Uno strano concorso di bellezza viene istituito da un altrettanto misterioso personaggio: sia Haran Banjo, eroe della serie (che fa partecipare alla gara sotto copertura la propria assistente Beauty), sia gli agenti della polizia internazionale Reika e Toda, indagano.

Tutta l'organizzazione si rivela essere alla fine un modo occulto per trasmutare in orribili mostri meganoidi cyborg le meravigliose ragazze.

Toccherà a Banjo cercare di salvar la situazione grazie al suo potentissimo robot Daitarn 3.

Il Comandante Nero riesce a mettere a punto una speciale macchina anti gravità e decide di collaudarla sulla città di Hellinton.

Ma Banjo interviene prontamente per sconfiggere il comandante meganoide e ricollocare la città al suo posto.

Da qualche tempo navi, aerei ed altri mezzi di trasporto svaniscono senza lasciare nessuna traccia.

Per capire la causa di queste misteriose sparizioni Banjo infiltra Beauty fra l'equipaggio dell'Engram, un moderno aereo di linea.

Ben presto il mistero viene svelato: il comandante Benmer ha la singolare passione di collezionare i mezzi di trasporto dopo averli ridotti di dimensione ed il Daitarn 3 costituirebbe il pezzo più prezioso della collezione...

I Meganoidi catturano e trasformano in cyborg il direttore dell'Istituto di energia solare, padre di un amico di Toppy.

Sottomesso alla volontà meganoide, lo scienziato tenterà di distruggere il Daitarn 3 usando proprio l'arma principale del suo avversario: l'energia solare.

Il Comandante Brandol cattura tutti gli abitanti di un villaggio per trasformarli in meganoidi (viene svelato il procedimento attraverso il quale gli esseri umani vengono mutati in soldati robot...).

Banjo e Beauty vanno in soccorso delle sfortunate vittime; Beauty e Banjo trovano nel villaggio un piccolo bambino che decidono di portare con loro, facendo ingelosire terribilmente Reika.

Banjo e i suoi amici ricevono l'invito da parte del dottor Anymad di recarsi nella sua residenza, l'istituto di ricerca nel bel mezzo della giungla africana. Ben presto s'accorgono però d'esser costantemente spiati da piccoli animali ed insetti meccanici, mentre di Anymad non vi è alcuna traccia.

L'uomo segue in verità le direttive dei Meganoidi - è difatti un loro tecnico - e riesce a far rapire Beauty e Toppy i quali vengono a correre il grave rischio d'esser tramutati in cyborg.

Banjo corre in loro soccorso e lo scienziato pazzo si mette in testa di volerlo trasformare in un centauro mitologico...

Toppy rimane solo nella villa di Banjo e decide quindi di scendere nei sotterranei per visitare indisturbato la cabina di comando del Daitarn 3. All'improvviso però attiva involontariamente l'accensione ed il Daitarn3 si sgancia dai supporti e decolla.

Viene svelato un grosso dubbio: dove viene custodito il Daitarn 3?

La risposta è semplice: vicino alla villa di Banjo, sotto il livello del mare, all'interno del missile con il quale Banjo è riuscito a fuggire da Marte.

Reika viene attirata in una trappola attraverso una telefonata fattale da un vecchio amico d'infanzia, Tony.

Imprigionata dalle meganoidi del comandante Yara, deve attendere l'arrivo di Banjo e degli altri per essere liberata.

Yara era una volta una ragazza umana - soprannominata "Marina lentiggini" - amica di gioventù sia di Reika che di Tony, di cui era innamorata; il ragazzo però l'aveva rifiutata e per la delusione sentimentale, la giovane aveva accettato di diventare meganoide.

Nelle profondità sotterranee della base nemica, all'interno di una grotta in cui scorre lava, il Daitarn 3 deve affrontare quella che una volta era soltanto una timida giovinetta affezionata al proprio cagnolino e che ora è divenuta nemica acerrima della razza umana: tutto ciò a causa del risentimento e della rabbia originate dai propri sentimenti frustrati.

