يعيد "جوليان" و"موريس" و"بانشو" حشد صفوفهم على متن غواصة ويفكرون في خطوتهم التالية، بينما يخطط "مورت" الأسير لإسقاط الملك المستبد الجديد.

تأمل "كلوفر" أن يساعد مُعلّم "ساج" في إسقاط "كوتو" الذي جعل "مورت" مهرجًا له. ويلتقي "جوليان" وطاقمه بقبيلة من إناث الليمور المغنيات.

يقود "مورت" محاولة إسقاط "كوتو". ويخاطر "جوليان" و"موريس" و"بانشو" بأن يكونوا طعامًا لوحش مجسّ مخيف. ويُخيِّب معلّم "ساج" توقعات "كلوفر".

مع عودة "جوليان" وشركائه إلى "مدغشقر"، تواجه غواصتهم مشكلة. ويجهز "مورت" مسرحية لـ"كوتو" بهدف التمويه والتغطية على هروب الأسرى.

يتعاون "جوليان" والأولاد مع أسماك القرش ويحاولون تشكيل جيش. وتقود خريطة "جارش جارش" "كلوفر" و"ساج" لخطر داهم، بينما تتعثر خطة هروب "مورت".

قد تكون مجموعة من القردة الفضائيين الروس الساخطين أفضل أمل لـ"جوليان" لمحاربة "كوتو". ويجد "مورت" "تيمو" عالقًا في حجرته ويطلب منه المساعدة.

تفكر "كلوفر" ثانية في قرارها بالانضمام إلى فرقة "بام". ويستخدم "مورت" راديو "تيمو" للاتصال بـ "جوليان" وصحبته الذين يواجهون مشكلة مع القردة.

بعد ارتدائهم زيًّا تنكّريًا، يحاول "جوليان" والأصدقاء الركوب على متن سفينة "فوسا". ويقدّم "جارش جارش" إلى "كلوفر" تحديًا جديدًا مربكًا.

يواجه "جوليان" و"موريس" معركة مروّعة في مدرسة للمصارعين. ويسافر "مورت" إلى بُعد آخر. ويقنع "ساج" "كلوفر" بأن ثمة خيرًا يُرتجَى من "كوتو".

ترحب مخلوقات على شكل جرس بـ"موريس" بوصفه "المختار"، ويعلق "جوليان" في دهليز النسيان ويَمثل لمحاكمة تهدد حياته، ويقاتل "مورت" "مورتيكوس خان".

بينما يجهز "كوتو" الأضحية لبدء مراسم حفل زفافه، تطلق "كلوفر" و"ساج" العنان لسلاحهما الجديد، ويصل "مورت" و"موريس" و"بانشو" مع تعزيزات.

بعد أن أوشكت قوات "كوتو" على هزيمته، يحشد "جوليان" جيش "مورت" وحلزونات الجرس وقرود الفضاء و"كلوفر" وغيرهم من المخلصين لخوض جولة فاصلة أخيرة.