Connie, trasferitasi a casa di Dale dopo la perdita della casa, scopre di non essere assicurata contro i tornado e, offesa per essere stata presa in giro da lui per questo, si trasferisce a casa Cooper. Malgrado il sovraffollamento dovuto al fatto che anche Mandy e CeeCee sono ospitate lì, Missy riesce a gestire la situazione in modo egregio, dimostrando grande maturità. Intanto, in Germania, Mary è venuta a sapere del tornado e vorrebbe tornare indietro, mentre Sheldon insiste per restare perché non vuole perdersi il corso estivo; frustrata da lui e dal fatto che la stessa madre le fa notare che sarebbe solo d'intralcio in una situazione già al limite, la donna si ubriaca, mettendo in imbarazzo il figlio di fronte ai colleghi.

Sheldon è sconvolto quando scopre di essere lo studente accademicamente più indietro della sua classe e di dover prendere lezioni di recupero da una ragazzina più giovane di lui, ma in seguito, dopo aver parlato col dottor Linkletter, decide di trattare la cosa come un'esperienza di apprendimento extra. Nel frattempo Connie, per guadagnare più in fretta, fa istallare una roulette nella sua sala giochi, anche se Georgie è dubbioso. Missy continua a gestire la casa da sola, convincendo anche il padre di Mandy, Jim, a dare una mano, ma in seguito, sentendosi poco apprezzata, prepara una tabella per dividere i compiti domestici fra tutti.

Per risparmiare sulle telefonate internazionali, George inizia invece a scrivere a Mary delle lettere, raccontandole della situazione a casa, in particolare di come la figlia stia uscendo con un ragazzo che gli fa credere sia gay, e mandandole foto della nipotina. Mary gli risponde di trovare la cosa molto romantica, e lo scambio finisce per rinsaldare il loro rapporto. Intanto Sheldon che vorrebbe esplorare la Germania in treno da solo e Mary glielo proibisce.

Sheldon e Mary tornano dalla Germania. Sheldon è irritato perché la sua stanza è occupata e perché il bambino non smette di piangere. Tornando all'università, trova nella sua stanza qualcuno che studia informatica. Senza preoccuparsi di imparare il nome dell'altro studente, rimane invece coinvolto in un gioco per computer che hanno. Mary si sente fuori posto con la casa che funziona senza di lei e trascorre la giornata con la squadra di football di George, ma George è contrario che sia una cosa regolare. Mary ritrova il suo posto consolando Missy dopo che Taylor l'ha lasciata. Sheldon torna a casa e pensa di aver visto George con un'altra donna, ma è solo Mary che interpreta un ruolo. Il vecchio Sheldon afferma che dopo questo ha iniziato ad aggiungere ulteriori colpi alle porte.

Missy aiuta Billy e sua madre a organizzare una festa, chiedendo prima a Georgie di comprare loro la birra e poi, quando rifiuta, facendola comprare da Billy, mentendo sulla sua età. Mary inizia a farsi coinvolgere da un predicatore televisivo, così George chiede al pastore Jeff di riammettere Mary in chiesa. All'inizio Mary rifiuta, ma cambia idea dopo una serie di piccoli incidenti che lei interpreta come segni divini. Al college, Sheldon, Evan e un suo amico creano un prototipo di intelligente artificiale che usano come assistente, ma ne perdono il controllo e finiscono per gettare il computer dalla finestra.

Mary chiede a Georgie e Mandy dei loro programmi di matrimonio. Rendendosi conto che non hanno motivo di aspettare, decidono di sposarsi in municipio la settimana successiva. La madre di Mandy, Audrey, si offre di pagare per un matrimonio formale più grande. Poiché la famiglia di Mandy è cattolica e i Cooper sono battisti, Mary e Audrey discutono su dove dovrebbe essere il matrimonio e con quale religione allevare Cece. Mary chiama segretamente il pastore Jeff per battezzare Cece nel lavello della cucina. Mentre distrae Mandy, Audrey chiede al suo prete di battezzare anche Cece. Sheldon torna a casa sconvolto dal fatto che Evan abbia aggiornato il computer di Sheldon alle sue spalle e quindi non può sconfiggerlo a scacchi ora.

Entrambi i gruppi di genitori (e Missy) vengono informati e si precipitano al municipio e possono prendere parte al matrimonio. Dopo la cerimonia a cena, Sheldon è felice di essere stato escluso dalla cerimonia. Audrey si offre di pagare Georgie e Mandy per trascorrere un fine settimana a Dollywood in luna di miele. Durante il viaggio Mandy e Georgie discutono di aspetti del loro futuro e si fermano per fare sesso. Cece rimane con Connie ma la polizia viene a chiudere la sala da gioco e ad arrestarla dopo aver tentato di correre lungo il marciapiede con un passeggino. Dato che è venerdì, il giudice è assente e Connie dovrà rimanere in prigione per il fine settimana. Dale prende Cece e la dà a Mary.

