Als Arzt wird Shaun Murphy an ein prestigeträchtiges Krankenhaus geholt. Doch Shaun ist Autist – außerordentlich begabt, aber kaum fähig, Beziehungen zu Menschen aufzubauen. Ist er wirklich der Richtige für einen Beruf, der sich um menschliche Extremsituationen dreht?

Shaun und Claire müssen improvisieren, um eine zur Transplantation vorgesehene Leber frisch zu halten. Andrews muss Melendez widerwillig bei der OP eines wohlhabenden Patienten unterstützen.

Ein Ehepaar muss eine folgenschwere Entscheidung über das Schicksal seines ungeborenen Kindes treffen. Das führt Dr. Melendez und sein Team auf juristisches Glatteis. Shaun hat Probleme, sich an sein neues Zuhause zu gewöhnen, macht in der Klinik jedoch einen Riesenschritt in der Beziehung zu seinen Kollegen.

Shaun trifft auf einen jungen Patienten, der seinem verstorbenen Bruder auf unheimliche Weise ähnlich sieht. Außerdem erfährt der Jung-Chirurg, dass seine Eltern ihm nie die ganze Wahrheit über seinen Gesundheitszustand sagten. Die Ärzte der Klinik kämpfen unterdessen mit einer rätselhaften Serie lebensgefährlicher allergischer Reaktionen unter den Patienten.

Shaun und Claire erarbeiten eine experimentelle Methode, mit der sie das Leben eines jungen Bräutigams retten könnten – aber das erfordert die Kooperation seiner zukünftigen Braut und seiner Eltern. Unterdessen kämpft Jared bei der Behandlung eines Patienten mit einer extremen emotionalen Herausforderung.

Shaun kann mit einem neu eingelieferten Patienten besser kommunizieren, als ihm lieb ist, da dieser ebenfalls Autist ist. Er leidet jedoch unter Anfällen, di die ärztlichen Untersuchungen behindern. Das Ärzteteam muss operieren, und Shaun erhält zum ersten Mal die Chance, sein Können im OP zu beweisen. Derweil ist Claire damit beschäftigt, ihren Fehler zu verarbeiten, aufgrund dessen ein Patient sein Leben lassen musste.

Beim Einkaufen gerät Shaun in einen Raubüberfall. Seine Kommunikations-Defizite lösen eine lebensgefährliche Situation aus. Am Ende des traumatischen Tages stellt sich Dr. Glassman eine ernste Frage: Tut er genug, um Shaun zu helfen?

Im Rahmen einer internationalen humanitären Initiative versorgt das Team des St. Bonaventure Hospitals einen herzkranken Jungen aus dem Kongo. Neil hat Zweifel an der Sicherheit der geplanten OP-Methode, doch Shaun kommt eine rettende Idee. Privat hat der junge Arzt eine irritierende Begegnung mit seiner Nachbarin.

Das Chirurgie-Team zeigt sich beeindruckt von einem charmanten neuen Arzt – bis dessen wahrer Charakter zu Tage tritt. Dr. Glassman hat das Gefühl, er müsse Shaun in seinem Privatleben stärker unterstützen und schlägt ihm vor, einen Therapeuten zu besuchen. Doch Shaun will seinem Mentor beweisen, dass er es alleine schafft.

Dr. Andrews hat eine heikle Aufgabe für Neil: Der Chirurg soll eine Trennung von siamesischen Zwillingen durchführen. Shaun lässt sich auf einen spontanen Trip mit Lea ein und kann endlich einmal seine Sorgen vergessen. – Jungstar Freddie Highmore fasziniert in einem psychologischen Medical Drama über einen genialen Chirurgen mit Autismus.

Nach der Trennung der siamesischen Zwillinge befindet sich Katie in einem Wachkoma, während ihre Zwillingsschwester Jenny das Bewusstsein wiedererlangt, aber an einem schwachen Herzen leidet. Nur Katies intaktes Herz könnte ihr rechtzeitig helfen, doch dafür müssen die Zwillinge vorübergehend wieder verbunden werden. Shaun kehrt von seiner Auszeit zurück und will kündigen, um mit Lea nach Hershey zu ziehen.

Shaun vermutet, dass eine Patientin ihn anlügt. Der Chirurg hat eine ganz andere Erklärung für ihre Verletzung. Private Turbulenzen haben offenbar Auswirkungen auf die Arbeit von Dr. Melendez, was womöglich auch Patienten in Lebensgefahr bringen kann.

Shaun ist irritiert, als sich seine neue junge Krebspatientin als Frau identifiziert – obwohl sie doch körperlich offensichtlich ein Mann ist. Der junge Chirurg muss lernen, sensibel damit umzugehen, vor allem auch wegen der Familie der Patientin.

Eine junge Patientin erhofft sich vom Chirurgen-Team, dass es sie aus ihrer häuslichen Isolation holt. Eine geplante Organtransplantation bringt die Eltern des Empfängers in ein moralisches Dilemma.

Shaun freundet sich mit einer Patientin an, die am Möbius-Syndrom leidet. Claire behandelt eine Patientin, die in einen Betrugsfall verwickelt ist – was sie in ein Dilemma bringt.

Das junge Mädchen Gretchen leidet unter dem ‚Möbius Syndrom‘ und kann deshalb durch ihre Gesichtsmuskeln keine Gefühle ausdrücken. Eine Operation soll ihr die Fähigkeit zum Lächeln geben. Shaun steht dem Eingriff jedoch äußerst skeptisch gegenüber, da die Erkrankung nicht lebensbedrohlich ist. Unterdessen bekommen es Morgan und Claire mit einer Patientin zu tun, deren Krankenversicherungskarte gestohlen wurde. Eine andere Frau hat nun ihre Identität angenommen, um eine Behandlung zu bekommen.

Shaun wird durch schlechte Nachrichten über seinen Mentor Glassman aus dem Konzept gebracht. Daraufhin passiert ihm ein Fehler, der seine Karriere beenden könnte.