里德·斯卓克从事变种人管制工作，可他的儿女偏偏是变种人。儿女的变种人身份暴露之后，斯卓克一家被迫逃亡。里德打算以救出被捕的变种人地下组织头目北极星为条件，向该组织另一头目交食求助，然而哨兵特勤局的出现打乱了他的计划。

闪烁使出长途传送异能之后大伤元气，奄奄一息的同时其异能也失控，产生若干传送缺口使地下组织基地暴露，斯卓克姐弟合力补上传送缺口，凯特和交食则潜入变种人医院偷取处方药。北极星入狱之后遭狱霸欺凌，碍于“跳蚤颈圈”不能全力使出异能，冲突过后被关禁闭。特纳对里克各种威逼虽然均告失败，里克却以罪不加亲属为条件答应帮助特纳摧毁变种人地下组织。罗德利克·坎贝尔博士将六十年代一起“变种人恐怖袭击事件”跟斯卓克姐弟事件联系起来，并企图会见特纳。

里克答应帮特纳摧毁变种人地下组织，但被善良的变种人感化后令特纳失望。凯特带上儿女向其兄丹尼求助，行踪暴露遭到围困，幸得雷鸟和交食赶到救援，但仍被追捕。闪烁伤愈后异能失灵，美梦为其植入自己跟雷鸟相爱的记忆刺激其爆发异能，众人幸免于难，而美梦因此跟雷鸟生嫌。北极星强行使用异能元气大伤，跟里德一起被转移关押。特纳拒绝坎贝尔的合作请求。凯特从丹尼处获悉里德的消息，但仍坚持拯救丈夫。

鉴于两年前失败的营救经历，变种人地下组织仅有五人同意营救北极星和里德，凯特提议趁二人转移时对囚车下手。北极星对里德之前的所作所为心存芥蒂。交食为了打听消息求助于女毒枭反被胁迫。闪烁开始对自己的记忆生疑。众人截停囚车后却发现异能被抑制，雷鸟排除障碍。北极星恢复异能并击溃押运队，特纳扬言报复，双方逃离现场。

雷鸟向众人反映脉冲的“变节”，北极星和交食击落哨兵特勤处的无人机，半路遭特纳拦截，北极星执意抓走特纳盘问脉冲被改造的细节。特纳提起其女格蕾丝殒命于变种人平权运动，北极星心生恻隐不打算用刑，交食致电总部要求派出美梦帮忙解决问题。

　　哨兵特勤处捣毁周边的变种人投身窝点，变种人们群集投靠总部。里德与家人团聚，隐藏者公开指责他出卖变种人并与其发生厮打，所以变种人对斯卓克一家产生怀疑。里德观察出哨兵特勤局企图对总部形成合围并反映给众人，随后也成功引开特勤局的追捕，得到了隐藏者和大家信任，他的妻儿也合力救活变种人哈里取信于众人。

　　美梦仅从特纳脑海中读取到零星信息，众人迫于特勤局进逼而撤回总部，里德从资料中认出了被俘的变种人都被关到巴吞鲁日的拘留所。闪烁明白自己记忆中的深刻画面全系美梦植入，对其进行质问。斯卓克一家决定留下帮助组织。特纳对亡女的记忆被美梦洗去，在妻子提醒下再次经历丧女之痛。

闪烁负气出走，众人苦于无法潜入巴吞鲁日的政府大楼。安迪要求跟交食和里德一起行动，途中与里德发生争吵，但逐渐理解里德的用心。凯特想下一代能过上平淡生活而反对北极星将少年变种人训练成战士，但情况危急时却不得不同意劳伦随北极星行动。特纳因为重新体验痛苦记忆而愈发痛恨变种人，并寻求坎贝尔博士的帮助。劳伦向北极星推荐韦斯，三人合力为交食等人解围。里德收到凯特的新戒指，并得到安迪谅解。交食受到卡门的威胁性召唤。

　交食受卡门胁迫而答应销毁俄国毒帮的毒品，北极星发现交食仍与卡门保持联络而感到愤懑，交食道清原委仍得不到原谅。里德向劳伦反映韦斯有犯罪前科，劳伦抗拒里德的专横，但还是表示与韦斯分手。凯特建议里德注意劳伦感受，韦斯在里德开导下向众人坦白前科，被派到其他站点工作，劳伦前来与之吻别。

