博人偷乘雷车闲逛时遇到了被欺凌的电气，帮电气摆脱不良少年们的纠缠后两人彼此都有了了解，电气是全国第一大企业“雷门公司”家的公子，因为父亲的缘故他不得不去忍者学校学习忍术，而博人告诉他必要的时刻需要强硬的反抗。父亲给予的压力让电气产生了负面情绪，从而招致了一股不祥的力量，获得了力量的电气打算用极端的方法证明自己。

忍者学校曾是木叶的忍者培训机构，这间一度强迫学员接受残酷训练的学舍如今也因为社会的安定和现代化而彻底改头换面，成为了实施各种教育的学习场所。雷车事件再加上博人的特殊身份让他备受同学们的非议，毒舌的井阵还将他称为火影家的二世祖，对于这些博人并没有太过在意，而学校里最大的麻烦还是找上了他。

平时训练刻苦的梅塔尔本该有不错的表现，但他一紧张就会出错的毛病限制了自己的实力，在进行岩像修补工作时还毁掉了火影岩像一半的脸。鹿台指责了梅塔尔后立马意识到自己错了，但他想要找梅塔尔道歉时却遭到了攻击，博人看到梅塔尔身上的气息与当时暴走的电气一样，到底是什么力量在扰乱梅塔尔的心智？

作为老师的木叶丸在忍术班的同学面前展示了通灵之术，被女生围住的木叶丸很不适应，博人吐槽木叶丸后遭到了班上女生的斥责。不单单如此，女生与男生们的矛盾还有很多，佐良娜认为都是博人他们的缘故让整个忍术班都遭人白眼。志乃认为竞争有利于忍者的成长，于是他为男生和女生们准备了一场忍术对抗赛。

一大早街道上就非常混乱，闹事的学生身上也有着异样的查克拉，博人与鹿台等人合力将对方击退，但真正摆平混乱的则是音忍村的转校生巳月。神秘的转校生让本就不好管理的忍术班更加混乱，这深深的打击到了志乃，他开始怀疑自己是否还适合继续担任教师，在红的鼓励下志乃打算用自己的方式与学生相处，但结果却依旧不尽人意。

被神秘力量附身的志乃爆发了所有的负面情绪，他放任虫子肆意攻击，在暴走的上忍面前博人一行连逃跑都非常吃力。鹿台从一开始就不信任巳月，为了打败老师他提议让巳月来担当诱饵，但这却遭到了博人的反对，博人准备在不牺牲任何人的情况下解决事件，包括想要至他们于死地的志乃老师。

佐良娜、蝶蝶和堇最近遇到了一件烦心事，她们总感觉有人跟踪她们，被跟踪了几次之后蝶蝶终于逮到了这个跟踪狂。隔壁班的纷暗恋着堇，不敢表达爱意的他选择偷偷跟在堇的后面，在蝶蝶的鼓励下纷鼓起勇气告白，被拒绝后纷心生恨意，等到再次见到纷时博人又看到了那股邪恶的力量。

博人整理了所有与黑影有关的事件，他很疑惑为什么只有他能看到这股力量，在一个奇怪的梦中他了解到自己的眼睛里蕴含着力量。博人眼睛的特性让他不自觉联想到了自己的母亲，他认为自己觉醒了白眼的力量，但白眼需要大量的修炼才能开眼，因此鸣人并不赞同他的说法。为了证明自己的力量博人决定去找外公一问究竟。

在与花火的切磋中博人使出了全力，但直到最后也丝毫没有开眼的迹象，博人开始明白自己的这只眼睛并不是白眼。虽然博人并没有开启白眼，但鸣人可以肯定自己的儿子并没有撒谎，博人可能拥有了白眼以外的某种力量。博人对着影正的电影海报喃喃自语时遇到了佐良娜，两人谈到影正的续篇可能会中止时神秘的黑影又出现了。

博人将诡异的黑影命名为“幽灵事件”，类似的情况在这周已经发生了七起，能看得见黑影的博人与鹿台、巳月一起开始调查，但整整一天过去了依旧没有线索，三人还因为翘课的缘故受到了责骂。在职业体验中博人等人选择了可以四处走动的邮局工作，他们想要尽快解决事件，而佐井也展开了调查，这起事件很可能与根的残党有关。

班长卷入“灵魂事件”受了伤，博人为此非常自责，唯一能看到黑影的他认为自己要尽快解决事件，但这却遭到了鸣人的反对。志乃老师出面肯定了博人的想法，鸣人看到志乃的坚持后做出了让步，鹿台根据最近的情况开始分析如何找出黑影。和他们猜想的一样，在他们佯装离开邮局后操纵黑影的人物出现了。

巳月在与博人相处的这段时间里发现自己变了，在训练中他竟然不自觉的伸手帮助了电气，用鹿丸的解释来说就是他被博人传染了。巳月很在意为什么班里性格各异的同学都围绕在博人的身边，询问了一圈后他隐约知道了答案。火影工作的繁忙让博人对自己的父亲又爱又恨，博人立志要做大人做不到的事情，而这句话勾起了巳月内心深处的回忆。

最近一连串的事件牵扯出了根的残党，佐井在秘密研究所找到了线索。与此同时，早已清楚真正犯人是谁的巳月向博人透漏了消息，但博人却怎么也不愿相信，因为操纵暗影的竟然是他们的班长堇。在遭到佐井抓捕时堇召唤出了鵺，狂暴的鵺势必会给村子带来灾难性的打击，巳月接到的任务是杀掉堇从而停止鵺的活动，面对这种局面博人又会做出怎样的选择？

鵺与其他通灵兽的区别在于栖息环境，卡卡西推测鵺已经带着堇前往异世界，他们无法主动干涉，而唯一可以阻止堇的只有跟过去的博人和巳月。知道了真相的博人依旧将堇看做同班同学，在他的眼里堇还是那个时刻为班里同学着想的班长，堇听到这些后情绪发生了变化，围绕在堇身上的黑影渐渐淡去。

幽灵事件解决后博人的神秘力量就再也没有发动过，但他更担心的是班长堇的现状。校舍接近完工，志乃老师让大家重新组队进行实战训练，这是为了让同学们多做尝试，借此找到毕业后能够一起组队的同伴，这个时候大家都想起了缺席的堇。堇现在的状况非常尴尬，要不要回到学校还得看她本人的意愿，为此志乃亲自去探望了堇。

电气的忍术课成绩很差，继续下去他就要面临留级的危机，不愿意留级的他无意间提到了一直没能毕业的岩部。岩部并没有因为电气的言论生气，他反而主动帮助不得要领的电气，得知岩部的文化课没有进展时电气也伸出了援手，相互帮助的两人都得到了提升。自信满满的岩部和电气赶往考场，但在途中却看到了火灾现场。

小樱好不容易迎来了难得的假期，她和井野约好一起旅行，而乖巧的佐良娜则留下来看家。独自乘坐雷车的佐良娜准备帮妈妈将玩偶送还给医院里的孩子，但在下车的时候却把包裹遗忘了，一向风评良好的她决定抛弃形象爬上雷车，但却碰巧遇到了博人等人。无计可施的佐良娜遇到了蝶蝶，当她们去失物招领处时却发现包裹被人误领了。

博人在家里照顾生病的小葵时看到了全家的合照，这让他想起了爸爸任职火影当天的事情，惹怒了小葵的他不光得到了惨痛的教训，还牵连爸爸整整昏迷了一天。一直忙于工作的鸣人知道女儿生病后立刻赶回了家，他和博人争执晚餐要吃什么时被雏田赶出了家门，而这对父子也难得在一乐拉面里一起吃了个饭。

木叶的少年忍者们都在父亲的教导下练习忍术，这让没见过自己父亲几面的佐良娜心里很不是滋味，就连常做蠢事被鸣人追着到处跑的博人也足够让她羡慕。积压已久的情绪终于爆发了，她询问母亲关于父亲佐助的事情，但小樱模棱两可的回答并没有说服她。一次偶然的契机佐良娜看到了佐助与鹰小队成员的合照，照片中出现的女人让她开始怀疑自己的身世。

任务中的佐助遭到了袭击，而袭击他的少年竟然有着写轮眼。收到佐助的讯息后鸣人知道这次事件的严重性，他和佐助约定了见面的地点后立即出发，碰巧听到的佐良娜打算跟过去。佐良娜和悲剧女主综合症发作的蝶蝶一起追赶鸣人，在途中她们遭到了攻击，袭击她们的正是佐助遇到过的写轮眼少年。

佐良娜满怀期待来到了父亲佐助面前，但佐助却误将佐良娜当成了敌人，面对佐良娜的诸多疑问佐助却用冷漠的态度搪塞了过去，这样的结果让佐良娜失望透顶，而佐助也有着自己的难言之隐。在鸣人安慰佐良娜时拥有写轮眼的敌人出现了，自称宇智波信的敌人扬言要复活晓，在鸣人和佐助联手御敌的时候小樱也赶了过来。

自称宇智波信的敌人左臂里埋入了复数的写轮眼，这让鸣人和佐助联想到了大蛇丸，为了救回小樱他们决定前往大蛇丸的基地。在大蛇丸的基地里佐良娜看到了和爸爸合照的鹰小队成员，她私下询问水月关于香燐的事情，并称香燐可能是自己的亲生母亲，多事的水月拿出香燐留下的脐带样本比对DNA，没想到竟与佐良娜的DNA完全吻合。

佐助等人朝着信的巢穴前进，途中他们遭到了众多克隆体的攻击，虽是克隆体但鸣人并没打算下重手，在鸣人压制克隆体时佐助与佐良娜先行一步援助小樱。确定信没有同伙后小樱展开了攻势，在和佐助汇合后信被完全压制，所有的克隆体全部集中到了信的周围，但他们做的第一件事竟然是杀死了信，在信不知道的情况下克隆体们实施着自己的计划。

木叶村举办五影会谈来讨论如何应对辉夜所提防的强大敌人，同时带出现今的年轻人缺乏实力和心理的根本性问题。博人尝试突破比平时更加森严的戒备，在火影岩上大肆涂鸦；而刚开启写轮眼的佐良娜确立自己的新目标“成为火影！”，为此更加努力修行。二人为此争执，并互相看不上对方。当五影目睹博人敢于在鸣人火影岩涂鸦的“壮举”后，突然间消除之前的担心，开始对未来充满希望。

忍者学校为博人一行人安排一次修学旅行，集体前往水之国的雾隐村，博人他们在四代水影枸橘矢仓的孙子枸橘神乐的带领下参观村子。博人他们所见的是充满活力的现代化村子，根本无法想像这里曾经被称为让孩子互相残杀的“血雾之里”。但神乐心中却似乎在思考着什么，博人一行人也与一些当地人发生冲突。

博人一行人在神乐的带领下四处参观。在忍者学校里，他们见识到雾忍者村极为高超的剑术。博人和神乐互相比试剑术，但是在一个照面下便败下阵来。在海滨时，博人提起了雾忍者村如何热情好客、村子环境也绝佳，神乐则暗暗感叹不能让这里变回血雾之村。在纪念公园他们被蜂谷钓丝等人挑衅，虽然后者惨败，但却在夜间绑架电气，意图引诱博人出来，想要让木叶见识一下“血雾之里”的办事风格，并看神乐如何收手。

博人一行人与钓丝之间团战，在神乐的帮助下救回电气。随后，神乐与博人等人一同玩牌类游戏“忍者比拼”，在于众人相处的过程中逐渐摆脱自己作为“矢仓孙子”的阴影。

神乐向长十郎表明自己决心继承双刀·鲆鲽的心意之后，长十郎允许其使用鲆鲽。正在神乐向博人炫耀自己的新刀时，尸澄真带领其手下出现在他们面前。尸澄真将自己身上因为神乐过去发狂而砍伤他的伤疤给神乐看，提醒神乐体内矢仓的血脉，宣布要向周边国家开战。随后，尸澄真要求神乐杀掉博人，但被说服的神乐不忍心杀掉博人，再加上对于砍伤尸澄真心有愧疚，决定跟从尸澄真，组成新·忍刀七人众。

被洗脑的神乐打开保管库的大门，尸澄真将村子传承的七把忍刀纳入手中。为了让雾忍者村重回血雾之里，带领“新·忍刀七人众”发动叛乱。另一方面，得知此事的博人与佐良娜表示要协助水影长十郎一起拯救神乐。

在水影长十郎的带领下，博人和佐良娜抵达尸澄真等敌人所在的村子慰灵碑旁。三人陷入只能分散开来各自应付眼前的敌人的状况，佐良娜对战继承“雷刀·牙”的女忍者黑锄文淡，博人对战神乐，长十郎对战蛇莓、迪吹巨峰和尾道八朔。岩部后来也赶到，一人击败鬼柚子一朗太。在地下水场的决战中，佐良娜活用写轮眼幻术骗过文淡，同时扔起爆符点燃氢而反败为胜。

神乐与博人之间激战正酣时，巳月赶到现场展示尸澄真企图叛国的证据，并告知其共谋者都被捕。神乐逐渐意识到自己一直被作为工具被摆弄，转而攻击尸澄真。鲛肌暴走并与尸澄真融合，但也让尸澄真变成一头失控的怪物。在长十郎的允许下，博人与神乐将鲆鲽一分为二，两人共同将尸澄真击败，将鲛肌从尸澄真身上分离开而结束战斗。

修学旅行结束不久，博人忘记答应要向日葵带的雾忍者村土产，只能先用借口说他买好水八桥但却忘在同学的行李里面。博人四处奔波寻找，在佐良娜之前去过的店里找到水八桥。他为了买下水八桥，与店主玩忍者比拼，但因为不想作弊而放弃这一轮。这一举动赢得店主的钦佩。神乐也写信给博人，称赞博人的坦率。最终，博人将水八桥拿给向日葵，并决定为之前忘性子坦率道歉。

山中井野新突然使用不出超兽伪画，心情烦躁之下还丧失画画能力。一度想要放弃的他受到身为绘画冠军的向日葵帮助，领悟到画画必须倾注自己的感情，最后为了帮向日葵取回被吹走的得奖画，重新熟练超兽伪画。

毕业前夕，博人为了吃到“梦幻的永远鲤”，于是带领所有同伴去野营，同时思考各自毕业后的人生规划。所有人最后靠互相合作成功将永远鲤钓上来，一起品尝美味来作为永远的回忆。

博人跟他同一届的伙伴们迎来毕业季，许多人已经开始规划自己的未来，而由校方、家长和孩子本身组成的“三者面谈”也已开始。但也有部分人对自己的未来犹豫不决，例如泪和山葵便因为无法一起当忍者而困惑不已。在周围人都逐渐确立未来的目标之后，博人也开始思考自己的人生。负责安排实战演练的六代火影卡卡西，装扮成记者调查每个人的情况，安排好最适合的测验。

毕业考试开始，博人在笔试中取得满分成绩。而第二天，他们在森林参加实战演练，为了检验大家的实战能力和内心的觉悟，除了有木叶丸、红豆和志乃做考官以外，卡卡西亲自出面担任主考官，限于隔天清晨前必须抢到铃铛。大家使用各自的战术开始迎接来自考官们的挑战，直接与卡卡西交手的博人虽使用各种招式，却依然在卡卡西的压制之下无法触及到铃铛，并且还无法得到卡卡西的认可。

卡卡西不认为博人一行同伴拥有当上忍者的觉悟，巳月和岩部出手将博人救出，而所有人在各自受伤的情况下，回到丛林里重新思考担当忍者背后的深意所在。受打击的博人表示自己原以为获得忍者头衔后，便可以悠闲轻松地做其他事情，开始自责自己的傲慢影响到别人。但博人周围的同伴表示，他们都是受博人激励和启发才走到今天，都决定助博人一臂之力。众人于是团结一心向考官们进行反击，在相互配合下连续击败木叶丸和红豆，最后齐心协力向卡卡西发起攻击。即使还未抢到铃铛就时限已过，但卡卡西非常欣赏众人为了当上忍者做出的努力，因此宣布全员合格，集体升为下忍。

毕业考试后，博人一行下忍进入忍者生涯下一阶段的“三人小队时期”，互为伙伴的三人此后一同执行任务并互相托付生命。佐良娜因为与博人分为一组而比较不满，在得到他们的执导上忍木叶丸给他们的申诉书之后，他们便一同前往火影所在地递交申请。然而路途上遇到由猿飞未来领导的火影护卫队却并不轻易放他们前行，提交申请便需要团队的努力共同突破，往后的任务更是需要每个人的努力。虽未能顺利提交更换小队的申请，却他们也在这次经历中拥有更明晰的共同理想。

巳月（本名实际为巳坏）在执行任务的过程中被一个名为罗古的忍者使用经引之术夺走记忆，大蛇丸和巳月打算再次寻找罗古并为巳月植回记忆。此时的巳月，却对之前执行任务的原因发出质疑，并渴望知道自己的真实身份。巳月和大蛇丸来到罗古的驻地后，巳月轻松打开铺设的结界，可大蛇丸在与罗古的对抗中却“败不旋踵”。中金缚术的巳月一直无法动弹，正当罗古试图对巳月下手时，却发觉自己中下大蛇丸的毒。只能说话的罗古在大蛇丸暂时离开之际向巳月吐露他们的真实身份，也吐露大蛇丸因为私欲而进行的制造生命的渴望。此时的巳月却进入仙人化的状态抢走所谓包含“胚胎”的卷轴，也在卷轴中发现自己的“太阳”。

博人、佐良娜和巳月被木叶丸带去执行第一个任务，但任务仅是击退盗贼的D级任务，还与猪鹿蝶小队同一天出征。在第七班到达目的村庄绿之畔之后，木叶丸察觉到这次任务并非如委派的一样只是击退盗贼、保护粮仓，邻村苍之谷也委派忍者，试图对绿之畔发动攻击，而这样的任务评级至少在B级以上。新任村长伎璃在木叶丸的要求下说出苍之谷进行攻击的真相，即敌人希望获取大桥的所有权证。如木叶丸所预料的一样，敌人在夜间再次对村庄进行袭击，所有村民也都被施以幻术，正当第七班试图找出施术的忍者时，却发觉方才出现的村长消失不见。

苍之谷试图以村长伎璃为人质要挟对方交出桥的所有权证，而个性耿直的伎璃总是想要通过一个人承担一切来守护绿之畔，村民因此恳请第七班能够救出村长。木叶丸将任务进行分配后，第七班便携带着桥的所有权证前去敌人驻地，同时提醒各位要照计划相似。到达目的地后，一行人目睹敌方将一名中间人杀害的过程，以此提出以权证来交换村长的要求。木叶丸答应条件后伺机将救出的村长委托给第七班带回村里，可自己却在与敌人交手的过程中身陷囹圄，虽随后使用打穿树林威力的螺旋丸脱险并夺回权证，但也使得敌人追赶上博人他们。这一次，第七班没有独断专行，而是齐心协力将敌人击退，在一侧观战的伎璃也从其中感受到与同伴为伍的真正感觉。

绿之畔村庄任务圆满完成，第七班被委派一系列小任务，他们赶去任务委派处找西瓜姐姐接受新的挑战，可却被正好赶到的木叶丸老师“教育”一番。在街边闲逛的博人和巳月接到通知前往银行案发现场抓捕劫匪，可博人却因为性格古怪的劫匪而抱怨不已。无奈之下，博人选择进入银行与劫匪进行攀谈，在了解齿车的经历之后，博人也深感认同，并让齿车以游戏制作者的身份而自豪。劝说成功后，博人使用雷遁帮齿车解除自身安装的炸弹，他也意识到，即便是再普通的任务，也拥有完成的意义。齿车虽然因为罪名轻的原因不会得到惩处，并在电气的帮助下于雷门公司觅得一职，但这一切似乎只是幕后团伙的佯攻，真正的挑战也在向他们逼近。

金库的宝石被一伙自称“白夜团”的组织全部盗走，而木叶丸和光太郎也暂时没有获得可用的线索。佐良娜在冰库的外面发现结冰的花朵，查阅相关资料之后推测冰库可能由使用冰遁的忍者盗走，便以此为线索寻找到“科学忍具班”的班长远也片助。片助带领他们前往黑市寻找线索，而后发现疑似交易地点的留言信息。博人一行按计划前往交易地点，虽然与冰遁之人交手，但未能成功实施他们的计划，第七班反而被敌人引入一个小村落。敌人将他们困在冰中后，解释小村落因水车损坏而不得不步行三小时取水的辛苦，盗来的宝石也已成为注入修复水车的资金。对于任务失败的懊悔以及小村落面临的现实，使博人陷入茫然与深思，而白夜团此时已经准备进行下一步。

