Der CIA-Computerexperte Joe Turner findet heraus, dass der Geheimdienst einen von ihm entwickelten Algorithmus verwendet, um US-Bürger auszuspionieren. Durch das Programm wird die Behörde auf eine terroristische Verschwörung aufmerksam, die zahllose Menschen bedroht. Nachdem ein vermeintlicher Anschlag verhindert wurde, entdeckt Joe Beweise, die den Angriff in einem neuen Licht erscheinen lassen. Dadurch gerät nicht nur sein Leben in Gefahr.

Joe hat den Angriff auf sein Büro überlebt und konnte den Killern entkommen. Da er nicht weiß, wem er noch trauen kann, wendet er sich an seinen Onkel Bob Partridge, der ihn einst für die CIA rekrutierte. Als sie sich in einem Park treffen wollen, tauchen die Attentäter auf. Sam Barber, den Schuldgefühle wegen seiner Beteiligung an der Verschwörung plagen, eilt seinem Freund Joe zur Hilfe. Dabei wird er jedoch verletzt. Joe versteckt sich daraufhin bei seinem früheren „Tinder“-Date Kathy.

Die Nachricht vom Massaker in Joes Büro verbreitet sich rasch. Bob sucht nach neuen Verbündeten, nachdem er von der Suche nach Joe ausgeschlossen wurde. Er hofft, dass ihn die FBI-Agentin Sharla Shepard mit Informationen versorgt. Derweil wird Mae, die Witwe von Sam Barber, vom Geheimdienst verhört. Joe versucht, sich in seinem Unterschlupf bei Kathy einen Überblick über die Situation zu verschaffen – doch die Attentäter und das Sonderkommando sind ihm schon auf den Fersen.

Das Sonderkommando rückt näher und Joe sieht sich gezwungen, mit Kathy zu fliehen. Wegen der Flucht der beiden vermutet Marty Frost, die neue Leiterin der Terrorismus-Task-Force, einen Maulwurf in ihrem Team. Der CIA-Offizier Reuel Abbot hinterfragt Bobs Loyalität der Behörde gegenüber. Joes Suche nach Antworten führt ihn in seine Vergangenheit. Sein alter Bekannter Caleb Woolf, ein Internet-Aktivist, spricht im Fernsehen über den Algorithmus des Geheimdienstes.

Die Task-Force unter der Leitung von Reuel Abbot und Marty Frost hofft, dass Caleb Woolf der Schlüssel zur Ergreifung von Joe ist und will ihn um jeden Preis ausfindig machen. Um sich mit Caleb treffen zu können, muss Joe ein hohes Risiko eingehen. Bob Partridge versucht, Gabrielle Joubert Informationen zu entlocken. Währenddessen setzt Deacon Mailer in der saudischen Hauptstadt Riad einen perfiden Plan in Bewegung.

Joe trifft Caleb Woolf in dessen Unterschlupf. Die beiden tauschen ihre Informationen zum Attentat auf Joes Büro aus und Caleb offenbart ihm seine geheime CIA-Quelle. Mae Barber quält sich weiterhin mit den offenen Fragen zum Tod ihres Mannes Sam. Der Agent Boyd Ferris folgt Gabrielle Joubert zum Haus von Kathy Hale. Während die beiden dort auf Joe lauern, kommen Boyd Zweifel an Gabrielles Loyalität.

Trauernd lässt Joe Kathys Leiche an einem Fluss zurück. Bob erzählt Sharla von seiner Theorie über die Verschwörung und klärt sie über die Attentäterin Gabrielle auf. Iris, die Witwe von Sams früheren Vorgesetzten Elden Loramer, teilt Mae Barber geheime Informationen mit und bringt so ihrer beider Leben in Gefahr. Unterdessen findet Sharla Joe und kann ihn konfrontieren. Er versucht, das Vertrauen der Agentin zu gewinnen.

Sharla fesselt Joe an einen Heizkörper, um einen Vorsprung bei der Verfolgung von Gabrielle Joubert zu haben. Bob geht seinem Verdacht weiter nach und findet ein Video, das Ammar Nazari mit dem Chemiewaffen-Experten Abu-Saeed zeigt. Bob glaubt allerdings weiterhin, dass Ammar nicht für den geplanten Anschlag auf das Football-Stadion verantwortlich war. Ein CIA-Team kann Abu-Saeed gefangen nehmen. Dieser erzählt Bob, dass er mit dem Pest-Erreger infiziert wurde.

Deacon Mailer bereitet sich darauf vor, den Pest-Erreger beim Haddsch in Mekka freizusetzen. Mae Barber findet unterdessen Iris’ Leiche. Reuel Abbott bedroht sie und ihre Familie, damit sie die Speicherkarte mit den Beweisen aushändigt. Nachdem Bob den Ort der Verschwörung entdecken konnte, überlegt er sich seine nächsten Schritte. Joe versucht derweil Janice und Caleb zu überreden, ihm zu helfen.

Joes Moral wird auf eine harte Probe gestellt. Er versucht alles in seiner Macht Stehende, um den Ausbruch der gefährlichen Krankheit zu verhindern. Sharla Shepard und Marty Frost können Gabrielle Joubert zu ihrem Unterschlupf verfolgen. Als sich Marty gegen Sharla wendet, kann Sharla noch zurückschießen und sie verletzen. Mae Barber entführt Marty aus dem Krankenhaus und übergibt sie an Joe.

