Auf einer Highschool-Party wird Andy Strucker von Schlägern in die Enge getrieben. Als er sich zur Wehr setzt, erwachen seine bislang schlummernden Mutantenkräfte. Andys Schwester Lauren, die ihre eigene Fähigkeit, Schutzschilde zu erzeugen, bislang geheim gehalten hat, eilt ihm zur Hilfe. Der Vorfall ruft die Anti-Mutanten-Behörde "Sentinel Services" auf den Plan. Um der Internierung zu entgehen, bleibt den Geschwistern und ihren Eltern Reed und Caitlin nur eins: Sie müssen ihr altes Leben hinter sich lassen und fliehen.

Clarice Fong alias "Blink" hat ihre Teleportations-Kräfte zu sehr beansprucht und fällt in einen lebensbedrohlichen Schockzustand. Caitlin und Eclipse begeben sich auf eine riskante Rettungsmission: In einem Krankenhaus wollen sie ein Serum stehlen, das Blinks einzige Chance auf Rettung ist. Reed befindet sich derweil in der Gewalt der Anti-Mutanten-Behörde "Sentinel Services".

Reed beschließt, mit "Sentinel Services" zusammenzuarbeiten, um endlich seine Familie wiedersehen zu können. Caitlin verlässt mit ihren Kindern heimlich den Unterschlupf der Mutanten, weil sie sich Hilfe von außerhalb erhofft. Währenddessen erhält Blink von Thunderbird erste Lektionen, die ihr helfen sollen, ihre Kräfte künftig besser zu kontrollieren.

Die Mutanten arbeiten an einem Plan, mit dem sie ihre Widersacher von "Sentinel Services" endgültig unschädlich machen wollen. Doch damit das gelingt, muss sich Eclipse seiner dunklen Vergangenheit stellen und eine Freundin aus alten Zeiten überzeugen, ihm wichtige Informationen auszuhändigen. Lauren und Andy erproben unterdessen, wie sie ihre Kräfte am besten kombinieren können, um der Gruppe zu helfen.

Ein tragisches Ereignis aus seiner Vergangenheit motiviert "Sentinel-Services"-Agent Jace Turner, alle Kräfte der Anti-Mutanten-Behörde zu mobilisieren. Sein Ziel ist es, endlich den geheimen Unterschlupf der Mutanten aufzuspüren. Blinks lebhafte Träume münden derweil geradewegs in eine Konfrontation mit Dreamer.

Eclipse wird von seiner Ex-Partnerin Carmen kontaktiert. Wie sich herausstellt, muss er sich erneut seiner unrühmlichen Vergangenheit stellen, um den Mutanten-Untergrund vor der Entdeckung zu bewahren. Reed und Sage werten unterdessen das jüngst erbeutete Datenmaterial aus. Dabei machen sie eine äußerst beunruhigende Entdeckung, die Laurens neuen Freund Wes betrifft.

Immer mehr Mutanten schließen sich auf der Flucht vor ihren Verfolgern dem Untergrundnetzwerk an. Doch damit steigt auch die Gefahr der Entdeckung: Die Gruppe muss erkennen, dass irgendjemand aus ihren Reihen Informationen an "Sentinel Services" weitergibt. Reed stattet seinem Vater Otto einen Besuch ab, mit dem er sich vor langer Zeit zerstritten hat. Dabei findet Reed heraus, dass sich einige alte Familiengeheimnisse als äußerst nützlich erweisen könnten.

Das Mutanten-Team ersinnt einen riskanten Plan, um gefangene Leidensgenossen aus dem Gewahrsam von "Sentinel Services" zu befreien. Reed verrät Andy und Lauren ein altes Familiengeheimnis der Struckers, das den Mutanten im Kampf gegen ihre übermächtigen Gegner einen entscheidenden Vorteil verschaffen könnte.

"Sentinel Services"-Agent Jace Turner steht vor einem schwierigen moralischen Dilemma: Er muss entscheiden, ob er sich gegen den skrupellosen Dr. Campbell stellen soll. Im Hauptquartier der Mutanten wird unterdessen erbittert darüber gestritten, was die erfolgversprechendste Strategie im Kampf gegen "Sentinel Services" ist. Reed und Caitlin wollen die Entscheidung nicht abwarten, sondern nehmen die Dinge selbst in die Hand.

Durch die Ankunft der Frost-Schwestern verschärfen sich die Spannungen im Hauptquartier der Mutanten zunehmends und keiner weiß mehr, wem er noch vertrauen kann. In Sorge um seine Familie überlegt Reed, die Gruppe zu verlassen, während sein Sohn Andy bleiben und kämpfen möchte. Währenddessen stellt Dr. Campbell eine verbesserte Version des Hound-Programms vor, die alles verändern könnte...

Auf einem Anti-Mutanten-Gipfel versucht Dr. Campbell, sein Hound-Programm national auszuweiten. Die Frost-Schwestern wollen das unbedingt verhindern, brauchen dafür jedoch die Hilfe des Mutanten-Untergrunds. Auf diesem Weg versuchen sie weiterhin, Polaris, Eclipse, Thunderbird und Blink auf ihre Seite zu ziehen. Währenddessen kommt es im Hauptquartier zu immer heftigeren Differenzen zwischen Lauren und Andy.

Als das Hauptquartier der Mutanten von Sentinel Services angegriffen wird, versuchen Reed und Caitlin, die Kontrolle zu behalten und allen Mutanten sicher zur Flucht zu verhelfen. Derweil erfährt Polaris mehr über ihre Vergangenheit und sieht sich mit einer wichtigen Entscheidung konfrontiert, wodurch Beziehungen und Verbündete auf eine harte Probe gestellt werden.