由于白夜团的神出鬼没，木叶难以得出确切的调查结果，因此，警务部委托所有下忍在执行任务的过程中注意收集相关情报，但叮嘱他们不能与对方进行武力对抗。岩部等人在执行任务时偶遇正在逃脱的白夜团，岩部虽使用加厚的土流壁将对方束缚在土遁之中，但被敌人破坏，梅塔尔也在救助电气时被冰遁打伤。完成一次抢劫之后，白夜团也将目标对准下次一间恶评如潮的当铺。两义与鹿太再次于公园之内相会切磋棋艺，博人在期间将最新的限量版游戏带给鹿太，可当他们讨论片助时，鹿太却注意到两义言辞的漏洞。当两义潜回当铺辅助白夜团逃脱时被赶来的手鞠攻击，但由于一村民的错误指示，迫使手鞠跟丢目标。执行任务中的鹿太因犹豫不决受到手鞠的指责，但鹿太的心中也自有着迷茫。

木叶村民在白夜团的怂恿下，以“白色正义”为名对雷门公司展开反资本家示威游行。与此同时，火影和警务部也对此开始更深入调查与交流。两义回忆起当前父母被杀的情景，情急之中的他使出冰遁得救，并在随后的日子里被首领月虹带入白夜团抚养长大。年少的两义虽对他们盗窃的行为产生着极大的不解，但因为月虹所描述的他们期望的社会而产生为之奉献的强烈想法，跟随白夜团施展着白色正义。两义和鹿太在以往约定的地方下棋，却在天黑时被鹿太揭穿身份离开。回到白夜团的两义与其他人一起，开始实施他们的极夜作战。

鹿太试图挽救误入歧途的两义，但却被两义施以冰遁逃离，而越来越多的村民对雷门公司展开示威，白夜团便以此为契机开始极夜作战行动。木叶警务部在雷门公司附近部署警力后，召集所有下忍参与此次任务。鹿太从地图上类似将棋的图案中，察觉到白夜团的真实目的是要去片助所在的研究所。十二点钟声响起后，大批人群聚集在雷门公司，白夜团趁乱前往研究所获取他们真正想要的“忍术数据库”。但由于片助及时将追踪器留在白夜团身上，博人和鹿太也得以追踪到他们所在的位置进行拦截。针对白夜团在一些示威平民身上安置的咒印，鸣人派人对村民解除幻术过程中，发表全村演说消除村民的怨念。鹿丸动身抓获大量白夜团成员，但月虹陪两义搭上雷车准备逃离火之国。

博人和鹿太一行追赶到月虹和两义所在的雷车车厢里，却在争论中被两义使用冰遁束缚在水晶壁中，中幻术的博人也对鹿太发起接连的攻击。白夜团撤回另一节车厢之后，月虹假借为两义疗伤之名，对其加强咒印的束缚，并将另一名白夜团成员杀害。博人两人突破冰遁之后，随即前往另一节车厢，但两义在交手过程中失控暴走，月虹趁机将列车分离逃之夭夭。一番交战过后，鹿太制伏两义并解开束缚他的咒印，思索该如何追回被抢走的数据时，鸣人亲自出动截住月虹而将他抓捕归案，及时结束这场战斗。白夜团全员落网面临制裁，博人将被盗的科学忍具还给片助，两义入狱后仍然跟鹿太保持联系，不忘却彼此建立的友谊。

距离白夜团行动已经过去一段时间，部分虽然对现实留有一些不满，但鸣人已逐步推出相应的措施，此外，下忍们当时的努力也得到高层认可。一场五村联合的中忍考试即将在木叶村开展举办，岩部所在的第五班在火影的安排之下接受为忍者学校拍摄纪录片的任务，由于入学忍者日益递减，此举是为新的招生进行宣传。但拍摄途中，乌冬却因忍术打扰周围居民而执意退出拍摄，困惑的第五班在老师的教导下陷入沉思。视频拍摄人员因为追求新奇和帅气的画面，而在待拆除的楼宇里张贴不少起爆符，幸而有第五班的及时赶到才将险情化解，岩部等人因此开始真正理会忍者更深层次的含义。

堇、山葵和泪组成的第十五班受日向花火带领，接受捕捉动物的任务，花火希望三人之间能够互相信任完成任务，但堇因为以前鵺事件而犹豫是否向山葵和泪坦白。三人小队在身着动物服装后开始任务。山葵和泪在任务中发生一些不必要的争吵，泪却在独自捕捉狛猿的过程中遭遇大鬣狼。幸而，赶到的山葵与堇及时帮助泪脱离危险，三人通力合作完成任务。随后，堇也向队友坦白鵺会袭击村子是由于她的命令，最后依然得到同伴的谅解。

新一次中忍考试即将在木叶村举办，所有指导上忍们聚在一起回想起这一届下忍们从入校起的琐事，包括入学当天雷车撞影岩、博人与岩部决斗、鵺事件等等，也开始讨论中忍考试的推荐人选。木叶丸却对是否对推荐博人一事犹豫不决，而在晚餐聚会时，花火也因不慎让志乃喝酒，导致其体内的虫子暴走。

博人日渐不满自己总是被他人以火影儿子的身份来看待，而在博人的生日晚会时，父亲鸣人同样因工作繁忙没及时回家帮他庆祝。失落的博人回到片助的研究所散心，从片助手中得到他最新研制的“科学忍具”作为迟到的生日礼物。第七班随后接受前往废弃坑道抓捕潜伏在国境的雷车强盗的任务，可当他们前往现场之后，得知大量抢匪已在坑道中被一种“白色怪物”所杀。木叶丸担心怪物是第四次忍界大战的敌军残党，当他们进入坑洞之后，对方正是他所预料的白绝。

原以为早已绝迹的白绝重新现身，第七班经过短暂的战斗后使白绝逃脱，巳月洞穴深处发现大筒木辉夜的遗迹，指出枯萎的花苞不会孵化新的白绝。为了将可能的白绝残党消除，佐良娜说服木叶丸让其带领三人小队深入其中。经历一番战斗之后，第七班消灭洞口的白绝，然而洞穴的更深处有更多的茧，包含当时都已被佐助使用天照焚烧处理的大量白绝遗体。木叶高层将此作为机密处理，也开始着手准备可能出现的更强大的敌人。

身处月球的的大筒木舍人见到属于大筒木一族“本家”的浦式，舍人预感对方会对地球不利后试图对浦式反击，却被浦式暗算而陷入长达一万年的石化状态。木叶村即将举办中忍考试，由于科学忍具开发的显著成果，片助向鸣人推荐科学忍具，希望借中忍考试的机会将之推行于众，但这一提议却遭到鸣人反对。佐良娜渴望参加中忍考试，面对她的坚持，博人勉强答应参加。博人前赴与父亲的约定，让他保证必须参加向日葵的生日晚会。但当晚庆祝时，博人发现返家的父亲只是影分身，最后甚至因鸣人本尊疲惫而消失，打翻向日葵的生日蛋糕。博人不满父亲屡次违背承诺，受逆反心理驱使而对父亲产生极端的厌恶情绪，仅听敲门声即认为是父亲便挥拳而出，却初次见到来访的佐助。

佐助将自己发现辉夜遗迹的消息告知鸣人，称他到时短暂跟大筒木金式和桃式交过手，最后只带回一本他无法解读的卷轴。随后，佐助将路上捡到的鸣人小时候的衣服归还给鸣人，其之前被生气的博人扔出窗外，也和他谈起博人的事情。从火影室离开之后的佐助恰好碰到博人，心血来潮渴望报复父亲的博人期望拜佐助为师，当佐助询问他是否会螺旋丸时，博人无奈只得许诺尽快学会再回来。也正因此承诺，博人在木叶丸老师的带领下开始废寝忘食地学习螺旋丸，在为佐助展示的过程中，由于心气急躁不等佐助说完话便提前跑开。靠片助的“自愿”帮忙，博人得到可以使用任何忍术且随意控制查克拉的手镯式科学忍具，佐助虽然勉强收他为徒，但也感觉到博人手臂上装置的异样。

博人仅用一天所达到的螺旋丸程度俨然显得奇怪，佐助虽并未直接戳穿博人，也勉强收博人为徒。而中忍考试在即，其他各班的下忍也抓紧时间训练修行，各自都拿到中忍考试推荐表。刚离开辉夜遗迹的大筒木桃式和金式获知查克拉果实部分被分散于九只尾兽当中，两人跟浦式会合后莅临地球。三人首先打败且“收回”体内藏有八尾牛鬼的奇拉比，桃式吸走他的八尾查克拉后准备前去木叶村。身在风之国的一尾守鹤感知到突然“中断联系”的八尾似乎有危险，因此将消息告知我爱罗。

来自各村的下忍齐聚木叶村，参加有史以来第一届五村联合的中忍选拔考试。开幕式结束后，博人在汉堡店被云隐忍者尤鲁伊挑衅，但被身为风影我爱罗的义子新希出手制止。由佐井监管的第一场考试为对错答题，需要跋涉二十公里前往B考场参与答题，一小部分考生未能及时赶到而被淘汰。随后，众考生得知若是答错则会掉进墨汁中遭到淘汰，但一部分人注意到题目是没有正确答案的陷阱题，而答案揭晓的同时，对错两方同时掉入深井，博人一行下忍都被各自的伙伴拯救，其余未能领悟考题真意的考生则掉进墨汁被淘汰。首场考试刷掉一大半人，险些落败的博人更加不甘，渴望着在随后的第二场考试中大显身手博得父亲认可。

我爱罗前往木叶出席考试的途中遭到大筒木浦式偷袭，到达村子后对佐助和水影长十郎汇报。高层察觉到大筒木一族会袭击考试，但由于这是首次五大忍者村联合举办的中忍考试，因此决定进行考试的同时做好完全准备。由天天监管的第二场考试是在战斗中率先获得战场中的旗子，博人过于轻敌而险些使旗子落入敌手，只能借助科学忍具使出强力水遁将对方击败，巳月察觉到博人的意图但选择不说。片助的左右手躲在监控室旁观察博人的一举一动，但最终仍然让他们顺利晋级下一场考试。待博人回到家之后，鸣人专程回家鼓励并恭喜博人，嘱托他不要输给鹿太，得到父亲认可的博人也为此感到开心，而辉夜卷轴的解读仍然在紧张地进行着。

第三场的个人对战赛在众人的注目之下开始进行，博人参加第一场对抗云隐忍者尤鲁伊，在对方的气泡包围之下，博人使出科学忍具将手里剑绕出急弯刺破对手口中的泡泡取胜。第二场由鹿太对阵的对手使用高周波进行攻击，鹿太靠聪明头脑机智地识破对方对声音的敏感，借用起爆符隐藏自己影子束缚术的声音而成功取得胜利。第三场的佐良娜在几秒内击倒对方取胜，但井野新在第四场中败阵输给砂隐忍者。第五场时，巳月在对方接连攻击之后打算使用仙人模式，但随即想起来暂不可暴露实力，遂使用普通物理攻击将其击败。最后一场比赛，砂隐忍者新希对抗小蝶，最终产生的胜者也将与其他胜者进行循环赛。

小蝶和新希的比赛在个人对战赛中上演，但显然实力差距悬殊，即便如此，小蝶不惜使用仅剩的查克拉完成肉弹战车，拼力和新希战斗直到最后一刻。随后是博人对抗鹿太的半决赛，赛前的鹿太和博人心态虽各不相同，但他们对于胜利的渴望确是一样的。鹿太对于比赛的认真，也使得博人重新从储物柜拿出科学忍具与其作战。起初没用忍具的博人趁鹿太分身的间隙使用烈风掌对其攻击，但睿智的鹿太靠赛前特训所赐，还是以影子束缚术抓住博人的弱点。博人被面积扩大的影子捕获后，父亲对他的鼓励仍然在脑海中回放；情急之下，博人使用科学忍具逃脱，并取胜进入决赛。虽然赢得半决赛，但面对鹿太等人赛后的鼓励，博人依旧显得苦恼不堪。

佐良娜在半决赛对阵来自砂隐会使用傀儡术的的荒谷，虽然她用写轮眼看透对方的每一次攻势，但对手也跟着每一次节奏并在佐良娜尝试使用幻术时取得先机。佐良娜两度被击中，但也因此察觉真实情况而使用雷遁攻击看台，果断找出背后的傀儡师，乃至使用豪火球之术毁坏场中的傀儡拿下胜利。半决赛第三场比赛，巳月对抗砂隐的新希，巳月接连使用风遁攻击，但总是被新希的砂铁防守下来，明白小花招不再管用的巳月使用雷遁打破砂铁防御，而故意解开防御的新希借机攻击巳月并对其打上砂铁的标记。不愿使用仙人之力的巳月在看到博人和佐良娜之后自行提前认输，以避免暴露身份得以留在木叶。赛后产生决赛三人，博人、佐良娜和新希将在次日进行决斗。

第三场决赛中，博人、佐良娜和新希相互对阵进行混战，新希的强大砂铁阵法迫使博人与佐良娜联手，却仍然无法伤害新希分毫，博人仅能再次借用科学忍具脱困。孤傲的新希为了在义父我爱罗面前证明自己的实力，最后将佐良娜打伤而无力还击，博人意识到自己实力不济，但同样渴望向父亲和所有人证明自己，因此借用科学忍具使出高等雷遁忍术·紫电将新希击败。鸣人因此察觉到端倪，亲自进入场内向所有观众揭发博人的作弊手段，博人不但失去比赛资格、还被摘下护额以剥夺忍者身份。内疚的博人顿时成为众矢之的，而片助趁机向场内观众介绍科学忍具的可用性，让博人意识到自己受他利用。就在赛场内喧闹声骤起之时，大筒木一族也降临考试会场。

大筒木桃式、金式和浦式联手大肆破坏考试会场，众忍者联合紧急疏散场内观众，佐助也及时到场参战。桃式靠双手的轮回眼吸收走眼前的所有忍术，本打算冒险仙人化参战的巳月却被浦式偷袭，仙术查克拉被他钓走而昏倒在地。桃式声言他准备回收四散的查克拉果实借以重新种植神树，种出重生炼丹而获得长生不老之力；这次是来夺回鸣人体内的九尾。我爱罗和长十郎联手用地下水脉和大瀑布之术将浦式困入水中，迫使浦式使用轮回眼逃入异空间。在鸣人和佐助的帮助之下，所有的村民都得到保护，但桃式直接使出足以毁灭整个村子的巨大能量球体。为了保护村子，鸣人跟九喇嘛释放巨大查克拉包围桃式的攻击，站在近距离的博人目睹父亲的拼命，却也目睹他消失在爆炸中。

鸣人消失且生死未卜，雏田跑去阻止桃式却也身受重伤，就连巳月被抽走查克拉而在病房监护；其他村民则在得到鸣人的保护之后只受到少许的波及。博人醒后极为自责，承认自己的一时私心而伤害到身边的人，但佐助感应到鸣人还活着，而其余四影和佐助齐聚火影办公室研究敌人的弱点并商讨战术，准备出发去解救鸣人。佐助打算带博人一起去，向四影解释他相信着博人的缘故，稍作收拾之后，一行人前往鸣人的所在地。

力量骤增的桃式瞬间重创其他四影，迫使鸣人和佐助联手对敌，在须佐能乎和九尾查克拉相结合之下，暂时足以应对桃式的力量。众人刚得到喘息时间，尾随众人穿越前来的片助，试图测试科学忍具而攻向桃式，却再一次为他提供大量的查克拉以补充体力，用从鹿丸身上吸走的影子束缚术擒住众人。博人在一旁观战时回想起佐助对自己的叮嘱，使用形态变化的“消失”螺旋丸对桃式做出攻击。鸣人给予博人一颗巨大的螺旋丸，在佐助的掩护下直接攻向桃式，最终将他击败消灭。但后来，桃式的灵魂单独跟博人在另一空间中对话，将博人称作“人类之子”，声言他身上继承的“大筒木力量”总有一天会摧毁他身边的一切，最后触摸博人的右手臂后消失。博人随即回到现实，成为击败桃式、拯救五影的英雄，也跟鸣人父子团圆。

五影一行人平安归来，中忍考试因此终止。基于拯救五影的卓越贡献，考试方没有追究博人作弊一事。博人开始跟他交手的对手道歉，跟鹿太也重修于好。鹿丸汇报奇拉比已平安返回云隐村，佐助决定继续推进关于辉夜遗迹的调查工作，同时监视大筒木一族的动向。新希回去路上还思考着博人的事情，我爱罗叮嘱他要放眼于眼前的道路。博人发现自己右手掌上出现一个不明菱形印记，而佐助讲述只有他曾用轮回眼看到过博人跟桃式的对话，告知博人一旦手出现异状就马上通知他。鸣人当晚特地请假回家，为博人和向日葵庆祝迟到的生日来弥补过失。经过此战，博人确立自己的新目标，成为像佐助一样的强大忍者。而宇宙另一边，唯一逃跑的浦式开始策划着复仇行动。

中忍考试结束后，小蝶在其父亲的指导之下开始修行，并学会秋道一族的祖传秘术蝶化之术。某知名影视剧中的两位主角收到匿名的死亡恐吓，因而前往火影室委托保镖的任务，第七班和第十班负责此次任务的执行。在片场拍摄的时候，演员们受到不知名忍者的攻击，在大家协作作战时，小蝶因为过分关注男主角户丸的举动而使得敌方逃跑。女主角的意外受伤使得影视作品的拍摄不得不暂时中止，但户丸却提出让小蝶代为出演女主角的设想，难得出演机会让小蝶紧张且期待。

小蝶期待着与户丸的吻戏，却因为出演不够真实而被导演删除此段戏份。此后不久，另一女主角芦名完成部分戏份后却退出剧组，在木叶丸和乌冬的追查之下，敌人的踪迹逐渐清晰，他们也察觉到有人提前将警戒告知敌人。小蝶因为过分恋慕户丸，在忍术失效之后破坏女主角的服装。剧组之外，敌人已然筹备好下一次行动。

剧组女主角芦名即将结束在影视剧中的演出，可就在休息之时，户丸被戴着防毒面罩的敌人抓走，绑匪要求由芦名会面并交付一定金额的赎金。第七班和第十班一同按照计划出现在指定的场所，交出赎金的芦名趁户丸被放走后，对面前的绑匪表述她们的合作关系。然而，绑匪面具之下却是木叶丸，而真正的绑匪在绑架户丸时已经被逮捕，一行人联手演这出戏来揭穿芦名身为绑匪同伙的真面目，其为了挽回人气而自导自演这场绑架案。芦名决定靠起爆符来自尽，却受木叶丸干预而引发山石崩落，小蝶则及时出手拯救涉险的户丸。事后，芦名被逮捕，小蝶向户丸表明自己外表虽不同，最重要的是内心。

梅塔尔在学习八门遁甲前为了避免紧张，戴上能够治好紧张的“特效道具”，但即使做好万全准备，他还是不慎将国宝级盘子摔碎。训练场上，父亲洛克李因为梅塔尔无法克服紧张决定暂缓对其教授八门遁甲。郁闷的梅塔尔碰到迈特凯，凯带着梅塔尔一同前往忍者学校讲课，课堂演示时，岩部和梅塔尔两人的力量依然被凯老师打败。洛克李随后邀请梅塔尔在观众面前与其对决，并承诺只有梅塔尔对其作出攻击后才会教授他八门遁甲。学校训练场上的梅塔尔选择直面自己的紧张，并打开第一门开门战胜其父亲洛克李。

木叶村召开新一次五影会谈，商讨有关抗击大筒木一族的相关事项。除了现任五影参与以外，先代各影也前来参会，可三代土影大野木却在进村时“走失”。负责站岗和巡逻的第七班无意间见到大野木，并陪伴其在木叶村观光一天。日落之时，大野木回答博人对其提出的疑问“什么是世界上最坚硬的石头”，即自己心中的“最坚强的意志”，但巳月对自己的内心仍旧很疑惑。当晚，巳月回家时察觉到家中似乎有人潜入过，对方为他留下一封信，巳月阅后即焚。此外，木叶村的入口处，两名巡逻中忍遭受不明团伙攻击，而巳月身为“其中一人”。

