Sjefen for FBIs enhet for kontraterrorisme, John O'Neill, inviterer den muslimsk-amerikanske nybegynneragenten Ali Soufan med i gruppen sin. Mens de kjemper for å få informasjon fra CIA, innser de snart at arbeidet deres så vidt har begynt... når to amerikanske ambassader blir bombet.

Etter at ambassadene i Kenya og Tanzania ble bombet samtidig, begynner FBI sin etterforskning på åstedene mens CIA utvikler en hevnplan.

FBI finner en av de overlevende terroristene og oppdager et spor i Nairobi som forandrer alt. CIAs plan for hevn blir godkjent.

CIA og FBI er i høy beredskap når det florer med trusler ved overgangen til det nye millenniet. O'Neill og Soufan raider en AQ-celle i Brooklyn. CIA fortsetter å skjule viktig informasjon fra FBI mens de sporer mistenkelige individer som kommer inn i USA.

Vince ber fortsatt om tillatelse til å dele Mihdhars visum med FBI. O'Neill mister kofferten sin og en etterforskning av hvordan han håndterer gradert informasjon settes i gang. En gutt som ble radikalisert etter at CIAs hevnangrep drepte vennen hans, reiser til Jemen for å begynne sin egen reise mot martyrium.

O'Neill og Soufan reiser til Jemen for å etterforske bombingen av U.S.S. Cole. FBI blir klar over et møte i Malaysia og får vite om Khallad, uten å vite at CIA har visst om begge delene i flere måneder.

Alle venner seg til en ny president, og med det, en endring i prioritering av trusler. Soufan finner ut hvor viktig OBL sin livvakt er og nektes tilgang til ham. O'Neill nektes innreise i Jemen og tvinges til å si opp. Amerikaneren som er ansvarlig for terroristene i USA, Hazmi, Mihd

CIA blir klar over at Hazmi og Mihdhar er borte og må si fra til FBI. O'Neill tar jobben som sikkerhetssjef ved World Trade Center. Soufan sendes tilbake til Jemen. Hazmi, Mihdhar og Atta drar til Vegas for en siste utskeielse.

11. september, 2001 og ingen får tak i O'Neill. Soufans evakuering fra Jemen blir avbrutt når CIAs stasjonssjef gir ham alle svarene han har bedt om i månedsvis. Schmidt får tilbake jobben ved Alec-stasjonen. Soufan avhører endelig Abu Jandal.