Król Julian z Maurice'em i Panchem ucieka łodzią podwodną z Madagaskaru, którym rządzi Koto. Tan każe poddanym ciężko pracować, a Morta mianuje swoim błaznem. Jagódka (nieznajdująca się królestwie) wraz z Szawłem próbuje znaleźć sposób na obalenie tyranii nowego władcy. Rozpoczyna więc podróż, by spotkać się z Guru (nauczycielem Szawła). Tymczasem na pokładzie łodzi Juliana znika jedzenie i zaczynają pojawiać się dziwne hałasy. Wydaje się, że nasi bohaterowie nie są tam sami.

Król Julian z Maurice'em, Tedem i Panchem dopływają na tajemniczą wyspę. Mieszkają na niej lemurki. Kusząco śpiewają i usługują bohaterom. Julian chce tu zostać, lecz dla Marice'a wszystko wydaje się zbyt piękne. Wkrótce lemur odkrywa okrutną prawdę o całej wyspie. Tymczasem Rob McTodd próbuje zorganizować ruch oporu w królestwie. Mort jako błazen ma za zadanie dowiedzieć się, co knuje Koto. Jagódka i Szaweł nie chcąc tracić czasu na podróż, próbują dolecieć do celu na orle. Jednak Szaweł pokłócił się ze swoim, dlatego postanawiają porwać pisklę i wyhodować własne zwierzę.

Julian, Maurice i Pancho zostają porwani przez Malwinę i lemurki. Mają być oni zjedzeni prze Mackostwora. Jedynym ratunkiem wydaje się być Ted, który z pomocą nieznanego nikomu Żmija. Mort dowiaduje się, że Koto po ukończeniu budowy pomnika chce zabić lemury. Postanawia, więc wybudować tunel do wolności. Przyłapuje go jeden z lemurów górskich. Aby przeżyć Mort wyjawia Zorze miłość. Jagódka i Szaweł docierają do Guru z góry. Ten jednak zdaje się być idiotyczną rybą plującą błotem. Okazuje się, że jednak tylko test na cierpliwość Jagódki, który lemurzyca oblała.

Julian, Maurice, Pancho i Ted spokojnie płyną łodzią podwodną. Nagle tracą nad nią kontrolę i zostają atakowani przez rekiny. okazuje się jednak, że ci nie muszą być ich wrogami. Mort zostaje schwytany podczas kradzieży sprzętu do ucieczki. Aby uniknąć kary wmawia Kotowi, że wystawia przedstawienie. Sztuka ma jednak być tylko zasłoną dymną przed ucieczką wszystkich mieszkańców. Jagódka i Szaweł dostają kolejne lekcje od Guru z góry. Ten chce wpoić lemurce jak wile szkód powoduje gniew.

Julian, Maurice, Ted i Pancho zapoznali się z rekinami. Ich przywódca, Lord Kin, został porwany przez delfiny. Lemury z pomocą Mackostwora próbują go uwolnić. Koto błyskawicznie wytropił zbiegłe lemury przez zdradę Ambasadora. Koto zamierza poślubić jego córkę – Anię. Mortowi udaje się uciec z więzienia, mimo iż wiele postaci (np. Żiżi) próbowało go przyłapać pod przekupstwem Kota. Jagódka i Szaweł kontynuują poszukiwania broni, która pozwoli mu wygrać walkę.

Julian, Maurice, Pancho i Ted zapoznają się astronautami - małpami, wśród których jest ich stary znajomy – Stanisław. Król chce stworzyć armię, jednak małpy próbują odlecieć na świeżo zbudowanym sterowcu. Nasi bohaterowie spróbują przekonać ich do wspólnego lotu na Madagaskar. Mort odnajduje Tima. Kretojeż jest jednak uwięziony w swoim domu przez nadopiekuńczą Robomamę. Lemur próbuje dostać się do środka. Jagódka i Szaweł dołączają do sekty stworzonej przez Freda. Lemurka odnajduje tu spokój, natomiast Szawłowi coś nie pasuje.

