主人公「中山ひなこ」は、高校の入学式に向かう途中、とあるキッカケから県下一の不良男子校「獅子吼学園」に通う羽目になる。“これが獅子吼の入学式”という、壮絶な大乱闘を前に驚くばかりのひなこ。あわやその渦中に巻き込まれるところに、「箕輪斗々丸」と名乗る少年が現れ――。

高校入学初日を終えたひなこは、サングラスの男が運転する黒塗りの車に乗せられ帰宅の途につく。その車に同乗しているひなこに良く似た女子高生。その女子高生こそ本来獅子吼学園に通うハズであった少年「鬼ヶ島ひかる」。とある理由からひなこは「鬼ヶ島ひかる」として獅子吼学園に通うのだった。“獅子吼制覇”の使命を背負って――。

他校のヤンキー達が小学生をカツアゲしているところを目撃したひなこ。そのヤンキー達に注意をしたひなこは彼らに喧嘩を仕掛けられる。喧嘩の最中、不意打ちを仕掛けられたひなこは、同じ獅子吼学園一年の「金春貴之」に助けられる。しかし、ひなこに課せられた“獅子吼制覇”の使命には、金春との闘いが避けられない運命にあることを物語っているのだった――。

“県下一のヤンキー校「獅子吼学園」”にも、定期試験はあった……。近づく中間試験を前に、ひなこ、斗々丸、金春の三人で勉強会を開催することに。場所は何故かひなこの自宅。試験勉強と同時に、ひかると同居している自宅での勉強会で正体をバレないようにしなければならないひなこ。“ヤンキー”と“勉強”、この二つの要素が掛け合った先には波乱の予感が―――。

ある朝、ひなこ達は校門前に、獅子吼に似つかわしくない黄色い声援と女子の人だかりを見る。その中心にいる人物に見覚えがあるひなこ。それは双子の兄ひかるが大ファンのアイドル「未良子裕太」だった。彼は獅子吼に通う生徒で、吉良と並ぶ二年ツートップの内の一人。「女にしか見えない」と妖しく接近してくる未良子にひなこは勝負を挑み、無理矢理男だと理解させようとするが……。

獅子吼学園での未良子のソロライブが間近に迫る中、ひなこ達は未良子について何か聞き出そうと、もう一人の二年トップ「吉良麟太郎」に会いに行く。「友達」「仲間」というフレーズに過敏な反応を見せる未良子の寂し気な瞳の中に、かつての孤独な自分の姿を重ねるひなこ。そこで吉良から聞かされる未良子の過去。そしてライブ当日、最高潮の盛り上がりを見せた時、見守るひなこ達の前に「招かれざる客」が乱入して―――。

とある用事で長年過ごした児童養護施設鈴風に出向いたひなこ。そこで、自分にはかつて「お兄ちゃん」と慕っていた存在がいたことを思い出す。弱かった自分を守ってくれたこと、その姿に憧れて強くなろうと思ったこと。遠い過去の記憶としてぼんやりとしたイメージでしか浮かばないその姿―――。そんな中、ひなこは「吉良麟太郎」から屋上に呼び出され、「お前は鬼ヶ島ひかるではない」と告げられる。

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過去の記憶について思い悩むひなこの前に、ひかるの兄「鬼ヶ島鳳凰」が現れる。弟として振る舞おうとするひなこの「兄さん」の言葉に感動する鳳凰。ひなこは兄として、また獅子吼の先輩としての鳳凰の言葉に前向きな力をもらう。一方、吉良は未良子に呼び出され、タイマンで喝を入れられる。ひなこと吉良、悩める二人はそれぞれ、一つの結論に向かって歩み始める。

夕暮れの屋上で、ひなこは吉良と再び対峙する。「女として生きろ」と迫る吉良。ひなこは、かつて慕った「兄」へ自分を偽ることに心苦しさを感じながら、友の為、ここを去ることは出来ない旨を伝える。その結論と共に己の拳を吉良に向けるひなこ。男であること、そしてもう「守ってもらうだけ」のか弱き存在ではないことを証明する為に。不器用な二人の「兄妹」は各々の想いと、その拳を交わす――。

ある日、降って湧いた「鬼ヶ島ひかる女疑惑」。県下一の不良校の一年と二年が女に制圧された！という噂は獅子吼のヤンキー達のプライドを踏みにじり、学園は大騒ぎに。

ひなこ達は拡大する騒動に有効な手を打てぬまま、遂には体育館でひなこを吊し上げる「魔女裁判」が開かれることに。怒り狂うヤンキー達に追い詰められるひなこ。その混乱の最中、坂浦第三高校のヤンキーたちが突如現れる。

獅子吼学園に乗り込んだ坂浦第三高校のヤンキーたちは、精神的に追い込まれたひなこを一気に叩き潰そうと攻勢をかける。大勢の獅子吼のヤンキーたちが身動きをとれずただ傍観する中、ひなこを信じて戦う斗々丸、金春、吉良、未良子ら四人。ひなこは仲間が自分への信頼から身を挺する姿を目の当たりにし、自分が彼らについている嘘の重さに苦悩し立ち尽くす。その時、「ある男」の一喝が体育館に響き渡る。