Op weg naar zijn sollicitatie in het San Jose St. Bonaventure Hospital, komt Shaun Myrphy een jongen tegen die gewond is geraakt door een gevallen glasplaat. Shaun besluit onmiddellijk in te grijpen. Zijn unieke kijk op de wereld begeleid hem tijdens de behandeling. Aaron Glassman, de directeur van het ziekenhuis, probeert zijn collega's ervan te overtuigen dat ze Shaun aan moeten nemen.

Dr Shaun Murphy's oog voor detail zorgt voor problemen tijdens zijn eerste dag in het St. Bonaventure Hospital. Ondertussen leert Dr. Claire Browne een waardevolle les over eerlijkheid, wanneer ze geconfronteerd wordt met een lastige diagnose voor een patiënt.

Dr. Neil Melendez en Dr. Jared Unger ontdekken dat hun patiënt niet helemaal eerlijk is, wat hem zijn kans op een levensreddende operatie kan kosten. Ondertussen moet Dr. Claire Browne leren communiceren met Dr. Shaun Murphy.

Dr. Neil Melendez en het team komen met de wet in aanraking wanneer ze een allesbepalende keuze moeten maken voor het ongeboren kind van een man en vrouw. Dr. Shaun Murphy heeft moeite met het wennen aan zijn nieuwe omgeving.

Dr. Shaun Murphy komt in het St. Bonaventure Hospital een jonge patiënt tegen die enorm veel op zijn overleden broer lijkt. De ouders van de patiënt hebben zijn diagnose voor hem verzwegen. Shaun probeert erachter te komen waarom zij dit gedaan hebben.

Dr. Shaun Murphy en Dr. Claire Browne experimenteren met een jonge patiënt, waarvan zij het leven en het been kunnen redden. Hiervoor dienen de aanstaande bruid en haar ouders wel samen te werken.

Dr. Shaun Murphy krijgt te maken van vooroordelen van een onwaarschijnlijke bron wanneer hij een zaak aanneemt van een patiënt met autisme. Dr. Jared Kalu moet zijn tekortkomingen als chirurg zien te accepteren.

Als onderdeel van het nieuwe programma van het St. Bonaventure ziekenhuis neemt het team een zaak aan van een jongen uit de Congo, die abnormale hartkwalen heeft. Dokter Neil Melendez heeft zijn twijfels over de veiligheid van de procedure.

De leden van het chirurgieteam van het ziekenhuis zijn in eerste instantie zeer onder de indruk van een charmante dokter, maar zijn ware karakter zorgt voor een aantal ongemakkelijke situaties binnen het ziekenhuis. Dokter Glassman helpt Shaun Murphy met zijn privéleven.

Dokter Marcus Andrews vraagt Dokter Neil Melendez voor een belangrijke niertransplantatie tussen een tweeling, wiens levens op meerdere manieren samen komen. Dokter Shaun Murphy besluit om er even met Lea tussenuit te gaan.

De tweeling kampt met complicaties na de operaties, waardoor het team genoodzaakt is om een levensbelangrijke beslissing te maken. Dokter Shaun Murphy keert terug naar het ziekenhuis na zijn reis met Lea.

Dokter Shaun Murphy denkt dat zijn patiënt liegt over de reden van haar verwondingen en maakt een controversiële aanname over haar motieven. Ondertussen kan het privéleven van Dokter Neil Melendez invloed hebben op zijn werk en uiteindelijk ook de levens van zijn patiënten.

Dokter Shaun Murphy is verrast wanneer hij ontdekt dat zijn jonge kankerpatiënt zich als meisje beschouwd, terwijl ze biologisch gezien een man is. Shaun moet zijn patiënt snel zien te begrijpen.

De tienerpatiënt van dokter Shaun Murphy zit al haar hele leven aan huis gekluisterd door een hartkwaal. Online heeft ze een grote groep vrienden en ze hoopt dat het team chirurgen een manier kan vinden om haar het leven te geven waar ze altijd van gedroomd heeft.

Het team behandelt een patiënt die een beslissing moet maken of hij een levensgevaarlijke operatie wil ondergaan of niet. Hij vraagt Dokter Shaun Murphy wat hij in zijn situatie zou doen.

Dokter Shaun Murphy twijfelt het nut van een operatie waarna een jonge patiënt voor het eerst zal kunnen lachten. Ondertussen ontdekken Dokter Claire Brown en Dokter Morgan Reznick dat hun patiënt liegt over haar identiteit.

Het team van het St. Bonaventure ziekenhuis moet snel de oorzaak van de verwondingen van een student zien te achterhalen, voordat hij in kritieke toestand belandt.