Le SWAT mène une intervention contre un réseau de trafiquants d'enfants. Alors que les agents sont au milieu de l'intervention, un violent tremblement de terre secoue Los Angeles. Les membres de l'équipe se retrouvent séparés. Deacon se retrouve coincé sous des débris aux côtés d'un malfrat. Relégué à un poste de patrouilleur, Street s'adapte difficilement à son nouveau poste.

Street et son partenaire débarquent les premiers sur les lieux d'une fusillade liée au trafic de drogue. L'ancien officier du SWAT tente de rassurer une petite fille paralysée par la peur. Sa mère et son frère, eux, ont réussi à s'enfuir. Parallèlement, Hondo apprend que Daryl, le fils de son ami, s'est fait arrêter. Luca envisage d'acheter un logement dans un quartier difficile.

L'équipe du SWAT est sollicitée par la nouvelle conquête amoureuse de Hondo, le procureur général adjoint Nia Wells. Elle leur demande de protéger les jurés d'un procès pour corruption. Les maisons de plusieurs témoins clé de ce procès ont été incendiées. Trois d'entre eux ont par ailleurs été visés par des attentats à la bombe et Andrea Melkonian, considérée comme le témoin à charge principal, vient de décéder dans l'explosion de son véhicule. Arrivée sur place l'équipe du SWAT identifie rapidement un suspect. Alors que Hondo arrête l'homme, il réalise que les médias ont tout filmé...

Hondo est amené à travailler avec Eric Wells, l'ex-mari de sa petite amie. Le couple est en instance de divorce. Hondo pense que celui-ci veut profiter de l'occasion pour glaner des informations qui pourraient les mettre en difficulté, lui et Nia. Street, de son côté, découvre que sa mère, qui vit chez lui, cache de la drogue sous son lit. Cette découverte pourrait nuire à son dossier de réintégration. Mais très vite, il comprend qu'un autre événement risque de l'empêcher de revenir au sein de l'équipe d'intervention...

Un garde de sécurité est tué à bord d'un bateau en route pour une croisière de quatre jours vers Mexico. Le S.W.A.T. est alerté par un passager, et deux membres de l'équipe, Hondo et Chris, se glissent à bord pour tenter d'arrêter des trafiquants de drogue. Street, lui, poursuit son entraînement pour réintégrer le S.W.A.T...

Au cours d'une enquête sur des vols de diamants, Jessica fait le lien avec la mafia israélienne. A cette occasion, elle retrouve un ancien indicateur, qui leur fournit des informations de choix concernant les cambriolages à venir...

Laura Tucker, une riche héritière, est kidnappée. Son enlèvement ressemble beaucoup à celui de Patty Hearst, survenu en 1974. Alors que le S.W.A.T. mène l'enquête pour retrouver la victime et ses ravisseurs, la police de Los Angeles fouille les vieux dossiers sur l'affaire des années 70 dans l'espoir de trouver un lien. Mais quand l'équipe d'intervention met la main sur les kidnappeurs, Hondo et ses hommes découvrent que Laura pourrait bien être impliquée dans un braquage...

Alors que Jessica accompagne Amy, sa nièce, qui s'apprête à rencontrer son idole, la blogueuse Tiffany, une fusillade éclate. Plusieurs personnes sont blessées, et la policière poursuit les tireurs pour tenter de les interpeller. Le S.W.A.T., averti que Tiffany est en chemin pour l'événement, la met aussitôt à l'abri. Hondo essaie de convaincre la jeune femme de ne pas utiliser les images pour se faire de la publicité...

L'équipe est rappelée au travail un jour de congé à cause d'une prise d'otages. Les membres du S.W.A.T. découvrent rapidement que l'un des otages est un criminel recherché. La soeur d'Hondo lui demande de l'aide après avoir été droguée dans un club. Il se lance aussitôt à la recherche de l'individu, qui s'avère être un violeur de femmes...

Les membres de S.W.A.T. viennent de récupérer des dizaines de kits de test ADN volés dans un laboratoire de la police de Los Angeles. Ils veulent mettre la main sur les responsables de cette action, également coupables d'avoir blessé un ami du capitaine Hicks. De son côté, en raison de difficultés financières, Deacon a du mal à se concentrer sur la collecte annuelle de jouets.

