そうとする。

コマンダー・ベルトリーの放ったメカ羽アリの大群に侵入され、内部機構を食い荒らされてしまったダイターン3。行動不能に陥ってしまうダイターン3だったが、万丈はとっておきの秘策として、右腕にレイカ、左腕にビューティ、脚にトッポを乗せ、各部を手動で操作させる。

メガノイドのメカ・フカに襲われたフィギュアスケーターのアイサーを救った万丈だったが、実はそれは万丈を抹殺するための罠だった。アイサーには双子の姉「リサー」がおり、共にコマンダーだったのだ。しかしアイサーは万丈を殺すことができず、逆に愛してしまうことに。

次々と豪華客船を襲撃して女性客ばかりをさらいソルジャーに改造するコマンダー・マゾニー。そのマゾニーの前線基地へ女装をして潜入した万丈は、彼女から一騎討ちを挑まれることに。そこへ復讐鬼と化したソルジャーに改造途中のルシアンが、マゾニーに特攻を敢行する。

「世界一の美人」を自負するコマンダー・Z。ところが、彼女の愛用するコンピューター鏡が選んだ世界一の美人は、なんと女優の「アクター蘭」だった。嫉妬にかられたZは、蘭の暗殺に乗り出すが、偶然にもその彼女のボディーガードを万丈がしていたのだ。

月の衛星軌道上に展開する球体デスバトル「デススター」。コマンダー・トーレスは、ここから地上の万丈邸を「2800mm砲」で砲撃しようと企んでいたのだ。そこで万丈邸の位置を探し出すため部下の「タップ」たちを派遣。万丈たちとタップたちによる攻防戦が勃発する。

古代アンカ帝国最後の黄金都市「エンドラド」に宿る「オリハルコン」の力を手に入れるべく、調査に赴くコマンダー・ドイル。デスバトルの反応から万丈たちもエンドラドへ急行する。神殿の内部へ足を踏み入れ、立ちふさがる石壁や骸骨兵を排除しつつドイルの下に乗り込むが…。

メガノイドとの決戦に備え、レイカとビューティはマサアロケットの慣熟飛行の訓練、トッポはダイターンの操縦訓練を行っていた。ところがダイタンクを巨大戦車「ニーベルゲン」が襲撃する。ニーベルゲンでトッポを襲ったのは、物量作戦で万丈を倒そうとするコマンダー・アントンだった。

3流コマンダーのプロイド、タイマー、ヤルキーの3人に、古城に拉致された万丈。そこで彼は、戦闘意欲を削ごうとする3人の心理作戦を受けることに。だが、触れられたくない家族との思い出に触れられてしまった万丈は、逆上し3人に怒りをぶつけるのだった。

万丈の幼なじみ「木戸川」は、何をするにも万丈の2番目に甘んじていた。それを超えたがために、なんとコマンダーになってしまったのだ。そして木戸川はレイカたちを人質にし、万丈と1対1の勝負を挑む。だが、その裏で部下のドグマンが暗躍することに！

宇宙の渡り鳥「青い鳥」が、太陽系に飛来してきた。核融合反応の塊であるこの鳥を、メガノイドは全銀河を支配するための道具に、一方の万丈たちは地球のエネルギー不足を補うために、それぞれ捕獲に乗り出す。そしてこの青い鳥捕獲のために、一時的に手を組むのだが…。

ビューティ観光が所有する月観光船「ラビット号」が、コマンダー・ネンドルに奪われてしまった。ビューティの父親から相談され、ラビット号奪還に乗り出す万丈だったが、一緒に行動していたビューティをネンドルに人質にされ、更にはダイターン3をも奪われてしまう。

火星に巨大な推進装置を取りつけ、地球を目指して移動を開始したメガノイド。それを阻止すべく5機のマサアロケットで出撃した万丈たちは、コマンダー・ダルシア率いるドアンの一団と戦闘を繰り広げる。そして火星に到達した万丈は、ドン・ザウサーと雌雄を決することに！