芦屋瑞稀（堀北真希）は、アメリカの高校から桜咲学園に編入してきた高校2年生。登校初日、期待に胸膨らませ学校へと向かう瑞稀は、いきなり衝撃的な場面を目の当たりにする。寮から学園までの約30メートルの距離を女子中高生が埋め尽くし、そこを通る男子生徒たちに悲鳴混じりの声援を送っているのだ。

保健室に運ばれたことで、校医・梅田北斗（上川隆也）に女だとバレてしまった芦屋瑞稀（堀北真希）は、梅田から男子校に編入してきた理由を問い詰められ、絶体絶命のピンチに。と、そこへ、第二寮で飼っている犬の裕次郎が現れ、瑞稀は間一髪、脱出に成功する。外へ出た瑞稀は、裕次郎が佐野泉（小栗旬）の元へ駆け寄るのを見て、佐野が自分を助けるために裕次郎をよこしたのだと思い、礼を言う。ところが佐野は、瑞稀のためにそんなことをするわけがないと、相変わらず悪態をつく。

芦屋瑞稀（堀北真希）は、アメリカにいるはずの兄・静稀（岡田義徳）が、自分を連れ戻しに日本に来ているというメールを受け取り愕然とする。さらに、「最愛の妹へ」と書かれたそのメールを佐野泉（小栗旬）に見られてしまう。佐野は、寝起きで朦朧としていたが…。

第一寮が水道工事のために一時的に閉鎖されることになり、第一寮の生徒たちは、第二寮、第三寮にふりわけられた。芦屋瑞稀（堀北真希）と佐野泉（小栗旬）の205号室には、なぜか第二寮の中津秀一（生田斗真）がやってくる。瑞稀のことが気になる中津は、205号室に入室が決まっていた生徒に頼み込んで、自分が入れるように工作したのだ。205号室にやってきた中津は、瑞稀と生活できることに大興奮。あたふたと不審な行動を取り始める。

夏休みになり、芦屋瑞稀（堀北真希）は、中津秀一（生田斗真）、難波南（水嶋ヒロ）、萱島大樹（山本裕典）、中央千里（木村了）と海の家にやってくる。半ば強引に連れてこられた瑞稀だったが、海に花火にと、夏をエンジョイしようと気持ちを切り替える。ところが、海の家に降り立つと、瑞稀たちの目前に仁王立ちで立ちはだかる女性が。海の家を取り仕切るこの女性は、なんと、難波の母・伊緒（森口瑤子）だという。翌日の、海の家リニューアルオープンに備えて、人手が必要な伊緒は、息子に友人たちを連れてくるように指示していたのだ。そうとは知らない瑞稀たちだったが、伊緒の勢いに押され、あれこれと仕事を手伝わされる。

海の家での滞在を終えた芦屋瑞稀（堀北真希）は、中津秀一（生田斗真）ら生徒たちと寮へ戻ってくる。同じ頃、陸上部の合宿に参加していた佐野泉（小栗旬）も、すでに戻っていた。中津は、海の家から佐野に会うために合宿所へ行った瑞稀が、気落ちした様子で海の家に戻ってきたことが気になっていた。寮に戻り、瑞稀にそのことを尋ねるが、瑞稀は答えようとしない。瑞稀は、佐野を追い詰めているのは自分だと思い、佐野に会うのが怖くなっていたのだ。

芦屋瑞稀（堀北真希）は、佐野泉（小栗旬）のことが好きだと自覚して以来、動揺を隠せない。一方、グラウンドで瑞稀を抱きしめていた佐野を目撃した中津秀一（生田斗真）は、そのことを佐野に打ち明けるが、佐野は何食わぬ顔で中津を抱きしめて、それと同じ単なるハグだと説明。中津は、あっさり納得する。

一度はアメリカに帰ることを決意した芦屋瑞稀（堀北真希）だったが、佐野泉（小栗旬）、中津秀一（生田斗真）の説得で思いとどまることを決意。瑞稀は、改めてふたりの友情に感謝する。そして、学園はいよいよ新学期を迎え、いつもの賑わいを取り戻す。そんな折、校医・梅田北斗（上川隆也）は、カメラマン・原秋葉（紺野まひる）から生徒たちを集めるように言われる。早速、集まった生徒たちを前に秋葉は、ある有名な雑誌でイケメン特集が組まれることになり、桜咲学園の生徒をモデルにした写真を自分が撮影するのだと説明。秋葉が選んだ4人だけが、雑誌に載ることになるといい、瑞稀、佐野、中津、難波南（水嶋ヒロ）の名前が発表される。

芦屋瑞稀（堀北真希）らの2年C組に、臨時教員の北浜昇（稲垣吾郎）がやってくる。生徒たちはいつものとおり手荒いいたずらで迎えるが、北浜はまったく動じない。そして、何か問題を起こせば停学処分にすると宣言する。その冷徹な態度に、生徒たちもペースを狂わされてしまう。

芦屋瑞稀（堀北真希）が女であると知った中津秀一（生田斗真）は、衝撃を受ける。そんな折、学園では『桜咲＆ブロッサム「エドワード・J・ハリソン杯」舞踏会』が開催されることになる。これは、桜咲学園とブロッサム学園から選ばれた男女7組のペアで踊る舞踏会で、社交性を磨く目的で開かれるのだという。生徒たちが早速、準備に取り掛かり始めると、そこへ、練習帰りの佐野泉（小栗旬）がやってくる。いつもなら素通りするはずの佐野だが、何を思ったか準備を手伝うといい、周囲を驚かす。

芦屋瑞稀（堀北真希）は、父親・佐野岳彦（杉本哲太）のことで口論となった佐野泉（小栗旬）と関係修復ができないまま、中津秀一（生田斗真）から突然の告白を受け、思い悩む。そんな折、桜咲学園が全国高校陸上競技大会の予選会場に選ばれ、その開会式を盛り上げるため、生徒たちはパフォーマンスをすることに。難波南（水嶋ヒロ）、関目京悟（岡田将生）、中央千里（木村了）ら生徒たちははじめ面倒くさがるが、教頭・猿渡（宇梶剛士）から参加した寮にはハワイ旅行が贈られると聞き、全寮俄然やる気に。その様子を見ていた萱島大樹（山本裕典）は、波乱の幕開けを感じる。