Una ragazza meganoide, ma molto carina e gentile, di nome Maria scappa dalla base di addestramento e cerca la protezione di Haran Banjo; sulle sue tracce viene sguinzagliato nientemeno che il comandante disciplinare, Franken (un tipo molto simile nella fisionomia al mostro di Frankenstein).

Banjo, che ricorda d'aver incontrato già in precedenza la giovane, credendo che questa sia follemente innamorata di lui, la prende sotto la propria protezione.

In realtà però Maria è scappata in quanto è proibito tra i meganoidi provare sentimenti amorosi; lei difatti tiene gelosamente segreta la propria passione proprio nei confronti di Franken.

Questi, all'apparenza così duro e spietato, ha scelto di abbandonare la propria umanità perché rifiutato da tutte le giovani donne a causa del suo aspetto poco affascinante.

Mentre Banjo è occupato a contrastare la macchina della morte, Maria si confessa finalmente a Franken e tutti e due partono infine assieme su una nave da crociera.

Il famoso regista ed attore Wong Law, esperto in film d'arti marziali, è in realtà un capitano dei meganoidi il cui sogno nel cassetto è quello di riuscire a sconfiggere il Daitarn 3 in combattimento sul set di uno dei suoi film.

Appoggiato dai suoi soldati esperti di kung fu ed arti cinematografiche, usando Beauty come esca, attira Banjo davanti alle telecamere e lo sfida a duello.

Hassler è un appassionato collezionista di carri armati, nonché un fedele seguace di Adolf Hitler: ibernatosi verso la fine della seconda guerra mondiale si è risvegliato solamente dopo quasi un secolo a conflitto oramai concluso.

Siccome sembra che i meganoidi stiano cercando di distruggere tutti i carri armati presenti nei musei del pianeta, chiede soccorso ad Haran Banjo e gli chiede di proteggere la sua preziosissima collezione.

Lo stesso Hassler è però un alleato dei meganoidi ed attirato Banjo all'interno del suo museo personale lo attacca con un gigantesco cingolato, il "Nibelgen", punta di diamante della propria collezione composta da più di 500 pezzi, tra cui i modelli Mk IV Churchill e TB4.

Wenner, anziano presidente di un'importantissima banca, fa chiamare Banjo e gli ordina di restituire i lingotti d'oro che questi ha trafugato dai forzieri meganoidi prima della sua fuga dal pianeta Marte (pianeta): per questo egli è stato esiliato a vita ed ora, prima di morire, vuole tentare di riscattarsi recuperando la fiducia di Don Zaucker.

È stata la madre di Banjo a consegnare il tesoro al figlio adolescente intimandogli di portarsi in salvo sulla Terra a bordo del Daitarn 3.

Reika chiede di poter imparare a pilotare il Daitarn e Beauty le corre dietro.

Nel frattempo Donoval, appartenente al corpo delle guardie reali di Don Zaucker e gran appassionato di antichità, ha messo a punto un perfido piano per intrappolare il Daitarn 3 all'interno d'un campo magnetico che emana onde illusorie; gli fa apparire davanti alcune immagini olografiche dei megaborg affrontati nei precedenti combattimenti facendoli sembrare reali.

Suo intanto è quello di svuotarlo di tutte le energie per poi dargli il colpo di grazia; a combattere contro gli avversari illusori sono però Reika e Beauty, sedute nella cabina di comando del Daitarn 3.

Intanto Banjo, con l'assistenza di Toppy, riesce ad intrufolarsi nell'astronave del capo meganoide.

Alla fine, per le ripetute insolenze dimostrate nei confronti di Don Zaucker, Donoval, ad un passo dalla vittoria, viene condannato a morte da Koros.

