Max arbeitet in einem Buchladen. Der einstige Universitätsprofessor ist davon überzeugt, dass es übersinnliche Phänomene gibt – und seine Frau von Außerirdischen entführt wurde. Ganz anders Leroy: Als ehemaliger Polizist glaubt er nur das, was er sieht. Beide werden zeitgleich von einer Spezialeinheit der Regierung entführt, um sie zu rekrutieren. Nun müssen sie sich entscheiden: Wollen die grundverschiedenen Charaktere zusammenarbeiten, um die Menschheit vor Aliens zu retten?

Es ist Halloween – und ganz L.A. verkleidet sich und zieht auf der Suche nach Süßigkeiten um die Häuser. So auch Max und Leroy: Sie begleiten den Sohn von Leroys einstigem Polizeipartner bei seinem Beutezug. Dann werden sie allerdings zu einem Einsatz beordert und nehmen Jermaine kurzerhand mit zu einem Lagerhaus, in dem eine Katze ihr Unwesen treibt, die von einem Zombie-Virus befallen ist. Doch bevor sie das Tier schnappen können, beißt es den Jungen.

Auf die neu erkorenen Spezialagenten der geheimen Regierungsorganisation Bureau Underground wartet ein ganz besonderer Fall: Sie untersuchen den Fund einer Leiche, der das Herz entfernt wurde. Merkwürdig an der Sache: Die Ermittler können keine Wunden an dem Körper des Toten feststellen. Wie konnte also das Herz entnommen werden? Während Max an übersinnliche Methoden denkt, glaubt Leroy, es mit der professionellen Organmafia zu tun zu haben.

Das Bureau Underground hat ein enormes Problem: Ein außerirdisches Wesen, das die Agenten für tot gehalten haben, treibt sein Unwesen in der Pathologie und tötet nach und nach die Angestellten der Spezialeinheit. Als Captain Lafrey ihren Vorgesetzten darüber informiert, stellt der ihr ein Ultimatum: Wenn sie das Monster nicht innerhalb einer halben Stunde zur Strecke bringt, wird sicherheitshalber die gesamte Einrichtung ausgelöscht.

Das Team von Captain Lafrey geht einem äußerst merkwürdigen Fall nach: Ein Angestellter eines Country Clubs ist innerhalb kürzester Zeit um Jahrzehnte gealtert. Vor den Augen zweier Teenager ist er anschließend einfach zu Staub zerfallen. Schnell gerät Club-Mitglied Stafford Yates unter Verdacht, etwas mit der Sache zu tun zu haben. Denn er ist der Vorstandsvorsitzende eines Phar¬ma¬zie-Konzerns. Hat er tatsächlich ein Mittel, das ewige Jugend verspricht, an Menschen getestet?

Die Spezialeinheit erhält ein neues Computerprogramm, das die Arbeit der Angestellten erheblich erleichtern soll. „Sam“ heißt das Super-Tool, das offenbar alle Aufgaben ganz intuitiv erledigen kann. Die Mitarbeiter sind begeistert. Nur Max kann sich in seiner altbekannten skeptischen Art nicht darüber freuen. Er vermutet, dass etwas mit „Sam“ nicht stimmt. Doch das gilt es erst einmal zu beweisen.

Max und Leroy werden beauftragt, die selbsternannten Geisterjäger Jared und Chaz zu beschützen, die sich für eine TV-Serie auf die Suche nach dem Paranormalen begeben. In ihrer Sendung „Ghost Studz“ sind die Begegnungen mit übernatürlichen Wesen bisher nie echt gewesen, doch nun drehen sie in einer einstigen psychiatrischen Einrichtung, in der es tatsächlich spukt. Max und Leroy begleiten die Jungs undercover als deren Crewmitglieder.

Die Crew des Bureau Underground untersucht ein Video, das zeigt, wie ein Mädchen bei einer Heuwagenfahrt plötzlich vom Wagen gezogen und verschleppt wird. Während Leroy glaubt, dass es sich bei dem Film um eine Fälschung handelt, will Max dem Vorfall nachgehen und das Mädchen befreien. Die beiden Agenten geraten ordentlich aneinander, was die Lösung des Falles nicht einfacher macht.