Connie viene messa agli arresti domiciliari da Dale con un braccialetto alla caviglia. Sheldon studia legge ma Connie rifiuta la sua idea di dichiararsi pazza. Un avvocato che Dale conosce dice che probabilmente potrà evitare il carcere se si dichiara colpevole, paga alcune multe e perde anche la lavanderia a gettoni e il negozio di video. Connie accetta con riluttanza. La fossa settica della casa Cooper si rompe. George porta una toilette portatile nella quale presto entra un serpente. Connie ha segretamente nascosto più soldi a casa loro e Mary la sorprende a recuperarli. Connie le dà una parte dei soldi per le riparazioni dopo aver sentito parlare del serpente. Nel frattempo, il problema idraulico fa sì che Mandy e Georgie vadano a vivere con Audrey e Jim.

Un articolo che Sheldon ha scritto insieme al suo tutor in Germania è pubblicato a livello internazionale. Diverse università prestigiose contattano George e Mary, tentando di corteggiare Sheldon per la scuola di specializzazione e offrendosi di pagare tutte le spese di viaggio sia per lui che per la famiglia. La presidente Hagemeyer lo scopre e chiede ai dottori Linkletter e Sturgis usano il loro legame con Sheldon, i legami familiari locali di Sheldon e l'avversione per il cambiamento, quindi rimarrà all'East Texas Tech. Offre anche potenziali borse di studio per Georgie, Missy e Cece a George e Mary. Sheldon restringe il campo al MIT o al Caltech. Non riesce a decidere, quasi sceglie di restare fino a quando il dottor Linkletter e Sturgis ammettono che Sheldon li ha superati entrambi e deve andare avanti sia per la scienza che per il suo futuro.

Sheldon ha meno di due mesi prima di partire per la California. Fornisce al presidente Hagemeyer le sue idee per il futuro curriculum di fisica presso l'East Texas Tech. Dott. Sturgis e Linkletter non lo capiscono e devono chiedere a Sheldon di fare loro da tutore. Le tecniche di insegnamento che Sheldon ha imparato in Germania non sono apprezzate dai due uomini. Una chiamata a Connie convince Sheldon ad essere paziente ed entrambi se ne accorgono. Nel frattempo, Mary adora fare da babysitter a Cece ed è aperta all'idea di un altro bambino.

Volendo concludere le cose in Texas, Sheldon visita il negozio di fumetti locale, pranza un ultimo con Tam nella biblioteca del liceo (anche se Tam si era laureato l'anno scorso) e dice addio al suo vecchio insegnante di scienze, il signor Givens. Il preside Peterson dice a George che la Rice University gli offrirà un lavoro da allenatore, che è il sogno di George. Parlando con Mary, si sente pronta per trasferirsi a Houston con lui e Missy. Tutti tranne Sheldon sono entusiasti di questa opportunità. I tentativi di Sheldon di convincere Connie, Georgie, Mandy e East Texas Tech ad acquistare la casa non funzionano. Il presidente Hagemeyer dice che forse Sheldon ha davvero paura di andare in California. Il pomeriggio successivo, mentre la famiglia si prepara per una foto di ritratto di famiglia, l'allenatore Wilkins e il preside Peterson arrivano alla porta dei Cooper.

Mentre la famiglia si prepara per il funerale di George, esprimendo il proprio dolore in modi diversi, Sheldon immagina linee temporali alternative con una varietà di cose che avrebbe potuto dire a George durante l'ultima volta che suo padre è uscito di casa per lavoro, piuttosto che rimanere in silenzio e ignorare George come di solito lo faceva. Al funerale, diversi personaggi pronunciano elogi per George. Georgie riflette su come suo padre lo abbia sempre sostenuto, indipendentemente da come si comportasse. Connie fa riferimenti umoristici alle abitudini alimentari e di consumo di George mentre sottolinea che, nonostante la sua iniziale disapprovazione per la decisione di Mary di intraprendere una relazione con lui, lei ha imparato ad amarlo come un figlio. Mary sfoga in lacrime la sua rabbia per il fatto che George abbia lasciato la famiglia.

27 giorni dopo il funerale di George, Sheldon, ora laureato, si prepara a partire per la California quando Mary insiste affinché lui e Missy siano battezzati. Sono riluttanti a farlo finché Connie non li convince del contrario, non volendo vedere sua figlia sopraffatta dal dolore. Fa visita a Mary mentre prega sulla lapide di George, esortandola a trascorrere del tempo con i suoi figli prima che escano di casa. In chiesa, Missy ancora in lutto si precipita fuori, ma Sheldon, volendo mostrare sostegno a Mary pur rimanendo igienico in una vasca d'acqua potenzialmente antigenica, indossa una muta e un'attrezzatura subacquea per essere battezzato.