Viene chiesto a Banjo, da quella che sembra a prima vista una spedizione scientifica, di aiutare col Daitarn ad estrarre dai ghiacci del Polo Nord alcuni rarissimi esemplari di Jura Bird (l'uccello primitivo, del tutto simile al dinosauro volante Pterodattilo); questi sarebbero i responsabili dell'estinzione preistorica dei Dinosauri.

Difatti dal loro becco esce un soffio congelante che iberna ogni cosa gli si venga a trovar davanti.

Il capo della missione scientifica è il dottor Gyldon: questi, in realtà un comandante meganoide, riesce ad intrappolare Banjo e ad impossessarsi del Daitarn 3.

Mentre Reika e Beauty - allertate da Garrison - volano immediatamente in aiuto di Banjo, un enorme Jura Bird risvegliatosi dall'ibernazione incomincia a congelare gli abitanti della più vicina città.

Beauty, Reika e Toppy in vacanza al mare vengono risucchiati in uno strano vortice costituito da una nebbia rossa: Banjo a bordo del Daitarn 3 accorre in loro soccorso.

Si ritrova così all'interno d'uno spazio quadri-dimensionale alternativo a quello reale comune, creato dalla comandante meganoide Zenoya; Banjo riesce ad introdursi nel suo castello ma viene presto fatto prigioniero e scopre che la donna prova un forte sentimento d'invidia nei confronti di Koros, di cui vorrebbe prendere il posto al fianco di Don Zaucker come collaboratrice.

Zenoya ambisce a sostituirla e per mettersi in luce davanti al capo supremo, vuole catturare il Daitarn 3.

Liberatosi, Banjo riesce a portar in salvo gli amici e, con l'aiuto del "Garrison Missile", viene aperto un varco spaziale attraverso cui poter fuggire e combattere all'aperto il megaborg...

I Berretti Blu sono aspiranti meganoidi; un gruppo di questi giovani, comandato da Rad, un ragazzo con rapporti costantemente tesi e difficili con la famiglia d'origine, attacca per la strada Banjo e Beauty a colpi di mitragliatrice...

L'ufficiale meganoide che sovrintende al loro addestramento ha promesso di farli diventare invincibili come lui, se solo fossero riusciti a sbarazzarsi una volta per tutte di Banjo. Insieme a tre dei suoi compagni, Rad, utilizzando uno speciale apparecchio da polso, riesce a tramutarsi provvisoriamente in un megaborg dalle sembianze di mummia: il combattimento contro il Daitarn 3 si conclude molto presto e Rad s'accorge che Kelly, la sua sorellina, si trova in grave pericolo proprio a causa dei meganoidi...

Si narra che molto tempo fa Atlantis si trovasse nell'Oceano Atlantico e Mur nell'Oceano Pacifico; inoltre, l'antica leggenda racconta che i due imperi scomparvero in mare in una sola notte.

Ma nessuno sa che in quella notte ci fu anche un'altra terribile catastrofe che sconvolse un terzo impero...

Banjo riceve un messaggio di SOS dal professor Minamoto, vecchio amico di famiglia ed ex assistente del padre, oltre che creatore di una nuova generazione di meganoidi da lui stesso progettati; è riuscito a fuggire a bordo di una navetta e fare un atterraggio di fortuna sulla Terra.

Ed è proprio il prototipo a cui lui ha donato vita (definito "Special Primo") che gli dà la caccia, avendo ricevuto l'ordine imperativo di Don Zaucker di catturarlo vivo.

Sarà necessaria tutta l'astuzia e presenza di spirito di Banjo per riuscir a districarsi dalla difficile situazione venutasi a creare: di fronte allo scontro cruento però Minamoto non regge e, affidato al giovane sul Daitarn 3 il compito di salvaguardare la libertà della Terra, si dirige - per non cadere nelle grinfie dei meganoidi - in un luogo sconosciuto...

Il pasticcione e bistrattato comandante Buncher riesce finalmente a mettere a punto un piano grandioso, quello cioè di tagliare la Terra in due utilizzando una lunghissima serie di affilatissime lame unite a catena: per colpa di un guasto ai motori però, rimane bloccato sulla Luna, insieme ai suoi due affezionati soldati .

