W szpitalu Świętego Bonawentury w San Diego odbywa się nadzwyczajne zebranie zarządu. Szef chirurgii, doktor Andrews sprzeciwia się decyzji dyrektora Glassmana, który przyjął nowego rezydenta, doktora Shauna Murphy'ego, dotkniętego autyzmem i zespołem sawanta. Po przegranym przez Glassmana głosowaniu okazuje się, że Shaun na lotnisku ocalił życie chłopcu poranionemu odłamkami szkła i stał się bohaterem mediów. Młody doktor, który przyjechał do szpitala wraz z rannym chłopcem, upiera się, że trzeba mu zrobić echokardiogram. Zostaje jednak zignorowany i wyrzucony z budynku szpitala. Kiedy podczas operacji dochodzi do zaskakujących powikłań, chirurdzy postanawiają poprosić go o radę. Wkrótce zarząd wraca do sprawy zatrudnienia Shauna. Glassman stawia na szali swoje stanowisko. Przed powtórnym głosowaniem autystyczny lekarz ma szansę się wypowiedzieć.

Pierwszego dnia pracy Shaun zjawia się w szpitalu spóźniony. Na dodatek wywołuje prawdziwe przerażenie u pacjentki, mówiąc na głos, że jej guz jest złośliwy. Zirytowany szef zespołu, doktor Melendez, powierza mu mało ważne i nudne obowiązki, a jego przełożoną ustanawia doświadczoną pielęgniarkę. Tymczasem podczas operacji okazuje się, że nowotwór Stephanie jest niemożliwy do wycięcia. Rezydentka Claire jest załamana, bo wcześniej obiecała kobiecie, że wszystko będzie dobrze. Shaun natomiast wymyśla kontrowersyjny sposób, jak można usunąć guz. Drugi rezydent, Jared, przedstawia Melendezowi pomysł nowego kolegi jako swój. Tymczasem Shaun obsesyjnie wraca do przypadku dziewczynki cierpiącej na ból brzucha, którą kazano mu odesłać do domu w przekonaniu, że jej dolegliwości spowodowane są stresem przez ciągłe kłótnie rodziców. Młody doktor zjawia się w nocy pod domem Martine i zmusza jej opiekunów, by dopuścili go do śpiącej pacjentki. Jego obawy okazują się uzasadnione. Rozpoczyna się dramatyczna walka o życie dziewczynki.

W San Francisco znajduje się dawca wątroby pilnie potrzebnej w szpitalu św. Bonawentury. Doktorzy Murphy i Browne zostają wysłani śmigłowcem po organ do przeszczepu. Nie mogą jednak wrócić drogą powietrzną z uwagi na mgłę. Ruszają zatem radiowozem policyjnym. Po drodze muszą dokonać na autostradzie operacji chirurgicznej organu. Tymczasem w szpitalu pojawiają się wątpliwości co do zasadności przeszczepu u czekającego biorcy. Zarząd staje przed trudną decyzją, czy pomóc pacjentowi narażając się na konflikt z Rejestrem Przeszczepów, przez co szpital może być pomijany podczas przydzielania narządów.

Kapiący kran nie daje Shaunowi zasnąć. Kiedy nie może znaleźć śrubokrętu, wpada w panikę i przewraca całe mieszkanie do góry nogami. Z opresji ratuje go dopiero doktor Glassman. W szpitalu niewyspany Murphy znowu podpada Melendezowi. Ten za karę wysyła młodego lekarza wraz z broniącą go Claire do banalnego przecięcia czyraka. Jednak zwykły ropień okazuje się znacznie poważniejszym przypadkiem. Tymczasem ciężko chora ciężarna za wszelką cenę, nawet swego życia, chce donosić ciążę i urodzić dziecko. Mąż jest temu przeciwny. Sytuacja rodzi kontrowersje prawne i etyczne.

Do szpitala pod opiekę Melendeza trafia mężczyzna z silnymi bólami brzucha. Claire i Jared stawiają na alkoholowe zatrucie trzustki, jednak tomografia ujawnia kulistą zmianę w narządzie. Podczas biopsji pacjent dostaje kolejnego napadu anafilaksji. Tymczasem jego syn, który dopiero wrócił z kilkuletniego pobytu w Tajlandi, wyraźnie chce coś powiedzieć ojcu. Natomiast Shaun zajmuje się chłopcem ze złamaną ręką. Evan jest łudząco podobny do zmarłego brata Murphy'ego. Na młodym lekarzu pozornie nie robi to żadnego wrażenia. Wkrótce zaprzyjaźniają się. Po dokładnym badaniu wykrywa guz wewnątrz czaszki Evana. Rodzice potwierdzają, że chłopiec jest śmiertelnie chory, lecz Shaun podejrzewa, że może to być inna, uleczalna przypadłość. Aby potwierdzić domysły, należy wykonać biopsję szpiku. Melendez jednak zabrania prosić rodziców o zgodę na badania, by nie rozbudzać w nich złudnej nadziei.