Nach den dramatischen Ereignissen der ersten Staffel reist der frühere CIA-Analyst Joe Turner durch Europa, um sein altes Leben hinter sich zu lassen. In Budapest wird er vom russischen Agenten Vasili angesprochen, der politisches Asyl sucht. Im Gegenzug bietet der Überläufer an, die Identität eines Maulwurfes innerhalb der CIA zu offenbaren. Als Joe kurz darauf vom vermeintlichen Selbstmord seines Onkels Bob erfährt, weiß er, dass er der Welt der Geheimdienste nicht entfliehen kann.

Nach dem Überfall auf seinen Wagen und dem Verschwinden von Vasili, zweifelt Joe daran, dass Bob Suizid begangen hat. Er will die Verantwortlichen für den Mord an seinem Onkel finden. Unterdessen erzählt Reuel der Chefin der Gegenspionage-Einheit, Robin Larkin, dass er Hinweise über einen Maulwurf innerhalb der CIA erhalten habe. Als Joe in Bobs Haus nach Spuren sucht, wird er von einem Angreifer überrascht und niedergeschlagen. Auf der Beerdigung seines Onkels macht er jedoch eine Entdeckung.

Robin Larkin befragt Joe zum Überfall auf ihn und Vasili und warum er Gordon beobachtet habe. Sie bittet ihn um Unterstützung bei dessen Observierung. Während Joe sich Gordon langsam annähert, beginnt Reuel Abbott, mit seiner Vergangenheit zu hadern und versucht, Wiedergutmachung zu leisten. Unterdessen ist der russische Top-Agent Volk in den USA angekommen. Er verhört die Geheimdienst-Angestellte Kat über Vasili Sirin und Joe Turner.

Sammy gibt Reuel die Schuld am Tod seines Vaters und will sich an ihm rächen. Er schwärzt ihn fälschlicherweise bei der Polizei an und sieht zu, wie die sein Haus stürmt. Die kindische Taktik überrascht den CIA-Veteranen. Als Joe auf Sammy aufpasst, gesteht der ihm seine Tat. Derweil hilft Kat wider besseres Wissen ihrem alten Vorgesetzten Vasili. Volk verdächtigt sie und durchsucht ihr Zuhause. Doch Kat weiß, wie sie ihn ablenken kann.

Joe beschließt, Robin zu helfen. Sie versorgt ihn mit neuen Informationen über Gordon. Ihm kommen jedoch Zweifel an dessen Schuld und er geht weiteren Hinweisen nach. Unterdessen schmuggelt Kat Vasili aus ihrer Wohnung und versteckt ihn im Haus ihres Liebhabers. Nach einem unerwarteten Geldsegen gönnen sich Gordon und Eva ein bisschen Zweisamkeit. Doch Robin und Co. haben davon erfahren, und Tracy soll ihn zum Verhör abholen.

Tracy informiert Joe, dass sie Gordon in Gewahrsam genommen haben und verhören. Joe glaubt jedoch nicht an Gordons Schuld. Tracy trifft sich mit Volk und macht ihn auf Joe aufmerksam. Als er ihm erzählt, dass er erwägt, nicht mehr als Doppelagent zu arbeiten, droht Volk ihm. In der Zwischenzeit versucht Joe, herauszufinden, wer den Krankenwagen gemietet hat, der beim Überfall auf ihn und Vasili zum Einsatz kam. Derweil spricht Mae mit der Senatorin Thrush, um Reuel zur Rechenschaft zu ziehen.

Nachdem die Beteiligten am Überfall auf Joe und Vasili von den Russen ermordet wurden, glauben Reuel und Joe, dass die feindlichen Agenten Gordon reingelegt haben. Joe trifft Kat am Treffpunkt, den er mit Vasili ausgemacht hatte. Sie verrät ihm Vasilis Versteck. Volk ist Joe gefolgt, hat Kat aber nicht gesehen. Er ruft sie an und will mit ihr Joe observieren. Als Joe Vasili trifft, kleben ihm die beiden an den Fersen. Unterdessen wollen Mae und Tracy für eine Zeit lang untertauchen.

Volk hat einen Trupp losgeschickt, um Joe und Vasili zu finden. Die beiden gehen ein großes Risiko ein, um zu entkommen. In der Zwischenzeit bittet Robins russische Informantin um Schutz, da sie glaubt, aufgeflogen zu sein. Doch Volk kommt ihr zuvor. Tracy erfährt von Joe, dass Vasili noch lebt, aber nicht weiß, wer der Maulwurf ist. Er ruft Volk an und sagt ihm, dass er aussteigen will. Reuel findet heraus, dass Sammy hinter den Angriffen auf ihn steckt – und dass auch Mae gegen ihn vorgeht.

Gordon ist in der Haft kurz vor einem Zusammenbruch, doch ein Besuch seiner Frau verleiht ihm neue Kraft. Als ein Zeitungsartikel über ihn als Doppelagenten erscheint, spitzt sich die Lage jedoch wieder zu. Unterdessen nötigt Joe Kat, ihm zu helfen, Volk zur Strecke zu bringen. Allerdings beichtet sie dem russischen Spion, dass sie Vasili geholfen hat, und dass Joe sie erpresst. Joe will den verletzten Vasili bei Mae verstecken, doch Tracy ist bei ihr. Der begeht daraufhin einen folgenschweren Fehler.

Tracy lockt Joe und Vasili in ein vermeintliches Safe House. Als sie dort ankommen, informiert er Volk. Der schickt einen Trupp Soldaten, doch Joe und Vasili sind bereits weg. Bevor Volk erkennt, dass er hintergangen wurde, schlägt Tracy ihn nieder und bringt ihn zu Joe. Doch kann der dem Maulwurf trauen? Wem gilt seine Loyalität? Unterdessen beschließt Reuel Abbott, Wiedergutmachung für seine Fehler zu leisten. Er will vor der Öffentlichkeit aussagen.