Il capo dell’unità antiterrorismo dell’FBI, John O’Neill, arruola nella sua squadra il novello agente musulmano americano, Ali Soufan. Lottando per ottenere informazioni dalla CIA, si rendono presto conto che il loro lavoro è solo all'inizio... intanto le due ambasciate americane vengono bombardate.

L'FBI trova uno dei terroristi sopravvissuti e scopre un cambio di direzione a Nairobi, intanto, il piano di ritorsione della CIA viene approvato.

Continuando a tenere nascoste alcune informazioni all'FBI, Schmidt viene licenziato dall’Alec Station. Diane fa un'importante scoperta sul proprietario del numero di telefono che Owhali ha dato a Chesney. O'Neill cerca conforto nella sua fede mentre la sua vita personale e quella professionale si sgretolano davanti a lui.

La CIA e l'FBI sono in allerta a causa delle numerose minacce per il nuovo millennio. O'Neill e Soufan irrompono in una cellula di Al Qaeda a Brooklyn. La CIA continua a nascondere informazioni vitali all'FBI mentre rintraccia persone sospette che entrano negli Stati Uniti.

Vince continua a chiedere il permesso di condividere il visto di Mihdhar con l'FBI. O'Neill perde la sua valigetta e inizia un'indagine sulla sua gestione dei materiali riservati. Un ragazzo, radicalizzato in seguito all'attacco di rappresaglia della CIA che ha ucciso il suo amico, va nello Yemen per iniziare il suo percorso di martirio.

O'Neill e Soufan si recano nello Yemen per iniziare le indagini sul bombardamento degli Stati Uniti. L'FBI viene a conoscenza di un incontro in Malesia e di Khallad, senza sapere che la CIA era a conoscenza di entrambe le cose da mesi.

Tutti si adeguano a un nuovo presidente e, con esso, a un cambiamento di priorità delle minacce. Soufan apprende l'importanza della guardia del corpo di Osama Bin Laden e gli nega l'accesso. A O'Neill viene negato il rientro nello Yemen e viene costretto a dimettersi. Il responsabile americano perde i suoi terroristi negli Stati Uniti, Hazmi, Mihdhar e Atta.

La CIA viene a sapere che Hazmi e Mihdhar sono scomparsi e deve comunicarlo all'FBI. O'Neill accetta un posto come capo della sicurezza presso il World Trade Center. Soufan viene rimandato nello Yemen. Hazmi, Mihdhar e Atta si dirigono a Las Vegas per un’ultima concessione.

È l’11 settembre 2001 e nessuno riesce a rintracciare O'Neill. L’evacuazione di Soufan dallo Yemen si interrompe quando il capo della stazione della CIA gli dà tutte le risposte che chiedeva alla CIA da mesi. Schmidt viene reintegrato all’Alec Station. Soufan interroga finalmente Abu Jandal.