Nachdem innerhalb kurzer Zeit mehrere Wanderer in einem Waldgebiet spurlos verschwunden sind, will Captain Lafrey der Sache nachgehen. Weil Annie sich bereits mit dem Thema beschäftigt hat, möchte Max sie als Expertin in die Ermittlungen einbeziehen. Das stößt zwar bei Annie auf Begeisterung, Leroy hält jedoch wenig von dem Plan. Derweil sucht Barry Ava auf und will herausfinden, was sie beschäftigt – wirkte sie im letzten Meeting doch sehr unkonzentriert.

Die Agenten der Special Unit Underground haben seit Längerem keine neuen Aufträge und langweilen sich mittlerweile. Leroy beginnt, seinen Job zu überdenken. Da entdeckt Max, dass die Zentrale mithilfe einer Wanze abgehört wird. Wer ist dafür verantwortlich? Bei der Suche nach seiner verschwundenen Frau ist Max immer noch ratlos.

Das Team beginnt, Untersuchungen wegen der gefundenen Wanze einzuleiten. Dann schaltet sich allerdings das FBI ein und will in dem Fall ermitteln. Der einflussreiche Merv Minette degradiert Lafrey und löst die Special Unit Underground auf. Max wird daraufhin misstrauisch und forscht weiter nach.

Das Bureau Underground will endlich herausfinden, wer es abgehört hat, und so ziehen die Agenten eine Hellseherin zu Rate. Leroy hat bereits in der Vergangenheit mit ihr gearbeitet und erhofft sich von Celeste den entscheidenden Hinweis auf die Spione. Doch dieses Mal ist der eigentlich so aufgeschlossene Max äußerst skeptisch, was die Fähigkeiten der Frau angeht. Als sie dann auch noch vorhersagt, dass ein Crew-Mitglied nach dem Feierabend sterben wird, ist die Aufregung groß.

Nachdem die Agenten der Geheimorganisation wissen, wer die Wanze bei ihnen platziert hat, könnte eigentlich wieder Normalität in ihrem Alltag einkehren. Doch weit gefehlt: Es taucht ein Artikel auf, der ausführlich über ihre geheime Arbeit berichtet – und so erhalten sie ununterbrochen Besuch von neugierigen Bürgern und Verschwörungstheoretikern. Unter ihnen sind Max’ Eltern.

Max und Leroy kommen gerade von einer Befragung wegen einer angeblichen UFO-Sichtung, als Leroy gesteht, dass er etwas mit Annie hatte. Max, der schon eine Weile von seiner Kollegin schwärmt, ist verletzt. Er gibt sich dennoch tapfer und stürzt sich in die Recherche zu dem UFO-Fall. Dummerweise erfahren dabei alle anderen Mitarbeiter der Spezialeinheit von dem Intermezzo zwischen Annie und Leroy – mit unangenehmen Folgen für das Trio.

Die Spezialeinheit um Captain Lafrey soll gemeinsam mit dem FBI und der FAA an einem sehr speziellen Fall arbeiten. Doch die beiden etablierten Sondereinheiten der Regierung lassen keine Möglichkeit aus, um die Unit Underground zu schikanieren. Sie machen Max, Leroy und deren Kollegen das Leben schwer und behindern ihre Ermittlungen, wo sie nur können. Dennoch gibt sich die kleine Unit viel Mühe, um allen zu beweisen, was sie wirklich kann.

Captain Lafrey ist unzufrieden mit Max und Leroy. Die beiden Agenten haben ihre letzten fünf Aufträge vermasselt – und Besserung ist nicht in Sicht. Also sieht sich Lafrey gezwungen, die beiden noch einmal intensiv schulen zu lassen. Annie und Barry übernehmen den Unterricht, doch die Leistungen werden immer schlechter. Das führt so weit, dass Leroy sogar daran zweifelt, der Richtige für den Job zu sein. Max versucht, seinen Partner aufzubauen, doch das ist gar nicht so einfach.