הסדרה חוזרת בעונה שנייה וממשיכה לעקוב אחרי דמותו של שלדון קופר. שלדון משתגע מרעש מעצבן של המקרר. אחרי שהוא מפרק אותו, הוא נאלץ לעבוד כדי להחזיר את הכסף על התיקון שלו.

הדוקטור מתחבר לפייג', ילדה בת 10 שגם היא ניחנה בגאונות. שלדון מקנא, ומערב את סבתא שלו בעניין. מארי מזמינה את המשפחה של פייג' לפעילות משותפת.

הבקשה של ג'ורג' משלדון לשמור סוד ולא לגלות למארי, מכניסה את הילד הגאון ללחץ בגלל חוסר הכנות והוא מחליט לעשות מעשה.

הדוקטור ממליץ על שלדון ומיסי לטובת מחקר באוניברסיטה העוסק בתאומים, ומארי לא מרוצה כאשר תוצאות המחקר נכנסות לראש של שלדון.

מארי מתנגחת עם המורה לדרמה מהכיתה של שלדון לגבי התוכניות לליל כל הקדושים. ג'ורג' "נופל ברשתה" של נערה מרדנית שלומדת עם שלדון.

שלדון מסתבך בצרות יחד עם פייג' בעת סיור במוזיאון המדע. ג'ורג' נכנס לדמות התרפיסט של הוריה המסוכסכים של פייג'. מארי, ג'ורג'י ומיסי עוזרות לסבתא בגראז' סייל שהיא מקיימת.

משחק מחשב משתלט על חייהם של שלדון וסבתא. בינתיים, ג'ורג' מפתח תחושת קנאות כשהוא נוכח לדעת שג'ורג'י והרשל מתחברים.

שלדון לומד את המשפחה שלו כחלק מפרויקט פסיכולוגי, וארוחת חג ההודיה הופכת לשדה קרב כשג'ורג' מקבל הצעת עבודה באוקלהומה.

שלדון מגיע לתובנה לגבי מה גורם לילדים להפוך למנודים חברתית, ומחליט לעשות מעשה. מערכת היחסים בין סבתא של שלדון לבן זוגה עומדת למבחן כאשר היא מלמדת אותו לנהוג.

שלדון מבצע ניסויים על מיסי, ג'ורג'י מחליט להצטרף ללימודי התנ"ך של מארי כדי לבלות יותר זמן עם אהובת ליבו.

כאשר שלדון נאלץ לבלות כמה ימים בבית החולים, אך הוא הופך להיות הפציינט הכי מעצבן במחלקה. מיסי זוכה להרגיש איך החיים יהיו בלי התאום שלה.

שלדון מעוניין לבנות כור גרעיני. ערב קוקטייל מטעם האוניברסיטה מתחמם כשקולגה של ד"ר סטרג'ס, מפלרטט עם סבתא של שלדון, וליבו של ג'ורג'י נשבר כשהוא מגלה שלורוניקה יש חבר.

שלדון משתמש ביחסי הידידות החדשים שלו עם בריון בבית הספר כדי לעשות לג'ורג'י חיים קשים. בינתיים, מיסי גונבת לסבתא את ערכת האיפור לטובת יום הצילומים בבית הספר.

שלדון וד"ר סטורידג' רבים, מפני שהד"ר סימן שגיאה על אחת מהשאלות במבחן ששלדון ביצע. הכומר ג'ף חולה, ומרי תופסת פיקוד במקומו.

העניינים יוצאים משליטה כאשר שלדון מחרים את מאפיית הלחמים האהובה עליו. ג'ורג'י מציע לורוניקה כתף לבכות עליה, לאחר שהחבר שלה נפרד ממנה.

מלא השראה מאלברט איינשטיין, מושא הערצתו, שלדון מחליט לבחון את כישוריו בנגינת כינור. בינתיים, מארי וסבתא קונות בחשאי בדיקת הריון, לאחר שמארי חושבת שיש סיכוי שנקלטה.

שלדון מתארח אצל ד"ר סטורידג' למשך סוף השבוע, כדי להרגיש את החוויה כשיהיה בקולג'. מארי מנסה להתחבר לבני המשפחה האחרים בזמן היעדרותו של שלדון.

שלדון לא מרוצה מהעובדה שתקציב בית הספר מוקדש לתחום ספורט במקום לתחום האקדמיה, אז הוא מחליט לרוץ לנשיאות הכיתה.

ג'ורג'י נרגש כשורוניקה נשארת בבית משפחת קופר לכמה ימים. בינתיים, סבתא והד"ר חוגגים שנה של זוגיות.

משפחת קופר עוזרת לכומר ג'ף כשחיי הנישואין שלו עולים על שרטון. שלדון לוחץ על חברי הכנסיה לתרום כשמארי לוקחת אותו איתה לעבודה.

בפרק סיום העונה, שלדון מזמין את כל תלמידי בית הספר למסיבה לכבוד ההכרזה על המועמדים לפרס נובל. סבתא לומדת על חיי העבר של ד"ר סטורידג', והרצון של ג'ורג'י לטלוויזיה בכבלים מובילה לעימות.