集 5
危险区域（上）
一次任务结束后，零正驾驶雪风返回。途中遭遇一架酷似 Super Sylph 的未知战机，由于雪风判断其为 JAM（迦姆），零将其击落。因为爆炸距离太近，零被弹片击伤，后座的武器操作官跳伞后失踪。修养结束后，零返回了部队。杰克为零的复出开了一个小型派对，在酒醉的酣梦中，零看到一个长翅膀的女妖被锁在牢房里，而钥匙就在他手中。其后的另一次任务中，零又遇到那架神秘的战机。追击中雪风的系统不但被入侵，更遭到 JAM（迦姆）超级对空导弹的攻击，但最终在雪风的保护下零奇迹般地躲过了死亡。为了弥补高昂的人员损失，SAF（特殊战）准备采用无人机代替现有战机，首先是雪风，但遭到零的反对。在和杰克的一番争吵后，零不快离去。为查明事件真相，零与搭档再次前往调查，不料中途与基地失去联系。杰克冒着上军事法庭的危险带同 FRX-99 一同前去搜索，但一无所获。原来雪风被不明机击伤，零驾机迫降在沙漠中并昏了过去。他醒后被告知正在一座前线基地，一个神秘军人以修好雪风为借口向零套取系统密码。零在得到雪风的警告后立刻反抗，并驾驶伤痕累累的雪风逃离了 JAM（迦姆）制造的数据空间。不料零又遭到神秘战机的追杀，雪风被击落。就在零绝望之时，雪风控制 FRX-99 前来相救，并把转所有数据转移到 FRX 上。在将零弹射出去后，FRX 将雪风击毁。面对这一幕，零瘫倒在沙漠中。
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危险区域（下）
雪风有了新机体 FFR－41 Mave “风之女王”，而零仍然坐在轮椅上神志不清。在一次无人驾驶的试飞中，雪风的控制系统神秘失控，并将己方基地上的战机全部击毁，在那一刹那，零恢复了神志。无奈下 SAF（特殊战）决定仍由零驾驶雪风，并与 TX-1 进行协同作战训练。正当训练结束正准备返航时，编队突然遭到 JAM（迦姆）的偷袭，为掩护指挥机撤离，没有武装的零只能徒手同 JAM（迦姆）周旋。祸不单行，雪风的发动机竟突然熄火，形势立刻变得紧张起来。就在此时，雪风控制 TX-1 前来相救，并撞毁一架 JAM（迦姆）。这边雪风仍在下坠，身后有还 2 架 JAM（迦姆）追击。就在触地前的瞬间，零帮助雪风成功地重启了发动机并将机身拉起，而 JAM（迦姆）则坠地爆炸。雪风安全返航。
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战争之雾（上）
FAF 宇宙防卫军团所属的巨型核动力空母“Banshee（女妖）”IV 号机遭到JAM（迦姆）侵染后失控，将所有返航的己方战机击落，并向基地袭来。SAF（特殊战）命令零驾驶雪风将程序员汤姆上尉送上 Banshee，试图夺回这个庞然大物。降落到 Banshee 后，两人随即展开行动。随着调查的深入，零遇到了一系列怪事，更惊恐地发现，JAM（迦姆）竟在复制舰上的人员！阴谋初露端倪，JAM（迦姆）正在利用复制人逐步渗透瓦解 FAF，直到有一天彻底从内部颠覆人类！了解到相关情况的 FAF 决定击毁 Banshee IV，零和汤姆被要求立即撤离。将零送上雪风后，汤姆坦言自己正是一个 JAM（迦姆）的复制人并从容赴死，留下万分惊愕的零独自驾机返航。汤姆死前喃喃自语，“我…是个人类吧。”降落后，零蜷缩在坐舱里开始深思。
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战争之雾（下）
雪风换装了新型的冲压发动机，杰克获命随同零前往南极上空进行超音速测试。在穿越“通路”时，3 架 JAM（迦姆）悄悄尾随而来。“通路”的地球一侧此时由日本“海军”负责守卫，大型核动力航母 CVN56 担任旗舰。在与突然出现的 JAM（迦姆）交火中日军损失惨重，升空的战机几被全歼，另有一艘驱逐舰被重创。残存的一架 JAM（迦姆）突破防线向日航母疾冲过去，幸好雪风及时赶到，在几乎撞到航母时将其击落。由于燃料耗尽，雪风被获准在航母上降落加油。在航母上零邂逅了随军嵌入采访的作家杰克森女士。加油完毕后，雪风一路顺风地返回了 FAIRY（菲雅利）。刚穿过“通路”，机上的 IFF（敌我识别装置）突然响起警报，雪风转入自动驾驶。那架熟悉的不明机慢慢靠了过来，而它上面的驾驶员竟和零一模一样。
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撤离
原来 JAM（迦姆）一直以来的目标是要得到雪风和它上面的零。雪风发射导弹后却控制其向自己袭来，似乎以此要胁 JAM（迦姆）。后者暂时罢手，导弹在命中前一瞬和不明机同时消失。零侥幸躲过了一劫，殊不知空前的危机正悄悄逼近。当初 FAF 为扭转战局，曾命系统装备部的伦巴特上校将各部队的富余人员以“再教育”的名义召集起来，组成一支特殊部队，从地面上直接攻击 JAM（迦姆）的基地。不料伦巴特手下所有队员竟都是 JAM（迦姆）的复制人，他们随即发生叛乱。装备精良的叛军快速占领了地下空洞，并大肆屠杀非战斗人员，保安部队根本无力抵挡叛军的猛攻，偌大的基地化为一片火海。FAF 陷入了前所未有的混乱，司令部连同幸存人员被紧急转移到空母 Banshee III 号上。自动驾驶的雪风随后出击，对叛军疯狂扫射后用云爆弹将地下城夷为平地（实际上是 FAF 的计谋，阵亡的非战斗人员皆为雪风用数据模拟，以此为大撤退争取时间。伦巴特为 JAM 复制人）。失去基地的 FAF 倾其所有同 JAM 作最后一搏，计划在撤退到地球时用战术核弹将“通路”彻底摧毁。JAM 终于露出狰狞面目，整个 FAIRY（菲雅利）星球都是敌人设下的陷阱。人类被玩弄了 33 年，游戏结束了，成千上万的 JAM 如火山爆发般从四面八方涌出，直接向 FAF 的机群撞去。敌人还首次动用了电子支援机，在强烈干扰下 FAF 的无人机系统失效，成批的无人战机被瞬间秒杀，场面极为惨烈。面对绝对优势的敌人，人类作着毫无指望的挣扎。形势异常危急，零带着杰克“一定要回来”的嘱托率领三架搭载先进激光武器的无人机毅然杀向敌阵，引开了 JAM 的主力。FAF的残部籍此终于逃回地球，而零，如悲风骑士般被淹没在 JAM 的汪洋中。杰克来到美国做了一个默默无闻的平民。对他来说，零永远活在心里。
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