Qui li trovano Banjo e compagni, giunti sulla navicella spaziale turistica appena fatta collaudare dal padre di Beauty; dopo esser stato inseguito per un buon tratto dalle lame rotanti Banjo riesce a liberare il Daitarn 3 rimasto attaccato al gigantesco magnete approntato dai meganoidi, ma per far questo deve uccidere i due soldati di Buncher: distrutto dal dolore per averli perduti, questi, trasformatosi in megaborg e ancora con le lacrime gli occhi, affronta il Daitarn 3.

Dopo averlo sconfitto, Banjo, con un gesto d'umana pietà, li seppellisce l'uno accanto all'altro.

La stessa Koros assume il comando della nuova missione: dopo aver preso in ostaggio Beauty e Reika trascina Banjo in una dimensione spaziale alternativa ed ingiungendo di consegnarsi spontaneamente se non vuol veder morire davanti ai propri stessi occhi le due collaboratrici.

Intanto Garrison si trova costretto a mandar anche Toppy in soccorso all'interno del varco iper-dimensionale.

Qui la squadra di Banjo al completo, con le sole proprie forze, ma piena di coraggio, dovrà vedersela con Koros - in un duello corpo a corpo - e la sua terribile nave spaziale chiamata "Vedova Nera".

Il comandante ha una spasmodica passione nei confronti della musica; con le melodie deliziose che riesce a creare, attrae migliaia di persone nel castello sulla vetta del monte Giza ove si trova.

Estremamente narcisista ha il coraggio perfino d'inviare le proprie composizioni, accompagnate da enormi mazzi di fiori, a Koros.

Anche Reika, Beauty e Toppy rimangono intrappolati nelle sue malìe e catturati.

Banjo, armato di tappi per le orecchie, si trova ad affrontare il virtuosismo di Radyk nel suonare l'organo a canne prima, e poi le armi-cembalo del suo megaborg...

Il comandante Jenny è convinta che il fuoco possieda quella forza purificatrice che libererà la Terra da ogni orrore, per questo si impegna a riattivare i vulcani spenti usando la tecnologia meganoide.

Al luna park accadono strani fenomeni. Molti bambini spariscono nelle gallerie delle montagne russe e la polizia non riesce a spiegarsi come questo possa succedere. Anche Banjo non riesce a capire come mai i meganoidi rapiscano tanti bambini...

L'ultima creazione della marina militare è il Magellano, una nave ammiraglia capace di affrontare ed abbattere i robot meganoidi senza alcuna difficoltà, poiché custodisce al suo interno il cervello del capitano Magellano.

Alla sua inaugurazione la marina giapponese, orgogliosa, invita il famoso Haran Banjo, ma chi ha invitato il comandante meganoide Katrof?

Il comandante Milena vuole togliere agli esseri umani la loro volontà controllandoli tramite l'ipnosi.

Riuscirà la determinazione di Banjo a salvarlo anche da questa situazione?

Edwin, il nuovo comandante meganoide è un vecchio mago dal quale Banjo, da bambino, ha imparato molti giochi di magia.

Il folle illusionista ha pensato di sfruttare le sue capacità per fare della morte di Banjo un grande show da dedicare a Koros.

Ha forse dimenticato di essere stato il beniamino di quel ragazzo molti anni prima?

Per riuscire a distruggere il Daitarn 3, i meganoidi pensano a delle truppe di insetti meccanici che riducono in polvere, corrodendola, ogni tipo di materia.

Sarà facile impedire a Banjo di controllare il Daitarn 3 dopo aver distrutto i meccanismi di comando.

Forse il comandante Bartly ha trovato il modo per eliminare il più potente avversario dei meganoidi?

L'amore talvolta gioca strani scherzi.

Un corpo meccanico, una sorella meganoide, una missione da compiere ad ogni costo: uccidere Haran Banjo!

