Nell'emozionante finale della prima stagione, Joe mette alla prova la sua moralità cercando di impedire che l'epidemia si diffonda.

Il passato traumatico di Deacon è al centro dell'antenzione. Sharla insegue Joubert. Mae fa una scoperta terribile. Dopo aver scoperto il luogo del complotto, Bob considera tutte le sue opzioni. Nel frattempo, Joe costringe Janice e Caleb ad aiutarlo.

Joe continua a mettere insieme le prove. Bob dà inizio a una missione di cattura senza l'approvazione di Reuel. Mae riceve informazioni su Sam ed Elden da Irisi. Nathan affronta Gareth.

Un'altra persona vicina a Joe viene trovata morta. Bob condivide la sua teoria sull'attacco all'IEP con Sharla. Iris dà a Mae informazioni che mettono in pericolo la vita di entrambe.

Mae è torturata dalle domande senza risposta sulla morte di suo marito. Caleb dice a Joe della sua fonte presso la CIA. Joubert e Boyd si incontrano a casa di Kathy e fanno una scoperta fondamentale.

Reuel e Marty sperano che Caleb Woolf sarà la chiave per la cattura di Joe. Bob cerca di ottenere informazioni da Joubert. A Riad viene messo in atto un piano.

Con la task force alle costole, Joe è costretto a scappare con Kathy. Marty sospetta che potrebbe esserci una talpa nella sua squadra. Reuel è sempre più preoccupato della lealtà di Bob. La ricerca di risposte di Joe lo porta da due persone importanti del suo passato.

La notizia del massacro all'IEP si diffonde. Bob cerca un alleato dopo aver scoperto che deve lasciare l'operazione per trovare Joe. Reuel interroga Mae sul comportamento recente di Sam.

Joe scappa dall'IEP, ma la sua sicurezza rimane in dubbio. Non sapendo di chi fidarsi, Joe si rivolge a Bob Partridge. Nel frattempo, viene costituita una task force per indagare sul massacro. Con la vita del suo miglior amico ora in pericolo, Sam ha difficoltà a scegliere la sua prossima mossa.

Il giovane analista Joe Turner scopre che la CIA sta usando un algoritmo che lui ha sviluppato per spiare i cittadini americani, portando l'organizzazione a un complotto terroristico che minaccia la vita di milioni di persone.