　　雷鸟找到闪烁劝其归队，闪烁坚持寻找记忆中的一个庇护所，却在雷鸟帮助下获悉庇护者已遭哨兵特勤局毒手，于是决心归队。司法部指控哨兵特勤局和坎贝尔的不法行动，坎贝尔手下的变种人让专员当场发病，特纳感到担忧，坎贝尔不以为然，并向特纳介绍和展示“猎狗”计划。

　　里德将奥托隐瞒的家族史告诉凯特，劳伦和安迪也获悉曾祖辈双子的事迹，夫妇担心儿女也会造成芬里斯双子那样的危害，小儿女也察觉到姐弟合力将会引发的恐怖后果。埃斯梅急切救出自己的家人，遂诱导北极星对被囚变种人展开秘密行动，并怂恿众人派出斯卓克姐弟破坏发电站。特纳决定越权行动，并事先得知地下组织要破坏发电站从而使监狱防御系统失灵的企图，在让狱方加强戒备的同时又派出机器人突袭发电站。雷鸟和交食发现行动暴露，解围而去。辅助斯卓克姐弟的闪烁和美梦先后被擒。劳伦决定与安迪合力发动异能，安迪害怕伤及无辜而拒绝，姐弟双双被擒。

主和的斯卓克夫妇与主战的北极星发生争吵，雷鸟和交食调停两派。特纳将被擒的四人交由坎贝尔处置，坎贝尔为了刺激斯卓克姐弟最大限度发挥异能，不惜枪杀美梦令其屈服，最终得到自己想要的数据。埃斯梅一边诱导斯卓克夫妇私下找特纳说情，将小姐弟还押普通监房；一边欺骗众人指斯卓克夫妇擅自行动，迫使众人截劫囚车。特纳在妻子劝解下决定从坎贝尔手上救出受难的变种人，埃斯梅击昏交食之后脑控押运队伍并使其自相残杀，特难遇袭昏迷，受难变种人尽皆得脱。雷鸟苏醒后慌忙向北极星报信。斯卓克夫妇回到基地方知埃斯梅另有所图。埃斯梅救出其姐妹，“多影布谷鸟”姐妹重聚。

在埃斯梅的介入之下，变种人们摆脱了特勤局的控制。变种人基地的成员陷入一片愁云惨雾。这次的袭击，埃斯梅三胞胎早有预谋。她们回到自己的组织，地狱火俱乐部，和接头人会面。地狱火俱乐部的高层催促埃斯梅尽快完成拉拢重要盟友的事情，三胞胎别分别找到安迪和洛娜，劝说他们作为代表，加入自己的阵营。特纳不知从哪里收到变种人基地的消息，带上一支拥有高科技和大量被驯化的变种人军团，一起攻打了变种人基地。大伙儿一边逃跑一边对抗，流离失所。埃斯梅带大家撤离，大伙儿再一次欠了埃斯梅的人情，但他们不知道，这一切都是埃斯梅计划之内的事。

埃斯梅三姐妹再次介入特勤局和变种人基地之间的冲突，让基地的同伴们产生了意见分歧。在坎贝尔教授的推动下，夏洛特市即将举行一场名为“人类权益峰会”，实为探讨对变种人赶尽杀绝的集会。基地的同伴们收到这个消息后，决定采取行动。洛娜他们混进会议，在会场里制造了混乱。变种人的闯入并未让坎贝尔受挫，反而让更多的政要富豪看见了变种人的残暴，让双方的关系更加紧张了。

特纳调用了新的“猎犬”，两名擅长跟踪的变种人，两位“猎犬”并未让特纳失望，不一会儿便找到了变种人基地目前的位置。特纳带着特勤局和“猎犬”对变种人基地发起了猛烈的进攻。里德和凯特琳身为普通人类，却没有贪生怕死，而是积极地疏散大伙儿，还出谋划策，为大家寻找新的出口。安迪和劳拉在特勤局始料未及之时，毁灭了一整座建筑物。被毁灭的除了建筑物，还有“猎犬”们，和特勤局的精英。

特纳就此离开自己一直坚守的岗位。洛娜回到了变种人基地，可是她没打算留下。变种人和普通人类之间新一轮的战役，就此开启。