Un joven cirujano autista (Freddie Highmore) que se traslada de Wyoming a California para completar su formación médica confía en sus habilidades de primer nivel para refutar el escepticismo de sus colegas.

Cuando los prejuicios sobre su autismo obligan a Shaun (Freddie Highmore) a permanecer al margen en St. Bonaventure, sus colegas no dudan en reclamar el mérito de sus ideas.

Mientras Shaun (Freddie Highmore) y Claire (Antonia Thomas) improvisan para preservar un hígado para un trasplante, Andrews (Hill Harper) es presionado para asociarse con Meléndez (Nicolás González) en la cirugía de rutina de un paciente rico.

Meléndez (Nicolás González) se arriesga para salvar a una madre y su hijo por nacer, lo cual coloca al hospital en un peligro legal. Mientras Shaun (Freddie Highmore) lucha por adaptarse a su nueva vida, él y Claire (Antonia Thomas) se unen para tratar a una actriz porno adolescente.

Tras vincularse con un joven paciente, Shaun sospecha que ha sido diagnosticado erróneamente con una forma mortal de cáncer cerebral. La reacción alérgica de un paciente anciano expone una ruptura de larga data con su hijo.

Shaun y Claire diseñan un procedimiento experimental capaz de salvar la vida y la pierna de un joven novio, pero los seres queridos del paciente deben aprender a trabajar juntos. Mientras tanto, Jared se esfuerza por conectarse con un paciente cuyas cicatrices pueden ser demasiado profundas como para superarlas.

El Dr. Shaun Murphy tiene que enfrentar los prejuicios de una fuente poco probable cuando aborda el caso de un paciente con autismo, y el Dr. Jared Kalu tiene que aprender a aceptar sus limitaciones como cirujano.

Durante un robo en el supermercado donde el Dr. Shaun Murphy está de compras, sus limitaciones de comunicación ponen vidas en riesgo. Mientras tanto, luego del traumático día de Shaun, el Dr. Aaron Glassman se preocupa de que no esté haciendo lo suficiente para ayudar a Shaun.

Shaun y Meléndez se unen para idear una cirugía de corazón para salvar a un niño africano gravemente enfermo. Una muestra de tejido faltante deja a una joven madre frente a una cirugía potencialmente innecesaria.

Los miembros del equipo quirúrgico del hospital inicialmente están impresionados con un encantador médico joven, pero su verdadero carácter pone a uno de ellos en una posición incómoda en el trabajo. Mientras tanto, Glassman siente que Shaun necesita un poco más de apoyo con su vida personal y le sugiere que se reúna con un terapeuta. Sin embargo, Shaun está decidido a mostrarle que puede por su cuenta.

El Dr. Marcus Andrews pide ayuda al Dr. Neil Meléndez en un trasplante de riñón muy sensible entre un par de gemelos cuyas vidas se cruzan en más de un sentido. Mientras tanto, abrumado por los intentos del Dr. Aaron Glassman para que se reúna con un terapeuta y las demandas en el trabajo, el Dr. Shaun Murphy decide realizar un viaje improvisado con su amiga Lea y dejar todo atrás.

Los gemelos sufren complicaciones debido a la cirugía y obligan al equipo del Hospital San Jose Boneventure a tomar una decisión que cambiará sus vidas. Mientras tanto, el Dr. Shaun Murphy regresa al hospital después de su viaje con Lea y decide que necesita un cambio más permanente y entrega su preaviso de dos semanas al Dr. Aaron Glassman.

El Dr. Shaun Murphy sospecha que su paciente está mintiendo sobre el motivo de su lesión y hace una suposición controvertida sobre sus motivos. Mientras tanto, la vida personal del Dr. Neil Meléndez podría estar afectando su trabajo y, en última instancia, la vida de sus pacientes.

Mientras Shaun y Jared debaten cómo tratar el cáncer de una niña transgénero de doce años, Claire y un nuevo residente competitivo deben trabajar juntos para salvar a un padre soltero de una bacteria resistente a los medicamentos.

Una operación para corregir un defecto cardíaco de un adolescente pone a Shaun y al Dr. Morgan en desacuerdo. La experiencia de un nuevo residente como agente de policía lo lleva a dudar sobre los motivos de un asesino preso que quiere ser donante de órganos.

Mientras Claire (Antonia Thomas) y Morgan (Fiona Gubelman) no están de acuerdo sobre cómo tratar a un paciente al que descubren está usando una tarjeta de seguro robada, Shaun (Freddie Highmore) se vincula emocionalmente con una paciente adolescente que se prepara para una cirugía que le permitirá sonreír por primera vez.

Distraído por algunas noticias preocupantes sobre Glassman (Richard Schiff), Shaun (Freddie Highmore) comete un error que podría terminar con su carrera.