Il matrimonio di Shaun e Lea è stato un successo. In ospedale, la Lim viene accoltellata da Owen, l'ex fidanzato della Villanueva, che in seguito prende in ostaggio anche un paziente.

La dottoressa Lim viene accolta con gioia dallo staff, ma tutti notano che ci sia dell'imbarazzo tra lei Shaun. Lim deve effettuare un'operazione semplice, ma non riesce a portarla a termine poiché non può stare eretta.

A casa dei novelli sposi, le manie di Shaun creano qualche tensione con Lea. Intanto, la dottoressa Lim vuole revisionare il rapporto sul suo intervento, eseguito da Shaun.

Shaun è alle prese con un paziente con una scheggia inesplosa nel braccio. Nel frattempo, Jordan e Daniel sono in una corsa contro il tempo alla ricerca di un piede mozzato.

Nella notte di Halloween, la piccola Skyler viene portata in ospedale per un problema al cuore. I medici però scoprono che la bambina ha una malattia genetica che le ha compromesso il fegato.

È una giornata caldissima e Shaun si trova alle prese con un caso complicato. La sua antipatia per la Powell non facilita il compito e dopo l'ennesimo litigio, la estromette dal caso.

Isabel si rivolge a Andrews per aiutarla con un caso molto particolare: la nascita di sei gemelli. Nel frattempo, Shaun e Lea ricevono una notizia che li rende tristi.

Asher fa notare a Jordan che Daniel Perez non è ancora pronto per una relazione sentimentale. Spronato dal dottor Glassman, il dottor Murphy apre il suo cuore alla dottoressa Lim.

Shaun si trova alle prese con il difficile caso di un uomo sovrappeso che, pur di compiacere il fratello, s'induce una pericolosa aritmia. La Lim accetta di sottoporsi all'intervento che la rimetterà in piedi.

I medici dell'ospedale cercano un modo per curare un ragazzo nella lista dei trapianti per ricevere un nuovo intestino. Intanto, Perez viene riammesso in ospedale, sotto la supervisione di Jordan.

Shaun e Lea salvano un cane, decidono di chiamarlo Buddy e di adottarlo. Nel frattempo, Danni salva un vecchio amico, ma questo le costerà molto caro.

Lea e Shaun ospitano Glassman per qualche giorno a causa di un'infestazione di termiti. Nonostante Lea sia riluttante, i tre passano dei giorni piacevoli.

Shaun si rende conto che lui e Lea hanno opinioni diverse su come crescere il loro futuro bambino e si chiede se l'amore sarà sufficiente a risanare gli eventuali litigi.

Kalu torna al San Bonaventure come medico personale di un miliardario e Shaun, che sa quanto sia capace, propone al suo vecchio amico di tornare a lavorare insieme.

Shaun viene denunciato e deve subire un processo. Glassman l'accompagna dalla sua avvocatessa di fiducia. Nello studio di costei, Shaun incontra una ragazza con un disturbo ossessivo compulsivo.

Andrews chiede a Shaun di non fare favoritismi verso Jared e Shaun inizia ad essere fin troppo severo. Glassman gli ricorda che Jared è lì per fare esperienza e deve lasciarlo sperimentare.

Shaun è preoccupato per la salute di Glassman. Dopo aver chiesto opinioni e revisionato documenti, decide di parlare apertamente e dirgli che è necessario fare una risonanza.

Shaun riesce a convincere il dottor Glassman a sottoporsi ad un test del DNA. Il responso è negativo, ma Shaun nota alcuni particolari apparentemente insignificanti che lo inquietano.

Continuano gli episodi di disattenzione del dottor Glassman, per cui Shaun è sempre più convinto che ci sia qualcosa che non va in lui.

Giornata difficile al San Bonaventure. I dottori Andrews e Park devono dare cattive comunicazioni ai genitori di un bambino. Nel frattempo, il dottor Murphy tiene sotto controllo l'operato del dottor Glassman.

È il grande giorno: Lea e Shaun stanno per diventare genitori. Dopo un iniziale momento di paura, Lea raccoglie tutta la sua forza ed il suo coraggio.