两名中忍护卫深夜遭到袭击而负伤陷入昏迷，博人和佐良娜隔天发现巳月未及时会合，随后在火影室旁边偷听到昨晚发生的袭击，知晓巳月失踪的事情。但在医务室查看受伤中忍记忆的井野，却看到巳月自行离开木叶村的情景。鸣人向在场的人解释巳月实为大蛇丸的儿子，令回村子的纲手和木叶丸等村子高层大为吃惊。佐良娜和博人因为立场不同而产生些许争执，鹿太也告知博人自行出入木叶村有可能被视为叛逃。在村子周边游走的博人发现一条小蛇，巳月称其为“自己的意志”。但博人相信巳月，并与佐良娜一同坚定地希望知晓巳月的意志，两人冒着违令处分的危险离开村子，前去大蛇丸的研究所。

鸣人因为自作主张将大蛇丸之子巳月带入村子而受到木叶长老的指责，同时他也获知博人和佐良娜私自出村。萌黄于是带领鹿太、小蝶和井野新前往追赶博人和佐良娜，希望尽早将他们带回来。博人在佐良娜的掩护下成功潜入大蛇丸的住所，却意外见到其他和巳月一样的试验体。大蛇丸通过博人带去的小蛇，发觉巳月已经进入第二阶段，让博人意识到自己从未真正了解巳月。在外的佐良娜遭受大和等多名监视研究所的上忍追赶，即将被抓之际巧被香磷救出。最终，大蛇丸将蛇自身会产生的思念告诉博人和佐良娜，并说明龙地洞之主白蛇仙人可以帮他们从小蛇中了解到更多信息。博人及佐良娜随后便前往追寻，但路途中却遇到萌黄班的阻拦。

第十班的猪鹿蝶三人前来拦截博人和佐良娜，在初次对抗中，博人两人暂且顺利逃脱，但最终没能逃出猪鹿蝶的阵势。鹿太发现从博人口袋滑落的小蛇，并向其询问具体的缘由。而身处木叶村的鹿丸，回想起鹿太出任务之前自己的叮嘱，也相信无论棋局是否被颠覆，自己的儿子也会做出最好的选择，而他本人则因为棋局的另一些原因必须留在村子里。另一边，萌黄老师在回追博人时遇到不明人士阻截，而对方实为水月前来帮忙拖延时间，当她意识到中计后折返，却得知猪鹿蝶三人最终选择和博人、佐良娜一同前往龙地洞。

博人一行五人莅临龙地洞，一位叫做田心神姬的白蛇为了试探博人等人的意图，首先用无数美味佳肴的假象来考验众人。众人最后都没有吃下准备好的“食物”，但随即出现厚重雾气而集体走散。博人独自困于洞穴，白蛇市杵岛姬要求他将所有的石头按照形状镶嵌在洞穴的门上，虽然差一块合适的石头，但变通的博人很快通过掰断条形石头来填补空缺而通过考验。随后的白蛇湍津姬，则是通过类似的幻术使用佐良娜、鹿太等四人的假象来迷惑博人，诱使其放弃寻找巳月。可贵的是，博人顺利通过三关考验，并在龙地洞深处见到自己的伙伴们。而龙地洞的主人白蛇仙人，希望博人等人前往大蛇群的巢穴取下大蛇辛牙的逆鳞；实际上，白蛇仙人诱导他们走入陷阱，且认为他们毫无胜算。

博人一行虽然找到大蛇辛牙，但其凶猛程度让众人陷入困境，就在辛牙张开大口向佐良娜攻击之时，另一条蓝色大蛇拖住辛牙的进攻，实为佐助的通灵蛇青蛇。先行撤退的博人五人在洞穴内商量对策，青蛇希望能护送佐良娜平安返回木叶，但他们内心坚决，希望得到青蛇的帮助。萌黄返回木叶仅带回鹿太留下的“桂马”棋子，鸣人等人暂时也只能等待守卫的苏醒来获取线索。身处火影宅邸的鹿丸敏锐到巳月是被迫离村的可能性，而幕后人士的目的则可能是获取木叶的机密，而拥有权利随意出入火影宅邸的人可能藏有间谍。青蛇最终决定帮助佐良娜等人摘取辛牙的逆鳞，他们共同实行着先前的计划，但暴躁的辛牙喷出大量物质将小蝶石化，打乱整个作战方案。

小蝶被石化后，青蛇为了帮众人逃脱而受伤，劝说佐良娜放弃行动，而辛牙则回洞穴静待狩猎。在木叶村，身为敌人间谍的上忍有梨人试图对受伤守卫灭口时，被萌黄和小樱抓住现行，逃跑时一度挟持电气当人质。但乌冬意识到有梨人中幻术，刚为他解开幻术就目睹有梨人被某种爆炸虫子缠身而炸伤，线索因此再度断线。在龙地洞，透过辛牙无法感知超兽伪画动向，一行人巧妙控制住辛牙，博人则走进辛牙的内心，透视到辛牙曾经被前主人背叛而右眼失明，从此对人类十分厌恶。博人为了让它改变心意，不惜与辛牙签订通灵契约，期限直到找到巳月为止。即使没拿到逆鳞，白蛇仙人因此佩服博人的举动而帮忙调查巳月的小白蛇，证实巳月是被三名土之国的不明忍者带走。

离开龙地洞后，鹿太希望小蝶和井野新先回村汇报情况，其他三人则奔赴土之国继续寻找巳月。鸣人和鹿丸前往医院看望受伤的守卫，得知巳月被几位岩隐村忍者带去土之国。炸伤的有梨人侥幸生还，而爆炸物也被查明为岩隐村禁术起爆粘土。而巳月与岩隐忍者石英和黑曜即将靠近土之国边境，准备将巳月带回去见他们的头领“空大人”；他们一行人都是“人造”诞生，因此需要身为大蛇丸人造试验体的巳月，以此深入研究来延长他们当下短暂的寿命。井野新和小蝶在回村的路上发现几位被攻击的木叶追踪班，而鸣人致电土影黑土告知木叶遭到被岩隐忍者袭击的事实，并希望黑土给予帮助。同时，黑曜和人造生物“芥”在边境攻击几位木叶追踪班，而博人三人则恰好赶到现场，与黑曜正面交锋。

博人急切想见到巳月而不顾一切地跟黑曜对打，但黑曜仅靠一对旋棍和强大体术将博人三人逼入绝境。鹿太于是转移黑曜注意力，先击败一只芥，但黑曜迅速反击而再度占上风。写轮眼都跟不上黑曜速度的佐良娜无力反击，而小蝶和井野新及时回来支援，而猪鹿蝶三人联合对抗黑曜过程中，博人和佐良娜继续追踪巳月。石英使用起爆黏土拦截他们，博人见不占优势而通灵出辛牙，但辛牙不肯服从命令。直到博人精疲力竭、石英准备终结战斗时，辛牙才及时相助并逆转战局。石英的身体突然出现不适，博人刚要用苦无攻击时，巳月现身制止博人攻击，随后“自愿”与石英为伍。博人拿出巳月的护额希望能劝回他，但巳月一手打掉护额、甚至用“雷遁·雷蛇”击伤博人，最后与黑曜和石英一同离开。

巳月在击伤博人后与黑曜和石英继续前往土之国，途中回忆起自己离开木叶当晚，用白色小蛇营造出护卫已死的假象，也把小蛇这条线索留给博人，只希望博人不要继续牵扯。石英的身体状况开始恶化，黑曜撕下他手上的绷带后，发现石英身体上逐渐出现裂纹，意识到他生命开始不长。在岩隐村，土影黑土看望完大野木后受到空的袭击，不仅身边护卫被杀，还被空囚禁在设封印术的笼子里。黑曜离开后，石英告知巳月自己其实早已发现他留下过小蛇，胁迫巳月为他坦白他之前的生活和对博人的印象，听完巳月解释后因身体虚弱而决定相信他。黑曜及时带回两位同伴云母和花岗，及时将石英救回去，让石英的生命暂时得以延续。而空同时一举夺下岩隐村大权，目视更多芥诞生出来。

博人受到巳月的雷遁攻击后一直陷入昏迷，一直由佐良娜一行人照看，隐藏在旁边树丛里以防敌人来袭。佐良娜犹豫着此时是否折返村庄，认为已无退路的鹿太提出继续前往土之国的建议。井野新在草丛中找到一只体积很小的“芥”，是前一晚他们所击败的芥重新成型而成。但这只芥毫无敌意，并且将井野新视为主人，大伙决定把这只芥留下并由井野新来监护。昏迷的博人一直做着噩梦，无法触及眼前的巳月。辛牙再度出现在博人的意识里，痛斥博人开始半途而废，这么做反而给博人新的动力。博人因此及时清醒，仍旧决定要前往土之国追寻巳月来问清楚，即使前方还面临着诸多的危险。

除了要照顾小芥的井野新留在村外的洞穴待命以外，博人其他四人则潜伏进村内。而巳月的失踪使得木叶陷入焦急，就连黑土都失去联系，木叶丸自愿前去调查，并希望对第七班的忍者负责，表示他不会动用私人情绪。博人等人顺利潜入岩隐村后巧遇黑土辅佐赤土，而赤土带他们前往旧城区，表示会是大野木常去的地方。而大野木却不想帮助博人，希望赤土将其送回木叶。正当博人等人疑惑之时，他们被突然出现的大量芥怪物包围，而空亲自现身在众人勉强。博人试图提醒大野木身后有敌人走来，但空却直接走到大野木面前下跪行礼，将大野木称为“主人”。而满脸震惊的赤土和博人一行人，不敢相信眼前的事实。

大野木在众人面前承认他身为空在内的岩隐“人造人”之创造者，称是为了守护未来和平而需要强大的战斗力来保护村子，因此需要类似巳月的人造“试验体”。博人等人把握时机跟空展开战斗，但面对成群的芥而只能先撤退，博人独自救出将被石柱压倒的大野木，而鹿太不慎被芥擒拿而关在黑土旁边的笼子里。黑土自责是自己间接导致这件事发生，源于五年前岩隐村受到村内叛忍攻击而死伤惨重，大野木便制造“芥”的原型借以提升村子战力，但被自己以五村协议及尊重为由而否定，但未预料到大野木会将计划继续实行。黑土和鹿太不希望对此袖手旁观，意图离开封印的笼子；除了博人带着大野木撤离村外以外，分散的佐良娜和小蝶也一同撤到村外。

博人背着身体不适的大野木躲在村外，质问他为何出此下策，大野木仍旧直言是为了真正的和平。博人无意间进入岩隐村用来修炼的的无人之地“三途原”，四周设置严密结界，并且只有寻找到遗失的“心之石”才能走出。空派出同伴四处搜寻大野木，但毫无着落，巳月也等待着与空的会面。佐良娜和小蝶返回集合地与井野新汇合，而身陷结界之中的博人在大野木的教训之下，理解如何在变化的环境中实现所需，大野木却提出现实的安稳能否使得年轻人更强的疑问，因此认为有必要创造出空一行人造人的缘由。岩隐村内，巳月与空进行面会，空告诫巳月他们彼此只是空空的容器；而云母、花岗同时身体突然出现裂缝，皮肤碎块一般开始掉落，认为他们时日已不长。

仍然困在三途原的博人找不到“心之石”，巧遇前来修行的岩隐下忍石器，博人勉强与他一同寻找心之石。赤土同时被众多芥缠绕，无力招架之时被戴面具潜入村子的木叶丸相救。木叶丸前往土影办公室获取情报，为身中幻术的秘书绀土解开幻术。身体严重劣化的云母和花岗只能依靠巳月身体的技术才得以延续生命，但巳月的心脏被施加强力咒印，而眼下情况则需要安装人类的心脏。他们因此准备对鹿太动手术，鹿太使用影缚术短暂停止呼吸后得以逃脱。博人和石器没找到石头就受一只巨狼追逐，博人刚想独自应付，但石器想起他奶奶对自己的期望而找到“心之石”，打败狼后带领博人和大野木一同离开三途原，但大野木仍不相信自己的方法是错，希望带着博人前往另一个地方思考。

空迅速夺下岩隐村的控制权，而大野木和博人前往他的孙子小土过世的地点，其为了阻止岩隐叛忍走漏情报而自我牺牲。大野木认为他有必要替小土完成心愿，透过参照白绝的制作手段，创造出空等人造人帮他们完成作战任务以降低死伤人数；而空的面部则取自小土的长相。与此同时，空控制住整座岩隐村，囚禁所有忍者以及居民，抓来五个人意图获取其心脏来延续他们的寿命。大野木执一己之辞向博人说明这些人造人并无意志，巳月也是如此，却遭到博人的反对。而此时，花岗也来到大野木的身旁准备将他带回去。

花岗与博人展开激烈战斗，威胁要将博人的心脏摘下为己所用。赤土在离开村子的路上碰到正在寻找博人下落的鹿太和佐良娜等人，一行人合作寻找并及时从花岗手下救下博人一命。鹿太前往土影室使用电话将岩隐村政变一事告知木叶村，鸣人于是迅速组织队伍准备干涉岩隐。佐良娜、小蝶和博人与花岗陷入苦战，对方频繁使用强大的尘遁忍术，甚至在最后将佐良娜与小蝶阻隔开后，将博人引入坑内对其使用尘遁。眼看博人已经无力挣扎，花岗身体支撑不住而全身碎裂死去，导致尘遁失效才使得博人得救。云母在山洞处碰到正在照顾小芥的井野新，对井野新施加幻术之后将其带往博人他们的战地，使用苦无将博人一行人控制住，一举抓获众人而带入岩隐村。

博人等人被捕之后，大野木对空的所作所为则是愤怒不已，表示这种做法这与之前他所期望的愿景相悖。空将其解释为他们人造人持续劣化而必须尽早移植人类的心脏，认为已经不再需要大野木而对他做出攻击，要求手下尽快准备移植工作。鹿太的及时出现拯救受困的同伴们，猪鹿蝶三人联手对敌，将黑曜困入地道中展开战斗。由于黑曜速度飞快，无论是鹿太的影子模仿术还是井野新的心转身之术都未能起到作用。千钧一发之际，由井野新照顾的小芥感觉到危险，而及时出现挡住黑曜双眼，才使得小蝶有机会击败黑曜。但小芥因此被黑曜重击而奄奄一息，最后一刻叫出井野新的名字后散架。木叶丸深入制造芥的人造人基地，却刚好被身后的巳月察觉。而另一边，博人和佐良娜陷入云母的幻术中，被她当成傀儡使唤。

受伤静养的大野木无法阻止空的行动，霎那间意识到这些人造人对生命的渴望，开始怀疑自己的过错。云母通过控制博人和佐良娜拿刀自相残杀，但后来得知空已经准备更换心脏，便丢下他们俩自生自灭。佐良娜也趁机为自己解除幻术，随后帮助博人脱离。两人及时赶到试图阻止准备将一颗人造心脏交给空的巳月，但巳月依然拒绝听从，刚达到目的的空开始放声大笑，但紧接着被身后的巳月一掌刺穿身体。空跌下楼奄奄一息，发现心脏仅是巳月用白蛇伪装，巳月仍旧表示这是“自己的意志”，博取对方信任再找时机反击，这让他回到博人和佐良娜身边共同作战。而此时，大野木终于醒悟而逃离监禁，刚被释放的黑土以及赤土则分头作战进行反击，释放所有被囚禁的忍者准备夺回政权。

负伤的空逃至内部准备接受治疗，博人和佐良娜前去追击，但云母面临身体瓦解但依然召唤出巨大的石头人阻截他们。博人情急之下召唤出辛牙与之对抗，佐良娜找准时机用雷遁·雷球将其击败，辛牙将巨人粉碎，让云母被碎石砸死。石英痛斥巳月一直以来欺骗他的友情，但巳月表示自己并不想伤害他，加入他们阵营仅是是想了解空的行动是否会危害到木叶安全，如今随着空误入歧途，才使自己找到正确的方向。石英以博人为要挟来强迫巳月与其战斗，巳月虽不得以但仍然打败石英，称自己的雷遁能克制他的爆遁；临终之际，石英承认他们俩“并不合拍”，还未来得及跟巳月再次对拳就全身瓦解死去。走投无路的空杀死完善他身体状况的博士，挖出他的心脏为己所用。

空获得人类心脏之后实力大增，直言博人无法察觉到巳月内心真正的变化，受到挑衅的博人鲁莽冲向准备释放原界剥离术的空，巳月在紧急之下使用仙术对战，博人与佐良娜则困在石块中。及时赶来的大野木无法劝阻空误入歧途，为了躲避空的原界剥离之术，只能与第七班随地下水逃入一间用来挖掘自我意志的密室，一行人开始相互理解携手重新战斗。佐良娜与巳月共同控制空的行动，博人则以分身为掩护而使用螺旋丸破坏空的心脏。但空拼尽全力使出尘遁欲将所有人一举消灭，大野木挺身而出决心赎罪，以生命为代价使出“最后的尘遁”将空彻底消灭。大野木因此牺牲性命，鸣人带领其他下忍赶到岩隐村，解开心结的木叶丸同时现身，跟所有人迎接巳月平安归来。

岩隐村叛乱结束，大野木在五影与村民的送别下安葬，五影通过这次事件意识到需要培养更多的年轻人，再由他们逐渐团结起来并传承最坚定的意志。但善后过程中，帮大野木制造人造人的博士遗体消失不见，为众人留下一个谜团。其他人连同巳月返回木叶，擅自离村的博人和佐良娜被剥夺下忍资格，巳月同时接受审问，木叶最终没有将事情追究下去。辛牙与博人的通灵契约同时终止，但辛牙也从此对人类产生不同的看法。巳月为石英一行人制作墓碑作为纪念，得到博人和佐良娜的谅解而重新加入第七班，他们同时因这次难忘历险而找到各自的“心之石”。事后，黑土亲自造访木叶，亲自感谢博人一行下忍拯救岩隐村，帮他们拿回下忍的资格，使他们开始一番新的忍者生涯与日常任务。

木叶村举办亲子日，鸣人陪小葵去买以九尾形象制作的玩具九喇嘛，不料排队人数众多，粗心的鸣人错买到一尾守鹤的玩偶。鸣人体内的九尾因此气的“罢工”，但刚巧遇到遛狗的牙，两人一同为小葵全村寻找其他玩具，先找到的牙把玩具交给赤丸，赤丸却在路途中遭遇别人换包抢跑，而换走包的该名忍者被抓到后，称他同样是为了自己没时间照顾的儿子开心。明白事理的小葵将九喇嘛玩具让给那位忍者的孩子，鸣人也将他调职至村里以方便照顾儿子。

为纪念亲子日，木叶忍者村举行大胃王比赛，丁次和其女小蝶理所应当地参加比赛。第一轮比赛内容为拉面，共有五组携手晋级，除小蝶外，还有井野新、鹿太父子和另外两组。第二轮的烤肉，秋道父女抢先吃完成功晋级，同时晋级地还有奈良父子和另一组号称“吃穷大王”的父子。举办比赛的老婆婆不甘心再让丁次父女赢，在决赛对决项目的白玉红豆汤时，为吃穷父子特制“作弊碗”。但博人最终揭穿她的诡计，让秋道父女顺利赢得比赛。

偶然回村的佐助得知当天是亲子日，于是带正在修炼的佐良娜去集市逛一逛，但佐助没有带女儿的经验，并且也无法理解佐良娜的心思，导致他们父女无法像别的父女那样亲近。卡卡西用《亲热天堂》为佐助出谋划策，可反而让佐良娜更加心烦。博人随后劝佐良娜有什么事情想和父亲做，不如就直接说出来。在小樱的建议之下，佐助前往训练场找到练习手里剑的佐良娜，听到孩子坦诚的答案，陪佐良娜完成训练，也表示他会支持自己女儿将来当上火影。

花火一班在护送委托人时遇到丛林中的强盗，虽凭借泪的忍术击败盗贼，但也波及到委托任务的商人。泪也因为自己的术会影响队友而焦虑不已，花火老师遂带领泪练习水遁，并在之后继续护送商人阻拦破烂团的抢劫。第十五班与破烂团战斗的过程并不顺利，虽然泪无意中定向地控制查克拉打倒一个强盗，但最后又一次力量爆发而无意间伤及到众人。

炎昼大人前往鹿丸之家做客，以一族之长的身份对鹿丸进行说教并指责他，认为鹿太也没能走上应有的道路。听闻他们对话的鹿太因此心烦意乱，也更加执着地使用影子束缚术。一日，回家的鹿太被炎昼拦下交流，炎昼大人希望他能够通过当政治家的方式使出新的“打法”，以此来分担父亲的职责并振兴一族。权衡之后的鹿太将这个想法告知父母，也得到他们的应允。鹿太来到发电厂见证电气在危急时刻体现出来的自我意志，也更加理解同样因为家庭背景而困扰的他们，并因此找到更值得去做的事、坚定继续做忍者的想法。

