작전명 아레스. 타하라 조직의 수장이자, 제이슨이 2001년에 사살한 아심 알하즈렛의 아들인 아즈파 알하즈렛을 체포하는 작전을 개시한다. 작전을 지원하려고 로미오 팀과 에코 팀까지 파견을 오지만, 제이슨은 2001년 작전이 떠올라 심란하기만 하다. 이런 제이슨의 마음도 모르고 브라보 팀원들은 거사를 앞두고 한껏 들뜬다.

드디어 아즈파 알하즈렛을 처단하고 아프가니스탄에서 귀국하는 브라보 팀. 미국에 돌아온 맨디는 돌연 일을 그만두겠다며 떠나고 귀국과 동시에 해군 범죄 수사국이 편지 사건을 수사하기 시작하자, 클레이가 린델에게 범행을 자백한다. 한편, 레이는 꿈에 그리던 1등 준위 학교로 떠나게 된다.

튀니지 테러 현장에서 레이가 발견되지 않으면서, 레이를 구조하기 위해 기동대가 구성된다. 린델은 제이슨에게 다른 임무를 배정하고 브라보 팀원은 뿔뿔이 다른 팀에 배치된다. 한편, 레이가 인질로 잡혀가는 영상을 본 제이슨은 린델에게 찾아가, 클레이와 함께 브라보 팀으로서 작전에 나가게 해 달라고 부탁하는데...

레이를 찾기 위해 기동대가 튀니지를 샅샅이 수색하지만 번번이 실패로 돌아가면서, 새로운 표적 계획을 세운다. 브라보 팀은 레이의 이송 경로로 추정되는 담배 가게를 급습해 가게에 머물고 있던 11명을 체포하지만, 그들이 테러 조직원이란 증거도, 레이가 거쳐 갔다는 증거도 찾을 수가 없는데...

레이가 컨테이너선에 실린 채 시리아의 라타키아 항으로 이송되고 있다는 사실을 알게 된 브라보 팀. 바다 위에서 구출하기 위해 해상 차단을 준비하지만, 적들이 항로를 변경하면서 기회를 놓친다. 결국 시리아 정규군과 러시아군, 알키디르가 교전 중인 데다가 미 동맹군도 없는 타르투스 항구에서 레이를 구출해야만 하는데...

브라보 팀이 변화의 바람에 휩쓸린다. 제이슨은 작전 본부로 돌아가고, 진급으로 사령부를 떠나게 된 블랙번 대신 소토 대위가 그 뒤를 이으면서 팀 분위기가 어수선한 가운데 소토 대위가 현장에 합류하겠다고 하자 대원들은 긴장한다. 레이는 하루빨리 현장에 복귀하고 싶어 안달하고, 제이슨은 작전 본부가 답답하기만 한데...

마침내 완전체가 된 브라보 팀. 하지만 미묘하게 달라진 팀 분위기에 제이슨은 심기가 불편하고 그런 와중에 레이는 복귀한 이후로 첫 특수 임무를 맡아 요르단으로 떠난다. 한편, 데이비스와 장밋빛 미래만 꿈꾸던 소니는 해나에게서 충격적인 사실을 듣는다.

브라보가 귀국행 비행기에 몸을 싣자, 레이가 정보를 입수했다며 복귀를 요청한다. 레이는 요르단 정부 몰래 작전을 펼치라고 지시하지만, 제이슨은 현장에서 총격전을 감행한다. 결국 클레이가 제이슨의 결정에 의문을 제기하고, 레이는 어쩔 수 없이 고가치 표적의 정체를 밝힌다.

제이슨은 요르단 작전 중에 군법을 위반했다는 이유로 군 검사에게 기소된다. 브라보 팀에게는 제이슨과 접촉하지 말라는 명령이 주어진 가운데, 제이슨은 동료들 없이 혼자서 이 싸움을 해나가야만 한다. 하지만 여러 정황은 제이슨을 더욱 불리한 상황으로 몰고 간다.

제이슨은 군법 회의를 앞두고 검사가 레이에게 면제 특권을 줬다는 소식을 듣는다. 자신에게 불리한 증언을 할까 봐 클레이를 보내 레이의 의중을 묻지만, 레이는 별다른 대답을 하지 않는다. 여러 팀원들이 증인으로 출석하고, 검사측에선 여러 증거를 내보이며 제이슨의 유죄를 주장하는데...

제이슨은 탄원서를 써 준 전 동료 테오에게 고맙다는 말을 하려고 찾아갔다가 예상 외의 대답을 듣고 리더라는 역할에 대해 다시금 생각해 본다. 한편, 브라보 팀에게 예기치 않게 아프리카 파병 명령이 떨어지자, 팀원들은 각자의 사정을 뒤로한 채 2개월에 달하는 장기 파병에 나선다.

테러 조직인 보코하람의 고위 간부인 아탕가가 미국으로 망명해 정보를 제공하기로 약속한다. 브라보 팀은 아탕가를 무사히 이송하는 임무를 맡게 되지만, 팀과 접선하기도 전에 아탕가는 보코하람의 공격을 받고 병원에 입원한다.

이전 작전의 실패로 소토가 팀 운영에 변화를 제안하지만, 제이슨은 팀엔 문제가 없다고 자신한다. 팀원들과 함께 새로운 작전에 대비해 철저하게 계획을 세우고 만족할 때쯤 또다시 소니가 술에 취해 사고를 일으킨다.

브라보 팀은 보코하람이 나이지리아 최대 규모의 송유관을 공격할 거라는 정보를 얻고 보호 임무에 나선다. 하지만 그 와중에 메탈이 부상을 입자, 제이슨과 클레이는 팀을 이탈해 메탈을 배로 후송하게 되고, 보코 외에 더 무시무시한 적이 브라보 팀을 기다리고 있다는 사실을 알게 되는데...

러시아 청부업자들이 공격에 가세하면서 남은 브라보 팀원들이 위기에 빠지자 제이슨과 클레이, 소토까지 다시 전투에 합류한다. 브라보 팀은 부족한 지원과 화력에도 불구하고 뛰어난 전술로 임무에 성공하지만, 배에 돌아와 충격적인 소식을 듣게 된다.