Ma il cuore comincia a battere per il nemico e non c'è destino, non c'è dovere, non c'è guerra che riesca ad imprigionarlo...

Banjo e Toppy perlustrano una zona nella quale sembra essere nascosta la macchina della morte.

Improvvisamente vengono attaccati da un gruppo di amazzoni armate di giavellotti e decise a ucciderli.

Cosa nasconde l'irruento comandante meganoide? Perché combatte con tanta rabbia contro Banjo?

Zeta è voluta diventare una meganoide per poter mantenere in eterno la sua bellezza.

Ma un giorno il suo specchio-robot le rivela che un'attrice di nome Rem è la più bella donna che esista.

Pazza di rabbia, si mette subito alla ricerca della sua rivale per trasformarla in una bambola da museo, ma Banjo, non indifferente alla bellezza dell'attrice, la proteggerà a tutti i costi.

I meganoidi concludono che l'unico modo per sconfiggere Banjo sia quello di scoprire dove si trovi la sua base segreta.

Per poterla distruggere è necessario piazzare una bandiera che indichi ad un potente missile il bersaglio da colpire.

Ma riuscire nell'intento non risulta un'impresa facile...

Il tesoro segreto del grande e potente guardiano Orialcon è protetto dall'impenetrabile giungla.

Koros, non potendolo possedere, vuole distruggerlo ad ogni costo, ma il Comandante Doil, che conosce la giungla molto bene, è convinta di poterlo conquistare.

Ogni comandante meganoide ha seguito le proprie passioni per distruggere il Daitarn 3 ed in questo modo non ha sfruttato a pieno tutte le possibilità dei mezzi bellici meganoidi.

Così il Comandante Anton ha pensato di riunire in un'unica battaglia molti dei megaborgs utilizzati in passato...

Il Comandante Yuri, nuovo capo della commissione di disciplina meganoide, è inviato sulla Terra per ritrovare e riportare su Marte Maria e Franken, i due meganoidi che, innamoratisi, erano fuggiti insieme.

Per evitare nuovi scandali Koros decide di farlo seguire da Sumiko, che nutre antipatia verso di lui.

Ma l'amore trionferà anche questa volta...

Il Comandante Freud è convinto che per conquistare la Terra non sia necessario distruggere il Daitarn 3, ma piuttosto il suo pilota, Haran Banjo, facendogli rivivere il passato doloroso vissuto su Marte, il suo rancore per il padre, la morte della madre e la seguente fuga sulla Terra.

Ma la tortura psicologica a cui lo sottoporrà non farà altro che scatenare ancora di più la rabbia che Banjo nutre nei confronti dei meganoidi.

Kidogawa è diventato meganoide solo per poter sfidare apertamente e battere il grande Banjo del quale è sempre stato invidioso, fin dai tempi della scuola.

Una leggenda narra che lo spazio è attraversato da un grande uccello migratore che brilla come una stella ed ha il potere di donare la felicità.

In molti hanno tentato di arrestare il suo volo, ma la felicità è un dono e mai nessuno è stato capace di imprigionarla...

Il Comandante Nendor decide di rapire il Rabbit, la prima nave spaziale da turismo della Beauty Company, per spingere Banjo e la sua squadra in un'azione di recupero e quindi attaccarlo...

La fine di Don Zauker e Koros è vicina.

Banjo decide che è il momento di tornare su Marte per sferrare l'attacco finale ai meganoidi...

Vinti i nemici, Banjo s'interroga su quanto sia accaduto e se tutto questo abbia avuto senso e avrebbe potuto essere evitato...

La guerra con i meganoidi è finita; Reika, Beauty, Toppy salutano Banjo e lasciano la villa, tornando alle loro vite.

Garrison è l'ultimo ad uscire, chiudendo il cancello principale...

Nella villa resta solo una finestra illuminata, dove probabilmente c'è Banjo, ancora assorto nei suoi pensieri...