第七班和第十五班参与合作任务，调查并解决附近村落的鸟类暴走伤害村民的事件，与他们一同前往的还有鸟类专家鸟坂先生。第七班在森林中遇到暴走的飞鸟和怪物，博人也险些遭到袭击，好在危急之时他得到堇的帮助。一位受袭的村民被带回村子之后，身上出现未知的咒印，村子里的负责人向木叶丸解释他们隐瞒的事实。外出的村民在河边发现昏倒的重吾并将他带回村子，他清醒后及时制止受咒印影响暴走的村民，告知博人“勿要靠近森林”后离开。在大家讨论之后，木叶丸安排两班分小队调查，而博人和佐良娜则顺着线索找到隐蔽的山洞，先前暴走的怪物却是咒印化的重吾。

博人和佐良娜在山洞深处遇到咒印化的重吾，木叶丸和巳月的及时赶到避免博人两人的危险。联手出击的四人让木叶丸有机会给予重吾最后一击，但木叶丸也因此消耗大量体力。两班汇聚后一同追赶着逃离的重吾，却无法察觉背后的隐情。重吾能够使用自身的能力吸收鸟的咒印化，执行任务的第七班与鸟坂先生一起便待在重吾周围，救助木叶雁的同时也避免重吾的再次暴走。第十五班准备回村汇报的路上，却遭遇两名可以使用特殊颈圈来让自身咒印化的不明忍者。

在重吾和第七班的努力下，只剩下湖水北侧和部分隐蔽的木叶雁未能得到救助，佐良娜也按时提醒重吾注射药剂。随后的一天中，第七班将感染的木叶雁装进笼子里，随后却发现被莫名的人放走，寻找药剂的佐良娜也发现镇定剂全部丢失，重吾陷入完全咒印化。进入村内的重吾肆意破坏，川之国的人通过注射强力镇定剂暂时抑制重吾的暴走，村长极力拒绝木叶忍者继续协助他们村子。而另一边，第十五班在回村的路上遭到两名咒印化忍者的袭击，山葵和泪均感染咒印而被带回原先委托任务的村子看护，唯独堇在鵺的帮助下暂时才得以逃脱。博人一心想要救助的村民和木叶雁，却连咒印化的同伴都不知如何处理。

第七班被强制要求离开重吾后，进入丛林寻找堇的下落，堇也在和鵺一同寻找山葵、泪的线索。第七班在听到一声巨响之后沿声音走去，见到重吾的两个同伴香磷和水月，而水月同时不慎伤害到堇和她的通灵兽。水月两人得知详情之后，决定等待堇苏醒再前去救助重吾。堇清醒之后向众人解释第十五班受袭的过程，佐良娜也感觉到之前的川之国调查人员的阴谋。而两个戴着颈圈借以控制咒印化的忍者在天黑之后继续寻找堇，也即将落入香磷的陷阱。堇找到山葵和泪，但三人也同时面对一场战斗。博人和水月见到鸟坂后也诉说事由，两人刚准备给重吾解绑，却被鸟坂从身后偷袭注射镇定剂制伏；其身为这场咒印事件的主谋。

鸟坂将水月和博人制伏之后，揭露自己真正目的是为获取重吾身上的咒印，透过即将迁徙的鸟群借以大范围扩散。水月在鸟坂解释其计划时打算解开重吾身上的锁带，却被进入房间的调查员识破。佐良娜与咒印化的敌方战斗时耗尽查克拉也未能取胜，香磷及时使出查克拉锁链暂时困住对方行动，同时给予佐良娜补充查克拉，也使得她拥有足够的力量将对方击倒。第十五班在山葵和泪的体力恢复后仍无法战胜对方，暂时勉强撤退。三人商讨之后决定让鵺汲取他们的查克拉，最终凭借鵺的力量将敌方击败。鸟坂给重吾注射新的药剂，使得重吾接近咒印化暴走，而鸟坂也在自己身上实现咒印化，变成所期望的最强人体兵器。

木叶雁迁徙的黎明时分将至，重吾被鸟坂引发咒印化，鸟坂意图与其战斗来验证自己的实验成果，却被重吾当场碾压而落败。暴走的重吾和鵺相互打斗并将其击伤，博人经过思考后掌握时机用螺旋丸攻击重吾，即使攻击未奏效，但还是使身受重伤的重吾自我摆脱咒印化。由于湖中的木叶雁仍存有感染雁，佐良娜等人也无法将所有的隔离起来，香磷提议点燃湖水烧死所有木叶雁来制止感染。所幸木叶丸、巳月和水月在黎明时刻赶到，水月将解药血清饮下后化为雨水救治所有木叶雁，让它们集体平安迁徙。鸟坂被水月、香磷和重吾锁入箱中带回去处置，重吾从此学会鼓起勇气放飞自我。经此一战，堇同时决定加入正在重新规划的科学忍具班。

第七班在任务中抓寻偷窃宝石的盗贼后，警卫队由于证据不足只能将四位嫌犯释放。他们在执行完任务之后遇到一只走失的小猫，商量之后决定让巳月暂时照顾它。巳月在宠物商店为小猫买食物和玩具，并给它起名为“三日月”，巳月晚上回家之后也陪小猫一起玩。翌日，小猫突发不适，巳月带其前往宠物医院，而小猫在途中被一名嫌犯偷走，其先前让小猫吞下宝石。在博人和佐良娜的帮助下，警卫队将窃贼抓获，小猫也在治疗后恢复健康，并时不时会回到巳月身边。

巳月因为身体不适前去寻找大蛇丸，并解释自己梦到第一次见到博人照片的情景。大蛇丸认为这可能是巳月之前在岩隐村经历的事情对内心造成影响，希望解析巳月的脑部查看详细原因。大蛇丸从巳月见到三代土影大野木的当天开始读取记忆，看到他在土之国和石英等人的诸多场景，也看到他的孤独和遭受的打击。为了避免脑部生长跟不上内心的成长速度导致细胞坏死，大蛇丸希望借由抹去之前的记忆来治疗巳月。解析结束之后，大蛇丸给巳月选择抹去所有记忆、或是继续忍受痛苦的选择，但巳月宁可保留记忆以及跟博人的友情。大蛇丸也期待着他能够继续成长，跨过这一道坎。

猿飞未来接受卡卡西和迈特凯的护卫S级任务，然而一路上任务的内容却不如未来所想。在景点游玩的过程中，卡卡西遭到一名小偷盗窃钱包，而他并未对此太过在意，认真的未来急忙奔向逃走的窃贼，并用武力使之屈服。其实，卡卡西将纸条放入这只备用钱包。随后，卡卡西也向未来解释这次任务，并不是所谓的S级任务，只是借此机会出来旅行散心，希望她能够放松一些完成这次旅途。

未来陪卡卡西、凯一同到达火之国与汤之国的边境，恰好遇到当地的节日犬猫佐井。三人在温泉店外碰到牙和其女友环，他们各自代表狗派和猫派大展论战并且争执不下，未来则作为中间人尝试去调解。未来自行替牙写信，却不想冒犯到猫，使得环大怒并作为猫派领袖迎战。未来想到之前凯所说的破坏神——猫狗派共同的神明，便使用忍术造出破坏神，不料被凯破坏，而凯也因为破坏国界线的石头被称为破坏神。

迈特·凯因为在房间里看到幽灵而昏倒，房间里的饭菜也莫名其妙消失。天天和未来前去咨询掌柜，也得知最近发生的诸多怪事。凯清醒之后急切地想要离开房间，不断以打乒乓和在大众浴场唯有希望待在有人的地方。未来综合所有幽灵事件之后，得出幽灵出现的场所都面向中庭，却不知其中的意义。思考之后，她认为这是由于有人躲藏背后，未来在碰巧发现的密道里看到脚印，最终也找出藏在密道里的“幽灵”实为一个名为巽的孩子。得知巽是因为母亲的逝世而独自旅行，但却由于费用拮据躲进密道，商量之后，未来决定带着巽一同旅行并负担其费用。

卡卡西、凯、未来以及途中遇到的小巽四人前往另一个城镇秘汤进行温泉之旅，然而他们抵达小镇后，却发现深山落下的巨大岩石将温泉压住。村民已经尽其所能除去细小的砂石，但对此无济于事。未来想尝试推开巨石，却无奈自己对并不能做到什么。卡卡西找来碰巧在附近执行任务的丁次，丁次因为无法吃到美味的薯片而缺少足够的力气移开大岩石。未来遂和小巽使用汤之国的土豆为丁次炸了很多薯片，获得足够热量和查克拉的丁次也有力气去挑战大岩石了。丁次使用超倍化之术竭力推动着岩石，在未来等人和村民的帮助下成功推开大岩石。

未来听小巽说附近有可以见到死去之人的温泉，在内心犹豫之后还是与之前往。小巽向未来叙说自己想见其妈妈的原因，以及想要告诉妈妈的话；未来同时希望见到已故父亲阿斯玛。两人在路上遇到从温泉回来的人，便在其带领下前往复活温泉。见面的仪式需要至少20人才能凑齐，未来和小巽恰好补足欠缺的人数，遂被带往一洞穴内拜见所谓龙奇殿下。龙奇自称学习改进秽土转生之术，可以在不辱没望亡灵情况下，让人们见到亡故之人。然而，龙奇的真实身份却引起怀疑。

未来与小巽参加所谓的仪式以“见到”自己的已故亲人，所有人都“沉浸”在期盼中。未来表面顺从对方的指令，但早已怀疑龙奇的目的，她以自己姓名由来为测试手段而揭穿龙奇的骗局。龙奇实为邪神教教徒，靠催眠瓦斯迷惑众人，同身为先前村民失踪的幕后黑手。龙奇绑架小巽，使用咒术操控小巽连接到一只木偶与未来战斗。凯和卡卡西及时赶到，但龙奇却伺机逃跑。未来追赶龙奇到举行仪式的“圣地"，龙奇趁着未来不备将其”刺伤“并施加咒术，但未来靠幻术反败为胜，最后用风遁·烈风掌击败龙奇。回程的路上，卡卡西也如实告诉未来此次出行的真实任务便是邪神教与连环少女失踪案，未来经历任务后也渐渐明白所要守护的“玉”是什么。

由于大筒木一族的破坏，中忍考试没能决出最终的晋升人选，且仅有一个晋升名额。鸣人和鹿丸逐场逐个忍者分析，以此判断哪位具有晋升的可能性。在通过层层筛选之后，两人暂且确定佐良娜为一位中忍人选，但考虑到鹿太在岩隐村事件和日常中所表现出来的强大领导能力和判断能力，也将其纳为中忍人选。

鹿太迎来成为中忍后的第一次队长任务，萌黄安排博人、岩部和山葵加入鹿太的小队，前往摘取四年一开的稀有花朵月光兰。鹿太找来嗅觉灵敏的猪“豚助”帮助搜寻，而保护豚助安全的任务则落在了岩部的身上。四人在夜间遇到出行的狼，使出忍术的山葵无意间将豚助吓跑。鹿太因为与队员的争吵而打算一个人完成任务，却发现豚助被人掉包。在发觉鹿太受伤之后，岩部及时赶回，使用土遁为四人搭桥过岸；山葵负责借由寻找豚助的下落。凭借一个团队的努力，四人完成月光兰的搜集。回到村子后，萌黄告知鹿太这只是一次测试，以检验他是否能够成为合格的队长。

博人等人抢购到激·忍绘卷，一种风靡全村的卡牌游戏，希望抽中自己想要的角色。三人在路上偶遇志乃，却发现激·忍绘卷中没有以志乃为人物的卡牌，遂前往制作方请求将其加入；但梅塔尔发现卡牌也没有自己的父亲李洛克，也希望将其父亲加入其中。最终在电气的建议下，他们决定投票推出更受欢迎的一位忍者。博人与鹿太凭借纸质宣传单为志乃宣传，电气和梅塔尔凭借电车的车身广告为李洛克宣传。由于电车的优势无法比拟，博人便请求岩部使用土遁雕刻志乃的影岩，博人甚至与梅塔尔开始针对影岩的战斗，直至志乃和李洛克出手，才使得他们认识到错误。最终，志乃和李两人同时入选。

卡卡西假扮记者前去观察被派到邮局执行任务的第二十五班，首先发现即使是简单的D级任务，但团队合作并不和谐。而村内大多忍者正在调查邮寄炸弹事件，博人和佐良娜及时赶到邮局处理掉一枚邮寄的炸弹，导致邮局决定暂时停止接受邮件，任务中止使队内爆发激烈争执。卡卡西刻意引导视他为模范的代理队长蜂起，用心思考队员叶子和炼瓦的优点，最后纵使他们合作化解炸弹危机、解除矛盾，佐井随后担任起第二十五班的指导上忍。

博人、佐良娜和小蝶一起看完一部恋爱电影，只有博人不理解电影讲述的故事，因此被佐良娜两人万般嫌弃。博人回头和木叶丸抱怨时，正好碰到被“恶汉”追赶的少女，遂帮助少女脱离险境。事后少女请客吃柠檬汉堡，三人还一起在木叶村游览，木叶丸将一只发卡作为回礼赠送给少女。黄昏时刻，再次有人追着柠檬少女，而少女也解释这其实是她的家人，她只是私自跑出来玩耍。送别少女后的日子里，木叶丸也对其陷入思念之中，愚钝的博人迟迟才发觉此事，拉着木叶丸去还借来的手帕，并带着拜访的礼物柠檬汉堡。到达宵村的两人如愿见到柠檬小姐，但却被少女告知“再也不想见到他们”。

明月柑橘对来访的木叶丸称自己是柠檬小姐的未婚夫，并请二位离开，随后将柠檬关进单独的房子，美其名曰为了保护她，直到两人婚礼之后，并取走柠檬小姐的簪子。木叶丸和博人在回村的路上遇到失忆而迷路的小孩，两人将其送回后前往拜访柠檬小姐。柠檬也向两人解释发生起因是四百年前有一个叫做走马的长角怪物，是吞噬人们记忆的怪物，为了拯救村子，当时的巫女枸橼大人站出来与走马战斗，因无法打败而将其力量封印在石头里，每百年就要有一对枸橼大人的后代联姻并再次增强封印，而今正式百年之限，柠檬需要与明月柑橘结婚来完成这样的仪式，而发簪则是为了保护柠檬记忆不被吞噬的物件。在木叶丸两人回村之前，女管家朝木叫住他们，并请求他们能帮助调查柑橘性情大变一事。柑橘在柠檬的房间发现木叶丸的来访，随后消除朝木的记忆，也使得木叶丸没能将观察的情况告知朝木。

木叶丸和博人没能等到朝木，便主动去寻找她报告情况。负责调查的两人看到外出的柑橘，木叶丸对其进行跟踪却被发现，柑橘还要求对木叶村提出抗议。博人看到外出的朝木，朝木却对他不加理睬，并跟着柑橘前往祠堂里。博人私自跟去见到正打算毁坏发簪的柑橘和摔倒在地上的朝木婆婆。被发现后，博人和朝木相继被柑橘击中，失去一段记忆，带着发簪逃走的博人在崖边失足落水。木叶丸回到村中接受火影暂时对其禁足的处罚，并接受宵村的一切指控。柑橘决定提前举办婚礼，也将此事告知了柠檬。博人回家翌日与佐良娜、巳月一起去吃汉堡，咬下超酸柠檬汉堡的瞬间想起柠檬，却不认识她；回家路上碰到小蝶的博人，再次想起抱着柠檬飞跃的木叶丸，依然想不起来对方是谁；直到遇见那天的发卡，才逐渐回忆起发生的这一切。木叶丸也找到可能有效的解决方法，来帮助村民击败走马。博人找到木叶丸后，两人一同前往橙村拯救柠檬。

柑橘和柠檬在祠堂开始婚礼及封印走马的仪式，但柑橘并没有将本应砍断的角砍下，而是砍向怪物本身的封印，走马也因此复活。博人疏散其他人之后，木叶丸尝试走马进行三方封印，但自己的力量不足，只能暂时拖住走马的行动。柑橘也在随后恢复清醒，明白自己其实长时间被走马操纵。在封印术破除之后，木叶丸召唤出通灵兽·猿罗与其对抗，与他与猿罗一起使出金刚封印猿阳封杀，连同博人附在墙上的封印术一起对进行封印，却因为查克拉不足而失败。赶到现场的柠檬凭借发簪和血统将走马吸入体内，木叶丸随后将柠檬额头生出的角砍断，走马也被成功打败，付出的代价却是柠檬记忆的消失。

假期将至，博人原本说好要与母亲雏田和妹妹小葵看望外公，却看到佐助的来信而决定偷偷前往风之国会见佐助。博人因为错过雷车而跳上一辆货车，大意的他在换乘时提早下车，不得不步行前往下一站，却在路上脱水而晕倒。所幸附近的住户砂子将其救回，休息一日之后博人答谢离开去赶雷车，但在途中听到有人打算毁坏砂子家的田地并赶他们离开，遂尾随歹徒返回砂子家里并制服恶人。砂子的父亲终于对忍者改观，并将自制的矿车拿给博人让他去赶雷车。博人顺利到达目标地点后，看到正与卷土重来的大筒木浦氏激战的佐助和我爱罗。为了顾及与保护突然出现的博人，佐助也被浦氏勾去查克拉，掉进另一个空间。

没有佐助帮忙，我爱罗将博人束缚在石壁上，独自与浦式陷入战斗，新希为了保护义父也及时到场。两人战斗之时，守鹤也破壁而出参战，我爱罗经使用沙漠层大藏将浦式暂时封印。众人断言浦式前来夺取一尾守鹤的查克拉，守鹤按照我爱罗的要求进入封印茶釜，借以缩小体形而由博人、新希和勘九郎送往木叶交由鸣人保护，但浦式暗中操纵傀儡在旁偷听到这些安排。三人小队随即上路，途中休息一晚，正当他们清晨准备继续前进时，浦式的傀儡追兵赶到，作为傀儡专家的勘九郎义不容辞留下来战斗。

鹿太和手鞠当时前来风之国探亲，由于不安寻找到受伤的我爱罗，并从下忍荒谷那里知悉这一切，决定及时去追勘九郎三人。勘九郎与傀儡们的战斗陷入苦战，遂不得不选择引爆自己的人偶。博人刚希望折返帮助勘九郎，新希则决意继续前行，两人经过一番争执无法达成统一，便各行其道。折返回去的博人没有找到勘九郎，遇到赶上来的手鞠和鹿太，手鞠猜测到他与新希的争执，便和博人交谈一番。意识到自身问题的博人也明白勘九郎和新希内心的想法，三人发现傀儡可能潜入砂子后立刻赶路，因为守鹤和新希可能陷入危险。而另一边受伤的我爱罗，已经感知到浦式脱离封印。

另一只逃脱的傀儡很快追上新希，新希本来只想将其束缚并尽快赶路，自己也中一剂毒针。但傀儡随后又一次追上来，博人帮新希抵挡一击，博人护送新希去谷底休息后，又回头与手鞠、鹿太对付傀儡。由于该傀儡较难对付，手鞠为保护鹿太被毒针擦伤，后续凭借鹿太和博人的努力打败傀儡。博人前往追赶新希，手鞠和鹿太则准备回头寻找勘九郎。从封印中解脱的浦式很快追到手鞠处，并勾走手鞠和鹿太的查克拉。不久之后，新希和博人已经被浦式追上。

实力难以跟浦式匹敌的博人仅能拖延时间，新希负责准备傀儡的封印术，暂时逃脱浦式的追踪。逃跑过程中，新希通过砂铁制造第三只眼探查后方，却也因为操纵傀儡和数只第三只眼而消耗大量查克拉。博人只能带他前往砂子家，却不料砂子家之前才被浦式破坏而破烂不堪，，其父亲还被压在石块下。为了保证能将守鹤送往木叶，博人带着另一只一模一样的假茶釜，制造变成新希的影分身从大路过桥进入火之国，算计到浦式必定会在桥上守候；新希则带着真正的守鹤绕小路进入火之国。另一个空间的佐助也在尽全力疗伤且恢复查克拉，希望能够赶上最后的大战。

