Una famiglia dei sobborghi, gli Strucker, è costretta a darsi alla fuga quando i genitori scoprono che i loro figli adolescenti hanno dei poteri mutanti. Inizia una lunga avventura per nasconderli alle Sentinel Services al servizio del governo.

Dopo aver salvato il gruppo dalle Sentinelle, Blink collassa per via dello sforzo fisico. La sua condizione è tale che involontariamente apre portali che Lauren chiude usando i suoi poteri. Intanto Kate e Eclipse cercano di intrufolarsi in ospedale per rubare i farmaci per curare Blink, mentre Reed cerca un accordo con le autorità.

Reed ha acconsentito a fare un accordo con Jace Turner, ma in seguito si rende conto che la sua decisione è sbagliata e decide di seguire i suoi principi morali, anche se questo lo porterà in prigione. Kate intanto decide di lasciare il rifugio per recarsi da suo fratello Danny per chiedergli aiuto, ma le cose si mettono male quando i vicini di casa intendono catturar Andy e Lauren per ottenere la taglia su di loro.

Il gruppo dei mutanti organizza un piano per attaccare il Servizio Sentinelle e liberare Polaris e Reed. Marcos si rivolge a una vecchia, e pericolosa, conoscenza per sapere quando avverrà il trasferimento. Lauren e Andy combinano insieme i loro poteri per dare una mano durante l'assalto. Alla fine il gruppo riesce a liberare Reed e Lorna, ma si scopre che un mutante creduto morto, Pulse, adesso lavora per il nemico.

Jace, spinto dalla morte di sua figlia, fa di tutto per trovare la base dove si nascondono i mutanti, ma viene catturato da Lorna e Marco e i due decidono di interrogarlo per sapere cosa ne è stato di Pulse. Blink capisce che Dreamer ha usato i suoi poteri su di lei e le due ragazze hanno un confronto.

Jace, spinto dalla morte di sua figlia, fa di tutto per trovare la base dove si nascondono i mutanti, ma viene catturato da Lorna e Marco e i due decidono di interrogarlo per sapere cosa ne è stato di Pulse. Blink capisce che Dreamer ha usato i suoi poteri su di lei e le due ragazze hanno un confronto.

L'ex fidanzata di Eclipse si fa di nuovo viva e pretende che lui lavori nuovamente con lei. Reed e Sage riescono a decriptare i file recuperati e scoprono informazioni preoccupanti sul nuovo ragazzo di Lauren, Wes. John rintraccia Blink e l'aiuta a trovare il luogo che stava cercando. Jace da' il via a un nuovo tipo di operazione per trovare i mutanti.

Reed racconta alla sua famiglia di quello che ha scoperto parlando con suo padre e si scopre che Andy e Lauren hanno ereditato i poteri dei loro antenati. Esme intanto usa il suo potere per manipolare gli altri e organizzare un rischioso piano per attaccare le Trask Industries e liberare gli altri mutanti. Il piano fallisce e Blink, Dreamer, Lauren e Andy sono catturati da Turner.

Polaris vuole attaccare il Servizio Sentinelle per salvare i ragazzi catturati ma Reed e Caitlin pensano che bisogna usare la diplomazia. Esme manipola i due convincendoli a tentare un approccio con Turner, mentre spinge Lorna e gli altri a organizzare un assalto contro le Trask Industries.

Reed e Caitlin decidono di attenersi al loro piano originale e portare la famiglia in salvo in Messico. Esme e le sue sorelle organizzano un attacco da parte delle Sentinelle per poi arrivare e "salvare" la famiglia Strucker, convincendo poi la gang ad accettare la proposta di associarsi all'Hellfire Club.

Si scoprono le motivazioni dietro l'ossessione del Dr. Campbell contro i mutanti, tuttavia nel presente il Dottore si rende conto che c'è del materiale mancante dalla ricerca di Otto Strucker. Intanto Campbell e il Senatore Montez stanno organizzando un meeting per raccogliere fondi e supporto per le Trask Industries. La famiglia Strucker e quanto resta del gruppo di mutanti sono impegnati a difendersi da un attacco delle Sentinelle guidato da Jace. Lorna e le sorelle Frost intanto, decidono di usare mezzi drastici per eliminare Campbell una volta per tutte.

I mutanti si dividono in due fazioni, ed Andy sceglie di appartenere all'Hellfire club con Lorna, le Frost e Sage. Le sorelle Frost convincono Polaris a fermare Campbell e Montez una volta per tutte. Turner arriva al covo segreto dei mutanti e si scontra con i rifugiati mentre Andy e sua sorella fanno in modo da evacuare la maggior parte delle persone. Alla fine Polaris e le sorelle Frost si ricongiungono per cercare nuove reclute per l'Hellfire Club.