Prokurátor Reed Strucker má na starosti likvidáciu mutantov. Ako štátny zástupca ich žaluje a vedie proti nim súdne spory, pretože súčasná spoločnosť sa obáva ich nadľudských schopností. Keďže ich nevie ovládnuť, riadiť ani využiť, musí ich potlačiť a uväzniť. Na Reedovo prekvapenie sa nadľudské schopnosti prejavia aj u jeho oboch detí, Andyho a Lauren. Po nešťastnom incidente v škole po nich ide vláda, ale Struckerovci nie sú ochotní vydať jej svoje deti. Reed kontaktuje mutanta Marcosa a požiada ho o pomoc.

Štátneho zástupcu Reeda Struckera zatknú a vypočúvajú agenti Sentinel Services. Jeho dcéru Lauren posadia do ženskej väznice, kde ju ohrozujú iní mutanti. Mutantka Blink, teda Clarice Fongová, stratí priveľa síl pri otváraní prístupovej cesty do tajného úkrytu mutantov, a teraz v bezvedomí otvára ďalšie brány v okolí. Hrozí, že vláda odhalí centrum a zlikviduje ukrytých mutantov.

Vládna agentúra Sentinel Services plánuje previesť Lornu spoločne s Reedom do špeciálneho väzenia pre mutantov, odkiaľ sa doteraz nik nevrátil živý. Túto šancu chce využiť mutantie podzemie. Marcos presvedčí ostatných mutantov, aby sa ich pokúsili oslobodiť. Vymyslí dokonalý plán, ktorý, žiaľ, prekazí iný mutant.

Bývalý štátny žalobca Reed sa ocitne na slobode. Jeho ďalšou úlohou je získať si dôveru mutantov, ktorých predtým zatváral do väzenia. Tragická udalosť z minulosti motivuje agenta Jacea Turnera, aby zmobilizoval všetky sily vládnej agentúry Sentinel Services proti mutantom. Jeho cieľom je nájsť tajný úkryt mutantov a všetkých zničiť. Mutant Bliks sa dostane do otvorernej konfrontácie s Dreamer.

Marcos sa musí vlámať do archívu súdu pre mutantov a ukradnúť všetky tajné zložky. Hlavné útočisko mutantov sa plní ďalšími utečencami, ktorých úkryty polícia odhalila a zničila. Lorna trénuje nadané deti ovládať svoje nadľudské schopnosti a pripravuje ich na vojnu so spoločnosťou, ktorá ich odmieta.

Vládna agentúra Sentinel Services rozbieha nový plán na odhalenie tajnej skrýše mutantov a likvidáciu ich podzemného odboja. Chce na to využiť špiónov, obrátených mutantov, ktorí sa vzdali svojich nadľudských schopností a zaviazali sa tajne spolupracovať s vládou. Agent Jace Turner sa spojí s jedným zo zradcov, doktorom Roderickom Campbellom a navrhne mu, aby spoločne likvidovali mutantov. Lekár chce v svojom laboratóriu skúmať schopnosti súrodencov Struckerovcov. Reed a Sage sa snažia získať informácie z ukradnutých diskov, zatiaľ čo Marcos musí podľa dohody pracovať pre drogový kartel. John začína hľadat Clarice.

Reed chce zistiť, aké pokusy vykonáva vláda na mutantoch v tajných laboratóriách Trask Industries. Vyberie sa za svojím otcom, s ktorým sa už roky nestýkal, a dozvie sa prekvapivé informácie o histórii vlastnej rodiny a rode Struckerovcov. Medzi novými utečencami, ktorí prichádzajú do tajného úkrytu mutantov, je aj dr. Cambell - zradca a špión najatý vládnou agentúrou Sentinel Services.

Skupina mutantov v tajnom útočisku vymyslí plán, ako sa dostať do laboratórií Trusk Industries a vyslobodiť ostatných, na ktorých tam vláda vykonáva nelegálne pokusy a zákroky. Reed sa podelí o nové poznatky z histórie svojho rodu, ktoré získal od svojho otca. Je jasné, že jeho deti Andy s Lauren zdedili ničivú silu po predkoch.

Doktor Campbell prinúti agenta Turnera, aby mu odovzdal všetkých zatknutých mutantov, vrátane detí bývalého prokurátora Reeda Struckera, Andyho a Lauren. Doktor ich plánuje skúmať vo svojich laboratóriách a premeniť na zbrane proti ďalším mutantom. V tajnom útočisku sa mutanti dohadujú, ako zajatcov z Campbellových laboratórií vyslobodia. Reed a Kate tajne uskutočnia svoj vlastný plán.

V tajnom útočisku mutantov rastie napätie, keď sa jeho obyvatelia dohadujú na pláne zničenia programu Lovec. Reed a Kate Struckerovci sa podľa plánu vydajú na cestu do Mexika. Doktor Campbell pozve agenta Turnera do Trask Industries a predstaví mu nový vylepšený program na ovládnutie novej X-generácie, ktorého základom je vývin účinných zbraní proti mutantom. Agent sa rozhodne program podporiť.

Na summite vládnych zástupcov poverených bojom proti mutantom vystúpi ich zanietený nepriateľ, Dr. Campbell a ohlási svoj príspevok k rozšíreniu národného programu na likvidáciu novej generácie X-Menov. Jeho nový plán na plošné vyhladenie mutantov sa nazýva Lovec a má zabezpečiť ich genocídu. V svojom tajnom ústredí sa mutanti dohodnú, že doktora Campbella unesú a jeho projekt zničia. Na to však potrebujú pomoc ostatných mutantov žijúcich v podzemí. Musia spolupracovať s Esmé Frostovou a jej sestrami, a tiež zapojiť Polaris, Eclipsea, Thunderbirda aj Blink. Medzitým na veliteľstve dochádza k vážnym sporom medzi uväznenými deťmi Reeda Struckera, Lauren a jej bratom Andym.

Vládna agentúra Sentinel využije zmanipulovaných jedincov z programu Lovec, aby odhalila hlavný úkryt mutantov a zaútočila na nich. Reed a jeho manželka Caitlin sa snažia zariadiť, aby všetci mutanti stihli včas utiecť. Lorna sa rozhodne, že zabráni doktorovi Campbellovi odletieť všetkými prostriedkami, aj keď pri útoku zomrú nevinní ľudia. Jej priatelia s tým nesúhlasia, ale dokážu ju zastaviť? Medzitým sa Polaris dozvie viac o svojej minulosti a čelí dôležitému rozhodnutiu, ktoré preverí vzťahy so spojencami v náročnom teste.