新希及时抵达火之国边境，将守鹤交到佐井手里，但另一头的博人刚被浦式擒获，最后发现茶釜空无一物而中计。博人因此命悬一线，新希即时折返救下博人，两人随后遭遇焦灼却难胜的战斗，直到博人意外开启净眼，能够看到浦式进出时空间的情况，于是每次都能很好地做出准备，在他与新希的合力之下，对浦式造成一定的伤害，但两人已经体力不支。正当浦式即将发动致命一击时，佐助及时从异空间逃回来，见情况不妙的浦式，双眼突然变成蓝色轮回眼，随后立刻逃跑而消失无踪。博人和新希以及手鞠和勘九郎都平安无事，我爱罗苏醒后迅速赶往木叶汇报情况。返家的新希经过此战对博人产生不同的看法，也认识到羁绊的重要性。

鸣人在挑选好能保护守鹤免受大筒木袭击的安全地点前，将守鹤连同茶釜带回家看管，而守鹤刚进门就被向日葵当成可爱的玩偶。经过鸣人跟其他尾兽商讨是否要一同加入庇护后，守鹤由于跟九喇嘛关系恶劣，但偶然偷听到向日葵曾经用柔拳将鸣人连同九喇嘛打昏一整天。守鹤决定以此跃跃欲试，在隔天假装亲近向日葵来引诱她出手，但后来得知她已不记得事情经过而失望。守鹤便躲回茶釜睡觉，但不久后险些被垃圾工人当成废铁锅回收。找不到守鹤而情绪激动的向日葵，再次开白眼找出并救下守鹤。当晚，守鹤即使没达到目的，但也看出九喇嘛一直待在鸣人体内是为了“守护这一家人”。最后，鸣人确定好安全地点后带守鹤离开家，守鹤最后摇尾巴向博人和向日葵道别，暗示他已经消除对人类的芥蒂。

博人一早准备找佐助修炼，雏田不由得提起鸣人小时候找其师父自来也修炼，博人的好奇心也放在从未听过的自来也身上。博人和佐良娜一齐踏上寻求自来也所著小说《亲热天堂》系列作品的一天，分别碰到志乃、牙和丁次，但几乎每人都刻意转移话题，称呼这本书对他们来讲“还太早”。一天搜寻一无所获，博人和佐良娜只能作罢。回到演习场，博人从佐助口中得知鸣人和自来也之间亦师亦父的关系。当晚，电视里播放本地考古团队在海中寻找到疑似来自古代遗迹的神秘物件，而鹿丸向鸣人汇报消息，大筒木浦式正在火之国境内四处搜刮查克拉。

未来与她身边的国境护卫遭受浦式偷袭，她的幻术查克拉被浦式钓走作为可利用的工具。未来的失踪使整座木叶村进入紧急状态，鸣人加倍村子护卫以及派人在外搜寻浦式踪迹过程中，勒令博人留在村子里待命，其他下忍也参与追捕浦式的行动。当浦式被发现逃往山谷时，前去的拦截的众人突然发现该浦式实为遭受幻术控制的未来，意识到他们中调虎离山计。同一时间，博人看到新闻上播报从海底捞出的古代文物上印有先前辉夜遗迹的符号，意识到那才是浦式的真正目标。如同推论，浦式攻入防守薄弱的考古研究所取得并打开文物，前来追捕的博人和佐助跟他一起跳入光芒中。经过短暂交手，两人跟浦式隔开后突然掉到木叶村外围，但佐助随后靠火影岩的数量得知，他们来到“过去的木叶村”

博人和佐助回到过去的木叶，推断浦式其实准备穿越到鸣人小时候去获取九尾查克拉，该文物自我介绍叫作“唐锄”，是浦式专属的时间移动宝具，以及回到过去需要的注意事项，最后告知他们浦式将在几天后莅临。唐锄因缺失查克拉而停机，佐助和博人乔装打扮成卖艺人士寻找当时的鸣人。话音刚落，两人撞见刚刚偷窥浴室而被人追赶的自来也和鸣人，目睹他们被当时的五代火影纲手教训。纲手称不久前有“一名下忍”叛逃出村，村子处于部分警戒状态，因而安排鸣人和自来也负责监视新来的两位陌生人。佐助随后单独离开在远处保护鸣人，鸣人由于担心被纲手骂，只能拉着博人回家一起住。博人仅能隐瞒身份，跟当时无依无靠的父亲鸣人相处。

纲手集合鸣人在内的全体下忍执行特别任务，但实为打扫之前自来也前去偷窥的浴室当作赔偿。作为参观者的博人也一同帮忙，得以结识他同伴的父母小时候的样子，同时让他首次遇见母亲雏田的堂兄宁次。博人不解当时的佐助为何不在村子，打算询问纲手先前提过的那名叛逃出村的下忍时，所有人都不知如何回答，博人心理意识到该叛逃下忍是佐助。次日，鸣人陪自来也在训练场修行，佐助和博人也在其身边陪伴，但浦式这时抵达过去而出现在他们上空。

浦式轻松地钩住鸣人的身体，但因当时九尾处于封印状态，浦式未能取出庞大查克拉，因此只能用钓线缠住鸣人抓走，还用巨石封住佐助、博人和自来也的去路。佐助尽可能地不透漏实情之下让自来也了解情况，而自来也便召唤出蛤蟆一族破壁而出。浦式将鸣人带入隐蔽洞穴，取不出查克拉而进入鸣人体内试图解开封印，但触及封印的一瞬间使他的手被烫伤。九尾之力开始外泄，鸣人开始失去理智性的暴走，佐助及时到场试图阻止却还是被勾到身体，但自来也为佐助贴上查克拉封印符，使浦式见情况不妙而撤退。暴走的鸣人无意间抓伤博人，自来也最终使用符印让鸣人恢复平静。博人从自来也口中听闻鸣人儿时的艰辛经历，等到鸣人清醒而决定继续保护他。

自来也集合鸣人和博人一起修行准备对抗浦式，尝试努力让他们完成查克拉同步。称他们必须配合对方的“流”和“力”，使查克拉性质产生变化。两人尝试多次之后毫无效果，自来也提示两人可以通过练习橡胶球里的螺旋丸来配合同步。两人练习一天之后还是无法实现同步，博人内心总是回想起被九尾抓伤，内心受恐惧驱使而暂时离开。博人无意中走到日向家门口，也看到努力修行的雏田和宁次。他们结束修行后，宁次发觉博人在门口偷看，得知博人跟鸣人的矛盾后，将自己曾受鸣人帮助而解脱命运之枷锁的经历告知他。而训练场内，佐助受自来也委托，向鸣人送去慰问品且告知他要振作起来，但这样还未“认识多久”就有如此掏心掏肺的聊天，疑似让自来也识破佐助的真实身份。

自来也辨识出佐助的身份，却仅将其视为一个玩笑，毕竟“根本不可能”。自来也随后希望佐助能提供浦式的情报和技能，答应不再追究他们的身份。博人再一次回到训练场与鸣人进行查克拉同步的训练，结束后一同吃一乐拉面时，博人问起了村里叛逃的下忍一事，知晓佐助为了替家族报仇、为了获得力量追随大蛇丸、意图斩断所有羁绊的真相。当博人与鸣人的训练逐渐熟练时，小樱由于先前捡到佐助掉落的纸条，上面即使浸水模糊但清楚写着“佐助”、“佐良娜”等字样，博人意识到这是佐良娜为佐助留下的晚餐信，只能尽可能搪塞过去。隔日，浦式再次偷袭训练中的博人和鸣人，两人无法招架其攻击，自来也和佐助虽然及时赶到，但浦式用鱼竿刺伤自来也，佐助最后也无力还击。

佐助和自来也在对抗浦式的战斗中接连受伤，佐助采取肉搏方式将浦式推入水中，勉强拖住浦式的脚步，使得其余三人脱离危险。落水的佐助被小樱救上岸，带去灌木丛下疗伤。博人逃脱后回忆到浦式身上的血迹干得更快，便希望和自来也、鸣人一同对此进行试验。三人折返回去，碰到正在寻找佐助的浦式，也验证博人之前的猜想。自来也回想起浦式所说的“自己能看见未来”，便认为浦式可能具有回溯时间的能力，进而能躲过眼前的攻击。浦式再次出现，自来也使出蛤蟆之术将其困住，通过鸣人的佯攻争取时间，浦式吸收过多蛤蟆体内的毒素气体而中毒吐血，鸣人趁机使出螺旋丸将其击退。

气急败坏的浦式一口气吞下他搜集到的所有查克拉、甚至吃下他的两颗蓝色轮回眼，因而力量暴增、形态改变、额头上开启第三只眼。即使无法再次回溯时间，但仍然能够快速闪避眼前的攻击。另一边，小樱用医疗忍术救醒佐助，却也耗尽查克拉昏倒，佐助将她安顿好后重回战场。双方的战斗僵持不下，而鸣人体内的九尾开始外泄使他几近暴走，当他目击浦式重创自来也后而彻底理智。为了避免鸣人被愤怒吞噬自我而丧失性命，博人走到失控的鸣人面前安抚他，让鸣人停止暴走恢复自我，两人以熟练的查克拉同步制造出巨大螺旋丸，浦式施展出最强招数“天须波流星命·龙宫”与其抗衡，自来也和佐助同时用螺旋丸和麒麟之术对浦式两面夹击，使浦式无法专心抵挡螺旋丸，最后被螺旋丸吞噬而彻底消灭。

众人消灭浦式后到医院疗伤，将大战掩饰成“修炼过猛”，但小樱跑来向佐助针对纸条等等事情进行质问，看着佐助不知所措，自来也声称博人和佐助身为他《亲热天堂》最新力作的“书迷”，而该书即是改编自周遭人事，才让小樱解除疑惑。为了确保他们不跟过去有所牵扯，佐助用瞳术清除周围同伴的相关记忆，临走前得到鸣人和自来也前来送别与一包礼物。自来也主动要求佐助抹去他们的相关记忆，佐助现出三勾玉写轮眼时，让自来也露出一丝“验证猜测”的微笑。两人靠充能完成的唐锄回到未来，同时给予唐锄自由，佐助回去后仅对鸣人告知这趟旅程，回家跟小樱团聚。浦式被消灭让村子解除危机，博人发现送别礼是鸣人小时候最爱吃的泡面，跑去见正在自来也墓前佐井拜的鸣人，与父亲开心享用过去的拉面。

堇即将离队前往重新规划过的科学忍具班，来自铁之国的武士留学生铁椿加入十五班填补空缺，她是由铁之国首领三船亲手训练的最后一个弟子。过于中立傲娇的铁椿认为忍者毫无意志和信念，加上仅是受令前来学习别国的生活方式，因此跟山葵、泪与其他人格格不入。仅一天的相处，铁椿给周围人留下恶劣印象，而山葵和泪随后试图自行缉拿三名本地通缉要犯，却低估敌人实力而命悬一线。尾随她们跟来的铁椿，目睹山葵和泪不惜拼死保护彼此，于是拔剑出手相救、仅靠一招“秘剑·风雪斩”就击败三名逃犯。她对忍者的观念也就此改变，从此决定虚心接受她未了解的新事物。堇亲自见铁椿一面致谢，希望她以后能多照顾山葵和泪，参加博人一行同伴为她举办的送别会后正式离队。

博人的外公日向日足即将过生日，雏田和花火准备为父亲举行生日派对，但博人想不到该送什么礼物最为适合。思考礼物的一天下来，博人认识到日向一族自古以来奉行的“家族宗法制”，是直到鸣人的努力才改变；同时得知日足因弟弟日差自愿牺牲的遭遇，才一改“木叶最强家族之当家”身份，从此不再对外显露实力。为了让外公感受到家人的温暖，博人在日足生日庆祝会时为所有人拍一张全家福纪念照作为礼物，并建议每年都会拍一张留念。

第四十班的鬼熊圆子受她家族秘术影响，近期多次失控暴走而误伤周围同伴，刑讯部的森乃伊比喜因此将圆子调离第四十班远离同伴，却加深圆子内心的孤独。当圆子再度陷入狂暴状态逃至森林时，圆子的同伴钓和堂众受博人、佐良娜和巳月协助而学会克服恐惧，以真诚态度接纳圆子而成功将她安抚下来。这次敞开心胸让圆子学会控制住能力，伊比喜也留下来继续带领第四十班。

井野新执行任务时无法使出还未熟练的心转身之术，因此找小蝶与父母进行特训，但他也无法用心转身之术控制住小蝶想吃薯片的欲望。当井野新想半途而废时，井野和佐井开始争论谁能正确教导井野新，随后从争吵发展为激烈打斗。想让父母和好的井野新以此作为动力，正确使出心转身之术劝阻井野，再由小蝶说服佐井上前对井野拥抱，不仅成功让父母和好，并且还熟练忍术而一举两得。

狢强盗团是一伙在火之国烧杀抢掠的盗贼集团，下手极为诡秘低调，关于团伙首领的情报也无从查实。一位卷款叛逃的强盗团成员国利被关在草隐村的忍者监牢“鬼灯城”，由于知情甚多而生命受到威胁，因此委托木叶派人前来保护他，声称他会透漏强盗团的底细作为交换。第七班受令进入鬼灯城执行卧底任务，外有佐良娜假扮记者、内有博人和巳月伪装成囚犯，借由跟木叶有交情的城主无常协助而得以自由使用忍术。博人想办法吃毒果实而送进医疗区见到国利，从他的话中得知狢强盗团的二把手月夜同样拘禁于此，之前曾试图刺杀他却失手而关在禁闭室里。当时千方百计想对国利进行灭口的月夜，买通一位不明囚犯潜入医疗区用刀划伤国利。

博人试图求助无常将国利转调至他和巳月的牢房以便轻松保护，但由于监狱长鞭瓦拥有最高调监权限，博人便四处寻找鞭瓦的弱点。掌握监狱大多情报的囚犯老大德劳格，让博人帮他去取回最高灯塔上的灯泡来换取情报。博人在不使用忍术的情况下侥幸得到灯泡，但瞭望塔上的大量守卫发现他的行踪，博人被迫使用一点查克拉制造闪光，在没暴露身份的情况下平安撤退。靠德劳格的情报，博人找到鞭瓦收受囚犯贿赂的账本并交给无常，最终让鞭瓦乖乖配合，将国利调入博人的牢房。这时，医疗人员发现被偷一张门禁卡，被盗时间则是博人中毒送医去见国利的时候，让博人和巳月发现刺客是跟他们住同一牢房荒井、镰田和毛玉当中的一人。

门禁卡被偷使鬼灯城进入封锁，狱卒开始对各个牢房进行盘查，博人为了先找出藏于他们中的行凶者，简单介绍自己正在保护国利后，跟巳月搜查荒井、镰田和毛玉的床铺。三人都否认自己是行凶者，心中却都隐瞒着秘密。巳月最终在毛玉的床铺里找到门禁卡，荒井立刻将毛玉认作是行凶者。就在这时，巳月发现荒井知情国利是强盗团一员的机密，荒井发现自己暴露后企图直接动手杀国利，却被一旁的毛玉打昏而当场落网。封锁因此解除，但博人和巳月认为仍不可松懈，并怀疑国利没有透漏全部实情。期间，佐良娜得到无常授权而去访问禁闭室中的月夜，但不知为何，月夜一眼就识破她是假扮记者。

国利不肯招供自己将强盗团的赃款藏在哪里，佐良娜稍稍对他施加幻术，国利才供述他当会计时无意间得知自己在帮强盗团存赃款，逃亡过程中将赃款全部匿名捐给草隐村的医疗基金会，刚准备金盆洗手时试图制止一场沿路抢劫、却不巧被当成共犯而被关。鞭瓦威胁镰田去探听博人跟国利的关系，而镰田偷听到博人一行人跟国利的对话，原本准备如实上报，但因得知是国利捐钱救过他重病住院的妹妹而动摇，最后宁死不背叛博人而遭受鞭瓦暴打并扔进禁闭室。就在国利即将获得假释时，无常突然病倒昏迷不醒，鞭瓦趁机掌控鬼灯城成为代理城主，甚至烧毁国利的释放文件，任由月夜背后的狢强盗团处置他，迫使博人决定带国利进行越狱。

博人、佐良娜和巳月准备在当晚实行越狱，靠监狱地下防守薄弱的备用水槽作为逃生路线，同时靠内部大量水源为国利解除天牢之术，最后靠食物运输船逃离鬼灯城。但他们对话不巧被站一旁的毛玉听见，由于传闻毛玉曾经出卖过狱友，巳月拦住并说服他帮忙隐瞒。毛玉供述他曾经失约而造成过企图越狱的同伴被杀，由此引起周边人公愤而招致孤立。佐良娜打开水阀后马上赶往瞭望塔准备为博人发信号，走地下通道时撞见手拿一包钻石的鞭瓦，为了不使自己收受月夜贿赂的事情暴露，鞭瓦用“火遁·炎弹”偷袭佐良娜，使她不慎掉进下陷的深坑中昏过去。而博人开始担心佐良娜没有及时发信号，但为了不错失良机而决定开始实行越狱。

博人和巳月带着国利穿越层层把关，躲过狱卒进入地下道赶往水槽，但鞭瓦翻看佐良娜的包裹时找到博人一行人以及国利的详细资料，加上发现睡在牢房里的博人是影分身后拉响警报。博人一行人虽然抵达水槽，但鞭瓦抢先放光水，还召唤出一头专门猎捕越狱犯的通灵忍犬，在监狱边界处拦截博人一行人。另一边，佐良娜因周围海水涨潮而及时清醒，受到毛玉营救上岸而逃过一劫，随后及时赶到边界靠一拳摧毁地下，使大量海水涌上来冲走鞭瓦，让全身浸水的国利解开天牢术。不甘心放跑囚犯的鞭瓦将月夜释放出来，但为月夜解开天牢术的同时也被他背叛杀害。刚来到平原等待食物运输船逃出生天的博人一行人，撞见前来清理后患的月夜。

月夜靠月光展现出强大的“月影之术”，靠博人、佐良娜和巳月各自的影子制造出黑影分身，不仅能模仿本体的动作，还会吸取本体的查克拉来持续行动。国利为以防万一而将记录强盗团情报的笔记本暗中交给博人，并偶然发现月夜忍术的弱点，靠探照灯光芒覆盖住月光而摧毁黑影分身。月夜在输之际将国利一起拖入大海，最后是会游泳的国利独自爬上岸。随后，佐井带领大批木叶援军赶到鬼灯城解释情况，无常也恢复清醒使监狱恢复常态，博人一行人以及国利以正规形式出狱回村。然而，国利自由后直接独自回去强盗团总部，现出他身为首领证城寺的原型，其从一开始就靠“尸分身之术”吃掉且取代月夜入狱，如今趁落海时吃掉且取代国利而达到杀死叛徒的目的。

距离鬼灯城任务过去几个月，狢强盗团在此期间销声匿迹。博人突然开始做有关他右手掌上留下的神秘印记的噩梦，在梦中回忆起之前与大筒木桃式灵魂的对话一幕，即使不想再理会，但近期出任务时还是心神不宁。火之国大名圆市休莅临木叶村进行访问，身边包括他的儿子天道，其同样热衷收集激·忍绘卷卡牌。天道在参观路上碰见岩部一行人，希望能买下他手上的七代火影鸣人的卡牌，态度过于狂妄而险些激怒岩部。博人及时出手阻止纠纷，但他同样看不上天道挥霍无度。而天道欣赏博人保护他、还身为火影之子，与木叶丸商量让博人担任他在村期间的贴身护卫。与此同时，狢强盗团重新现身，并瞄准身为大名的圆市休为新目标。

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博人充当天道的护卫期间，虽然对天道财大气粗的态度难以忍受，但发现天道也有着当忍者的梦想，于是答应教导天道投掷手里剑。天道练习时从不会到会、一直到抓到诀窍，最后投出去正中靶心而让博人十分欣慰，天道的管家山岗讲述天道从小同样缺少父亲陪伴，因此多年来靠收集的完整激·忍绘卷卡牌系列参加比赛，希望能引起父亲注意。博人逐渐从天道身上看到过去自己的影子，于是将自己的一张七代火影·鸣人之卡牌送给天道作为奖励，并认同天道为自己的朋友。但护卫任务结束的博人前脚刚走，山岗已被强盗团首领证城寺再次靠尸分身之术取代，躲在天道身边准备下一步行动。

