안개가 짙게 깔린 밤, 통영의 바닷가에서 대학생 둘이 익사한다. 마침 그 주변을 지나던 시목은 현장을 보게 되고, 여진은 그에게 전화를 걸어 그 사고에 대해 캐묻는다.

아주 작은 것도 지나치지 못해서인가. 불씨를 키워버린 두 사람. 검찰과 경찰은 수사권 조정을 위해 협의회 구성을 시작하고, 우태하 부장을 찾아간 동재는 미끼를 던진다.

시목은 이미 종결된 경찰 자살 사건을 태하의 지시로 재조사한다. 왜 재조사를 하려는지 의문이 드는 것도 잠시, 조사를 함께 진행할 인물로 뜻밖에 동재와 재회한다. 사건의 전모가 드러날수록 시목의 의문은 의심으로 커져가고.. 한 경찰의 죽음은 정말 우울증 때문이었을까, 아니면 누군가에게 살해당한 것일까.

수사권을 놓고 검찰과 경찰이 한 테이블에 마주한다. 각자의 조직을 대변한 이 자리에서 시목과 여진은 반대편에 서게 된다. 구성원 한 명 한 명이 날선 논리로 부딪히는데.. 과연 이들은 협의를 이루어 낼 수 있을까. 한편, 한조그룹의 수장이 된 연재는 대표이사 자리를 지키기 위해 움직이기 시작하는데, 그 목적지는 다름 아닌 검찰청인 것!

수사권 조정 협상 테이블을 벗어나서도, 각자의 논리와 방식으로 서로를 겨누는 경찰과 검찰. 갈등이 첨예해지는 와중에 현직 국회의원의 비위 사실이 밝혀지는데... 해당 사건과는 접점이 없을 것 같던 검경이 여의도에서 마주한다!

최빛이 가져오라고 지시한 봉투 속 진실을 알게 된 시목과 여진. 정계에서 검찰과 경찰까지 이어진 사실관계를 확인한 둘은 고민에 빠진다. 이때, 용산경찰서에 접수된 한 건의 실종 사건. 현장에서 발견된 ID 카드로 확인된 실종자의 정체는..!?

동재가 약속 장소에 나타나지 않자, 의아해하는 태하와 시목. 이 때, 용산서에서 전해온 동재의 실종 소식! 동재의 실종으로 검경 수사권 논의에도 브레이크가 걸린다. 시목과 여진은 동재의 동선을 추적하며 함께 수사에 돌입한다. 그리고, 용의자 탐문을 위해 향한 곳은 다름 아닌 경찰서인데!

서동재 실종 사건 수사본부장에 임명되는 여진. 본격적으로 시목과의 공조가 진행되지만 뚜렷한 증거는 나오지 않는다. 이를 조롱하기라도 하듯 범인에게서 도착한 메시지. 범인이 원하는 것은 무엇인가...!

여진이 이끄는 수사팀은 동재의 실종에 대한 수사 중간 결과를 발표해 승부수를 던진다. 한편, 시목의 눈에 벌써 1년 전에 일어난 사망사건이 포착되고.. 전 검사장의 죽음에 대해 눈여겨보던 동재의 움직임. 전 검사장의 죽음과 동재의 실종, 어떤 관련이 있는 것일까!

단서 하나 없어 애를 먹던 실종사건에 드디어 나타난 목격자! 동재의 실종 당시 상황을 직접 목격했음을 진술한 목격자의 등장으로 수사는 빠르게 진전되는데... 이 모든 것은 특정 직업군에 범인이 있다는 암시를 강력하게 제시하는데...!

시목과 여진은 수사에 박차를 가한다. 유력 용의자들이 경찰청으로 소환되고, 동재의 실종 당일 그들의 행적과 범행 동기에 대해 낱낱이 파헤치기 시작한다. 이들 중에 정말 동재를 납치한 범인이 있다면 너무 늦기 전에 동재를 구할 수도 있는데!

실종사건 수사가 한창인 와중에도 2차 수사권 조정 협의회를 강행하는 태하와 최빛 두 사람은 통영 사건을 변호했던, 전관 변호사 오주선과 만남을 갖는다. 그리고 약속된 자리에서 전혀 예상치 못한 인물과 마주하게 되는데..!

뜻밖의 사건에서 결정적 단서를 발견한 시목은 새로운 용의자를 추적한다. 함께 자택을 급습하는 시목과 여진, 용의자에게 동재의 행방을 묻는다. 그러자 갑자기 도주하기 시작하는 용의자, 실종사건의 범인은 그 자가 맞을까..!

범인은 잡혔지만 끝나지 않은 수사. 동재의 소재를 파악해야 한다. 시목과 여진은 용의자를 압박하지만 시간만 흘러갈 뿐.. 너무 늦기 전에 동재를 발견할 수 있을까?

마침내, 모두가 침묵함으로써 묵혀졌던 사건의 얼개가 시목과 여진에 의해 드러나고... 이에 당사자들이 서로 책임을 떠넘기기 급급해지자 검경 수사권 논의 역시 표류하게 된다. 협의회에 쏟아부은 노력은 이대로 물거품이 될 것인가!