Reed Strucker, procureur, et sa femme Caitlin découvrent que leurs deux enfants, Lauren et Andy, sont dotés de pouvoirs. Ils se décident à quitter le territoire américain, où une loi drastique décide du sort des mutants. Pourchassés par les hommes des Sentinel services, ils prennent la fuite...

Clarice s'aperçoit que ses pouvoirs la dépassent, après une expérience de téléportation. Elle est en état de choc. Caitlin et Marcos se mettent en quête d'un sérum susceptible de la secourir et de canaliser ses pouvoirs. Reed doit faire des choix impossibles pour protéger sa famille...

Dans un effort de réunification, Reed conclut un accord avec le Sentinel Services, tandis que Caitlin et les enfants cherchent de l'aide à l'extérieur de l'enceinte. Thunderbird commence à enseigner à Blink comment contrôler ses pouvoirs...

Les Mutants tentent une opération pour éliminer le Sentinel Services. Pour ce faire, Eclipse ressuscite une connaissance issue de son passé le plus sombre, espérant obtenir des informations utiles. Lauren et Andy tentent de combiner leurs pouvoirs pour aider le groupe...

Jace, poussé par le souvenir d'un événement tragique de son passé, concentre tous les moyens du Sentinel Services dans la recherche du QG du réseau des mutants. Les rêves de Blink, particulièrement frappants, la conduisent à affronter Dreamer...

Eclipse reçoit un appel de son ancienne amante, Carmen. Il doit replonger dans son passé pour protéger le réseau. Pendant ce temps, Reed et Sage passent en revue les dossiers secrets sur lesquels ils ont mis la main et découvrent des informations inquiétantes au sujet du nouvel ami de Lauren...

Les réfugiés affluent dans le repaire du réseau undergroud. Un des nouveaux arrivants est en fait un espion à la solde du Sentinel Services. Dans le même temps, Reed rend visite à son père, un quasi inconnu. Il découvre à cette occasion qu'il pourrait utiliser à son avantage certains secrets de famille...

L'équipe élabore un plan risqué pour venir en aide aux mutants qui sont sous la garde du Sentinel Services. De son côté, Reed révèle à Andy et Lauren les détails de l'histoire familiale qui pourraient aider les Strucker à changer la donne...

Jace est face à un dilemme moral. Il est obligé de remettre quelque chose de précieux entre les mains du docteur Campbell. L'équipe du QG des Mutants est divisée sur la marche à suivre. Reed et Caitlin décident de prendre les choses en main...

Les tensions se multiplient au QG des mutants entre les membres de l'équipe, qui ne savent plus à qui se fier. Reed, préoccupé par la sécurité de sa famille, tente d'envisager l'avenir sous un angle nouveau. Parallèlement, le docteur Campbell propose à Jace un programme revu et corrigé, très prometteur...

Le docteur Campbell assiste à un important sommet anti-mutants, dans l'intention de faire progresser le programme Hound sur le plan national. Une partie de l'équipe prend des risques inconsidérés pour contrarier ses efforts. Polaris se rapproche de son passé...

Le QG des mutants est la cible d'une attaque. L'heure est grave et les cartes sont rebattues. Le clan des mutants pourrait tout perdre dans cette ultime bataille. De nouvelles alliances se forment alors que certains changent opportunément de camp...