L'équipe de S.W.A.T. se remémore une de leurs missions à haut risque ; une fusillade au sein d'un établissement scolaire. Un imitateur souhaite reproduire le même scénario. Le groupe de policiers va tout mettre en oeuvre pour faire échouer le plan du meurtrier.

Jessica et Chris se rendent, seules et de façon clandestine, au Mexique afin de sauver un agent fédéral mexicain kidnappé par un gang que Jessica avait déjà aidé à traduire en justice quelques années auparavant. La mère de Hondo, Charice, s'inquiète pour son fils qu'elle trouve particulièrement tendu.

L'équipe de S.W.A.T. est à la poursuite d'un groupe d'activistes. Ils ont échappé à leur capture quelques mois plus tôt. Aujourd'hui, ils réalisent une prise d'otages contre une rançon de cinq cent millions de dollars provenant de sociétés qu'ils jugent corrompues. Les troubles émotionnels de Hondo commencent à affecter son travail.

Les membres de la S.W.A.T. doivent collaborer avec le FBI pour retrouver un groupe de séparatistes qui ont accès à du plutonium. A cette occasion, Hondo retombe sous le charme d'une de ses anciennes petites amies, l'agent spécial Elle Trask. En parallèle, l'équipe craint de perdre un concours de bienfaisance consacré à l’application de la loi au profit du service "lutte contres les incendies" de Los Angeles.

Les agents de la S.W.A.T. sont à la poursuite d'agresseurs inconnus dans leur base de données. Ils sont responsables de la mort d'un policier dont Chris se souvient de l'avoir cotôyée. La ville est sous tension. De leur côté, Deacon et Annie accueillent leur nouveau-né.

L’équipe de S.W.A.T. tente de contenir les tensions et les violences que connaît la ville de Los Angeles à la suite d'un crime haineux à la veille de la "Marche des fiertés". Chris s'inquiète pour la sécurité de sa communauté. Au même moment, Street craint que sa mère soit renvoyée en prison car elle ne s'est pas présentée à son agent de probation après une sortie. Quant à Deacon, il apprend des nouvelles médicales inattendues concernant son nouveau-né.

L’équipe de S.W.A.T. tente de définir la prochaine cible d'un groupe de délinquants qui s'en prend aux voitures de luxe de Los Angeles. Hondo vient en aide à un ami d'enfance, Darryl, dont le fils est incarcéré. Pour faire libérer le jeune homme, Harrelson va devoir faire appel à son chef, Mumford.

Hondo retrouve un compatriote de la Marine, Ruiz, alors que son équipe est à la recherche d'un fugitif aidé dans son évasion par des criminels utilisant des armes volées. Chris voit son partenaire du K-9 tomber malade...

L'équipe de S.W.A.T. a pour mission de mettre la main sur un réseau d'employés de maison de luxe à la suite de l’enlèvement de Luca et de son voisin. Au même moment, le groupe aide Mumford à franchir une étape clé dans sa carrière.

L'équipe de S.W.A.T. découvre l'existence d'une nouvelle version du phéncyclidine (PCP), une drogue qui a fait des ravages en ville des décennies plus tôt. Tan fait appel à son mentor, Ben Mosley, qui a été en charge de l'affaire originale sur le trafic de PCP, afin de l'aider. Au même moment, Chris prend une décision importante concernant sa vie amoureuse. Quant à Hondo, avec ses nouvelles responsabilités familiales, sa patience est mise à rude épreuve.

L’équipe de S.W.A.T. se trouve sous enquête interne après la mort d’un civil alors qu’elle tentait de faire comparaître le criminel le plus recherché de la ville. Quand les détails de la mission sont révélés, l’équipe d'investigateurs remet en question les facultés de management de Hondo.

L'équipe du S.W.A.T. est en course afin de localiser le prochain endroit où un tireur isolé frappera alors que ce dernier est actuellement en fuite à Los Angeles. Parallèlement, Hondo prend un peu de temps pour mener une enquête près de chez lui. Jessica se voit présenter une opportunité inattendue.