從故鄉賽克汀瑟啟航的格蘭，以星之島為目標，與騎空團的同伴一起繼續地旅行著。他們接受雜貨商謝洛卡特的委託，前往一座鄉間小島。這座島上從很久以前就持續著不明的轟鳴聲，露莉亞隱約感覺到星晶獸的氣息。在探索聲音的真面目的過程中，格蘭發現了一名倒在谷底的多拉夫族少女，名叫阿莉莎。他們聽阿莉莎說她對整座島的轟鳴聲有所頭緒。為了島上的居民，格蘭等人再次向谷底進發……

被艾爾斯蒂帝國通緝的格蘭等人，突然接到艾爾斯蒂帝國提出的議和，一行人為了談判而向要塞都市阿爾比昂（アルビオン）進發。阿爾比昂是以軍官學校為中心的學園都市，而阿爾比昂軍官學校也是卡塔莉娜的母校。一行人懷著緊張的心情與艾爾斯蒂帝國軍少校弗略斯見面，但很快就被賜予赦免書，談判輕易地結束了。獲得自由​​的格蘭等人，接受既是阿爾比昂的現任領主也是卡塔莉娜的後輩的薇拉·莉莉艾的款待……

取得艾爾斯蒂帝國的赦免狀，格蘭等人被無罪赦免。可是，夜宴結束後天亮，卡塔莉娜留下字條後獨自離開了格蘭和露莉亞。想問清情況，為了掌握卡塔莉娜所在地的線索，格蘭等人向薇拉的城堡進發，途中他們得知卡塔莉娜是打算犧牲自己獻身於阿爾比昂。他們好不容易躲開追兵，到達卡塔莉娜的身邊。卡塔莉娜開始述說，她拿定決心不僅是為了格蘭他們，也是為了薇拉。

格蘭等人說服落空，無法扭轉卡塔莉娜的決心。卡塔莉娜因為過去的某件事對薇拉抱有罪惡感，只要薇拉有需求就願意成為一直忍受著作為阿爾比昂領主的重擔和孤獨的薇拉的力量。另一方面，得知無罪赦免的條件是阿爾比昂的星晶獸「光輝騎士」交給艾爾斯提帝國為武器（實質是薇拉編造的）的格蘭等人撕毀了合約，為了奪回卡塔莉娜，中斷了阿爾比昂城正舉行的光輝騎士的轉讓儀式。但是這時，艾爾斯蒂帝國的新兵器阿德韋薩突然發動攻擊。

薇拉釋放星晶獸光輝騎士（シュヴァリエ）的力量，向格蘭等人襲來。看到薇拉暴走的身影，卡塔莉娜無比自責。並且也為了清算往事，卡塔莉娜決心面對薇拉。為了實現卡塔莉娜的心願，格蘭等人全力迎擊薇拉的猛攻。雖然終於將薇拉逼入絕境，使其無法施展出光輝騎士的力量，但她的戰意為仍消退。卡塔莉娜與薇拉開始對決。

離開阿爾比昂的格蘭賽法號終於到達了某座被傳言有進無出的被濃霧包圍著的島嶼。為了收集情報和籌備食材而村子漫步的格蘭等人，遇到了那裡的殭屍村民們，聽聞100年前有幽靈船出沒於此的傳聞。接受殭屍村民招待的格蘭等人還意想不到地重逢了與黑騎士一起行動的三個人——傭兵組合德蘭克和斯托姆，還有露莉亞相似力量的少女奧爾姬絲。德蘭克說這座島嶼發生的現象與星晶獸有莫大關係，尋求格蘭等人的協助。

露莉亞、伊歐、奧爾姬絲三人被星晶獸塞勒斯特吞食了。被留下來的格蘭等人，和在村里遇到的幽靈少女菲莉，一起尋找救出露三人的方法。另一方面，露莉亞三人不僅僅等待救援，也一邊合作著試圖找出出口。露莉亞一直就想多了解奧爾姬絲，這時伊歐從中相助讓她們兩人走近，然後在一旁微笑地註視著二人。但是，隨著在塞勒斯特體內一路前往，伊歐的樣子漸漸地變得奇怪……

被某種存在控制著的塞勒斯特遵從其意志，襲擊了村子併吞噬了殭屍們。為了減輕其造成的危害，拉卡姆駕駛格蘭賽法號前去阻止塞勒斯特。古蘭經則為了營救露莉亞她們，從格蘭賽法號上跳到塞勒斯特身上，進而潛入其內部。古蘭在塞勒斯特一片漆黑的體內前進，眼前卻突然出現瞭如同其幼年經歷一般的景象。在那裡等著他的，是彷彿鏡中倒影的另一個自己。面對他揮來的劍，古蘭陷入了苦戰。

突如其來的彭梅倫率領艾爾斯蒂帝國軍隊擄走了格蘭和露莉亞。受「魔晶」影響而痛苦萬分的星晶獸諾亞也同樣被囚禁在帝國駐紮地的研究所裡。蘿賽塔出現在拉卡姆等人面前，幫忙營救格蘭等人。而卡拉姆回想起了很久之前的某段記憶，決定要儘早救出諾亞。然後，被俘虜的格蘭和露莉亞和艾爾斯蒂帝國的宰相芙莉西亞·馮·俾斯麥相見…

格蘭和露莉亞從艾爾斯蒂帝國的駐紮地逃出，和卡拉姆等人匯合。諾亞打算復活因帝國襲擊而腐朽的格蘭賽法號，不過因為力量殆盡，提議借助加隆佐島上司掌契約的星晶獸密斯拉的力量。但是，魔晶的力量突然襲來，諾亞一邊承受痛苦一邊暴走。為了拯救諾亞，將卡拉姆的聲音傳遞過去，格拉等人對抗芙莉西亞的詭計。

出現在格蘭等人面前的黑騎士和奧爾姬絲試圖帶走露莉亞。露莉亞痛訴不想和奧爾姬絲戰鬥，但這聲音無法傳達給奧爾姬絲。面對囚禁過露莉亞、追求力量的黑騎士，格蘭堅決地發誓絕不交出露莉亞。兩人絕不讓步的信念激烈碰撞。