Dr. Shaun Murphy stelt een radicale operatie voor om het leven van een vrouw te redden na wat volgens hem een rampzalige eerste date was met Carly. Ondertussen kondigt Dr. Audrey Lim na de nieuwe chirurgie aan dat de bewoners operaties kunnen leiden. Dr. Morgan Reznick en Dr. Alex Park strijden om de kans om een oudere patiënt te opereren bij wie de diagnose kanker is gesteld.

Terwijl Dr. Marcus Andrews belooft een goede Samaritaan te helpen die gewond is geraakt bij het stoppen van een seksuele aanval, staat Dr. Audrey Lim voor een moeilijke beslissing wanneer de ouders van een jonge patiënt vermoeden dat Dr. Neil Melendez een fout heeft gemaakt. Ondertussen geeft Dr. Shaun Murphy advies na zijn rampzalige date met Dr. Carly Lever; en Dr. Claire Browne krijgt een verrassingsbezoek van haar moeder.

Dr. Claire Brown wordt thuis en op het werk geconfronteerd met complicaties terwijl ze zich voorbereidt op haar eerste operatie. Ondertussen daagt een sportvisongeluk de rest van het personeel uit terwijl ze de verwondingen van de visser trachten te behandelen zonder zijn prijzen te beschadigen.

Terwijl een complottheoreticus dr. Neil Melendez's vraagtekens plaatst bij zijn leverschade, behandelt Dr. Claire Brown een vrouw wiens onvermogen om pijn te voelen zowel haar huwelijk als haar leven bedreigt. Ondertussen worden Dr. Shaun Murphy en Dr. Aaron Glassman elk geconfronteerd met crises in hun romantische relaties.

Dr. Shaun Murphy heeft zijn eerste operatie toegewezen gekregen door Dr. Audrey Lim. Dr. Marcus Andrews vraagt zich echter af of hij echt klaar is. Ondertussen, terwijl Dr. Claire Brown haar gecompliceerde emoties over haar moeder blijft vermijden, hebben zij en Dr. Morgan Reznick een patiënt bij wiens diagnose ze twijfelen aan zijn verhaal.

Dr. Shaun Murphy's unieke vermogen om zich te verhouden tot een patiënt geïsoleerd door een immuundeficiëntie levert een onverwacht resultaat op. Ondertussen behandelen Dr. Claire Browne, Dr. Morgan Reznick en Dr. Marcus Andrews een 12-jarige patiënt die op het punt staat blind te worden, en de spanning neemt toe tussen Dr. Neil Melendez en Dr. Audrey Lim.

Carly's pogingen om haar intimiteit met Shaun te vergroten worden meer een frustratie dan een van beiden verwachtte. Ondertussen worstelen Lim en Melendez in hun relatie terwijl ze werken om hun werk te scheiden van hun persoonlijke leven.

Shaun is klaar voor de volgende stap in zijn relatie met Carly; Hij blijft echter worstelen naarmate ze dichter en intiemer worden en krijgt verontrustend nieuws over een diep persoonlijke kwestie. Ondertussen moet een jonge patiënt beslissen over een behandeling die haar leven kan redden of mogelijk haar huwelijk kan vernietigen.

Shaun bezoekt zijn vader op zijn sterfbed en de familiereünie onthult onverwachte resultaten. Melendez, Park, Reznick en Claire behandelen een geblesseerde NFL-speler met ernstige schade aan de wervelkolom. Claire richt zich op haar geestelijke gezondheid.

Na de dood van zijn vader moet Shaun omgaan met de effecten die zijn intimiteit met Lea zal hebben op zijn relatie met Carly; het team opereert bij een patiënt die tijdens de operatie alle anesthesie weigert uit angst voor een terugval.

De artsen moeten een 25-jarige hardloper behandelen die lijdt aan ernstige zwelling; twee 16-jarige kankerpatiënten daten; Dr. Shaun Murphy en Dr. Carly Lever werken aan intimiteit.

Een terminale kankerpatiënt is vastbesloten om de laatste paar maanden van zijn leven zonder remming te leven; Dr. Reznik moet haar relatie met haar moeder onder ogen zien wanneer zij binnenkomt voor een derde mening van Dr. Glassman.

Nadat Dr. Shaun Murphy een patiënt behandelt die een sociale beïnvloeder is, behandelt hij ongewenste aandacht. Ondertussen behandelt het team een vrouw die in buikpijn is na een fecale transplantatie thuis; en Dr. Carly Lever's inspanningen om Shaun van Lea te scheiden worden uitgedaagd.

Ondanks alle twijfels van anderen, is Shaun hoopvol dat Carly zijn vriendschap met Lea goed is. Het team behandelt een jonge jongen geboren zonder een volledig gevormde luchtpijp en niet in staat om te spreken, en die een goede kandidaat kan zijn voor een experimentele procedure.

Wanneer Dr. Shaun Murphy een emotionele bekentenis doet, is het resultaat mogelijk niet zoals gewenst. Ondertussen raakt hij geobsedeerd door het uitvoeren van een autopsie op een Jane Doe, die zijn relaties in het ziekenhuis uitdaagt; en Dr. Claire Browne, Dr. Morgan Reznick en Dr. Marcus Andrews behandelen een mannelijke student met een mysterieuze gespleten persoonlijkheidsstoornis.

Een patiënt met een mysterieuze en niet-gediagnosticeerde ziekte die andere artsen al jaren in de war brengt, dwingt Shaun en het team om een aantal grote risico's te nemen. Claire en Melendez blijven voorzichtig met hun gevoelens voor elkaar en als collega's en vrienden.

Claire en Shaun behandelen een patiënt met een zeldzame vorm van dwerggroei. Reznick, Lim en Park behandelen een jonge man die beide armen had afgescheurd bij een landbouwongeval. Shaun reageert op een emotionele situatie.

De stad San Jose wordt opgeschrikt door een enorme aardbeving die het personeel van het St. Bonaventure-ziekenhuis op scherp zet terwijl ze racen om de schade te beoordelen en rekening te houden met de veiligheid van hun collega's en vrienden. Ondertussen wonen Dr. Neil Melendez en Dr. Aaron Glassman een liefdadigheidsevenement bij wanneer hun leven wordt bedreigd door de aardbeving.

Het personeel van St. Bonaventure Hospital werkt tegen de tijd en hun eigen persoonlijke veiligheid om de levens van de mensen om hen heen te redden.