Podczas nocnej zmiany do szpitala trafia ponad 20 ofiar wypadku autobusu z gośćmi weselnymi. Pod opiekę Jareda trafia młoda kobieta z rozległymi oparzeniami. Oszpecona dziewczyna jest zrozpaczona, a młody lekarz nie potrafi udzielić jej wsparcia. W końcu znajduje inny sposób, żeby jej pomóc. Shaun w pomysłowy sposób opanowuje krwotok z tętnicy udowej pana młodego. Z powodu znacznego uszkodzenia kości mężczyźnie grozi amputacja. Claire jest wyraźnie przytłoczona ilością rannych. Odkrywa, że partnerka jej pacjentki została na miejscu wypadku. W środku nocy rozpoznaje krwotok śródczaszkowy i nawierca otwór w czaszce, by uratować ofierze życie. Potem wraz z Glassmanem wykonuje operację, jednak pacjentka już się z niej nie budzi. Okazuje się, że nastąpiła śmierć mózgu. Doktor Lim wyjawia Glassmanowi, co jest przyczyną zgonu.

Glassman martwi się o samopoczucie Claire po tym, jak uśmierciła pacjentkę. Wysyła rezydentkę do specjalisty. Jared znowu musi wykazać się jako psycholog wobec pacjenta z niewydolnością serca, który nie chce dłużej żyć. Tymczasem Shaun opatruje rany nastolatka z autyzmem. Murphy wyraźnie lepiej rozumie inną osobę dotkniętą tą przypadłością, ale nie czuje z chłopcem żadnej więzi. Wkrótce dostrzega u Liama kilka niepokojących objawów i zatrzymuje go w szpitalu. Choroba nastolatka okazuje się bardzo poważna. Konieczna jest operacja, jednak rodzice chłopca nie zgadzają się, żeby Shaun asystował Melendezowi przy zabiegu.

W ramach programu pomocy krajom Trzeciego Świata Aoki powierza opiece Melendeza chłopca z Afryki. Seria badań potwierdza opinię doktora - operacja jest niemożliwa. Gabriel ma już wracać do domu, ale rozmowa z matką pacjenta radykalnie zmienia podejście chirurga. Tymczasem podczas operacji znanej podcasterki ginie usunięty guz strun głosowych, co grozi niepotrzebną operacją wycięcia krtani. Ponieważ szpitalowi grozi proces o odszkodowanie, trwają intensywne poszukiwania zagubionego materiału biologicznego. Po napadzie na sklep Shaun dochodzi do wniosku, że musi się przystosować do życia wśród ludzi. Claire stara się mu wytłumaczyć, na czym polega flirt.

Jared i Shaun mają okazję asystować przy bardzo ciekawej operacji. Pacjentem jest celebryta, zawodowy gracz komputerowy. Andrews pozwala Jaredowi wykonać część zabiegu, dzięki czemu rezydent może się wykazać. Natomiast Melendez zbywa wszelkie uwagi Shauna. Widząc to pacjent zaczyna buntować młodego lekarza, wykładając mu swoją filozofię życia. Wyniki badania, na które nalegał Shaun, są zaskakujące. Tymczasem Claire, która przegrała losowanie, pomaga doktorowi Coyle'owi ratować nogi młodej kobiety. Chirurg stara się stworzyć miłą atmosferę i pozwala młodszej koleżance na samodzielne operowanie. Rezydentka jednak negatywnie odbiera jego gest. Glassman znajduje dla Shauna nową terapeutkę.

Zdesperowany Shaun gotów jest wrócić do rodzinnego Jasper, w którym czuje się bezpiecznie. Lea przekonuje go, że w takim stanie nie powinien podejmować ważnych decyzji. Postanawiają wyruszyć w spontaniczną podróż za miasto. Tymczasem lekarze ze szpitala Świętego Bonawentury muszą podjąć się skomplikowanego przeszczepu nerki u bliźniaczek syjamskich. Jedna z sióstr ma być dawcą, druga biorcą organu. Pacjentki muszą mieć zdrowe nerki, aby dokonać u nich zabiegu rozdzielenia, który ma się odbyć za pół roku. Podczas operacji dochodzi jednak do groźnego powikłania. Natomiast Jared stara się odzyskać pracę. Prosi o pomoc Claire.