护卫任务刚刚结束，博人所在的第七班得到期待已久的B级任务，时间定在当晚出发。博人突然从口袋里发现一张他一直想要的稀有激·忍绘卷卡牌，意识到是天道分别前偷偷塞进他口袋的礼物，觉得自己不能收下这份礼而回去山庄归还。但博人得知狢强盗团绑架天道来勒索赎金以及要求释放鬼灯城的囚犯，在朋友性命攸关的情况下，博人只能放弃任务去救朋友。另一边，冒充山岗的证城寺在天道面前变回原型，嘲笑一向靠钱解决一切的天道现在根本无所作为，声言准备再次靠尸分身之术吃掉并取代天道，乃至取代大名得以慢慢掌控火之国大权。天道自行松绑后原本打算自尽，但被证城寺擒住后即将被他吞下，直到博人在千钧一发之际赶到救下他。

博人与证城寺正面交锋，过程中得知他取代过月夜躲进鬼灯城、包括早已杀死国利。愤怒的博人独自上阵，但由于所用的忍术全部被证城寺用风遁忍术反弹，于是隐藏王牌后用影分身上去对敌。就在博人被证城寺擒住时，天道鼓起勇气用手里剑命中证城寺背后，为博人制造机会以螺旋丸反败为胜。但这时，博人右手上的印记突然扩散成纹路，使证城寺吃惊地认为博人是某个“组织”一员。而当时同样放弃任务的佐良娜和巳月及时赶到抓获证城寺，天道和父亲团圆，博人将天道赠送的佐助卡牌归还后目送他离村。狢强盗团全部落网，佐助回村亲自审问证城寺，逼他供出多年前潜入废弃建筑行窃过程中，偶然偷看到当时在地下会面的神秘“壳”组织。

木叶村开办由小樱教学的医疗忍术课程，每个下忍班各派一位代表，佐良娜则代表第七班参加。但被周围同伴给予厚望的佐良娜，其实完全不擅长医疗忍术，在隔天的课程中仅靠运气而过关斩将，可仍然在最终挑战中暴露她完全不会的事实。而佐良娜随后得知母亲小樱也是经过努力修行而从不会到会，因此获得从零开始的信心。其他人在这次学习过程中了解各自的优点与不足，最后都以各自的擅长的地方协助伙伴，让医疗忍术知名度迅速在集体里壮大。

第十五班因彼此配合不佳，近期总是在任务中失利，成绩开始被第五班超越。逐渐习惯忍者生活的铁椿决定改变这一现状，准备与山葵和泪共同弥补各自的不足，但这么做导致她们开始争先恐后地抢功劳，导致任务险些失败。铁椿自我检讨时接受博人的建议，学会与同伴配合彼此的优点、同时弥补各自的不足来打出“完美的搭配”。她们三人因此达成共识，之后与受困敌人陷阱的第五班携手合作，成功抓获村子附近的盗贼团。

向日葵参加忍者学校一日活动，跟另外两名同龄人惠方和优奈进行各式各样的忍者体验，三人被派去公园寻找小猫作为任务模拟。过于独断专行的惠方急切想证明自己能成为忍者，但他陪优奈寻获小猫时不慎困入深井，向日葵及时开白眼找到她们，跳进井里陪她们用当天学到以汇聚查克拉来行走墙壁的技巧，最后同心协力逃出井完成任务，惠方也为自己的蛮撞行为道歉。经过一天，向日葵虽然不确定是否要当忍者，但也从此开始用心思考自己的人生目标。

巳月在雨天中靠小猫三日月的带领营救一名受伤男子五月雨，起初跟他相处融洽，得知他的妹妹跟小猫三日月是同名。但第七班随后负责抓捕一名专门在雨天作案、连续杀害知名化学公司职员的连环杀人犯时，巳月认出犯人是五月雨，并制止五月雨企图杀害化学公司老板金木，得知他行凶是为了替自己在公司造成的爆炸事故中冤死的妹妹报仇。巳月击败五月雨后及时将他送医救治监护，同时帮忙澄清爆炸事故的真相，使掩盖事故的金木同样接受制裁。

小蝶得知她爱去的甜品店的货物补给被一群专抢稀缺资源的山贼盯上，于是自告奋勇陪红豆躲在运送车上保护货物。然而她们与山贼对抗过程中不慎造成山石崩塌，红豆负伤且受困山洞中，处于苗条状态的小蝶无法使用蝶化之术，只能迅速将一袋食物烹煮后食用来恢复体形。为了阻止山贼将货物抢跑，小蝶以保护她最喜欢的食物作为动力而熟练蝶化之术，一举抓获山贼以外还救出红豆，将货物顺利送到店家手中，恢复招牌甜品的供应。

为了调查证城寺口中所供述的神秘“壳”组织，佐助和佐井前往大战后荒废的雨之国雨隐村调查其踪迹。经过第二十五班的侦查后，佐助和佐井深入一座巨大地下设施摸索，途中遇到一名本地青年唐野，其曾经偷看到壳组织在地下进行的某种实验。唐野答应担任向导，但故意将他们引至陷阱，表示自己自愿为壳组织卖命。然而佐助靠分身蒙骗唐野来证实组织存在，唐野最后选择自尽，而整栋设施随即崩塌，两人逃离过程中看到里面遗弃的“人体实验器材”。调查过后，鸣人下令从此提防壳的行动以外，决定处理雨隐村的战后恢复工作，同时授权获释的片助继续研究工作。另一边，壳组织全员在首领的召集下汇聚，声言实验所暴露不代表对方会知情他们的“目的”。

第七班在木叶丸与一名随行上忍麦野的带路下，来到谷之国负责寻找一名失踪男子安藤，其身为一座大型制药公司的研究员，在前去野外采集公司开发新技术的医用材料时失去音讯。由于公司对外保密内部消息，第七班全体前去安藤失踪地点调查，碰巧撞见医疗公司的社长维克多正在该地区勘验。维克多透漏安藤失踪前是在寻找用来开发“人体再生术”的重要资源，以此帮助在上次大战时受到波及而不幸残疾的人们。两方答应携手合作协寻，一路跟随踪迹至当时还未调查的山洞中。一行人最终在山洞的另一个出口处发现安藤，但发现他已失去自我、全身抽搐，并且拥有异于常人的诡异力量。

第七班联合作战却无法阻止陷入狂暴的安藤，维克多派护卫队靠科学忍具使用雷遁将安藤制伏，声言他们会接手局势，命令博人一行人立刻终止任务返村。无功而返的博人自责没能信守承诺，但巳月因作战时跟安藤的接触而受感染病倒，麦野带领他们至技术高超却为人古怪的医疗女忍者结比奈的私人诊所，紧急将巳月体内的外来物质取出而让他痊愈。经过化验，该物质为木遁属性，让众人察觉是当时已流到黑市的柱间细胞。而诊所正好收留着另一名身体有着相同症状的少女，其处于静止状态来制止细胞扩散。除了巳月留在诊所疗养并协助开发解药以外，其余人前去调查非法贩卖柱间细胞的源头：默之国。

博人、佐良娜、木叶丸和麦野抵达大量不法分子群聚的默之国，首先对当地的无治安以及从事各种非法交易的现况极为反感，询问一名倒卖稀有物品的老板得知，柱间细胞是由一名维克多制药公司的研究员拿来卖。由于无迹可寻，木叶丸紧盯一位可能掌握相关情报的来访大款，麦野认出对方是被通缉的前雾隐村医疗忍者雾崎。博人靠色诱术勾引雾崎，陪他离开途中遭遇小偷，眼看雾崎要对小孩下手，博人只能将其击倒。得知雾崎要去跟神秘买家碰面，木叶丸于是变成雾崎带领博人去见对方，然而现身的人只有对方的“管家”。而管家展示自己植入柱间细胞的身体，来查实雾崎的医术是否可靠，让不懂医术的一行人陷入进退两难的局面。

木叶丸靠随身的一注柱间细胞抗体解药挽救老管家一命，获得其信任而被带至默之国中心的浮囚城去见城主咲耶，管家希望他们能用柱间细胞让皓首苍颜的咲耶恢复青春。木叶丸深知一旦上阵将会暴露身份，暗中派遣博人用影分身掩护、本尊去拿细胞样本。然而，博人最后发现咲耶被毒杀，样本也被拿走，捷足先登的则是曾在酒馆里接近雾崎的酒女四胞胎。对方实为以朝方为首的强盗四兄弟，靠牺牲一人潜入浮囚城。博人和木叶丸被陷害为杀人凶手，老管家拉响警报后也遭到毒杀，四兄弟打开浮囚城结界逃跑时四处散布谣言，使大部分人集体拿起武器准备一举夺下城堡，让博人一行人陷入绝境。与此同时，维克多得知样本卖到默之国后，派出搭档迪帕前去夺回。

博人和木叶丸逃出浮囚城后遭到大量暴民追赶，跟佐良娜和麦野会合后只能兵分两路，试图寻找出路以及追寻被抢走的细胞样本。然而一行人的身份已被默之国的所有人获悉，即使博人灵机一动驾驶飞艇从空中离开，但即将出城之际还是被暴民击落。被包围的四人得到先前遇过的小偷片原协助，躲入错综复杂的下水道，在他的躲藏处跟赶来的巳月碰面，得知片原的妹妹古奈刚好是结比奈诊所中受巳月抗体救治而康复的少女。片原联络在外的同伴找出强盗三人的已知位置后协助众人出城，一行人分头寻找强盗踪迹时，博人、佐良娜和巳月追寻过程中遭到三名云忍拦截。另一边，迪帕同样抵达默之国开始行动。

博人一行人遇见由雷影亲信奥摩伊带领的云忍三人小队，得知他们同样知晓柱间细胞出现在默之国的传闻，为了安全起见而打算先回收。两队便达成共识一起行动、追踪敌人，过程中得知三兄弟来自以暗杀及禁术闻名的霞之国。然而不久，在默之国得到所需情报的迪帕现身拦路，奥摩伊的小队决定留下来断后，但三人即使联合作战都无法对敌身强体壮、拳速惊人的迪帕，仅能想办法拖延时间。逃亡中的三兄弟为了防止样本失控，只能尽可能慢速赶往边境，意识到他们即将会被追上后，三兄弟中的夕方同样决定留下来断后争取时间，将他们四胞胎的标志耳环交给大哥朝方后，一人堵住博人一行人的去路。

夕方以自己的生命为代价发动独特禁术“霞忍法·蜉蝣一期”，召唤出一头名为“黄泉接引者”的怪物。这头怪物不但将周围环境以结界封锁，还能持续吸收周边人类和动物的查克拉来持续行动。一行人见打不过后只能想办法破坏结界，博人、佐良娜和巳月前去拖住怪物争取时间，然而怪物抢先冲上前干预结界破坏过程。情急之下，麦野以自己来当查克拉诱饵，并让所有人放手一搏，木叶丸和博人共同施展螺旋丸，破坏掉怪物的核心而摧毁结界，所有人随后继续追赶剩余的霞忍两兄弟。然而另一边，迪帕击败奥摩伊、杀死他的两名部下后，得知细胞样本被带去霞之国，便第一时间紧追在后。

博人一行人即将追上剩余两兄弟时，这次由昼方站出来抵挡追兵，独自掩护哥哥朝方带着细胞样本出国境。昼方同样发动以生命为代价的禁术“霞忍法·地狱灭杀”，制造出大型沼泽困住自己和博人一行人。所有人开始往下沉，但众人注意到昼方会最先沉下去，得知禁术一旦等到术者死亡则会自动解除。博人无法理解他们四兄弟为了任务不顾性命，得知他们是为报答收留他们长大的霞之国，另外是想靠柱间细胞来“挽救其他生命”。博人不惜冒险上前制止昼方送死，而负伤的奥摩伊赶来告知迪帕正赶往霞之国夺取样本，迫使昼方解开禁术、独自跑去查看朝方安危。奥摩伊决定留下来疗伤以外，其余人则继续往霞之国方向前进。

一行人追上朝方后短暂达成共识，然而迪帕控制着大量由碳构成的黑色方块伏击杀死朝方和昼方。维克多现身至众人面前，揭示是他派迪帕前来夺取细胞样本，两方便以决胜负的方式进行争夺。维克多使用一系列诡异忍术拖住木叶丸和麦野，由于两人一路下来耗尽体力，只能勉强跟深藏不露的维克多周旋。第七班独自对打拥有金刚不坏之身的迪帕，三人使出浑身解数、却还是被迪帕一人碾压，佐良娜因写轮眼消耗过度而陷入昏迷，无力抵抗的博人同样也遍体鳞伤。濒死的朝方趁迪帕靠近时发动自爆禁术“霞忍法·彼岸花”作为赎罪，但仍然无法伤害迪帕分毫。巳月紧急进入白蛇仙人模式击退迪帕后将同伴救离，细胞样本最终落入维克多和迪帕手中。

巳月赶在身体被仙人模式拖垮之际，将博人和佐良娜带至结比奈的诊所紧急治疗，木叶丸和麦野随即赶到接三人迅速回村，首先将中伤不起的巳月带至大蛇丸的研究所看护静养。回村后，博人和佐良娜在小樱的救治下平安脱险、日渐康复，两人经过这次惨败都意识到自己实力不够、甚至跟敌人相差甚远，因此心中都做好“觉悟”。木叶丸自告奋勇陪麦野得到授权去调查维克多位于谷之国的公司总部，即使两人深知将会是深入虎穴。博人和佐良娜在他们临走前追上他们，但都没有提出一同前去，而是先留下来专心修炼来提升各自实力。由于佐助即将陪佐良娜修炼写轮眼，博人决定去找同样会螺旋丸的卡卡西一起修炼。

博人勉强让卡卡西答应陪自己修炼，得知自己因查克拉量较少而无法学高阶忍术，在卡卡西的教导下开始钻研查克拉性质及形态变化来强化螺旋丸力量。佐良娜得知自己的单勾玉写轮眼还无法学千鸟，在父亲佐助的提议下决定先以强化瞳力为主，佐助开始抛出大量铁球来模拟之前的战斗场景作为演练。两人各自修炼过程中充满艰辛，但都没有一丝埋怨、都认为自己为保护同伴而必须变强，并且深知周围还有亲朋好友陪伴。博人一度成功将风遁和螺旋丸结为一体，发挥出强大力量使卡卡西惊叹不已。另一边，木叶丸和麦野在无人察觉的情况下，成功潜入维克多的公司内部，开始努力寻回细胞样本以及相关铁证。

在博人和佐良娜努力修炼过程中，作为中忍的鹿太带领井野新和小蝶远去风之国砂隐村，跟新希、夜土和荒谷三人小队共同执行任务，回收之前大战浦式时遗留的战斗傀儡。然而两队刚寻获傀儡就撞见迪帕，其同样受令前来抢傀儡。鹿太意识到他是博人一行人敌不过的强敌，因此两队联手作战。然而迪帕轻易瓦解猪鹿蝶的联合招式，所操纵的碳块甚至击穿新希的最强防御砂铁。新希用最后的力气摧毁傀儡以防止落入敌手，而迪帕这次反而选择手下留情而空手离去。当时潜伏在维克多公司的木叶丸和麦野，注意到几名送至地下治疗室的患者都是有去无回，还发现参与过岩隐村政变的人造人科学家也在现场，偷听到对方一行人自称“外阵”。

险些全军覆没的鹿太回村后，本打算劝阻博人放弃去找迪帕一雪前耻，但被博人一心想变强的初衷打动而陪小蝶和井野新主动帮助他修行。佐良娜经过几天的艰苦修行而再度浑身是伤，小樱基于担心女儿安危、以及担忧写轮眼增强的“代价”而试图劝阻，却不慎导致佐良娜对母亲产生误解而负气出走。前来帮博人送便当的雏田看到这一幕，于是陪井野一起在半夜带小樱出去喝酒谈心，两人都提醒小樱必须将一路走来的“坚强毅力”用在女儿身上。当时，博人在鹿太的指点下成功突破难关，以“逆转”方式制造出新的螺旋丸，经过一晚上苦练而成功击碎岩石。卡卡西为了让博人发挥出修炼的成果，带他到木叶警务部监牢对打昔日敌人证城寺。

博人再次迎战证城寺，发现他的风遁屏障足以挡下自己的风遁螺旋丸，最后放手一搏使出自己修炼一晚上的“压缩螺旋丸”，从而提升密度与力量，给予证城寺重重一击而获胜，但同时也因修炼过度而昏倒住院。小樱回到修炼地主动提出跟女儿对打一场以判断她的觉悟，佐良娜对战过程中发现自己在查克拉控制方面十分欠缺，以至于无法完全使出像母亲一样的全力。正当佐良娜陷入困境时，突然灵机一动用写轮眼复制下小樱的动作再附加查克拉，实力首次达到跟小樱对等的级别。佐良娜因此得到父母赞扬，在他们的执导下继续修行。另一边，大蛇丸得知这次被抢的柱间细胞是自己多年前开发木遁时的样本，而实验水槽中疗养的巳月渐渐开始恢复意识。

岩部、电气和梅塔尔到医院探望博人时，撞见一名喜欢恶作剧的热血少年系引纳豆，得知他一直想要激忍卡牌上的大蛇丸之亲笔签名。三人由于都知晓闻风丧胆的大蛇丸而本想拒绝，但他们得知纳豆后天即将动大手术后决定帮他实现愿望。三人到大蛇丸的研究所先跟水月发生冲突，后来幸运地得到大蛇丸的允许而在卡牌上留下签名。三人迅速将卡牌带回给纳豆，希望以此能激励他鼓起勇气面对手术。恢复清醒的博人被卡卡西告诫不能随意使用新忍术，出院后决定跟佐良娜回一趟谷之国归还安藤的婚戒。与此同时，维克多的地下实验进入最终阶段，而谷之国的大名即将前来视察公司，木叶丸决定借此机会一举揭发对方的罪行。

维克多迎接谷之国大名前来视察公司运作，将大名带往作为核心研究区的地下实验室，过程中对大名施加幻术，将实验内幕掩盖成美好幻境。当时掉包成护卫的木叶丸和麦野为大名解开幻术，揭露维克多正在进行非法人体实验来培育柱间细胞的实情。事情败露迫使维克多提早行动，发动实验水槽中的细胞样本使其迅速生长发芽，庞大的树苗开始吸取周边人的查克拉作为养分。就在木叶丸和麦野想办法带大名脱困时，博人和佐良娜刚好抵达谷之国向米雅交代之前的战斗经过，随后感受到来自维克多公司的不明地震，两人立刻动身前去调查以延续未完成的任务。另一边，水月为大蛇丸带回博人一行人都去谷之国的情报，而疗养中的巳月被告知不准参战。

神树开始穿过地下室至所有公司员工聚集的大型会议室，使里面大部分人都难逃劫数，频发的地震也使所有村民逃往高地。木叶丸和麦野顶着受伤疲惫的身体救出大名，而木叶丸决定独自留下来断后。当麦野带着大名逃往村口时受维克多的秘书拦截，无力抵抗之余突然被大蛇丸出手解救。博人和佐良娜抵达设施内跟木叶丸并肩作战，维克多现身揭露这棵树是靠第四次忍界大战时采集的神树样本所培养。木叶丸独身对抗维克多时，坠入地下室的博人和佐良娜再次撞见迪帕，得知对方草菅人命仅仅是为了独享神树种出的查克拉果实来“满足胃口”后，陷入怒火的博人和佐良娜均下定决心，发誓会击败这名强敌，为所有受害者讨回公道。

大蛇丸及时赶来支援木叶丸，独身对打贪图别人成果的维克多，而神树即将开花结果，维克多迫不及待地冲上去收获果实以修复自己残破的身体，但最后却自食其果而被这棵实为“冒牌货”的神树吞噬进去。及时得到器官捐赠而康复的巳月也赶来支援博人和佐良娜，第七班再次集结且共同作战。面对迪帕眼花缭乱的攻势，佐良娜奋不顾身去为无法动弹的博人挡下攻击，此举让她的写轮眼开启双勾玉。大蛇丸施术将神树融化摧毁，狂怒的迪帕亮出自己最坚硬的铠甲形态。博人冒着失去手臂的风险、在同伴互助下以超高压缩螺旋丸击碎迪帕的铠甲，使他最终落败并埋入崩塌的设施中。熟知真相的米雅答应指证维克多的种种犯行，让第七班的任务圆满告终。

