Der CIA-Computerexperte Joe Turner findet heraus, dass der Geheimdienst einen von ihm entwickelten Algorithmus verwendet, um US-Bürger auszuspionieren. Durch das Programm wird die Behörde auf eine terroristische Verschwörung aufmerksam, die zahllose Menschen bedroht. Nachdem ein vermeintlicher Anschlag verhindert wurde, entdeckt Joe Beweise, die den Angriff in einem neuen Licht erscheinen lassen. Dadurch gerät nicht nur sein Leben in Gefahr.

Joe hat den Angriff auf sein Büro überlebt und konnte den Killern entkommen. Da er nicht weiß, wem er noch trauen kann, wendet er sich an seinen Onkel Bob Partridge, der ihn einst für die CIA rekrutierte. Als sie sich in einem Park treffen wollen, tauchen die Attentäter auf. Sam Barber, den Schuldgefühle wegen seiner Beteiligung an der Verschwörung plagen, eilt seinem Freund Joe zur Hilfe. Dabei wird er jedoch verletzt. Joe versteckt sich daraufhin bei seinem früheren „Tinder“-Date Kathy.

Die Nachricht vom Massaker in Joes Büro verbreitet sich rasch. Bob sucht nach neuen Verbündeten, nachdem er von der Suche nach Joe ausgeschlossen wurde. Er hofft, dass ihn die FBI-Agentin Sharla Shepard mit Informationen versorgt. Derweil wird Mae, die Witwe von Sam Barber, vom Geheimdienst verhört. Joe versucht, sich in seinem Unterschlupf bei Kathy einen Überblick über die Situation zu verschaffen – doch die Attentäter und das Sonderkommando sind ihm schon auf den Fersen.

Das Sonderkommando rückt näher und Joe sieht sich gezwungen, mit Kathy zu fliehen. Wegen der Flucht der beiden vermutet Marty Frost, die neue Leiterin der Terrorismus-Task-Force, einen Maulwurf in ihrem Team. Der CIA-Offizier Reuel Abbot hinterfragt Bobs Loyalität der Behörde gegenüber. Joes Suche nach Antworten führt ihn in seine Vergangenheit. Sein alter Bekannter Caleb Woolf, ein Internet-Aktivist, spricht im Fernsehen über den Algorithmus des Geheimdienstes.

Die Task-Force unter der Leitung von Reuel Abbot und Marty Frost hofft, dass Caleb Woolf der Schlüssel zur Ergreifung von Joe ist und will ihn um jeden Preis ausfindig machen. Um sich mit Caleb treffen zu können, muss Joe ein hohes Risiko eingehen. Bob Partridge versucht, Gabrielle Joubert Informationen zu entlocken. Währenddessen setzt Deacon Mailer in der saudischen Hauptstadt Riad einen perfiden Plan in Bewegung.

Trauernd lässt Joe Kathys Leiche an einem Fluss zurück. Bob erzählt Sharla von seiner Theorie über die Verschwörung und klärt sie über die Attentäterin Gabrielle auf. Iris, die Witwe von Sams früheren Vorgesetzten Elden Loramer, teilt Mae Barber geheime Informationen mit und bringt so ihrer beider Leben in Gefahr. Unterdessen findet Sharla Joe und kann ihn konfrontieren. Er versucht, das Vertrauen der Agentin zu gewinnen.

Sharla fesselt Joe an einen Heizkörper, um einen Vorsprung bei der Verfolgung von Gabrielle Joubert zu haben. Bob geht seinem Verdacht weiter nach und findet ein Video, das Ammar Nazari mit dem Chemiewaffen-Experten Abu-Saeed zeigt. Bob glaubt allerdings weiterhin, dass Ammar nicht für den geplanten Anschlag auf das Football-Stadion verantwortlich war. Ein CIA-Team kann Abu-Saeed gefangen nehmen. Dieser erzählt Bob, dass er mit dem Pest-Erreger infiziert wurde.

Deacon Mailer bereitet sich darauf vor, den Pest-Erreger beim Haddsch in Mekka freizusetzen. Mae Barber findet unterdessen Iris’ Leiche. Reuel Abbott bedroht sie und ihre Familie, damit sie die Speicherkarte mit den Beweisen aushändigt. Nachdem Bob den Ort der Verschwörung entdecken konnte, überlegt er sich seine nächsten Schritte. Joe versucht derweil Janice und Caleb zu überreden, ihm zu helfen.

Joes Moral wird auf eine harte Probe gestellt. Er versucht alles in seiner Macht Stehende, um den Ausbruch der gefährlichen Krankheit zu verhindern. Sharla Shepard und Marty Frost können Gabrielle Joubert zu ihrem Unterschlupf verfolgen. Als sich Marty gegen Sharla wendet, kann Sharla noch zurückschießen und sie verletzen. Mae Barber entführt Marty aus dem Krankenhaus und übergibt sie an Joe.