Cezary i Stanisław zaczynają podejrzewać, że to Julian, Maurice, Pancho i Ted zniszczyli pierwszy sterowiec. Małpy dowiadują się tego i lemury muszą znaleźć sposób na ucieczkę. Mortowi poprzez fale radiowe udaje się na moment połączyć ze sterowcem i porozmawiać z królem Julianem. Jednak przerywa mu Robomama. Mort i Timo muszą ją przeprogramować, aby nie była tak nadopiekuńcza. Jagódka i Pam przewodniczą sekcie. Fred i Szaweł mają zostać straceni. Interweniować musi Guru z góry, aby przywrócić Jagódkę na dobrą drogę.

Julian, Maurice i Ted żeglują, trafiają na sztorm i zostają wyrzuceni na brzeg. Tam Marianna szkoli fossy, które mają wystąpić na ślubie Kota i Ani. Julian postanawia przebrać się za fossę, aby dostać się na ślub. Pancho przez przypadek pozostaje na sterowcu razem z małpami. Mort, Timo i Robomama odwiedzają Hansa. Proszą go, by ten pomógł stworzyć armię, która pokona Kota. Okazuje się, że ma on jednak rodzinę żywych trupów. Guru z góry zamienia ciałami Jagódkę i Szawła. Chce w ten sposób znaleźć spokój w Jagódce i gniew u Szawła.

Pojawia się Karol i oznajmia, że to on stoi za przejęciem władzy przez Kota. Jednak teraz chce rządów Juliana, więc proponuje mu i Królowi Wujowi współpracę. Król Julian nie ma na nic ochoty po rzekomej śmierci Maurice'a. Ubolewając wstępuje na minę i ląduje w krainie zmarłych – Frankillii. Odbywa się proces sądowy pod arbitrażem Antek. Przeciwnikami są postacie, które zginęły przez Juliana. Jeśli lemur wygra wróci na ziemię. Maurice jednak nie ginie, lecz trafia do krainy dzwonków. Okazują się być to ślimaki w przebraniu, które muszą ukrywać się przed Francuzami, którzy je jedzą. Maurice ma być ich wybawcą. Jednak ten chce odnaleźć Juliana, ale nie może wytrzymać bólu ślimaków. Mort musi pokonać Mortisa-chana, by przejąć jego armię.

Julian współpracuje z Karolem i Królem Wujem, by pokonać Kota. Porywają Anię i zastawiają zasadzkę. Ostatecznie nic nie wychodzi. Ania ucieka. Koto przewiduje zasadzkę i zabiera ze sobą zakładnika, czyli więzioną Jagódkę, która wcześniej próbowała uciec zza krat z Szawłem. Na koniec Julian ma szansę strzelić do Kota. Jednak chybia i wszyscy zostają pojmani. Mortowi udaje się pokonać Mortisa-chana i przejąć jego armię. Jednak wraz z Timem i Robomamą utknęli w innym wymiarze. Potrzebują Morta-bystrzaka. Aby go odnaleźć, Mort odbywa podróż w głąb swojego umysłu. Tam poluje na niego babcia i inne wersje Mortów.

dbywa się ceremonia ślubna Kota i Ani. Julian ma zostać stracony. Uwięziona Jagódka uwalnia jednak swoją duszę i, wykorzystując rady Guru z góry, łączy się z Szawłem. Uwalniają Juliana. Koto mobilizuje swoją armię przeciwko lemurom. Król wydaje się być bezradny. Nagle zjawia się Mort ze swoją armią Mortów. Po chwili przylatuje Pancho z małpami i delfinami. Na koniec pojawia się Maurice z armią ślimaków. Następuje wielka wojna. Mimo mniejszości Koto nie składa broni i próbuje zabić Juliana.

Trwa wojna. Armia Juliana przegrywa i ucieka. Wszyscy są rozbici. Koto ma zaatakować o świcie. Nagle zaczynają sobie zdawać sprawę, że mają znaczną przewagę liczebną nad lemurami górskimi. Potrzebny im jedynie przywódca. Nagle wszyscy kłaniają się przed Julianem, czyniąc go wodzem. Następnego dnia to armia prawdziwego króla wygrywa i zmusza Kota do ucieczki. Ten jednak powraca w pojedynkę. Toczy się walka z Szawłem na orłach. Koto przegrywa. Szaweł chce go zabić, ale powstrzymuje go Jagódka, która odnalazła wewnętrzny spokój. Na koniec Koto próbuje jeszcze coś zdziałać, ale przygniata go jego własny posąg, który niechcący trącił Julian. Po śmierci zostaje urządzona wielka impreza i życie na Madagaskarze wraca do normy.