随着壳组织逐渐浮出水面，鸣人召集纲手和卡卡西在内的木叶高层，共同收听木叶丸和麦野的谷之国任务详细汇报，获悉敌人企图复活神树的阴谋被毁，然而身为组织外围协力者的大量“外阵”成员疑似渗透到忍界五大国的各个角落，其隐秘性让他们无从查起。为了确保村子安全，鹿丸建议隔日起实施“封锁”，对此犹豫不决的鸣人走遍村子各处思考一整天，最后看到博人等一众下忍齐心协力靠热气球来完成电气的无线通讯实验，想起他们一直以来奋斗的初衷而放弃封锁，并准备重审村子感知系统。另一方面，死里逃生的维克多面会壳的领袖慈弦，将所有罪推给死去的迪帕，但意识到自己已走投无路，决定偷走慈弦最为重要的“容器”。

为了防范可能会随时入侵的外敌，担任结界班班长的井野带头测试以科学技术最新完善的感知结界，其能自动侦测到村子系统未注册的“不明查克拉”，再由探索班搜捕任何入侵者。在测试演习中，执行探索的井野新伴随前辈山中湖畔共同行动，但因感知能力较弱而几度无法找出入侵者所在。低落的井野新在后来无意间感知到一股“不寻常”查克拉，跟博人和鹿太追到人多混杂的市场，井野新情急之下靠超兽伪画借以扩大感知范围，最后成功抓出以复制查克拉潜入村子偷盗的通缉犯。

木叶村举行第四次忍界大战阵亡者的追悼会，全体村民纪念并缅怀各自在战争中牺牲的家人及战友。鹿丸和井野分别纪念在忍者联军本部的爆炸中牺牲的父亲鹿久和亥一，仔细思索他们彼此看着父亲背影长大、最后被他们托付打败十尾的使命，困惑当时父亲们是否相信他们能成功。追悼会结束时，麦野伴随着当天结识的前雾隐忍者青，一同前来纪念死去的战友。青作为联军本部爆炸的唯一幸存者，经过多年复健加上片助提供的义肢而恢复生活机能，巧遇鹿丸和井野而为他们讲述，鹿久和亥一在晴明最后一刻都相信着他们能成功。青的解答让鹿丸如释重负，使鹿丸同样决定有朝一日将使命传承给儿子鹿太。

基于在谷之国任务中的杰出贡献，第七班集体被鸣人赠予表彰书以资鼓励，鸣人观察到博人一段时间下来的进步，答应会亲自陪他进行一次忍组手。另一方面，维克多以做身体检查为由来到壳组织基地，趁组织科学家阿玛多不注意时偷偷获取慈弦的容器之重要数据，当他偶然偷听到慈弦准备将容器移送出去进行测试时，便自愿提供运送方面的帮助。在阿玛多以及另一名内阵迪鲁达的监督下，装有容器的匣子被送上维克多事先准备的一艘具有自动驾驶和隐形功能的飞艇进行移送。正当维克多在飞艇移送过程中远程修改飞行路线，准备将容器收入囊中时，飞艇却突然失控坠毁在火之国境内，突发状况使维克多陷入窘境。

博人上街时巧遇麦野，出手帮他还清赊的账而被他邀请到家里做客，发现麦野的家虽然简陋，然而能一眼观望到火影岩全景，包含他最憧憬的三代火影·猿飞日斩。麦野讲述自己童年时曾为孤儿，为生存而被迫帮敌国暗部刺杀日斩，然而最后被日斩拯救并接纳为木叶一分子。麦野认为自己对日斩有所亏欠，因此跟木叶丸结伴彼此照应作为回报。而麦野随后陪木叶丸去调查火之国边境的不明飞艇坠毁事故，将全部家当以及自己走前收到的花篮交托给博人看护后上路，博人将花带回家插入向日葵自制的花瓶中，作为送母亲雏田的生日礼物。而鸣人当天收到片助最新完工的科学忍具义肢，准备在接下来陪博人进行忍组手时进行测试。

容器遗失迫使慈弦召集全体内阵讨论对策，作为内阵之一的果心居士获得许可而前去火之国夺回，全盘皆输的维克多同时因阿玛多重新再生出迪帕的头部而计划败露，在藏身处中遭到果心居士偷袭、以三昧真火活活烧死。鸣人和博人父子在忍者学校对战场进行忍组手，博人将其视为中忍考试后的正名之战，以自身实力及新忍术让鸣人刮目相看。鸣人同时借此测试科学忍具义手而吸收眼前所有忍术，而博人基于之前的经历而排斥着科学忍具，但也被告知技术是准备用来对付壳组织等强敌的手段。另一边，木叶丸和麦野抵达飞艇失事地点，首先发现飞艇内的匣子已空无一物，而两人调查同时不知道飞艇周围仍徘徊着“敌人”。

正当木叶丸用记忆卷轴拷贝完空匣子中的数据后，麦野转眼间就被飞艇外的不明敌人击伤，迫使两人逃往树林中躲藏。在木叶村，鸣人指派博人、佐良娜和巳月护送片助与测试完的试作品义手至龙胆的先端技术研究所，博人由于仍然厌恶着科学忍具，心不甘情不愿地参与这次任务。四人搭乘雷车时巧遇青，片助得以跟自己的前患者叙旧，而博人一路上被身为前忍者的青教导任何东西本身没有“善恶之分”、而是取决于“使用方法”，因此受到感悟而开始认真对待。当博人一行人到站下车后不久，实为壳组织外阵的青会见身后的果心居士，汇报已证实片助不记得自己对他施加幻术窃取情报的事情，最后被居士指派前去回收容器、抹除相关证人。

博人一行人抵达位于火之国边境的先端技术研究所，初识身为研究所主管的犬冢秋田，同时重逢担任研究助手的老同伴堇。博人起初不甘愿地陪同佐良娜和巳月参与科学忍具的实地测试，但在此期间接触许多不同样式却实用性可靠的科学忍具，加上被堇和秋田告知片助是以科学“支撑”身边的人们，从而开始对科学忍具改观，同时欣喜地得知堇即将回木叶担任片助的助手。这时，鸣人紧急通知博人一行人暂停当下任务，前去飞艇坠落现场探寻失联的木叶丸和麦野。就在木叶一方担心这疑似是壳组织的动作时，壳组织内部同时也开始秘密清查真正导致飞艇坠落的“叛徒”，而慈弦怀疑该叛徒就藏在内阵之中。

博人一行人在片助和忍犬茶丸陪同下抵达飞艇坠落现场调查，转眼间就遭到飞艇周边的多具科学忍具构造的自律型傀儡攻击，身穿战斗动力服的片助使用两副护臂吸收所有攻击，最后使所有傀儡过热而停运。众人随后靠茶丸的嗅觉追踪至木叶丸和麦野的藏身山洞，双方都认为科学忍具技术已落入敌手。这时，手持加特林机枪的青来到山洞前准备将他们灭口，一行人难以相信不久前才见过面的好心人转眼间就拔刀相向。不听劝阻的青夺下片助的一副护臂、使他能靠此吸收忍术，麦野试图阻止却被青以双刃查克拉刀刺穿身体，最后之际使用土遁忍术引发山洞崩塌而与敌人同归于尽。众人仅能率先撤退出去，但青也很快爬出石堆继续追杀任务。

藏身于旧楼中的博人一行人悲痛于麦野的牺牲，片助由此证实敌人窃取自己的技术且大幅领先，因此对众人坦白自己在中忍考试时曾中过敌人的幻术、导致科学忍具情报泄漏的真相，并以利用博人一事正式道歉。木叶丸认为必须将飞艇情报卷轴带回木叶解析，而懊悔过错的片助本想担任诱饵，然而博人靠自己一天所学谅解片助且重新激励众人，准备靠道具的正确使用方法来教训明知故犯的青；众人以手头的科学忍具安排好战术后决定来一个出其不意。青的一举一动同时受果心居士暗中观察，以确保青不会“于心不忍”。而壳内部寻找叛徒的秘密行动陷入僵局，各自都否认自己对容器动过手脚，最后只剩外出的居士与博罗还未调查。

第七班联手躲在旧楼旁埋伏青，靠声东击西战术诱使青捡起查克拉刀、造成他被吸去一部分力量，再由戴着另一把护臂的博人进行反击，成功摧毁青的护臂。然而青使用多架以查克拉远程操纵的御镜无人机发动空中炮击，木叶丸替博人挡下一击而倒地，博人得知青沦为如此是源于大战时负伤而终结忍者生涯、直到被壳组织重新赐予新的力量和信念。博人发誓会用忍者方式击败他，独身穿过层层把关后幸运地靠影分身佯攻找准时机，最后以螺旋丸反败为胜。看着失去义肢的青倒地认输，博人选择饶他一命，告诫他与其当一个被别人随意利用的“道具”、不如将力量用于正途。然而胜负刚分，果心居士突然站在楼顶使用通灵术介入战局。

果心居士通灵出一只巨大蒸汽蛤蟆压塌整栋楼，青在最后一刻使用水遁忍术将博人冲离作为赎罪，随即死在蛤蟆脚下。居士很快用封印术封住博人一行人的行动，仅木叶丸靠随身忍具脱身而正面迎敌，但居士的力量超乎常人、甚至同样会用螺旋丸制敌；处于下风的木叶丸不慎被永不熄灭的三昧真火焚烧。这时，博人因情绪激动导致手上印记再次蔓延，以手心当场吸收掉封印术以及木叶丸身上的火焰。博人一度力尽昏倒，居士对博人身上附有的“楔”印记感到极为震惊，同时对此好奇而选择放过他们转身离去。埋葬青后，众人在回村的路上找到多架遭严重毁坏的傀儡，沿着踪迹寻获一名昏迷在地的神秘少年，其左手上同样拥有楔印记。

博人对于眼前出现的神秘少年川木手上的相同楔印记感到震惊，发现自己和川木能同时感受到疼痛，而昏迷中的川木回忆起自己童年时受生父虐待，一日被慈弦花高价买走后成为壳组织的容器，从而进入永无止境的地狱生活。这时，川木从昏迷中清醒后误以为博人一行人是壳组织的追兵，直到看到博人手上的楔印记而停手。果心居士同时也站在远距离静观其变，打算试探两个楔会如何发生碰撞，然而迪鲁达得到慈弦准许前来视察情况，同时带来一名全身安装大量科学忍具的强大外阵我娄。而我娄曾经被川木以楔的力量重伤，这次带着私人恩怨抵达战场打算将他抓回去，川木很快展现异于常人的力量做出抵抗，使两人的战斗一触即发。

川木迅速发动眼花缭乱的攻势，靠右臂进行类似细胞分裂的硬化形成利器转而攻击，然而面对全身上下被科学忍具保护的我娄而最终不敌，遭受痛击之下而无力抵抗。近距离目睹惨烈战况的木叶丸一行人几乎无人能干涉，直到博人手上的楔突然启动，同时跟川木的楔产生“共鸣”，从而使川木重获力量夺回局势。惊慌失措的我娄瞬间穷途末路，即使哭丧求饶却还是被川木以巨大力量当场炸死。博人再度使用楔吸收川木的攻击而救下周围同伴，目睹川木因使力过度而“过载”昏倒。片助证实川木的身体是跟科学忍具相结合，所有人一致决定将川木带回木叶。在远处观战的果心居士为了搜集更多情报，勒令身边的迪鲁达暂时不要对川木出手。

木叶丸先行一步回村向鸣人汇报这次任务的详细情况，得知被称作容器的少年川木已被送回龙胆的科学忍具研究所看护，鸣人决定亲自陪佐井前去观察。当时被拘禁在研究所中的川木敌视着照看他的堇，后来假借去厕所为由而趁机爬入通风道逃跑，同时偷走一副科学忍具手镯。堇试图阻止川木逃跑却被打伤，鵺亲眼目睹主人受伤害后暴走咬伤川木的右臂，但川木依然挣脱而仓惶逃出研究所至森林里，一路留下血渍的同时也在避免被壳的人抓回去。

川木带着伤势跑到研究所附近的龙胆市，忍着伤痛和饥饿四处逃窜，并一时心软而将好不容易捡到的面包全部给一条野狗。该野狗为了报答他而到镇上的店面帮他抢食物，却被店主追逐而遭到伤害，川木因此被激怒而险些靠硬化手臂杀害店主。堇及时追踪过来试图劝阻他，表示自己从川木的眼神中看出自己曾有的悲伤，但川木不肯乖乖就范，执意要突破警卫队逃跑。直到鸣人现身制止并安抚川木冷静下来，表示自己决定亲自照看他。

昏迷的川木在睡梦中回忆起自己度过的凄惨童年，长期帮酒鬼父亲劳动跑腿，遭受父亲打骂以及村民数落却没有怨言，领略到自己即使离开家也是死路一条。孤苦伶仃的川木被一名伪装成卖金鱼的人贩子盯上，其打着“给予更好生活”的幌子打算带走他。然而慈弦抢先一步花高价将川木买走，带川木离村的路上杀死硬要拦路的人贩子，原以为摆脱地狱的川木被直接列入慈弦的容器实验候选人之一。当川木恢复清醒时，发现自己已被送回木叶医院静养。

鸣人决定照看川木的决定受到鹿丸反对，其认为这么做会使敌人找上门，而鸣人火速召开五影会谈传达壳组织情报以及看管川木一事，在场四影经过考量后都一致同意让鸣人监管川木。而川木跟鸣人回家时两度打算逃跑，但发现鸣人永远会赶超在前头等他，因此只能选择服从。到家后，即使鸣人表示他们一家并无恶意，川木却始终保持着一副咄咄逼人的凶恶态度。博人陪木叶丸整理完已故麦野的遗物后，回家得知川木即将跟他们同居，虽难以理解但还是决定慢慢接受。然而，川木一时发怒而无意间打碎向日葵为母亲雏田做的花瓶，此举令博人愤怒不已、也让向日葵非常难过，但也让川木开口道歉且首次说出自己的名字。

川木正式进入漩涡一家人的日常生活，起初由于长期生长在黑暗环境中而感到不习惯，但在鸣人的监护之下开始接受和乐融融的气氛。但博人仍然无法接受川木无故打碎向日葵心爱的花瓶，加上川木一直保持着理直气壮的态度，因此屡次跟川木发生冲突。几天下来，川木渐渐解开心防，跟博人如实讲述自己获得楔印记时的痛苦过程，说自己曾亲眼目睹身边其他实验小孩被慈弦强行灌输楔的力量，然而却最终全部暴毙化为血水的恐怖景象，表示自己是唯一成功跟楔结合的人。川木表示自己正在想办法除去楔印记，提议博人与之联手，但对此迟疑的博人目前无法相信他。为了化解他们之间的冲突，鸣人决定亲自带川木外出游览一天木叶村。

鸣人带领川木观摩木叶村各处，途中碰巧撞见在买鲷鱼烧的佐良娜和小蝶。随着鸣人大方请客，川木首次吃到街边的美味小食，但心里仍然提防着周围的外人。三人走进井野的花店购买一个新花瓶时，川木随意挑到一个手工制的浅绿色花瓶，但后来不慎将手中的花瓶看成自己受困慈弦残忍实验时的景象而受到惊吓。目睹川木被创伤阴影困扰，鸣人走上前拥抱并安慰他，佐良娜也慢慢决定接纳他。鸣人和川木共同享用完一乐拉面后回家，而博人虽然欣慰川木愿意赔礼道歉，但还是坚持他用强力胶将小葵的碎花瓶恢复原状。这时，果心居士和迪鲁达来到村外，居士命令迪鲁达原地待命后独身穿过感知结界，神不知鬼不觉地潜入村内寻找川木。

鸣人陪放假的博人进行新一轮父子忍组手，在川木、向日葵以及佐良娜和巳月的观摩下展开对决，川木说服博人要运用楔印记以便熟练控制，认为若想清除印记则必须先学会掌握。靠川木使用楔时产生的共鸣，博人在楔的扩散之下实力和速度均大增，即使最后还是由鸣人胜出，但鸣人同时欣慰博人实力已上一层楼。川木看着他们父子的修炼，回想起自己与慈弦进行过的地狱式训练，之后被鸣人说过的“查克拉是连接力量的源泉”之话所影响，决定做出改变而准备拼回向日葵的碎花瓶。佐良娜目睹博人日渐变强，决定立刻陪父亲佐助学习千鸟。与此同时，潜入村内的果心居士藏身在一座塔上，靠一只能共享视觉的侦查蛙找到川木所在并持续监视。

博人勉强求助川木关于如何熟练运用楔的使用，两人在鸣人和向日葵的旁观下以忍组手的方式进行实战训练，而居士继续靠侦查蛙远程观战。战斗过程中，博人由于还未学会“吸收”而被川木的招式弄伤手，正当他们结束战斗做和解之印时，博人突然目睹已死的大筒木桃式从自己眼前闪过；手上的伤同时自我痊愈。由于景象只有自己看见，博人没有多加在意或汇报。然而这时，依然在村外待命的迪鲁达按捺不住焦躁的情绪，释出背后的一架科学忍具无人机进入村内，侦测到川木的位置后不顾后果飞入村内。井野与感知部队迅速侦测到这股“不明查克拉”而通报鸣人，迫使鸣人决定独自迎敌以避免死伤，随即准备好对付迎面而来的强敌迪鲁达。

鸣人决定保护川木免受壳组织伤害，使用九尾模式全力应战迪鲁达，战斗时发现迪鲁达不仅全身上下都是能无限再生或分裂的科学忍具构造，包括一双具有吸收能力的机械眼睛。陷入苦战的鸣人在全力抵挡过程中，仍然在努力寻找反击时刻，但迪鲁达为了取胜而靠双眼使出能破坏再生能力的激光。由于无法击中鸣人，迪鲁达不惜跑过去用向日葵当作诱饵，将她往上扔的同时发射激光，打算诱使鸣人纵身为她挡住攻击。出乎众人意料的是，川木纵身为鸣人父女挡下致命一击，但同时也造成他的右臂毁坏而无法再生，以此偿还鸣人保护他的恩情以及打碎花瓶的赔罪。无意间伤到川木的迪鲁达对于他自愿保护别人的举动感到震惊，同时也比之前更加愤怒。

鸣人被迪鲁达草菅人命的行径所激怒，因此不再保留实力而全力应战，并发誓在这之后会找出并歼灭整个壳组织。迪鲁达近距离发射的激光被鸣人用大玉螺旋丸抵消，便迅速使用机械眼进行吸收，但鸣人经之前的战斗推测她的吸收容量具有上限，因此奋力释放大量查克拉，造成迪鲁达的右眼无法继续吸收而“超负荷”瘫痪，最后被鸣人以超·大玉螺旋丸重创而落败。然而，倒地不起的迪鲁达随即自爆，空中的无人机则自动飞离村子，远程观战的居士也充分了解到鸣人的实力。另一方面，博罗带领自己的一群信众“拯救”一座受不明疾病肆虐的小村庄，获得所有村民青睐及膜拜后，将他们集体纳入自己的神秘教团中，但随后也被考德叫回组织接受调查。

鸣人让片助为负伤的川木做完断肢处理后，得知木叶的科技水平无法恢复其再生能力，为了弥补川木缺失的义手，鸣人利用自己原先的一条试作品义手并灌输自身的查克拉，得以让川木使用新右臂。经过这次战斗，川木开始拥有奋斗的目标，在鸣人的同意下成为其徒弟，开始学习忍术、手里剑以及查克拉等相关知识。另一边的佐良娜也开始与佐助修炼千鸟，直到佐助再次前去执行紧急调查任务。与此同时，迪鲁达的无人机返回壳的基地，为她启用备用的身体继续行动，慈弦被她告知关于川木的改变以及博人同样拥有楔印记的情报后，意识到桃式死前将博人视作自己的“容器”。就在川木即将把碎掉的花瓶拼凑完成时，鸣人体内的九尾首次现身在他的面前。

川木倾听着九尾叙述鸣人所经历的孤独童年，得知鸣人同样因体内的“力量”而被村民敬而远之，努力成为忍者后开始结识许多同伴，乃至慢慢走出孤独牢笼而持续靠友情和亲情填满内心的空洞。九尾说服川木如今也能获得相同的东西，提醒他的内心也未完全“干枯”，这让川木受感动而决定重视周围的一切。经过许多天的训练，川木逐渐掌握查克拉控制而开始下一步修炼，跟博人的关系也逐渐变得像“兄弟”一般的亲密，让他开口讲述关于壳的首领慈弦的信息。木叶一方立刻采纳这一信息而深入调查壳的下落，而佐助追随飞艇卷轴情报中标注的未知地点座标，靠时空间忍术抵达位于异空间中的一座不明神庙。另一边，博罗的教团也准备开始下一步行动。

