La saison 1 de XIII : La conspiration a été diffusée à partir du 6 octobre 2008.

Un homme gravement blessé est retrouvé dans une forêt de la côte Est des Etats-Unis. Il a perdu la mémoire et ne sait plus qui il est. Très vite, un commando surarmé retrouve sa trace et tente de le tuer. En prenant la fuite, il se découvre une surprenante aptitude au maniement des armes, des réflexes et une violence qu'il ne soupçonnait pas. Sa photo fait bientôt l'ouverture des journaux télévisés, la police et les services secrets le prennent en chasse ; on l'accuse du meurtre de la Présidente des Etats-Unis. Commence une course effrénée pour retrouver son identité, et comprendre le rôle qu'on lui fait jouer dans un complot qui touche le sommet de l'administration américaine. Il n'a qu'une piste : le mystérieux chiffre XIII tatoué sur sa clavicule.