Po operacji rozdzielenia budzi się się tylko jedna z sióstr syjamskich - Jenny, natomiast Katie pozostaje w śpiączce. Shaun proponuje niekonwencjonalny sposób wybudzenia jej, czym wzbudza podziw neurochirurg, doktor Ko. Murphy prosi Melendeza o list polecający. Zamierza odejść ze szpitala Świętego Bonawentury i przenieść się do Hershey w Pensylwanii, dokąd wyprowadziła się Lea. Tymczasem okazuje się, że serce Jenny jest w znacznie gorszym stanie, niż się wydawało lekarzom. Jedynym ratunkiem dla niej jest szybkie znalezienie dawcy. Natomiast Jared chce odzyskać pracę z pomocą prawnika i wypowiada szpitalowi wojnę.

Claire asystuje doktor Lim przy operacji pękniętego tętniaka mózgu. Badanie pooperacyjne ujawnia drugi tętniak, który może pęknąć. Jednak żona nieprzytomnego pacjenta, Tessa, nie zgadza się na leczenie. Według niej mąż nie chciałby żyć jako inwalida. Claire nabiera podejrzeń, że intencje kobiety są zupełnie inne. Melendez, Shaun i Jared zajmują się oparzoną młodą Arabką. Murphy od razu wychwytuje nieścisłości w relacji pacjentki i zaczyna podejrzewać, że jest terrorystką. Melendez jest wyraźnie zdenerwowany po rozstaniu z Preston. Wyżywa się na Jaredzie, a podczas bronchoskopii przebija oskrzele pacjenta. Shaun proponuje Glassmanowi przyjaźń, ale ten woli trzymać się na dystans.

Lim proponuje Melendezowi zawody. Specjaliści z zespołem stażystów mają zająć się podobnymi przypadkami, a zwycięży ten, kto zostanie lepiej oceniony przez pacjenta. Dolegliwości w rzeczywistości różnią się od siebie bardziej, niż się początkowo wydawało. Lim, Shaun i Jared zajmują się nastoletnią dziewczynką, która okazuje się chłopcem. Tymczasem Melendez, Claire i Morgan próbują pomóc samotnemu ojcu, który sam sprokurował sobie poważny problem. Rezydenci dowiadują się, że nie wszyscy mogą liczyć na stałe zatrudnienie, dlatego rywalizacja między nimi przybiera na sile. Po kilku miesiącach starań o dziecko Andrews i jego żona, Isabel, odwiedzają specjalistkę w leczeniu niepłodności.

Pacjentką doktora Murphy'ego jest nastolatka, która cierpi na bardzo rzadką chorobę serca. Dziewczyna, uwięziona w domu przez swoją przypadłość, ma dużą grupę przyjaciół, z którymi komunikuje się online. Ma też nadzieję, że udany przeszczep serca uwolni ją od dotychczasowego życia. Idealny dawca rodzi jednak dylematy moralne rodziców i pacjentki.

Rezydenci nadal pracują podzieleni. Zespoły dostają pozornie banalne przypadki. Pomocy potrzebuje 50-letnia kobieta z zakażeniem kosmetycznego implantu policzka. Shaun asystuje Melendezowi podczas bardzo ryzykownej operacji. Jeśli zabieg zakończy się sukcesem, pacjent będzie mógł chodzić. Niestety, pojawiają się komplikacje, które wymagają szybkiej interwencji lekarzy.

Dr Murphy kwestionuje potrzebę wykonania operacji, która miała pozwolić jego młodej pacjentce uśmiechnąć się pierwszy raz w życiu. Młody doktor obawia się, że zabieg może okazać się tragiczny w skutkach, a ryzyko komplikacji jest większe niż korzyści. Tymczasem Brown i Reznick odkrywają, że przyjęta na oddział dziewczyna kłamie na temat swojej tożsamości. Shaun próbuje swatać doktora Glassmana z barmanką.

Zespół musi szybko odkryć prawdę na temat tajemniczych obrażeń młodego studenta, zanim jego stan się pogorszy. Chwila nieuwagi podczas zabiegu chirurgicznego może mieć dla Shauna poważne konsekwencje.