博罗在飞艇残骸中寻到导致坠毁的重要证据，随后回到教团总部对全体信众发表关于无限月读的演说，同时接收新一批入伍的小孩。这时一名忍者闯进来指控博罗的歪门邪道，试图营救自己深陷在教团中的妹妹，而博罗不但展现强大的再生能力、仅仅抬起一只手便杀死入侵者，让身边的信徒们死心塌地追随他。与此同时，佐助在异空间的神庙中触碰墙上的其中四个图案，曾经交手过的大筒木桃式、金式与辉夜相继以全息投影形式出现，最后包括一名头上长有犄角的神秘大筒木。紧接着慈弦同样用时空间忍术来此，佐助偷看到他从关在地下的一头“十尾”身上吸取大量查克拉，目睹慈弦头上一度冒出相似的犄角，甚至听到他即将去木叶面会两个容器。

当博人和巳月外出修行时，川木一人陪鸣人留在家中，试图寻找碎花瓶唯一缺失的碎片。然而川木的楔印记突然自动制造出时空间忍术，另一头的慈弦直接现身在川木和鸣人面前，试图强行将川木带回去。就在川木不肯服从他时，一旁的鸣人刚出手就被慈弦操纵的多根黑棒刺中，一瞬间就被束缚行动，进来营救的木叶丸尽全力抵抗却也负伤无法行动。川木深知慈弦的强大，为了保护鸣人和木叶村而准备向慈弦投降，但鸣人仍然开启九尾模式以保护川木。逐渐不耐烦的慈弦使用时空间忍术，鸣人代替川木被吸入一片异空间中。当时佐助刚好靠追踪鸣人的查克拉及时穿越至此支援鸣人，迫使慈弦同样也决定留下来全力应战并永绝后患。

在异空间的战斗中，慈弦靠凭空“消失”闪避所有物理攻击，佐助看出慈弦能使用一种能将自身及其他物体“缩小”的能力，于是开启完全体须佐并与九尾化的鸣人共同作战。然而慈弦伴随头上的犄角展现出惊人的恐怖实力，短时间内击溃鸣人和佐助的防御与攻击，使两人遍体鳞伤、无法行动。直到慈弦身体中央的黑色核心因消耗过度而破裂，佐助在鸣人的说服及掩护下被迫用时空间撤离回村。而真正掌控慈弦身体主导权的“大筒木一式”，将整片战斗场地“封盖”后缩小，将鸣人封印后立刻回去修复身体，认为慈弦身体即将淘汰，必须迅速靠川木进行“容器转生”。在木叶，博人、巳月和佐良娜被告知发生过袭击，四人惊恐地发现由鸣人查克拉驱动的义手停止运作。

随着鸣人生死未卜，鹿丸带领结界班对鸣人住家施展四方结界，表示出自己一直以来针对川木疑似是敌人间谍的怀疑。即使在场的博人、佐良娜和巳月试图帮川木解围，鹿丸仍然不打算相信他，一行人被软禁在结界中，还得知回村的佐助身负重伤的消息。不久，川木的义手突然再次启动，让众人意识到是鸣人幸存，川木用查克拉追踪以及跟博人的楔之共鸣，透过模仿慈弦来此的方法制造出时空间忍术，不顾鹿丸的劝阻而带领第七班去拯救鸣人，打算以此作为“自我证明”。与此同时，慈弦因消耗过度而进入为期十天的充能，命令考德去监视十尾神庙、而博罗则负责监视封印鸣人的碗。长时间身在木叶的居士引起博罗怀疑，但他仍然靠演技蒙混过去后开始思考下一步。

博人、川木、佐良娜和巳月抵达鸣人被困的异空间，发现博罗在此看守，川木深知博罗的恐怖实力，督促一行人慎重行事。博人和川木刚交战不久就感到全身麻痹、无法行动，佐良娜发现场地弥漫着博罗制造的黑雾，靠巳月拖延时间后带领全员暂时撤退。巳月靠自身免疫力分析出黑雾实为博罗用自身科学忍具造出的“病毒”，因属于自然物质而无法被楔吸收。随着川木的入伍，全员推选佐良娜成为“新生第七班”的小队长，四人集体注入巳月的抗体后准备好反击。率先上阵的佐良娜故意步入博罗的病毒圈套，等到让他放松警惕后用火遁偷袭，尾随博人和川木共同使出的“连凑”式螺旋丸给予博罗重击。然而，倒地的博罗再度站起，甚至迅速再生回断掉的头部。

为了应对博罗的强大再生能力，川木暗中对佐良娜透漏博罗体内的一颗控制科学忍具的核心，因此让她用写轮眼寻找核心位置。就在博人、巳月和川木陷入苦战时，佐良娜观察到博罗靠频繁结印来转移体内核心位置，最后确认核心当时移位至右腹部。以防博罗察觉到他们的意图，佐良娜首次在实战中使用千鸟，在一瞬间挖出博罗的核心且摧毁，导致博罗身体开始失控暴走。四人趁机用川木义手的查克拉连接加上时空间忍术救出昏迷中的鸣人，但紧接着集体受到变成巨大怪物的博罗重创。其他三人倒地不起，博人则直接遭受连续痛击。然而这时，博人楔印记中的力量突然觉醒，使他直接出现在众人上空，头右侧出现犄角、身体围绕蓝色力量、同时出现大筒木桃式的声音与语气。

身心被桃式占据的博人轻松制伏怪物之身的博罗，靠吸取一部分鸣人的九尾查克拉施展巨大螺旋丸而将博罗彻底消灭，最后将身体主导权还给博人。而博人醒后却不记得这段经历，一行人便迅速将鸣人救回木叶。经过两天的住院养伤，鸣人在家人陪伴下平安苏醒，康复的佐助从佐良娜和巳月的供述中得知博人被“附身”的事情，意识到桃式的意识仍保存在楔中，并由之前的战斗细节得出慈弦本身也是容器的结论。川木因解救鸣人的英勇举动而得到博人其他同伴的信任，让他开始对其他人敞开心扉，即使得知他仍然受到鹿丸的质疑及监视。而木叶一方同时也决定不再对壳组织坐视不理，靠目前为止搜集到的所有关于组织的情报逆流而上。

川木近期受村子因自己的存在而被毁灭的噩梦困扰，偶然注意到向日葵多次将冰箱中的食物带出去，决定跟她一起出去看看，发现她是将食物喂食给一条独居山洞中的白狼。川木得知它因毛皮颜色而被自己的群体视为“异端者”驱逐，逐渐从白狼身上看到自己的影子。当他隔天再次陪向日葵回去山洞时，却发现白狼不幸遭熊袭击而孤零零死在林中。小葵对此伤心不已，川木安慰完她后下定决心，刚准备离开村子时被博人追上。由于川木不听劝阻，鹿丸因此亲自出面阻止，表示自己先前并无恶意、仅是在乎村子安危，最后承认川木身为“木叶的一分子”。对此欣慰的川木打消念头，回去帮向日葵埋葬白狼，意识到自己并非孤身一人。

鸣人派遣康复的木叶丸及佐井前去渗透博罗的邪教团，以搜集更多有关壳的线索。两人乔装混入教团总部，发现大部分信徒都是经历家破人亡、或是被博罗哄骗而入伍。为了让信众认清真相，两人诱使一名教团高层暴露博罗用来制造病毒的密室，获取一本记载所有在病毒实验以及壳的容器实验中丧生的信徒资料手册，最后在全体信众面前公开事实。然而，绝大多数信徒拒绝相信这个事实，仍然沉溺于博罗的歪理邪说中。这时，迪鲁达受令前来摧毁教团总部清除证据，木叶丸尽全力疏散人群，同时目睹一部分执迷不悟的信徒自愿留下来陪葬。回村后，木叶丸和佐井汇报寥寥无几的情报以及迪鲁达仍活着的事情，发誓不会让这种灾难重演。

居士趁夜间潜入木叶村档案库盗取忍者资料，使村子隔天实行全村戒备，而鹿太、井野新和小蝶断言这名入侵者躲在村子某处，巧遇卡卡西后组成四人小队共同调查。众人首先偶然找到居士藏身过的塔楼，跟随踪迹得知居士意图离村，迫使木叶调用大量人手封锁边境。鹿太意识到居士疑似准备靠雷车离村，与井野新及时上车拦住他时却发现是影分身。当时居士借由离村的幌子，成功潜入机密档案库准备窃取旧时代的机密卷轴，但卡卡西抢先一步在此等候阻止他。居士认为卷轴无关紧要后作罢离开村子，返回壳组织总部后被阿玛多告知慈弦还未充能结束，因此决定把握住这个千载难逢的机会打倒慈弦，与阿玛多实行他们二人蓄谋已久的叛动。

阿玛多拿上必需品离开总部，单靠一句口令使前来干涉的迪鲁达“紧急停机”后，被居士逆向通灵至木叶村外，随后撞见正在修炼的猪鹿蝶三人后抓鹿太做人质，将能够口述引爆的定时炸弹项圈戴在鹿太脖子上。正当木叶对他无从下手时，阿玛多表示自己是前来寻求“庇护”，表示自己会交代关于壳的所有机密情报作为交换条件。鸣人被迫将阿玛多带进村子中审问，表示会以他的配合程度来决定其庇护申请。与此同时，居士得知慈弦已知情自己与阿玛多共谋后立刻出手，揭示自己是“为消灭他而创造出来”。居士同时用一只侦查蛙将视野画面转移至阿玛多的眼镜上进行投影，使审讯室中的一行人、以及在外面观察的博人和川木等人共同围观这场战斗。

居士与慈弦正面碰撞时，审讯室中的阿玛多为鸣人一行人详细交代大筒木一族身为“外星侵略者”的实情，以及大筒木利用十尾种植神树、乃至种出查克拉果实繁衍他们一族的步骤。阿玛多揭示慈弦的“真身”为大筒木一式，千年前曾身为与辉夜共同来此的搭档，然而受辉夜背叛而落入濒死的局面，最后将自身钻入当时是普通修行僧的慈弦体内寄生而得以生存至今。由于慈弦身体不适合作为容器，一式为了使自己能完全复活而选出川木作为完美容器，最后还揭露桃式同样会靠博人的身体复活。就在鸣人难以掩饰内心的惊恐时，另一边的冲突进入白热化，慈弦全身被居士召唤的天然火焰包围而陷入困境，阿玛多最后交代若想保护世界，则绝对不能让一式完全复活。

全身焚烧的一式无法继续支撑下去，身上的楔则自动靠慈弦的身体进行转生过程。同时在另一边，川木手上的楔突然自动消除，阿玛多告知这是楔的特定“规则”，当一方转生则会自动清除其他容器的印记以避免产生多重分身。阿玛多透漏一式转生后仅剩下不到三天的性命，督促他们必须趁其晴明结束前，尽全力阻止一式再次往川木身上重新灌输印记。转生完的一式爆发出前所未有的强大力量，仅瞟一眼即瞬间缩小周围物体而中断侦查视野。居士的面具在战斗中破裂而露出真容，已故木叶三忍之一自来也的克隆人。居士深知自己已无法应对，但仍进入仙人模式孤注一掷，然而面对一式能轻易召唤回巨大物体的“秘术·大黑天”，居士最终被柱子砸断左臂而落败。

重伤不起的居士靠仅存的力量使用逆向通灵术撤退，一式则靠时空间闯入木叶村寻找川木。当时鹿丸动员全村上忍联合疏散村民，木叶丸与一部分同伴前去对付一式拖延时间，川木和阿玛多则被佐井一行人藏入根组织遗留的地下总部，防止一式用白眼透视。鸣人命令博人不准参战后亲自上阵，而佐助仍相信弟子博人能出一份力，不但将自己的旧护额再次借给他，并保证一旦他被桃式占据则会尽全力阻止他。佐助随即到场参战，瞄准一式无法缩小晴明体的弱点，将由博人变化的剑扔过去，而博人直接用楔的时空间忍术将措手不及的一式一起吸入地点未知的平原。鸣人和佐助靠追踪查克拉穿越至此，在无需顾忌村子安危之下，三人做好觉悟联手对抗一式。

三对一的死斗一触即发，即使鸣人和佐助尽最大努力提防一式的能力，但仍然被对方拆散后逐一解决。鸣人被一式牢牢夹在两大方块之间，佐助更是替博人挡下数根黑棒攻击而倒地。博人破例使用压缩螺旋丸为佐助抵挡住致命一击，同时注意到一式似乎在尽可能地保证自己活着，于是想以自刎手段加以威胁。然而一式迅速打断博人全身的骨头，声言自己只需保证博人能活着充当用来喂食十尾的“活祭品”即可。活佐井一名大筒木作为让神树结出完美果实的重要步骤，通常被活佐井的大筒木则靠楔进行重生。受困在另一边无计可施的鸣人，在九喇嘛的提议下抱着必死的决心，使用以性命为代价的“全新模式”，以全身红色查克拉的形态立即飞回战场准备放手一搏。

鸣人在九喇嘛的协助下开启“重粒子模式”全力迎战一式，眼花缭乱的攻势加上惊人的拳速及反应能力，使原本稳占上风的一式很快无力招架。然而重粒子模式消耗速度过快，鸣人开始难以维持形态，但一式同时发现自己的晴明开始急剧缩减，源于重粒子模式能相连使用者以及对手的晴明，导致连续遭受痛击的一式只剩不到半小时的性命。恐慌的一式只能压制住鸣人，但突然逆向感应到正在使用鸣人查克拉驱动的义手的川木，因此用时空间忍术将川木转移至战场。鸣人和佐助尽可能掩护川木躲起来直到一式晴明结束，但一式准备用力量耗尽的鸣人性命要挟川木立即现身，当时饱受童年阴影及心里恐惧压迫的川木，想起鸣人对自己的关怀及指导，最终抱着决心走出去面对。

一式迅速对川木重新打上楔印记，本以为自己胜利而从容地等待晴明消逝，然而却被川木学会的影分身之术蒙骗。楔印记因此无效，恼羞成怒却也无以为继的一式，瞬间瓦解成碎片而终结晴明。川木和佐助刚要查看鸣人安危，一旁的博人再度被桃式占据，发动奇袭而瞬间毁掉佐助的轮回眼。桃式声言自己会拾起一式的企图，利用身体仍保留楔的“数据”的川木当作十尾的活祭品。两人已无余力周旋，但川木灵机一动用火遁焚身，迫使桃式用楔吸收掉忍术造成博人清醒，靠折断头上犄角而恢复自我。昏迷的鸣人在内心世界中跟九喇嘛最后独处、对拳，但最后被告知重粒子模式的代价是九喇嘛自身的性命。九喇嘛道完别后随风消逝，无法呼唤回搭档的鸣人被现实中被博人叫醒。

鸣人一行人付出惨痛代价赢得胜利后，集体靠博人的楔时空间返回木叶村，随后全体接受小樱的治疗及片助的身体检查，而结果确认鸣人失去强大的力量、以及博人和川木身体大筒木化已达到八成。内心陷入苦恼的博人因片助的无意宣传，成为受媒体吹捧的木叶英雄而名声大噪，然而基于楔会随时失控，导致第七班全体禁止出任务直到得出解决方案为止。阿玛多随即向鸣人和鹿丸交代另一个内幕，壳组织仅剩的内阵考德也曾身为“容器”，身上得到一颗“不完整”的白色楔印记，导致他获得深不可测、仅能靠抑制手段进行压制的诡异力量。当时仍在看管十尾的考德不甘心自己无法成为一式的正统容器，而一式的亡魂借由他的楔短暂现形，让考德得知他的死讯且正式继承他的意志。

鸣人向其他四影交代完战况，将壳组织的残党考德列为最高通缉，然而很快也被问道如何处置身体持续大筒木化的博人。片助的检查报告证实博人会在半年内遭桃式完全占据，鸣人深知自己将无力对付复活的桃式，霎那间面临是否要杀死儿子以清除隐患的艰难抉择。博人同样也陷入彻夜不眠的煎熬，深知一旦睡着便有着遭受控制的风险。鸣人陪博人进行父子独处，保证自己绝不会放弃救他。直到阿玛多提供一罐具有抑制白眼能力及大筒木化的“特效药”提供给博人服用，使博人暂且脱离危机而回到同伴身边，阿玛多同时为川木再生出全新右臂，杰出贡献使鸣人同意他担任科学忍具班顾问的请求。为了改善村子内部的不安环境，鸣人决定展开新一轮中忍考试。

第七班与其他同期下忍参加新一轮中忍考试，考生包括一部分新人以及比他们高一届的学长。几乎大部分人都在第一场笔试中顺利晋级，而第二场个人实战测试则是在旧时代考场“死亡森林”中进行；且仅有十个合格名额。所有考生分头行动解救受困森林的同袍，过程中抵御由未来指挥的敌袭。超过一半人因实力不济、警觉性差而被淘汰，而佐良娜、巳月、铁椿、蜂起、井野新、小蝶、电气、山葵和岩部均顺利通关。营救成功折返的博人一度受到竞争对手海斗干预，但因森林猛兽袭击为他重新制造机会，然而博人最后选择将摔伤的海斗一并背回去，即使超过时限却仍判定合格。十名合格的下忍获准进入最终考试，仍是占一半淘汰率、一对一的个人对抗战。

博人在内的十名下忍通过第二场考试后得知最终考试定于后天举行，而考试当天才会公布对战组合。所有人因此把握住接下来的一天时间各自练习，以达到最佳状态参与个人战。由于不知道对手会是谁，所有人决定做好万全准备以应对任何对手。经过一天的辛苦修炼，所有人心中都做好各自的觉悟，一致认为这次考试是证明实力的绝好机会而“非赢不可”。由于这次考试准许使用自制科学忍具，电气决定发挥专长。铁椿除了代表铁之国参试以证明武士实力以外，并得知考试后得以返回铁之国升任干部而雀跃不已。众人洋溢着兴奋、紧张的心情度过一晚，隔天集体早早起身迎接决战。然而，一伙四人组成的不明敌人，趁着考试的举行潜伏进村子。

最终考试位于如今修复完成的中忍考试会场举行，内部装有以各个角度拍摄的摄像头而在全村直播赛事，担任监考官的木叶丸则以抽签形式决定出对战组合。第一场宣布由井野新对抗蜂起，双方均发挥全力来应战。然而蜂起因长时间跟随佐井执行不少暗部谍报任务，实力早已今非昔比，还靠任务中积累的大量经验而活用自己的记忆力强项。井野新在短时间内陷入困境，最后决定设陷阱引蜂起上钩，打算靠心转身之术反败为胜时，却未预料到蜂起早已习得抵御精神控制的手段而落败。随着蜂起胜出，第二场宣布由岩部对抗山葵，当时迟迟未到场的博人和巳月因向日葵进行忍者训练时的发现，开始追踪四名入侵村子内部、疑似挟持阿玛多的不明敌人。

山葵和岩部在第二场比赛中进行对决，正当岩部打算借由这场比赛证明实力时，山葵却被来会场观战的父母以及身为伊豆野一族长老的奶奶给予厚望而背负庞大压力。看着山葵因难为情而无法发挥出常态，岩部开始想办法逼迫她出手，甚至耗费全部力量凿出一座巨大的猫岩塑，声言她不需要为别人实现梦想、只需自己做到最好即可。而当岩部力尽倒地不起而即将被巨石砸中时，山葵首次使用自己一族传承下来的卷轴进入“化猫”查克拉状态，一爪击碎巨石救下岩部，并以证明实力的形式赢下比赛。第三场宣布将由佐良娜对抗小蝶，当时已成为中忍的新希、夜土和荒谷来到会场观赛，同时暗中观察川木。而仍未赶到的博人和巳月，追踪敌人至一间仓库。

佐良娜和小蝶作为从小一起长大的挚友，却也被迫在第三场决赛中对抗彼此，小蝶为了当上中忍而努力战斗过程中，佐良娜却不忍心对自己的朋友下重手。面对小蝶不留情的奋力攻击，佐良娜回想起前一晚被父亲佐助教导关于忍者的觉悟，纵使她醒悟而同样决定全力以赴。经过一连串的激烈战斗，两人分别发动最强招数千鸟和蝶化之术冲向彼此，最后是佐良娜的千鸟更胜一筹而获胜。落败的小蝶被同伴鹿太和井野新扶持离场，虽不甘心却也无怨无悔。另一边，博人和巳月偷看到阿玛多被一群来自川之国的敌忍挟持，目睹阿玛多并没有为了利益而投靠敌人，由此放心的博人迅速出手而轻松击退敌人、救出阿玛多，最后与巳月全速奔向考试会场。