Shauns foreslåtte behandling for en hjemløs pasient setter ham og Jared i fare. Claire forsøker å overtale Melendez til å gjennomføre en risikabel hjerteoperasjon, og Glassman står overfor en vanskelig beslutning om helsen sin.

Mens Shaun presser tilbake mot Melendez for å behandle en alvorlig syk vaktmester, kan Lim risikere rettsak for å reparere omskjæringen til en tenåringsjente.

Glassman holder på å hente seg inn igjen etter en operasjon, og Shaun og Morgan må komme seg gjennom en lang vakt på legevakten.

Dr. Shaun Murphy hjelper en funksjonshemmet tenåring som er på vei til å bli separert fra sin mor.

Når en pasient med anoreksi ikke klarer å gå opp i vekt for å kunne overleve en hjerteoperasjon, foreslår Claire en eksperimentell behandling - noe Melendez er helt i mot.

Shaun og Morgan må gripe inn i diskusjonen mellom to brødre som forhandler med livet og døden som innsats. Claire blir bedt om noe hun ikke tror hun kan gi sin kreftsyke venninne, og Aaron sliter med bivirkninger av behandlingen sin.

En pasient blir tvunget til å avsløre en hemmelighet for mannen sin etter at behandlingen har gitt henne komplikasjoner. Neil, Morgan og Alex sliter med en pasient som ikke tror på vaksiner.

Neil, Morgan og Claire får en pasient som ønsker å utføre en operasjon som skal hindre ham i å følge lysten sin til å begå pedofile overgrep. Shaun lærer en lekse om empati.

Shaun og Alex får to pasienter som har falt om på flyplassen i byen, til behandling. Symptomene tyder på at de har fått en svært smittsom infeksjon, og på sykehuset gjør de alt de kan for å hindre at også andre pasienter skal bli smittet.

Sykehuset er fortsatt i karantene, og Morgan gjør alt hun kan for å holde pasientene sine i live. Samtidig kjemper Audrey for sitt eget liv. Neil og Claire må finne en måte å utføre en beinmargstransplantasjon på, på tross av karantenen.

Karantenetiden er over, og staben på sykehuset prøver å vende tilbake til normale rutiner. Samtidig ønsker ledelsen å se på hva som skal til for å vinne tilbake tilliten i befolkningen. Audrey er i ferd med å bli bedre av viruset, og hun og Neil må lære å balansere sitt nye personlige forhold og jobb.

Lea og Shaun prøver stadig å definere sitt vennskap og statusen som romkamerater. Shaun , Dr. Morgan og Dr. Audrey Lim behandler en kvinne med autisme og en intrikat hjernediagnose. Hennes romkamarat skaper også utfordringer.

Dr. Andrews ber en familie donere sin døende datters ansikt til en annen jente som har vært i en ulykke.

En nyfødt baby er kritisk syk og Shaun er litt for direkte i sine medsinke vurderinger ovenfor moren. Vil hans uttaleser gjøre at han mister jobben?

Dr. Jackson Han, den nye sjefen for kirurgisk avdeling, mener at Dr. Shaun Murphy slett ikke er en ressurs, snarere en fare for avdelingen. Han jobber for å få Murphy ut av operasjonssalen, permanent!

Dr. Shaun Murphy vil veldig gjerne være med et team som jobber med en farlig prosedyre i forbindelse med fjerning av en tumor hos en pasient. Men, ettersom han har blitt flyttet fra operasjonsteamet av Dr. Jackson, må han bruke kunnskapene sine på å finne ut av skadene hos et barn.

Et barslagsmål gjør at Dr. Shaun Murphy søker hjelp på St. Bonaventure, mens Dr. Alex Park og Dr. Audrey Lim er uenige i forhold til de post-operative symptomene hos en eldre dame. Dr. Neil Melendez og Dr. Lim viser romansen offentlig.