在未来，南极的上空出现了被称为“通路”的蘑菇云般的时空通路，外星生物“JAM（迦姆）”利用它发动了对地球的攻击。经过 33 年惨烈的战斗，人类终于将“JAM（迦姆）”封印于道路的彼端 —— FAIRY（菲雅利）星球。然后，随着 JAM（迦姆）的消失，人们开始渐渐淡忘了这件事，但战斗仍然在 FAIRY（菲雅利）星球继续着。

南極大陸の一角に突如出現した巨大な霧状の柱。それは、未知の異星体ジャムが地球侵略用に造った超空間通路だった。地球防衛機構は、その通路の向こう側、惑星フェアリイでジャムをくい止めるべくフェアリイ空軍を設立、ジャムを惑星フェアリイ上に閉じこめた。しかし、それから30年以上たった現在も、人類とジャムの戦争は続いている。その戦いの最前線に、深井零というパイロットがいた。信じるものは愛機のみという虚無的なパイロットと、スーパー戦闘機「雪風」の存在が、膠着状態だった戦線に微妙な波紋を投げかける。この戦いに本当に必要なのは機械か、人間か？　かつて人類が体験したことのない熾烈な戦いが、今始まろうとしていた。