Le grand-père de Seg est condamné à mort pour avoir refusé de prêter allégeance à la Voix de Rao. Sa famille perd son rang et vit dans les bas-fonds. Quelques années plus tard, Seg empêche un attentat et se voit offrir un rang par Daron à condition qu'il s'unisse à sa fille Nyssa. Mais Seg est amoureux de Lyta, la fille du général Jayna. Un homme, Adam Strange, lui confie un prisme mystérieux avant de disparaître. La mère de Seg, Charys, l'emmène alors dans la Forteresse de Solitude de son grand-père. Celui-ci avait découvert qu'ils n'étaient pas seuls dans l'univers et qu'une menace planait sur eux...

Seg refuse de croire ce qu'Adam lui raconte et il entend poursuivre son projet de vengeance, mais Daron lui confirme une partie de l'histoire d'une menace extra terrestre qui obsédait son grand-père. Dans la forteresse de Val, il réactive un module avec son sang, et l'hologramme de son grand père apparait. Désormais certain que la menace de Brainiac existe bel et bien, il remet à plus tard ses projets de vengeance, tandis qu'Adam et Kem découvrent une sonde dans les terres gelées, indiquant que Brainiac est déjà en chemin...

Seg et Adam partent à la recherche de la sentinelle de Brainiac en espérant la désactiver avant qu'elle ne transmette des informations à son maître. C'est Rhom, une amie de Seg, qui l'a récupérée et le parasite qu'elle contient s'est emparé d'elle. Pendant ce temps, Lyta doit diriger l'offensive contre Black zéro dans le secteur dix-neuf, et la situation lui échappe quand une de ses sagitaris tue un civil désarmé...

Afin d'apaiser les tensions causées par l'opération des Sagitari, la Voix de Rao réclame un bouc émissaire : Lyta est arrêtée. Nyssa propose une alliance à Jayna afin de détrôner la Voix de Rao. Kem annonce à Ona que sa mère ne reviendra pas. Ona rencontre la Voix de Rao et lui offre une statuette. Celui-ci la prend sous son aile. Mais la statuette le place sous l'emprise de Brainiac. Seg se fait enlever par le général Zod. Il parvient à s'évader...

Adam tente de mettre Seg en garde : ils ne doivent pas se servir de l'arme gardée par les Cythonnites. Mais Seg préfère s'allier au général Zod. Nyssa, son père, Jayna et Dev complotent pour tuer la Voix de Rao...

La voix de Rao a révélé son véritable visage, celui d'un agent de Brainiac. Daron négocie avec lui et accepte de livrer tous les conjurés, y compris sa fille qui est arrêtée. Seg et Lyta retrouvent Jayna et ils découvrent que Dev porte la marque de la voix de Rao, depuis que celui-ci est entré dans son esprit. Jayna pense qu'il faut lever une armée, mais Seg préfère utiliser la cérémonie du Cycle de Nova pour forcer la voix a montrer son vrai visage au peuple. Pendant ce temps, Adam demande à Val de l'aider à réparer son appareil et celui-ci le convainc que malgré sa faiblesse il peut encore devenir un héros...

Adam s'allie à Daron pour empêcher Zod de changer le cours de l'Histoire. Jayna prévient Seg : elle pense que Zod est venu pour régner sur Krypton. Lyta et Seg récupèrent Dev et l'utilisent pour neutraliser la Garde Rouge afin d'atteindre la Voix de Rao...

Alors que la voix de Rao tente toujours d'entrer en contact avec Brainiac, les factions se divisent. Zod réussit à convaincre Lyta que le seul moyen de le vaincre est de libérer Doomsday, mais les Cythonites préfèrent s'en servir pour anéantir Kandor définitivement. Seg et Lyssa comprennent que la voix de Rao cherche une source d'énergie et réussissent à unir Black Zéro et les Sagitaris pour tenter un assaut sur les générateurs du dôme...

Seg et Zod font revenir Val de la zone fantôme. Val leur dit que dans toutes les visions du futur qu'il a pu avoir, Brainiac s'empare de Kandor. Nyssa essaie de sauver son enfant en allant dans la Chambre de la Genèse. Lyta tente le tout pour le tout et lance une attaque aérienne contre Brainiac...